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如何在DIPY中跟踪不同的流线?

在DIPY中,可以使用streamline_tracking模块来跟踪不同的流线。流线跟踪是一种将扩散加权的随机行走算法应用于扩散张量场的方法,用于生成连接不同脑区的神经纤维束。

以下是在DIPY中跟踪不同流线的步骤:

  1. 导入所需的模块和数据:
代码语言:txt
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import numpy as np
import nibabel as nib
from dipy.data import read_stanford_labels
from dipy.tracking import utils
from dipy.tracking.local import LocalTracking
from dipy.tracking.streamline import Streamlines
from dipy.direction import DeterministicMaximumDirectionGetter
  1. 加载扩散张量数据和相应的空间坐标:
代码语言:txt
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hardi_img, gtab, labels_img = read_stanford_labels()
data = hardi_img.get_data()
labels = labels_img.get_data()
affine = hardi_img.affine
  1. 定义扩散张量场的方向获取器:
代码语言:txt
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directions = DeterministicMaximumDirectionGetter.from_shcoeff(data, sphere)
  1. 定义流线跟踪的种子点和停止条件:
代码语言:txt
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seeds = utils.seeds_from_mask(labels == 2, density=1, affine=affine)
stopping_criterion = utils.BinaryStoppingCriterion(labels == 3)
  1. 进行流线跟踪:
代码语言:txt
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streamlines_generator = LocalTracking(directions, stopping_criterion, seeds, affine, step_size=0.5)
streamlines = Streamlines(streamlines_generator)
  1. 可以对生成的流线进行可视化或进一步分析。

这是一个简单的示例,展示了如何在DIPY中跟踪不同的流线。根据具体的应用场景和需求,可以根据DIPY提供的丰富功能和算法进行更复杂的流线跟踪操作。

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