在DIPY中,可以使用streamline_tracking
模块来跟踪不同的流线。流线跟踪是一种将扩散加权的随机行走算法应用于扩散张量场的方法,用于生成连接不同脑区的神经纤维束。
以下是在DIPY中跟踪不同流线的步骤:
import numpy as np
import nibabel as nib
from dipy.data import read_stanford_labels
from dipy.tracking import utils
from dipy.tracking.local import LocalTracking
from dipy.tracking.streamline import Streamlines
from dipy.direction import DeterministicMaximumDirectionGetter
hardi_img, gtab, labels_img = read_stanford_labels()
data = hardi_img.get_data()
labels = labels_img.get_data()
affine = hardi_img.affine
directions = DeterministicMaximumDirectionGetter.from_shcoeff(data, sphere)
seeds = utils.seeds_from_mask(labels == 2, density=1, affine=affine)
stopping_criterion = utils.BinaryStoppingCriterion(labels == 3)
streamlines_generator = LocalTracking(directions, stopping_criterion, seeds, affine, step_size=0.5)
streamlines = Streamlines(streamlines_generator)
这是一个简单的示例,展示了如何在DIPY中跟踪不同的流线。根据具体的应用场景和需求,可以根据DIPY提供的丰富功能和算法进行更复杂的流线跟踪操作。
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