如何使用R包"metafor“一次对数千个基因进行meta分析
"metafor"是一个在R语言中用于进行meta分析的包。它提供了一套强大的工具和函数，用于合并和分析多个独立研究的结果，从而得出更准确和可靠的结论。
使用"metafor"包进行对数千个基因的meta分析的步骤如下：
- 安装和加载包：首先，确保已经安装了R语言和"metafor"包。可以使用以下代码在R中安装和加载"metafor"包：
install.packages("metafor")
library(metafor)- 数据准备：将每个基因的meta分析结果整理成一个数据框，其中每一行代表一个独立研究的结果。数据框应包含每个研究的效应大小（例如，log odds ratio或log hazard ratio）、效应大小的标准误差（SE）、研究的权重（可选）和其他相关信息。
- 创建meta分析对象：使用
escalc()函数创建一个meta分析对象，该函数用于计算每个研究的效应大小和标准误差。例如，可以使用以下代码创建一个meta分析对象：
meta_obj <- escalc(measure="GENERIC", m1i=effect_size, sd1i=se, data=data)其中，measure参数指定效应大小的类型（例如，"GENERIC"表示通用的效应大小），m1i参数指定效应大小的变量名，sd1i参数指定标准误差的变量名，data参数指定数据框。
- 进行meta分析：使用
rma()函数进行meta分析，该函数将meta分析对象作为输入。例如，可以使用以下代码进行随机效应模型的meta分析：
result <- rma(yi, vi, data=meta_obj, method="REML")其中，yi参数指定效应大小的变量名，vi参数指定方差（标准误差的平方）的变量名，data参数指定meta分析对象，method参数指定使用的方法（例如，"REML"表示使用限制最大似然方法）。
- 分析结果：使用
summary()函数查看meta分析的结果摘要。例如，可以使用以下代码查看随机效应模型的结果摘要：
summary(result)该摘要包括了合并效应大小、置信区间、显著性检验等信息。
总结起来，使用"metafor"包进行对数千个基因的meta分析的步骤包括安装和加载包、数据准备、创建meta分析对象、进行meta分析和分析结果。通过这些步骤，可以有效地合并和分析大量基因的研究结果，从而得出更准确和可靠的结论。
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提前感谢你考虑这个问题。
谁能告诉我为什么使用" metafor“软件包的裁剪分析会给出与"meta”软件包截然不同的结果(metafor为0.6803 95% 0.3456 1.0151，metafor为0.3657 95% -0.0213；meta为0.7526 )。我做错了什么吗？哪一个更准确，还是两者都很好？我在下面提供了一些可简化的代码。
install.packages("metafor")
install.packages("meta")
library("metafor")
library("meta
浏览 2提问于2016-03-02得票数 1
2回答
目前，我正在做一项流行率的元分析。在R中有很多用于meta分析的包(即meta，metafor，MAd等)。然而，我找不到一个合适的流行率命令。你有任何关于meta分析和R的流行率的经验吗？您会使用哪个命令？
library(metafor)
res <- rma(p(logit), SE(logit), data=data, method="DL")
forest(res)
有什么想法吗？
向托蒂致以最好的问候
浏览 0提问于2017-05-05得票数 2
我决定使用corr.test来计算基因之间的相关性。 我知道输入对象必须是矩阵或数据帧。但我不认为这是我需要关注的重要部分。 现在让我困惑的是，我不知道哪种归一化的基因表达矩阵适合corr.test。我认为在t()之后的FPKM基因计数是合适的。但在有人告诉我一些关于vst转换计数的事情后，我不这么认为？ 有人能给我一些建议吗？现在我有了FPKM值和corr.test .If，我需要改变我的规范化方法吗？
浏览 43提问于2021-02-06得票数 0
1回答
我目前正在使用"metafor“包在R中进行一次分解。在做我的研究时，我发现了R中的一个不同的元分析包，即"meta“。我更喜欢后一个包创建的森林图(从设计上讲)，但不幸的是，有些数据与我用metafor创建的图不同。 具体地说，只有I^2和合并估计的数据是不同的。 meta_1 <- rma(yi=yi, vi=vi, measure="SMD", method="ML", slab=Citation, data=dat)
forest(meta_1)
meta_2 <- metagen(yi,vi^.5,data = dat,
浏览 110提问于2020-08-25得票数 1
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我正在尝试使用R包"metafor“对许多基因进行meta分析，我知道如何一次只分析一个基因，但对数千个基因这样做是荒谬的。有没有人能帮帮我！感谢您的建议！
我有分别命名为'se_summary‘和'HR_summary’的所有基因的se和HR的所有结果。我需要使用来自五个研究"ICGC，TCGA，G71，G62，G8“的这些基因的se和HR作为输入进行meta分析。
我用来对单个基因进行meta分析的代码(以基因AAK1为例)是：
library(metafor)
se.AAK1 <- as.numeric(se_summary[rownames(se
浏览 17提问于2019-07-22得票数 0
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我正在尝试从我使用R包metafor运行的固定效果meta分析中获得I^2异质统计的置信区间。 confint()函数似乎不适用于固定效果的meta分析？ 感谢大家的指点！
浏览 82提问于2019-02-15得票数 0
2回答
我想进行一个方差分析来识别差异表达的基因。在寻找差异表达的基因之前，我应该使用分位数归一化或中位数绝对偏差来缩放数据，还是应该直接对通过RMA获得的数据应用方差分析？
提前谢谢你
浏览 3提问于2011-03-02得票数 1
我正在尝试对12项研究进行内部meta分析，其中包括规模和二进制DV。在所有使用二元DV的研究中，我们在主要分析中控制变量。当使用metafor进行元分析时，有没有一种方法来控制变量？执行此分析的最佳方法是什么？有没有办法计算控制变量的二元研究的效应大小(Cohen's d)？任何帮助都将不胜感激！
我计算了每项研究的效应大小(Cohen's d)，并使用metafor进行内部meta分析，而不控制变量。
浏览 3提问于2019-08-12得票数 1
我需要提出疫苗有效性研究的元分析。本质上，我需要作为疫苗效力或"VE“的简要统计，即"1-RR”而不是"RR"，或者是"1-OR“而不是" or”。目前，元对象允许这些标准的效果大小大小为RR和OR，但是是否有一种方法来表示自定义输出？
元none包有大量的转换列表(请参阅"transf“选项)，这些转换都不允许自定义输入，"Meta”包也没有自定义输入。
是否有其他程序或方法需要注意？
它可能如下所示(使用元from包中的数据)：
### load metafor package
library(metafor)
### lo
浏览 6提问于2022-06-15得票数 0
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(基因组数据行话警告！)我正在从数千个单核苷酸多态(SNPs)的数据集中计算R中的多态信息含量(PIC)。计算所需的数据是等位基因频率。每个观察值都有两种(很少是三种)等位基因类型，要么是参考等位基因类型，要么是第一种可选等位基因类型。我有一小部分人有第二对等位基因。这是我尝试用R编写的公式：
其中Pi和Pj是所选SNP标记的第i和第j个等位基因的频率。这是我在R中的当前公式
var_freq$PIC <- (1-(var_freq$a2^2)-(1-var_freq$a2)^2)-(2*(var_freq$a2^2)*(1-(var_freq$a2^2))))
其中变量a2是替代等
浏览 7提问于2021-08-26得票数 0
2回答
基因集富集分析
、、、
我使用cummeRbund函数findSimilar()找到了与我用Cuffdiff识别的差异表达基因最相似的10个基因。这使用了Jensen-Shannon距离，并产生了一个排列有序的基因列表，我现在想要测试的是GO的富集。该文件如下所示：
"XLOC_007917" 0
"XLOC_008881" 0.00417099861122699
"XLOC_017692" 0.0178758082512721
"XLOC_008901" 0.0180682577435933
"XLOC_014267" 0.033
浏览 3提问于2013-07-11得票数 1
1回答
我正在使用R进行元分析，我决定确认两个广泛使用的R包(元和元)产生相同的结果(我已经粘贴了下面的代码)。不幸的是，它们并不完全相同，我正试图找出原因，因为使用一个包表明有一个显著的总体效果，而另一个则没有。有人对这些包有任何经验来了解原因吗？
这里的警告是，我在一个非常关心p值的领域工作(只是为了预测一些可能针对“它们足够近”或“无论如何忽略p值”的响应)。
谢谢大家
#Load Libraries
library(meta)
library(metafor)
#Insert effect sizes and sample sizes
es.r<- c(-.14,-.01,-.10,.
浏览 1提问于2017-01-31得票数 1
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我是一个完全的R新手，我想做以下事情：
library(metafor)
library(broomExtra)
df <-
escalc(
measure = "RR",
ai = tpos,
bi = tneg,
ci = cpos,
di = cneg,
data = dat.bcg
)
meta_analysis <- rma(yi, vi, data = df, method = "EB")
meta_analysis
tidy(meta_analysis)
为什么tidy(m
浏览 0提问于2020-03-10得票数 0
1回答
比较两个向量的FDR
、、、
我们给出了一个2列(样本、实验条件)和n行(例如基因)的矩阵，我们的目的是确定两个样本之间(在特定的FDR上)发生显著变化的基因。
如何使用R执行此操作？
下面是fdrtool包手册中的一个示例，它演示了如何从p值向量计算FDR：
library("fdrtool")
data(pvalues)
fdr = fdrtool(pvalues, statistic="pvalue")
fdr$qval # estimated Fdr values
fdr$lfdr # estimated local fdr
但问题是，我们这里只有两个观测向量，而不是p值。有什
浏览 2提问于2013-06-08得票数 1
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3回答
我想把不同的风险比率合并成一个森林地块。我希望输出类似于STATA中的metamiss或R中的metafor，如何在Python中做到这一点？
浏览 6提问于2020-12-08得票数 5
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我目前正在尝试计算我正在进行的meta分析的效果大小。我对计算成对数据的标准化均值差很感兴趣。我使用metafor包的escalc函数("SMD")来做这件事。 我意识到为什么要提取数据，一些论文只报告差异分数的标准差，而不是两组特定的SDs。在这种情况下，我如何将它们实现到escalc函数中，因为"SMD“似乎总是需要组的SDs。 非常感谢!
浏览 76提问于2021-09-27得票数 1
2回答
使用R制作两个组的自定义森林地块
、、、、
我真的很想用R制作一个类似这样的情节，我已经尝试过来自metafor包的metafor命令，但似乎无法创建任何类似的东西。我也有两个组，多个分类变量和百分比-基本上，完全相同的数据显示在这幅图。有人能给我建议如何用R来解决这个问题吗？
浏览 4提问于2015-02-10得票数 1
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1回答
比例的Meta分析
、、、、
我试着做一个单一比例的meta分析。以下是R代码： # Packages
library(metafor)
# Data
dat <- dat.debruin2009 #from metafor package
# Metafor package ----
dat <- escalc(measure = "PLO", xi = xi, ni = ni, data = dat)
## Calculate random effect
res <- rma(yi, vi, data = dat)
res
predict(res, transf = trans
浏览 54提问于2021-11-19得票数 0
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2回答
我用下面的代码在r中使用元‘ve包做了一个预告：
res <- metafor::rma(cohens_d, variance, data = my_data)
par(mar=c(3.4,0,0,0))
par(cex=2.5, font=4)
metafor::forest.rma(res, alim=c(-3.75, 3.75), xlab = "Cohen's D with 95% CI",
slab = my_data$Paper)
这给了我一个形象：
我想翻转x轴，意思是右边有负号。对怎么做有什么想法吗？
谢
浏览 4提问于2017-04-05得票数 1
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2回答
我的R应用程序从大的txt文件中读取输入数据。它不会一次读取整个文件。用户指定基因的名称(一次3个或4个)，根据用户输入，应用程序转到适当的行并读取数据。
文件格式: 32,000行(每行一个基因，前两列包含基因名称等信息) 35,000列数字数据(十进制数)。
我使用read.table (文件名，skip=10,000 )等转到正确的行，然后读取35,000列数据。然后，我对第二个基因，第三个基因(最多4个基因)再次执行此操作，然后处理数值结果。
文件读取操作大约需要1.5到2.0分钟。我正在尝试读取整个文件，然后获取所需基因的数据。
有什么方法可以加速这个过程吗？我可以用另一种格式重写基
浏览 1提问于2013-06-28得票数 2
1回答
我目前正在攻读生物医学学位，试图对microRNA基因表达数据进行meta分析。我的讲师要求我使用健壮的等级聚合方法来完成这项工作。
我已经将相关的软件包安装到R( )中，并从文章中获得了我需要的所有数据(折叠改变基因表达式和每个microRNA的p值)，我只是不确定数据需要采用什么格式(即。是否将数据作为一个集合csv文件输入到R中，等等)，然后我将如何执行分析。
提前道歉如果这很简单，我才刚刚开始使用R，所以我真的不知道我在做什么。
任何帮助都将不胜感激
谢谢，本。
浏览 1提问于2018-11-20得票数 0
我运行了一个meta分析，并使用metafor库来计算相关性的fisher z转换值。
>meta1 <- escalc(ri=TESTR, ni=N, measure="ZCOR", data=subdata2)
由于我在meta分析中包含的一些研究在样本中重叠(即在研究XY中，从相同的N报告了5个效应大小)，我需要计算标准化z值的平均值。为了指示重叠的样本，我给出了所有效果大小的if (在Excel中)，如果样本重叠，它们是相等的。
为了运行最终的means分析，我希望R从ID中求出标准化效果大小的总和，并计算最终means分析的均值。
所以我们的想法是：
如果
浏览 0提问于2014-02-24得票数 0
4回答
我想测试一下这种形式的一组基因组位置：
chr4:154723876-154724615
chr6:139580853-139581090
chr18:30440532-30441569
我想知道它们是否位于UTR、内含子、外显子或基因间序列中。我不关心哪些基因的内含子(等)这些坐标是。
我假设每个已知的遗传元素(如外显子)都定义了基因组位置(每个染色体上基因组中的起始-结束位置)。我知道这对于外显子和内含子是正确的，例如Ensemb1对基因组中的每个外显子都有in :参见的示例。我想用上面的位置列表查询这些位置的数据库，如果两者之间有重叠(理想情况下，我应该能够指定重叠，比如说，至少10bp
浏览 8提问于2013-11-20得票数 5
2回答
多重t检验比较
、、、
我想知道如何使用t.test或pairwise.t.test对基因组合进行多重比较。首先，如何比较基因1与基因3、基因3与基因4等所有组合？第二，如何才能将基因1的组合与其他基因进行比较？
我需要为此做些什么吗？
假设我有下面的数据集，当“参数不是相同的长度”时，我能做什么？
谢谢。
Gene S1 S2 S3 S4 S5 S6 S7
1 20000 12032 23948 2794 5870 782 699
3 15051 17543 18590 21005 22996
浏览 10提问于2017-09-19得票数 3
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2回答
按秩和条件提取R中的行
、、、
我试图了解如何根据一个数字列中的值从表中提取前十行，但只从符合适用于第二个数字列的条件的行中提取。
首先是关于数据。我有一个表格，列出了几千个人类基因的表达差异(log_fold_change)和这个差异(p_value)的p值。这张桌子看起来是这样的：
log_fold_change p_value
APOD 1.7388209 0.4820801
S100B -1.1514299 0.5995658
CD63 0.6066951 0.4935413
PMEL -1.4977796 0.1862176
MT2A
浏览 5提问于2020-10-03得票数 2
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我正在使用R中的metafor包进行元分析，并使用funnel()函数创建标准漏斗图。
我的效果大小是相关性，我通过rma()中的measure="ZCOR"参数将它们转换为Z分数，用于合并，然后反向转换以进行报告。
我感兴趣的是在漏斗图中呈现原始的相关性。我非常确定需要使用funnel()中的atransf=参数来完成此操作，但是我找不到适当的反向转换来提供原始关联，而不是转换后的关联。
不久前，我在R-help归档上看到了我的确切问题，不幸的是，我又很难找到它；GMane归档似乎不起作用，至少对我来说是这样。如果这个答案很容易在网上找到，我很抱歉；我已经搜索了JSS met
浏览 3提问于2016-08-26得票数 2
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所以我有了一个基因比对结果(我认为它来自RNA-seq)，其中特定的序列与特定的基因匹配(这些基因有时会自我重复)。我现在正在使用C++来寻找最早可能的位置，在这个位置上，大多数独特的基因已经被计算出来，我可以自信地只使用第一部分来进一步分析。问题是我拥有的文件是排序的(因此来自同一基因的序列被放在一起)，但我想计算未排序的文件。 我现在要做的是在遍历std::vector<string> geneList之前手动对它执行std::shuffle。在每次迭代中，我会将来自geneList的每个即将到来的基因与一个唯一的基因列表进行比较，如果列表中没有与即将到来的基因匹配的基因，则
浏览 16提问于2020-08-14得票数 1
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2回答
基于功能的基因聚类
、、、
我们希望使用分层或k均值聚类，根据基因的功能对数据集中的基因进行聚类。我们得到了每个基因的GO id，现在我们想根据功能将它们分组，最好是分层的。这意味着从底层(每个函数都是唯一的)到上层(我们有更多的泛化/函数组)。我们正在用R编写程序。
提前感谢您的帮助！
浏览 2提问于2014-03-10得票数 0
1回答
我获得了一些基因的周期阈值(CT值)对疾病和健康的样本。健康样本比病人年轻。我想检查年龄(确切的年龄值)是否影响CT值。如果是这样的话，我想得到一个调整的CT值矩阵，其中基因值不受年龄的影响。
我检查了各种来源，以混淆变量调整，但它们都涉及分类混淆因素(如批处理效应)。我很久都搞不懂怎么做了。
我做了以下工作：
modcombat = model.matrix(~1, data=data.frame(data_val))
modcancer = model.matrix(~Age, data=data.frame(data_val))
combat_edata = ComBat(dat=t(d
浏览 2提问于2019-10-21得票数 2
1回答
我想使用tm包从多个文本文档语料库中选择并保留基因名称。我使用了一个自定义函数，只保留了“模式”中定义的基因，并删除了其他所有的基因。以下是我的代码
docs <- Corpus(DirSource("path of the directory containing text documents"))
f <- content_transformer(function(x, pattern)regmatches(x, gregexpr(pattern, x, ignore.case=TRUE)))
genes = "IL1|IL2|I
浏览 1提问于2016-05-02得票数 1
2回答
我正在用R分析一些基因表达数据。我想要与eBayes做差异基因表达分析(limma是BioConductor的一部分)，但要做到这一点，我需要我的表达数据作为一个eset对象。问题是，我只有预处理数据和没有CEL文件，我可以直接转换为eset对象。我试着在网上搜索，但找不到解决办法。我唯一发现的就是这是可能的。
为什么eBayes:，它应该有健壮的结果，即使在某些组中只有两个或三个样本，而且我确实有3个组，大小在2到3个样本之间。
详细说明我所拥有和想做的事情：，我有表达式数据，已经作为对数，归一化的肥胖值。数据在表达式矩阵中。大约有2万行，每一行都是一个基因，而行名是官方的基因名。有22列，
浏览 0提问于2014-08-30得票数 3
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1回答
嵌套热图
、、
我不确定嵌套热图是否是正确的词，但我想为一种疾病做一个相对风险(RR)的热度，因为你有一些特定的基因。然而，如果你有一个特定的基因，两个特定的基因等等，那么应该清楚疾病的RR是什么。像这样的图片
你知道有什么工具可以做这样的事情吗？最好是在R
编辑:数据如下：
GeneA 1.05
GeneA_B 3.08
GeneA_C 5.6
GeneA_B_C 8.07
但如果这会让工作变得更容易的话，可以做得不同。
浏览 0提问于2015-03-06得票数 0
1回答
我想得到一个矩阵中等位基因的数量-- "A"，"T"，"C"，"G“。我希望这是按列完成的，并打印到一个新的数据集中。我如何在R中做到这一点？下面我附上了一张数据集的图片：
浏览 2提问于2020-11-09得票数 0
我正在使用metafor包在R中进行元分析，但我在解释fsn函数输出时遇到了问题。一般来说，“观察到的显著性水平”似乎与所提供的模型中的实际显著性水平不匹配。下面给出了一个玩具示例。
#toy example originally from https://stats.stackexchange.com/questions/7766/meta-analysis-in-
r-using-metafor-package
df <- structure(list(study = structure(c(1L, 5L, 3L, 4L, 2L),
浏览 17提问于2021-09-02得票数 0
2回答
我是编程新手，正在做一些基因表达分析。我有一个非常天真的问题。我有几个基因表达数据框，以基因名称为行，以细胞名称为列Example gene exp. data frame。我想对数据进行对数转换，但是把log2和log+1搞混了。如何对R中的数据帧执行log2+1 ( log (x + 1))转换？它和log2转换是一样的吗？我应该做t=log(v+1)吗？任何帮助都将不胜感激。
浏览 29提问于2021-10-12得票数 0
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我使用了带sPCA函数的adegenet包来了解我的基因数据中是否存在地理模式。 vcf<- read.table("AMZ.012") #samples per line
vcf_m<-as.matrix(vcf)
# Add coordinates of samples
xy <-read.table("CoordAMZ_m.csv", sep=",") #geo coordinates for each sample 矩阵"vcf“在每行中有0和1 (1表示有信息，0表示没有信息)是不同的样本，如下例所示： 0
浏览 23提问于2019-05-01得票数 0
我对GO分析非常陌生，我有点搞不懂如何做到这一点--我的基因列表。
我有一个基因列表(n=10)：
gene_list
SYMBOL ENTREZID GENENAME
1 AFAP1 60312 actin filament associated protein 1
2 ANAPC11 51529 anaphase promoting complex subunit 11
3 ANAPC5 51433 anaphase promoting complex subunit 5
4 A
浏览 2提问于2016-02-09得票数 3
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这是我第一次发帖，所以希望我能以一种清晰而简洁的方式理解我的问题。我不确定这里是不是合适的地方，但是StackOverflow上有人建议我在这里问。
我正在运行一个交叉验证实验，其中包括在数据集的子集上训练一个模型，然后根据数据集的其余部分验证它。这是通过将数据随机细分为“折叠”，然后运行每个折叠的模型来完成的。然后进行复制，以产生标准错误。这是我用R写的代码：
reps = 10
folds = 10
rep.Res<-list()
for(i in 1:reps){
#i=1
phen2<-phen
phen2$fold<-sample(1:folds,nr
浏览 0提问于2018-06-22得票数 4
我有一个数据表，其中dbSNP的in作为行，示例作为列，格式如下：
dbSNP Sample Sample Sample Sample Sample Sample
rs10000011 CC CC CC CC TC TC
rs1000002 TC TT CC TT TT TC
rs10000023 TG TG TT TG TG TG
rs1000003 AA AG AG AA AA AG
r
浏览 5提问于2015-06-16得票数 0
1回答
我一直在使用Metafor进行元分析。我已经能够从14篇文章中提取赔率比、置信区间和样本量。
这是我一直使用的代码：
data <- read.csv(file="OR.csv", check.names=F,sep=",") dat=data random = rma(OR,SE_X,data=dat) forest (random) funnel (random)
我的问题是: rma函数生成的置信区间与作者提供的置信区间有很大不同。这显然是一个问题，我希望使用文章提供的置信区间，而不是RMA生成的置信区间。
有没有人能帮我一下？
谢谢
S
浏览 0提问于2020-02-25得票数 0
假设我有一个名为"Tlr6“的基因(见下图)，我想知道在R中，我如何能够检索染色体上基因的起始值和结束值？例如，在图片中，起始值为64952031，结束值为64960097。
图片的网址是。这里的基因名是Tlr6，Ensembl ID是ENSMUSG00000051498。我是否可以使用这些信息将开始值和结束值读入R中？
浏览 3提问于2015-07-28得票数 2
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2回答
因此，我正在MySQL中建立一个数据库，其中包含大约20,000个表，其中每个基因的表都有一个列，列出文献中发现的该基因的可选名称(同义词)，而且通常情况下，这些同义词没有逻辑，它们的存在纯粹是出于历史原因。
首先，是否有更好的方法来使用更少的表来设置这个数据库？
问题是每个基因都有一个可变的可选名称，所以我不能用每一行对应一个基因和一组列来做一个大表。即使每个基因都有相同数量的可供选择的名称，任何特定的列基本上都是毫无意义的，因为，例如，第1列中的同义词与基因2的第1栏中的同义词之间没有任何关系。
在MySQL中拥有数千个表到底有什么不好呢？
我可能会把数据库分解成23个数据库(每个染色体一
浏览 2提问于2017-02-22得票数 2
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1回答
我有这样的数据，每个单元格可以有多个值，例如：
Gene Pvalue1 Pvalue2 Pvalue3 Beta
Ace 0.0381, ., 0.00357 0.01755, 0.001385 0.0037, NA , 0.039 -0.03,1,15
NOS NA 0.02 0.001, 0.00067 0.00009,25,30
我想对每列中的每个基因的数
浏览 1提问于2020-01-17得票数 0
我正在使用R的mclust包来聚类基因表达数据，这些数据是时间过程。我成功地对少于8000行的数据mod1<-mclust(data)运行了mclust函数。对于每一行，我可以使用mod1$z和mod1$classification查看集群的概率
但我需要决定，给定一个基因表达谱，假设有6个时间点(实际上是一行)，这不在聚类数据中。如何判断之前获取的集群属于哪个集群？
感谢您的回复...
浏览 3提问于2014-05-09得票数 0
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library(metafor)
rma(yi = c(0.1, 0.3, 0.14, 0.3), vi = c(0.12, 0.2, 0.3, 0.1))
我在4项研究中拟合了一个单比例随机效应元分析模型.由于影响大小都是比例，所以它们在0和1之间有界，置信区间也是如此。然而，实际输出显示
Random-Effects Model (k = 4; tau^2 estimator: REML)
tau^2 (estimated amount of total heterogeneity): 0 (SE = 0.1220)
tau (square root of estimated tau^2
浏览 3提问于2017-05-23得票数 1
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我有缺失值的基因组数据，我想通过使用可用的值来计算每对基因的表达水平之间的距离。然后我想找出K个最近的邻居来填补空缺？我如何在R中做到这一点呢？
gene sample 1 sample 2 sample 3 sample 4
1 5555 NA 2151 5484
2 5564 NA NA NA
3 4544 4656 14546 45455
4 NA 54654
浏览 1提问于2013-03-19得票数 0
我有一个包含基因表达水平信息的数据。
列名是基因名，行名是病人ID。
如何制作条形图，其中X轴是基因名称，Y轴是表达水平？
如果不将A基因和B基因合并到同一列并在单独的列中键入基因A和B，我就无法找到在ggplot2中标记A基因和B基因的方法。
在不改变数据结构的情况下，必须有一种简单的方法来做到这一点，但我找不到。
#Example Data
df <- data.frame(1:5,3:7)
colnames(df) <- c("Gene_A","Gene_B")
row.names(df) <- c("Pat_A",
浏览 3提问于2022-01-19得票数 0
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3回答
这是我第一次问问题，希望我能得到你的帮助！我需要使用R删除只有一两个基因值的行。
基本上，我需要去掉50，ABCC8和ACAT1，因为它们有一个n<3。
我想要的输出是
非常感谢!
浏览 6提问于2017-05-24得票数 0
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我有3个分析组，共200个基因表达，分析前(16个样本)，一个月(16个样本)和分析后两个月(9个样本)。如何在R中分析这些数据？
这是我的数据示意图。
data = matrix(Group = c("AFT-1" , "AFT-2","BEF","AFT-1" , "AFT-2","BEF"),
Sample_code = c(10,10,10,11, 11, 11),
Sex = c("F","F","M","F","M&
浏览 0提问于2018-03-26得票数 0
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