我在我的RNAseq中使用了Phytozome的高粱ID。我想通过cytoscape为特定的基因列表创建基因网络。不幸的是，我无法使用字符串或其他工具，因为我在Phytozome 12中使用的基因id无法识别。所以我的问题
浏览 47提问于2019-02-12得票数 0
我对使用Cytoscape分析基因之间的分子关系很感兴趣，我一直在阅读Cytoscape网站上的教程，但我不确定如何使用Cytoscape进行“一对多”比较。例如，每个基因通常被指定为“节点”，其“边”对应于与其他基因的交互作用。Cytoscape使用“属性”将节点或边名称映射到特定的数据值。在一个简单的“一对
浏览 1提问于2020-06-02得票数 1
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我想从数据表中生成一个基因图。我的表T有两列，一个是“ID”列，另一个是“Genes”列，其中包含列表。列表包含基因(字符串)。我希望我的基因作为节点(每个基因一个节点)，边应该连接到两个基因，这两个基因共享一个不同的ID。我尝试了很多，但我需要最快的解决方案，因为表有70万到270万行。 我
浏览 13提问于2019-01-30得票数 0
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我正在尝试创建一个单一的Cypher查询，该查询将返回一个节点列表，其中列表中的每个项都是来自匹配查询的随机节点。
例如，我有(基因)列表，这些基因“驻留”在一个(Locus)上。我想得到每个位点0，1，2，3的随机基因节点.并将其作为一个列表返回。我一直试图使用这个查询，但它只返回一个<em
浏览 0提问于2018-11-17得票数 1
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一些来源(链接如下)说，突变可以增加一个新节点或减少一个节点，或者增加两个现有节点之间的连接。但是，如果我们这样做，它不会改变整个种群中的基因数量。假设有两个生物，其中一个发生了变异，并在两个现有节点之间增加了一个连接，这个生物现在比另一个拥有更多的基因，对吧？
那么，我们如何才能在两者之间进行交叉呢？或者，添加节点之间的连接是否意味着两个节点之
浏览 5提问于2019-09-01得票数 1
我有一个基因列表(让我们称之为L)，我想看看它们在三个不同的物种(人类，斑马鱼和鳕鱼)中是如何不同地发挥作用的。首先，我根据3个物种的基因组搜索这个列表中的基因，得到3个物种的3个基因列表(我们称它们为l1，l2，l3)。然后我将3个基因列表分别放入字符串<
浏览 5提问于2018-03-16得票数 1
我正在尝试将一个基因名称列表转换为entrez基因ID。现在我有这样的想法：>ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
>mapping<- getBM(attributes=c('ensembl_gene_id','ensembl_transcript_<
浏览 1提问于2018-11-16得票数 1
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正在尝试使用谷歌基因组学，请按照此处的说明进行操作：..。但我在列表中找不到基因API。如何将基因组API“添加”到列表中？(我已经被批准参加谷歌基因
浏览 6提问于2014-04-16得票数 1
此函数用于读取CSV文件，假设列输入格式为物种、个体ID、等位基因(A或B)、基因序列、鸟嘴形状分数(即尖度)、鸟嘴类型，并为每个长度为7的个体创建一个列表变量，格式为物种、个体ID、alleleA基因第二行将用于携带ALX1等位基因B的个体。在CSV文件中，这两行始终是连续的，其中等位基因A行紧接在等位<em
浏览 47提问于2021-11-01得票数 0
我有一个基因名称列表genes_list和一个针对其他基因的基因列表(元组列表) genes2，我成功地连接到我的本地数据库，并创建了带有name属性的标记为GEN的20244个节点。我正在尝试为Neo4j图中的任何一对节点(使用变量tupla[0]and tupla[1])自动创建<
浏览 12提问于2021-06-01得票数 0
我正在尝试使用biomaRt将超过90k的探针ID列表转换为基因符号，但遇到了问题。使用getBM函数，我可以看到其中只有22k具有相应的基因符号，但输出是一个长度为22k的向量，并且我看不到与初始探针ID列表的对应关系。使用getBMlist，我可以得到为那些不匹配的探测器指定的NA值<em
浏览 1提问于2013-03-15得票数 1
TLDR:
如何使用来进化基因型，而不仅仅是基因，例如(Gene1, Gene2, ...)或{'gene1':..., 'gene2':...}。一个最小的例子是创建DEAP的示例的进化，使用(np.ndarray(10), np.ndarray(42))基因型，其中Genotype[0]只与Genotype[0]交配，...[1]与...[1]在Python的</e
浏览 0提问于2018-03-08得票数 1
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在基因表达式编程中使用Karva符号来表示数学表达式。通过读取关闭的基因并从左到右、从上到下填充节点，创建一个表达式树。例如，使用"+*+1+2*3456“中的运算符( +，*)和终端(1,2,3,4,5,6)将计算为39。
我如何在haskell中使用attoparsec (或parsec)完成此操作？
浏览 5提问于2012-08-08得票数 3
基本上，我有一个很大的数据集，在A列中，有一个唯一ID标签的列表(字母和数字的组合，每一列都引用一个基因，每一列都是一种细菌)。该表有24列，分别对应于24种不同的菌株。如果有一个来自不同菌株(即不是菌株A)的基因与某个菌株的A列中的基因足够相似，则该基因的ID代码应与该菌株中</em
浏览 0提问于2012-07-02得票数 0
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我通常使用biomaRt将基因ids转换为符号。然而，这一次我拥有的集合I(对于狗)与生物艺术数据集"clfamiliaris_gene_ensembl“的集合I不匹配。我还尝试使用ensembl门户，狗数据集在那里被称为ROS_Cfam_1.0。看来我的基因和他们数据集上的基因不匹配。我的基因是这样的：
"ENSCAFG00000045440“"ENSCAFG0000
浏览 6提问于2021-12-22得票数 1
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我刚开始编码R(和一般的编程)，最近我把它作为我工作的一项要求。我的实验室正在使用一个叫做"clusterProfiler“的R包来分析在我们的组织样本中发现的几种蛋白质。使用下面的代码，我成功地在一个名为“geneList”的样本数据集上运行了一个基因本体过度表示测试，并创建了一个选择基因参与的生物过程的热图。X轴<
浏览 3提问于2018-06-12得票数 1
{ }species[specieId].getGenes().Remove(geneTwoId);
species[specieId].getGene(geneOne
浏览 3提问于2016-04-17得票数 1
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列表未按正确的顺序追加
、、、、
在这段代码中，我试图将基因I的基因描述附加到前50个R值中。我得到了两个列表top50和geneanno。DsbB\n'] if c[1] in d[0]:print(d)
print(
浏览 11提问于2021-05-19得票数 0
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