该研究构建了世界上首个高粱泛基因组，揭示了高粱一级基因库资源广泛的遗传多样性，为高粱驯化研究和育种应用打下了坚实的基础。...高粱于距今6000年左右起源于非洲，其驯化模式有别于玉米水稻等主要禾本科作物，有多个驯化中心，驯化和散播过程中伴随着复杂的种间杂交和多种野生种质资源渗入事件，这使得高粱群体的遗传背景更加复杂，其在驯化过程中的瓶颈效应不明显...基于基因的泛基因组通过16个高粱基因组中的基因聚类方法创建。...研究人员使用短读长、长读长、Hi-C、转录组等多种组学技术，结合生物信息学方法，对13个包含拟高粱、野生高粱和栽培高粱的品种进行了De novo拼接，加上之前已发表的3个栽培高粱参考基因组，构建了具有广泛代表性的高粱泛基因组...高粱泛基因组的构建，为这种将重要农艺性状GWAS与大片段结构变异相结合的方法提供了基础，有望加速高粱功能基因组学和育种应用的研究。 图3 影响籽粒颜色基因相关的PAV变异。a.
高粱起源于非洲，随后传播到不同的大陆，经历了多次驯化和各种最终用途的密集育种选择。然而，这些过程如何塑造高粱基因组尚不完全清楚。...在本研究中，研究者对全球445种高粱种质进行了群体基因组学分析，涵盖了野生高粱和四个具有不同农艺性状的最终用途亚群。还证明了调节茎多汁性的Dry基因是在谷物高粱改良过程中无意识地选择的。...通过GWAS、等位基因漂移分析、单倍型block分析等发现了高粱亚群之间存在频繁遗传交换、高粱在训话和改良过程中的选择性特征及部分等位基因的无意识选择等现象。...在445个高粱全基因组重测序数据的分析过程中，研究者使用Sentieon DNAseq模块用于数据的加速分析和精准的变异检测。...在高粱中，许多证据提供了关于SbTB1在侧向分支中的作用的线索。先前的遗传和表达分析表明，SbTB1，称为植物结构基因和分蘖基因，可以调节芽的生长和高粱分蘖。
高粱起源于非洲，随后传播到不同的大陆，经历了多次驯化和各种最终用途的密集育种选择。然而，这些过程如何塑造高粱基因组尚不完全清楚。...在本研究中，研究者对全球445种高粱种质进行了群体基因组学分析，涵盖了野生高粱和四个具有不同农艺性状的最终用途亚群。还证明了调节茎多汁性的Dry基因是在谷物高粱改良过程中无意识地选择的。...通过GWAS、等位基因漂移分析、单倍型block分析等发现了高粱亚群之间存在频繁遗传交换、高粱在训话和改良过程中的选择性特征及部分等位基因的无意识选择等现象。...在445个高粱全基因组重测序数据的分析过程中，研究者使用Sentieon DNAseq模块用于数据的加速分析和精准的变异检测。...该研究使用多倍体（6种）和二倍体（1种）棉花（共46个样本）对有害突变从核酸和蛋白两个层面进行了研究，证明了有害突变在多倍体中的积累速度比其二倍体中更快。
A. thaliana 首先是拟南芥的参考基因组，上面有提到TAIR这个数据库，直接百度打开是一个非常朴素的界面 TAIR是研究拟南芥的首选数据库，其他数据库中拟南芥的基因组数据都是直接来自TAIR...TAIR 但这里我们不采用从这里下载，而是用文章中提到的Phytozome Phytozome是一个收录了植物基因组的数据库和在线工具，不管是注释信息还是基因组数据的获取都非常方便。...下载的时候可以选择命令行下载，直接复制到服务器中输入即可。 最后通过unzip解压即可。...C. hirsute 该物种在Table 4中提供了链接【http://chi.mpipz.mpg.de/】，同样是相当简洁的界面 然后在Assembly就能找到参考基因组了 同样的 wget...和NCBI的基因组下载，组学大讲堂已经讲的非常清楚了，点击阅读原文即可查看。
1.基因组下载网站介绍 Sol Genomics Net：茄科基因组网络，里面包括了很多物种的基因组测序结果：番茄，土豆，茄子等。...而且基因组更新最快，搜索了一下发现NCBI番茄基因组和Phytozome番茄基因组为ITAG2.4，而SGN已经是最新版本的ITAG3.2，当然以前的版本也都存在，特别方便。...此外，NCBI ProteinID是refseq accession(GENBANK文件格式有关于NCBI中ID的说明)，在最后转换到番茄protein ID时会有问题，小编最后终于放弃，没有找到转换的方法...刚开始选择很关键，最好我觉得还是选择最新的版本，SGN还是比较信赖。而且在后面分析基因家族的时候，会出现家族数量相差比较大，可能有10个左右的差距，新版本的基因会多。...SGN完整版基因组 2.序列相关文件下载 基础文件一般我们下载4个：CDS.fa、Protein.fa、GFF.gff3和Genome.fa # 小编在home目录下新建sra目录，所有数据都放在这个目录里面
研究发现，在C3植物水稻和C4植物高粱中，DOF motif在维管束鞘细胞中定位，并能调控光合作用的发展。在高粱中，大多数受光合作用调控的高表达基因都受到DOF motif的调控。...虽然大多数陆生植物使用C3途径，但RuBisCO并不能完全区分二氧化碳和O2。...并通过分别对水稻和高粱的22154和20169个细胞核进行测序，检测了光照后0h和12 h染色质可及性的细胞特异性变化。进行聚类分析后，为每个物种识别出了19个不同的亚群。...利用已发表的标记基因及同源基因的内容，为每个亚群进行了细胞注释，分别归属于叶肉细胞、保卫细胞、表皮细胞、木质部薄壁组织细胞和韧皮部细胞。GO富集分析中鉴定到的Terms与细胞的生物学功能是一致的。...以上结果表明调控光合作用的细胞类型中可以被轻微地诱导。在高粱中，光强烈诱导了光合作用基因在叶肉细胞和维管束鞘细胞中的响应，这些基因包括对光反应重要的基因合成以及卡尔文-本森-巴舍姆和C4循环基因。
基因，准备来循环做GO和KEGG的富集分析。...每个亚群的基因循环读进一个文件 首先是需要对每个基因的id进行转换，我主要是用的clusterProfiler进行转换，但是我做的这个物种的id信息我是主要在phytozome上下载的，然后用的OrgDb...先尝试进行单个亚群的富集分析 首先是需要对每个基因的id进行转换，我主要是用的clusterProfiler进行转换，但是我做的这个物种的id信息我是主要在phytozome上下载的，然后用的OrgDb...##TopMarkers为前面获得的每个亚群的top50的高表达的基因，ann为自己手动整理的注释及基因转换id的文件，将TopMarkers的geneid为标准，进行取交集，获得TopMarkers里面基因的注释结果和...[循环后的文件夹结果] 总结 主要是需要先把自己要做富集分析的cluster读到R中，然后进行循环语句的读写，R中的循环语句主要注意的是自己用的是什么数据，需要怎么读入文件中。
agriGO网站是一个面向植物的在线GO富集分析工具，目前支持对农业297个物种869种基因型/蛋白质标识符基因列表的GO富集分析。...点击"[ath]"使用提供的gene list例子或者输入自己筛选到的差异表达基因list，然后选择一个背景"Select reference"，并点击"Submit"，得到富集分析结果： ?..."可对BP、CC和MF类GO条目分别进行柱形图可视化展示 "Detail information"是指具体的富集分析结果 在"Detail information"中可点击"Download"下载具体富集分析结果...点击"Submit"提交两个job ID进行分析，一次性得到两个不同gene list的富集分析结果： ? ?...在引物设计方面，主要包含引物设计和引物比对检测引物特异性两个部分。 打开Beacon Designer 8.14软件，创建新的project，如下所示： ?
，使用富集通路中的基因作为提取的“起始”节点。...ppiExtractSubnetwork()函数中的genesToExtract参数，提供您自己的基因集（一个包含Ensembl ID的字符向量）来提取为子网络。...将此参数保留为“默认”将使用 sigora 中的 reaHGPS 库，包含人类 Reactome 通路。或者，也可以提供自己的 GPS 库；有关如何制作的详细信息，请参阅 ??...在使用这种方法时，我们建议提供一个基因全集，作为富集测试的背景；这里我们将使用 DESeq2 测试显著性的所有基因（即计数矩阵中的所有基因），在运行测试之前将它们转换为 Entrez 基因 ID。...在这些网络中，每个通路是一个节点，它们之间的连接或边是通过距离度量来确定的。可以设置一个阈值，当两个通路之间的相似性达到最小值时，它们被认为是相连的，并且会在它们的节点之间绘制一条边。
一、基因家族定义 基因家族：gene family，是指来源于同一个祖先，经过基因重复和突变而产生的一组具有序列结构与功能相似性的基因，它们编码相似的蛋白质产物。...对于一个基因家族中的基因，能够编码蛋白都有同一个结构域。...旁系/平行同源基因：某个特定基因组中由于基因复制产生的同源基因，直系基因在进化中一般会保持相同的功能，但是旁系基因会发生进化，可能已经有了新的功能，或者成为了假基因。...二、使用案例：水稻 Dynamin_N 基因家族 1、序列下载：下载水稻全部氨基酸序列以及 GFF 文件 https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html...ID，保存到 ids.txt 文件中 #根据比对上的 ID 提取序列 samtools faidx Oryza_sativa.IRGSP-1.0.pep.all.fa cat ids.txt |xargs
同样，GRG将分相的单倍型显式地编码为突变列表：图中仅表示与参考序列的偏差部分。 GRG是一个有向无环图（DAG），具有以下特性： 叶节点为样本节点：没有后继节点的节点称为样本节点。...同时，GRG对称地包含向上的边，即child–parent边，形成反向的有向无环图。最坏情况下，GRG等同于将数据集表示为突变列表：每个突变节点直接连接到包含该突变的所有样本。...GRG构建的可扩展算法概述 构建GRG的目标是创建一个表示样本间关系的图结构，确保每个突变被正确包含在一个节点中，同时最小化图中的边数。...最终的GRG会被简化并根据其向下的边序列化存储到磁盘，但为了支持各种计算，向下和向上的边可以保留在随机存取内存（RAM）中。...如果我们仅追溯该单倍型中的遗传物质到其遗传祖先，上方会出现一棵树。这棵树代表了在进化过程中遗传物质如何传递给该单倍型。
Fig3b image.png jcvi这个工具可以做这个基因组局部的共线性，jcvi的链接 https://github.com/tanghaibao/jcvi 如果有数据用ggplot2来做可能可定制性会高一些...准备数据 每个区间的bed文件 水稻 Chr4 28500000 28600000 玉米 2 17650000 18050000 然后用bed文件和对应的gff文件取交集提取区间内的基因 bedtools...，另外再写推文介绍吧 还有一个问题是 水稻这一段序列看起来和下面这个是反向的，那么如果水稻序列取反向互补，那么原来的基因位置坐标应该如何转换，这个暂时想不明白 推文记录的是自己的学习笔记，内容可能会存在错误...，请大家批判着看，欢迎大家指出其中的错误 示例数据和代码可以给推文点赞，然后点击在看，最后留言获取 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python...做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
染色体融合是一个常见的现象，发生在许多生物谱系中，其中一个典型的案例是高粱属植物，其中染色体数为 10 （n = 10）的植物是与染色体数为 5（n = 5）的植物的祖先。...玉米和高粱尽管拥有相同的染色体数（n = 10），但它们分别经历了不同的基因组复制事件，可能是由多次染色体融合事件导致的。...这也解释了为什么玉米10号染色体和5号染色体的单臂与整个高粱6号染色体和4号染色体相对应。 全基因组测序的应用使我们能够使用统一的理论框架来分析不同物种的进化关系，尤其是染色体的对应关系。...以拟南芥为例，它经历了三次古多倍化事件（2次二倍化和1次三倍化），导致祖先染色体组产生了12个拷贝分散于大约160 Mb碱基的基因组中。...自上而下的比对方法为从多个基因组和亚基因组中获得的共线性和同线性比对提供了很大的改进，这些比对可能成为重建被子植物基因组祖先状态的基础。通过自上而下的比对，可以估算出同线性区块内共有基因的顺序。
这个搜索过程大概每个基因需要3s，为了符合pubmed使用限制，我们建议从一个短列表开始（10或更少的基因）。...注意，查询编辑面板和基因列表相似，panel中的每一行代表将会被发往pubmed的one query。...具体是（i）用鼠标选择网络中的一个或多个节点和边，（ii）在select菜单，选择evidence from literature-show sentences from the literature。...设置可视化的node 特征 18.左边面板控制节点和边的可视化特征。 Network右边有个style，点开，node和edge和network属性选项卡，位于control panel的底部。...为了移除这种不确定性，改变默认节点颜色为灰色，步骤是 （i）还是在刚才的control panel，定位default panel，显示默认节点和边渲染 （ii）点击这个面板里的node，会显示一个默认
基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析2 ---- Introduciton:什么是|为什么做（意义）| 辅助基因注释或矫正基因注释 为后续物种gene功能研究做铺垫 确定家族中可用的目标...内容见下面 结果：完成基因家族分析文章中的内容，甚至超过他们。...加深理解分子生物学和生物信息学 掌握部分TBtools工具的使用，加速生信下游数据分析 绘制漂亮的图片 Introduction 基因是染色体上一段可以发生转录的区域（内含子外显子启动子）...） 基因组序列信息：fasta格式文件 基因组基因结构注释信息：制表符分隔，存储基因的外显子内含子，CDS等坐标信息的.gff3或.gtf文件（区分基因结构注释与基因功能注释） 获取途径 基因组文章中对应的链接...常见的数据库Ensemble植物,动物,Phytozome NCBI 其他途径 ---- 1.1蛋白序列结合的整理与提取（TBtools） 1.1.1使用Gtf/Gff3 sequence extractor
今天来介绍一下这个R包的使用方法和使用输出文件进行Cytoscape绘制网络图。...下面这个图就是ActivePathways工作中对乳腺癌样本分析的绘图，下面就教大家怎样进行数据分析以及绘制这种节点为饼图的网络图~ R包介绍 ActivePathways的输入文件只需要两类，一个是...P值 term.size:注释到该条目的基因数 overlap:条目和查询基因之间重叠的基因 evidence:scores列是用来通路富集的。...上传Enrichment Map构图文件 使用 terms文件 (pathways.txt)和缩减版的gmt文件 (pathways.gmt)在Cytoscape中创建一个富集图示。...该包提供的cytoscape作图文件简直太好用了，对于网络图一些其他细节的修改，比如标签、边的粗细颜色形状、节点透明度之类的，小编这里就不赘述了，大家快去试试玩玩吧
如何获取自己关注的通路的ID呢? 如下动图，可以得到Cell cyle的ID04110。 ? 该例子中的图只有一个单层，在原始图层修改节点颜色，保留原始KEGG节点标签 (节点名)。...该图的主图和图例都在一个图层或者说一个页面中，我们只列出KEGG边的类型，忽略图例中的节点类型，以节省空间。...分裂的节点或扩展的基因可能从未分裂的组或未扩展的节点继承边。这样我们就可以得到一个基因/蛋白-基因/蛋白相互作用网络。...对于不在自动映射列表中的外部ID，我们可以使用mol.sum函数 (也是Mapper模块的一部分)显式地进行ID和数据映射。这里我们需要提供id.map (外部ID和KEGG标准ID之间的映射矩阵)。...Pathview带有一个数据矩阵korg，其中包括支持的KEGG物种数据和默认基因ID的完整列表。让我们探索korg数据矩阵，以便对KEGG物种及其Gene ID的使用有所了解。
但目前软件和数据库均更新很多次，旧版在主流系统安装也会出一些问题，重复序列发现种类也已经翻倍，故重发新版软件安装和使用方法。...本文是以Root权限安装提供服务所有用户使用，没有权限的小伙伴只需将软件下载安装在自己的文件夹内，配置repeatmasker时设置所有相关软件的位置即可，不会设置环境变量的一律使用程序完整路径名运行RepeatMasker...以拟南芥, 短柄草基因组为例 # 显示程序基本用法、参数和说明 RepeatMasker # 显示程序详细帮助手册 RepeatMasker -help # 拟南芥分析实例 # 进入我存放拟南芥基因组的目录...，常见物种看帮助，没有的写小写拉丁属名或引号全名; html和gff是输出html和gff格式结果，方便查看和下游分析; dir输出结果目录；基因组fa文件必须放在所有参数最后；用时8min time...N的基因组 *.out：RepeatMasker默认输入结果格式，信息基本与gff相关 *.cat.gz: 序列与重复序列比对的文件 软件安装使用常见问题 1.
如果要使用EM，需要以下文件 File.gmt：基因集 to gene ID File.txt或.gct：表达谱矩阵（可选择） File.txt或.xls（*）：富集列表（s） （*）GSEA以.xsl...这个策略，可以点击view-show graphics details 2.可视化地图和节点-边属性浏览会打开很多可视化选择，比如把标签大小和富集得分或p-values进行连接。...enrichment map 3.过滤边只能选择一种系数type(coefficient type) 参数选择的tips P-value和FDR阈值 GSEA可以使用两种不同的显著性评估：基因集permutation...3.png 有2中不同的展示窗口，每一个都是单独的数据面板。EM overlap和EM gene set。这两种表达方式的差异仅仅是基因列表的差异。...node和相应的边。
方法1：从gmt格式导入 gmt为tab键分割，一行为一个基因集，可以使用mule包中的 read_gmt 函数进行读取，这个包 中 https://github.com/ELTEbioinformatics...即前面取得的各种gmt格式的基因集合 感兴趣基因列表：一个要研究的元素向量，包含感兴趣的基因或蛋白质，例如实验中显著过表达的基因。...每个节点代表一个富集的本体论类别，根据其eFDR值进行着色。如果两个节点至少共享一个属于目标集合的共同基因，则它们之间会绘制一条边，表示共同调控。边的厚度反映了共享基因的数量。...clusterProfiler包，然后使用DOSE里面的排序好的基因列表的前100个，然后去做kegg数据库的超几何分布检验。...给大家一个作业，就是上面的基因列表的前100个，使用我们今天介绍的新秀mulea包试试看做同样的分析，然后对比两次分析的结果！
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