如何从其他格式导出sbml文件，如graphml？
从其他格式导出SBML文件，如GraphML，可以通过以下步骤进行：
- 确定所需的转换工具：在云计算领域，有许多开源工具和库可用于格式转换。在这种情况下，您可以使用一些开源的图形处理库，如NetworkX（Python）或Cytoscape（Java），它们支持GraphML格式，并且可以与SBML库一起使用。
- 安装和配置所选工具：根据您选择的工具，按照其官方文档的指示进行安装和配置。确保您的开发环境中已经安装了所需的依赖项和库。
- 加载原始数据：将原始数据加载到您选择的图形处理库中。如果您的数据已经在GraphML格式中，您可以直接加载它。否则，您需要将数据从其他格式（如CSV、JSON等）转换为GraphML格式。
- 转换为SBML格式：使用SBML库将GraphML数据转换为SBML格式。您可以使用开源的SBML库，如libSBML（C++、Java、Python）、JSBML（Java）或PySBML（Python）等。根据您选择的库，按照其文档中的指示将GraphML数据转换为SBML格式。
- 导出SBML文件：将转换后的SBML数据导出为SBML文件。根据您选择的SBML库，您可以使用相应的导出函数或方法将数据保存为SBML文件。确保指定正确的文件路径和文件名。
总结： 从其他格式导出SBML文件，如GraphML，需要选择适当的图形处理库和SBML库，并按照它们的文档进行安装、配置和使用。加载原始数据后，将其转换为SBML格式，并使用SBML库导出为SBML文件。
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1回答
因此，正如前面提到的，我正在尝试找到一种方法来将一个graphml文件(或其他格式，如xgmml、csv、edgelist)从networkx或igraph (python或R)转换成这种格式。
我相信应该有一个简单的方法，但是...我找不到。有什么想法吗？
编辑:有一些可以用来最终登陆SBML planet，但我仍然不知道如何导出到其中的任何一个。
编辑II: Cytoscape我发布了一个与和so...might相关的问题，希望对其他对这个主题感兴趣的人有所帮助。
浏览 29提问于2020-02-04得票数 2
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1回答
我正在尝试使用SBML包来模拟一些模型。模型似乎运行得很好，但我一直收到这些警告。“模型不包含SBML fbc包信息。cobrapy不支持SBML包'layout‘，未分析信息SBML包'render’，不分析信息”
浏览 57提问于2019-05-12得票数 2
2回答
SBML字形/图形/布局
、、、
您知道如何从SBML模型中生成一个可以在SVG中转换或导出的绘图或图形吗？或者直接从用XML编写的SBML模型生成SVG？
我读过文件，但这对我没有任何帮助。
浏览 21提问于2022-01-11得票数 1
我对networkx和Neo4j很陌生。我使用‘imported’将图形数据库导入Neo4j，因为它是一个巨大的图形，无法加载。现在，我想用networkx做一些图表分析。因此，正如我所理解的，我应该执行以下步骤：
从Neo4j导出图形为GraphML格式。使用Python.中的networkx读取GraphML文件。
在读取GraphML文件时，我面临以下错误:坏的GraphML数据:没有键标签。我在记事本中打开了GraphML文件，我猜Neo4j创建了一个错误的GraphML文件。我只有一个节点，但它正在考虑节点的两个键标签。
下面是GraphML文件的一个片段。有人能帮我解决这个问题吗？
浏览 9提问于2020-07-14得票数 1
我正在尝试用prefuse生成一些图表，似乎将数据加载到prefuse中最简单的方法是使用GraphML文件。
有没有一种简单的方法可以从我的数据中写入这些文件？
或者，有没有一种更简单的方法将我的数据加载到prefuse中？
谢谢
浏览 0提问于2010-02-06得票数 3
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我想用地理信息可视化我的Neo4j数据集。在安装并使其正常工作之后，我调用了call apoc.export.graphml.all("/tmp/test2.graphml",{})并获得了正确的文件。现在，我导入/打开了Gephe0.9.1中的这个..graphml文件，但是在导入窗口中，我看不到任何属性。另外，在图本身中，节点/关系上没有属性。谁知道，我做错了什么，或者我忘记设置正确的配置参数？
提前感谢
乌普特
这是我的程序电话：
call apoc.export.graphml.all("/tmp/test2.graphml",{}) yield n
浏览 4提问于2017-04-28得票数 1
3回答
当我厌倦了把图表写到文件时，输出文件不会保留顶点名。以下是代码：
edgelist = read.csv("test.csv",header=FALSE,sep=",")
g = graph.edgelist(as.matrix(edgelist),directed=FALSE)
V(graph)$name <- V(graph)
graph <- delete.vertices(graph, which(degree(graph) < 1))
write.graph(g, "temp.txt", "edgelist&
浏览 1提问于2014-02-12得票数 2
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3回答
我想把一棵树从newick转换成一种像graphml这样的格式，这样我就可以用胞景打开它了。
因此，我有一个文件"small.newick“，其中包含：
((raccoon:1,bear:6):0.8,((sea_lion:11.9, seal:12):7,((monkey:100,cat:47):20, weasel:18):2):3,dog:25);
到目前为止，我这样做了(Python3.6.5\Anaconda)：
from Bio import Phylo
import networkx
Tree = Phylo.read("small.newick", &#
浏览 0提问于2018-11-13得票数 2
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1回答
我想将neo4j节点信息导入到Gephi中。我只是从网络上得到了建议，我遵循了指南并尝试将数据导入Gephi。
但是，当尝试打开graphml文件时，没有响应。graphml到Gephi的出口有限制吗？谢谢你的帮助。
浏览 19提问于2017-02-20得票数 3
1回答
我已经将数据从neo4j数据库导出到graphml文件并将其加载到yEd live中。数据已加载，但我无法获取节点上的名称。 下面是用于导出数据的代码。 call apoc.export.graphml.query("MATCH (n) OPTIONAL MATCH (n)-[r]-(m) RETURN
n,r,m LIMIT 20 ","data5.graphml",{}) 下面是节点的graphml文件中的条目。 <node id="n0" labels=":Entity"><data key="
浏览 21提问于2019-02-07得票数 1
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当运行来自的工具时，它不会加载我在上验证过的graphml文件。
Neo4j在装有OpenJDK IcedTea 2.3.9的KDE下的Ubuntu上运行
下面是命令和消息：
neo4j-sh (0)$ import-graphml -i /home/larsj/Prosjekt/neograf/bigram_graph.xml -t bigram
GraphML-Import file /home/larsj/Prosjekt/neograf/bigram_graph.xml
rel-type bigram batch-size 40000 use disk-cache false
0.
浏览 6提问于2013-09-28得票数 1
由于Grephi0.9.1没有Neo4j插件，我尝试将我的Neo4j图形导出为.graphml文件。我在Grephi中创建了一个空的.graphml文件，并使用了以下过程：
call apoc.export.graphml.all('file:C:/test.graphml',{})
然而，我收到了：
Failed to invoke procedure `apoc.export.graphml.all`: Caused by: java.io.FileNotFoundException: file:C:\test.graphml (Syntax of filename, di
浏览 5提问于2017-08-05得票数 1
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如何使用Python通过位于以下位置的基于web的文件转换器自动转换存储在本地的SBML (XML)文件：
以下是手动执行此操作的步骤：
从模型格式下拉菜单中选择" SBML“从输出格式下拉菜单中选择"Octave”选择要上载的SBML文件或选择“复制/粘贴”按钮并将SBML文本内容粘贴到文本框中。单击“转换！”按钮在下一页上保存转换的输出文件
浏览 1提问于2011-12-03得票数 0
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帮助!我希望创建一个Java应用程序，生成，一个图形，其中任何一种格式：
.graphml
.ygf
.gml
.tgf
我需要能够在图形编辑器中打开文件。
到目前为止，我已经找到了以下解决办法：
Pro:导出图形，能够在yEd中打开，基于Java，完美。
为什么我不能使用它:使用它比$2000花费更多:(这正是我所需要的
支持:免费，输出到图形，Java为基础！
为什么我不能使用它:当我试图在yEd中打开生成的graphml文件时，图是坏的：它是线性的-一行，就像这个屏幕截图：
- If I
浏览 11提问于2014-04-28得票数 7
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2回答
我有一个相当大的项目(约30个模块)，并希望可视化模块之间的依赖性，不包括第三方。
看起来现有的工具根本不能处理maven反应器。maven依赖插件( dependency :tree goal)知道如何生成graphml，但仅限于每个模块。如果我使用append标志，它只是简单地将所有内容都推送到一个文件中，因此输出的是一个损坏的graphml。
我也找到了，但似乎没有办法控制模块的粒度。
我最后的办法是解析dependency:tree的输出，但我认为在此之前我应该咨询一下社区。
浏览 51提问于2015-03-24得票数 2
我有一个巨大的数据集，必须通过gremlin (gremlin服务器)插入到图形数据库中。由于xml文件太大(超过8 1gb )，我决定将其拆分为多个可管理的9个xml文件(每个文件大约1 1gb)。我的问题是，有没有一种方法可以通过gremlin服务器将这些数据文件中的每一个插入到我的tinkerpop图形数据库中？比如尝试像这样的东西？或者，插入这些数据的最佳方式是什么？ graph.io(IoCore.graphml()).readGraph("data01.xml")
graph.io(IoCore.graphml()).readGraph("data
浏览 22提问于2020-06-12得票数 1
1回答
我想使用igraph来可视化我用igraph创建的网络图。
到目前为止，我已经用以下命令用C保存了图形：
FILE *ofile;
ofile=fopen("AdjacencyMatrix.csv", "w");
igraph_write_graph_pajek(&g, ofile);
fclose(ofile);
然后用这个从R读取文件：
g<- read.graph("AdjacencyMatrix.csv", format = c("pajek"))
效果很好。
现在，我想向边添加属性，以便区分两组边。为了做
浏览 3提问于2015-10-16得票数 0
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1回答
我正在编写一个r包，它为libSBML C 提供了一个包装器。
我使用rcppgsl 作为引用，它查找GNU科学图书馆GSL的头文件和库文件的位置，并使用这些信息编写configure脚本以及Makevars和Makevars.in。我目前并不是在为Windows构建。在我的机器(macOS)上，libsbml (SBML库)安装在通常的位置，即
头文件位于- /usr/local/include/sbml。
以及- /usr/local/lib的库文件。实际上，如果在包Makevars文件中使用以下内容，则可以构建。
CXX=clang++
PKG_CPPFLAGS= -I/usr/loca
浏览 2提问于2018-05-26得票数 9
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我对networkx的使用非常肤浅。将图形写入文件很容易，但如何在不影响文件系统的情况下将其保存为字符串呢？
说这是可能的。
浏览 0提问于2012-06-15得票数 1
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4回答
我正在解析一个由外部生成的xml文件。然后，我想使用我自己的命名空间向该文件添加自定义注释。我的输入如下所示：
<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version4" xmlns:celldesigner="http://www.sbml.org/2001/ns/celldesigner" level="2" version="4">
<model metaid="untitled" id="untitled">
浏览 37提问于2012-07-05得票数 17
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1回答
我有许多以以下内容开头的graphml文件：
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/graphml"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xsi:schemaLocation="http://graphml.graphdrawing.org/xml
浏览 10提问于2018-02-27得票数 1
我想将我的嵌入式Neo4j图形数据库存储到GraphML中，以便使用yEd之类的工具绘制它。
我正在用python27管理图形数据库。
有没有人知道这样做的方法？
浏览 2提问于2011-11-22得票数 3
在Mac或Linux上可视化GraphML中定义的图形的最佳选项是什么？根据的说法，R+ iGraph似乎是一个有效的解决方案，但我想知道是否有更简单的解决方案，理想情况下是一个简单的"graphml2png“命令行应用程序。有什么想法吗？
浏览 4提问于2014-02-11得票数 9
1回答
我已经将graphml从Gephi导入到NetworkX。
G = nx.read_graphml(r"pah\EXPORTCM0606.graphml")
在Gephi中，我计算了模块化类，获得了6个主要的社区，现在我想在NetworkX中获得这些社区，以便获得他们推文中最频繁的单词。所以我的问题是双重的:我如何使用NetworkX从G中获得这些已经在Gephi中计算的模块化类社区？
那么我如何将我从MongoDB生成的图形与tweet和从Gephi导入的图形进行匹配呢？从MongoDB生成带有tweet的图形的代码：
from pymongo import MongoCli
浏览 48提问于2021-06-20得票数 0
1回答
我使用的是Jung 2.0。我有一个带权重边的graphml文件。我正在使用graphml阅读器读取文件并创建图形。当我使用FRLayout可视化该图时，我观察到该图没有反映与边相关联的权重。我必须专门为边指定权重吗？如果是这样，我该怎么做呢？
浏览 1提问于2011-04-06得票数 0
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我试图将下面的URL ()读入R (3.2.2)。从网站上看，它看起来要么是gml格式，要么是graphml格式。我想把它转换成一个可用的shapefile，但是我已经陷入了导入阶段。
library(RCurl)
library(igraph)
test_url <- 'http://sdi.fish.govt.nz/sdi/mapserver.wfs?SERVICE=WFS&REQUEST=GetFeature&TYPENAME=Annual%20distribution%20of%20Albacore%20tuna&VERSION=1.1.0
浏览 5提问于2016-03-18得票数 1
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JGraphT有一个GraphMLExporter，可以将图形导出到GraphML文件。似乎没有GraphMLImporter。
有没有一种简单的方法可以从.grphml文件在JGraphT中生成图形？
浏览 5提问于2014-12-24得票数 1
1回答
如何插入FB数据(例如：共同的朋友)在yEd中创建图表？我将数据保存为mydata.graphml，以便将其插入到yEd中。格式是否有标准，删除空行/不必要的行？
浏览 2提问于2015-04-20得票数 1
2回答
我的数据库受到了Neo4j 2.1.1中的错误的影响，该漏洞往往会在许多节点被删除的区域破坏数据库。结果显示，大多数受影响的关系都被标记为在我的数据库中删除。我已经使用dump使用neo4j-shell和一个查询编辑了其余的数据。这提供了一个1.5G Cypher文件，我需要将该文件导入到薄荷数据库中，以便将数据返回到健康的数据结构中。
我注意到转储文件包含(1)模式、(2)节点和(3)关系的定义。我已经从文件中删除了模式定义，因为它们可以稍后应用。现在的问题是，由于转储文件在节点创建(以以下格式：_nodeid)和关系创建过程中为节点使用了一系列标识符，因此似乎所有CREATE语句(在我的示
浏览 9提问于2014-08-03得票数 4
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1回答
我需要在我的学校做一个WPF的3d项目，我想做一个非常复杂的动画。所以我检查了ab3d软件，在那里你可以将动画导出到3ds文件并转换它们。但是我一次又一次地尝试用动画从搅拌器导出3ds文件，我给它设置了关键帧，但它不起作用。但是它们的示例文件正在工作，并且当我将它们导入blender时，没有动画退出。有人能帮我理解一下如何将3d动画导出到3ds文件吗？这里有一些有动画和没有动画的照片。指向文件的链接： (我想提一下，当我将文件重新导入blender时，没有动画)，没有：
通过以下方式：
浏览 13提问于2020-03-01得票数 1
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1回答
如何为typo3 extbase后端模块实现导出xls按钮？我的要求是从数据库中获取数据，并将数据导出为excel文件。是否有关于导出功能的文档？
浏览 0提问于2017-12-05得票数 0
2回答
我的Neo4J (嵌入式)数据库设置如下：
我将几个用户节点附加到引用节点。
每个用户节点可以附加一个或多个项目节点。
每个项目节点都有一个附加的复杂图。
复杂图可以用单一的遍历模式遍历(其中有一个隐藏的树结构)。
我想做的是：
删除项目节点下面的所有节点。
删除用户以下的所有项目节点，当项目节点下面没有任何内容时
将特定用户节点以下的所有节点导出到.graphML (可能使用Gremlin？)
将.graphML文件导入到特定用户节点下面的数据库，而不删除位于不同用户节点下的信息。
我已经与Gremlin GraphML阅读器一起导入和导出了整个N
浏览 2提问于2013-02-22得票数 2
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2回答
我对sbml是个新手，我真的很困惑。
我想和龙格·库塔一起解一首颂歌。ODE存储在SBML文件中。文件的一部分如下所示
<listOfReactions>
<reaction id="growth_P" reversible="false" fast="false">
<listOfReactants>
<speciesReference species="P" constant="false"/>
</listOfReactan
浏览 14提问于2017-01-30得票数 1
我有一个graphML文件。我想在浏览器上显示我的graphML文件中的图形。我和cytoscape.js一起工作。据我所知，我们可以使用胞角扩展graphML从文件导入图形。但我不知道该怎么做。这是我想要达到的目标的例子。
var cy;
fetch('http://localhost/Development/example.graphml')
.then(response => response.text())
.then((data) => {
cy = cytoscape({
container: document.getElementByI
浏览 3提问于2019-10-16得票数 0
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1回答
我最近发现了一个.graphml文件，但不知道如何从命令行打开它。我需要安装一些东西才能在ubuntu中从命令行查看这些文件吗？我试过谷歌，但找不到任何与这个话题相关的结果。
浏览 1提问于2015-06-19得票数 19
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下面是创建“问题”的MWE
>>> A = nx.complete_bipartite_graph(2, 3)
>>> same_neighbors = lambda u, v: (u not in A[v] and v not in A[u] and A[u] == A[v])
>>> B = nx.quotient_graph(A, same_neighbors)
>>> B.nodes()
NodeView((frozenset({0, 1}), frozenset({2, 3, 4})))
>>>
浏览 3提问于2020-02-13得票数 2
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今天我从13.04升级到Ubuntu 13.10。看起来不错。我没有在13.04版本上测试Gimp图像编辑器，但我只是用Gimp的一幅画测试了13.10版本，当我试图将文件上传到facebook时，它告诉我这是一个无效的图像。
我有一台带ubuntu12.04的旧笔记本电脑，里面安装了同样的Gimp。在12.04版本中，我有足够的扩展来归档我在gimp上所做的图片，并可以将它们上传到facebook。我注意到13.10版本只有几个从gimp保存文件的扩展名。
在这个13.10版本中，我应该使用哪个扩展名来保存facebook将接受的文件？
浏览 0提问于2013-10-18得票数 0
我正在编写一个执行XML操作的命令行可执行文件。我希望能够在命令行中直接将XML字符串作为参数传递，但在处理XML属性中使用的双引号(")时遇到困难，我尝试使用转义字符(^")，但似乎不起作用。如何格式化参数才能正确传入？
下面是一个到目前为止还不起作用的例子：
"<?xml version=^"1.0^" encoding=^"UTF-8^"?><sbml xmlns=^"http://www.sbml.org/sbml/level2/version4^" level=^"2^" ver
浏览 3提问于2012-04-24得票数 0
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1回答
我正在设置一个图形机器学习应用程序使用Ocatvian图形ML工具集。在这种情况下，我试图设置最短路径库。在Tesnforflow后端出现错误时，它失败了。
AttributeError: module 'tensorflow_core._api.v2.nn' has no attribute 'rnn_cell'`
请在下面找到详细的错误日志：
文件"/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/runpy.py"，第193行，在_run_module_as_m
浏览 5提问于2019-11-26得票数 0
1回答
在看了很多帖子后，我真的很困惑。我想要将一个动态库链接到我的cpp代码。
库在/usr/local/include/sbml中，libsbml.so文件可以在/usr/local/lib中找到
我有一个makefile，看起来像这样
SHELL = /bin/sh
VERSION = 5.04.02
CC = /usr/bin/g++
CFLAGS = -Wall -g -D_REENTRANT -DVERSION=\"$(VERSION)\"
LDFLAGS = -lsbml
OBJ = main.o SBML.o
prog: $(OBJ)
$(CC)
浏览 0提问于2017-02-24得票数 0
我目前正在尝试从通过我的服务器发送的响应中获取downloadURL，每当使用$file->getdownloadUrl()时，它都会返回['downloadURL'] =>
我的问题是，有没有可能下载application/vnd.google-apps.document MIME类型的谷歌文档？
我的假设是，这些文件将包含到文档的在线版本的链接，但最好能够以正确的格式编辑文档，以便在重新上传到驱动器时保留所做的任何格式化。
致以敬意，
浏览 0提问于2013-07-04得票数 1
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1回答
为什么下面的这个graphml文件不能在PREFUSE中正确地渲染节点颜色？
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns">
<graph edgedefault="undirected">
<key id ="color" for="node" attr.name="color" attr.type=
浏览 1提问于2012-03-28得票数 0
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2回答
我尝试使用python和igraph库来创建一个graphml文件。我可以构造igraph的图形对象，并使用以下命令将其写入文件：
g.write_graphml("mygraph.graphml")
一切似乎都很成功，但当我尝试使用以下命令将文件读回python时：
g = Graph.Read_GraphML('mygraph.graphml')
我得到了这个错误：
igraph.core.InternalError: Error at .\src\foreign-graphml.c:1024:
Input is not proper UTF-8, ind
浏览 0提问于2012-01-22得票数 1
我有很多graphml文件，我正在尝试使用每个文件创建单独的neo4j数据库。
现在我正在使用Gephi将graphml导出到neo4j数据库，但这将花费我很多时间来处理这么多文件。
我找到了这个import-graphml [-i in.xml] [-r REL_TYPE] [-b 20000] [-c] [-t]
有没有可能用Python导入它，然后导出完整的neo4j数据库？
浏览 2提问于2015-10-06得票数 1
我正在尝试运行Eclipse (Mars)中的一些java代码，下载自以下文章中的一个链接：
到此代码的直接链接是：
要在Eclipse中运行这段代码，我首先在子文件夹"src/sbml2spa“中运行.java文件，运行良好。要运行程序的下一部分，我需要从“src”运行.java文件。我尝试将"sbml2spa“中的文件直接放到"src”中，但这会导致"sbml2spa“子文件夹中的初始.java文件失败。
有人知道解决这个问题的办法吗？
谢谢您抽时间见我!
浏览 2提问于2016-05-12得票数 0
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2回答
嗨，我们动画一个简单的平面与变形修饰符，以给予折叠布类似的效果。我们如何从玛雅导出它，以便我们能够进口到我们的游戏引擎。
我们能把它们导出成一个动画文件吗?每个帧的顶点信息不同吗？
浏览 0提问于2012-05-09得票数 1
我有一个图的例子，它有一个名为random的图属性，它的值为23。是否有一种方法可以在不违反核心格式的情况下将值列表表示为此格式中的图形属性？
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xsi:schemaLocation="http://
浏览 2提问于2014-01-12得票数 2
回答已采纳
我在编程方面很新。我正试着从一个文件中得到多边形的图形。此代码与另一个文件一起运行。但在这个文件中，一些图形名称不起作用。“熊猫”对象没有属性“gen”的错误发生了。
import geopandas as gpd
import osmnx as ox
path_to_folder = r'/Users/xxx/Desktop/Example/cities.shp'
cities = gpd.read_file('/Users/xxx/Desktop/Example/cities.shp')
for item i
浏览 3提问于2022-04-01得票数 0
我在networkx中有一个MultiDiGraph，我正在考虑将它导出到neo4j。我已经有了一个名为ntype的节点的属性和一个名为dtype的边的属性，它符合节点的标签概念和neo4j图的边。
来自networkx的哪些元素可能成为neo4j的标签？如何管理呢？
我在python添加了一个图形示例，以及导出到neo4j时希望得到的图。
这里是python的代码
import networkx as nx
G=nx.MultiDiGraph()
G.add_nodes_from([
(1,{'ntype':'NUMBER', 'color
浏览 1提问于2021-01-30得票数 2
回答已采纳
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