fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令，用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。...拆解一个sra文件 cd ~/Seqs fastq-dump --split-files SRR6232298.sra SRR6232298.sra是一个PE测序结果，所以，需要--split-files...参数可以将其分解为两个fastq文件。...如果不加该参数，则只有1个fastq文件（包含了两端测序的结果） ###二.批量拆解sra文件 ####1. 新建脚本文件nano fqdump.sh ####2. 输入以下脚本#!...**这里--gzip参数是为了生成压缩的gz格式fastq文件，以节省磁盘空间 ####3. 运行脚本sh fqdump.sh ?
文件中不会重复出现，甚至不同的 FASTQ 文件里也不会有重复； 第二行：测序 read 的序列，由 A，C，G，T 和 N 这五种字母构成，这也是我们真正关心的DNA 序列，N 代表的是测序时那些无法被识别出来的碱基...二、质量值体系 phred 质量值体系 illumina 测序质量值体系 从表中可以看到下限有 33 和 64 两个值，我们把加 33 的的质量值体系称之为 Phred33...文件格式：https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1 三、fastq 格式文件处理 1 压缩与解压缩 解压缩 gunzip illumina_1....fastq.gz gzip -d illumina_2.fastq.gz 压缩 gzip illumina_1.fastq gzip illumina_2.fastq 2 fastq 文件统计 seqkit...大家可以找任意一个来代入命令学习下fastq文件到底长什么样子。下面放之前推文的链接。
首先进入fastq所在文件夹 #cd /path/to/file 1. 质控 #fastqc -o FASTQC/ -t 8 *.fastq.gz #multiqc ./ 2....p ${i}_out_R2.fastq.gz ${i}_combined_R1.fastq.gz ${i}_combined_R2.fastq.gz & done 3....比对 #for i in ls *_out_R1.fastq.gz; do i=${i/_out_R1.fastq.gz/}; nohup hisat2 -p 8 --dta -x /path/to/file.../hg19/genome -1 ${i}_out_R1.fastq.gz -2 ${i}_out_R2.fastq.gz -S ${i}.sam & done 4....ps命令用于查看瞬间进程的动态 当然啦，一样的套路也可以用于其他类型测序数据的分析，想要继续学习的同学可以查看往期文章进行回顾并尝试哦~
数据从datanode源源不断的流向客户端。 如果第一个block块的数据读完了，就会关闭指向第一个block块的datanode连接，接着读取下一个block块。...这些操作对客户端来说是透明的，从客户端的角度来看只是读一个持续不断的流。...HDFS的文件写入原理，主要包括以下几个步骤： 客户端通过调用 DistributedFileSystem 的create方法，创建一个新的文件。...创建前，NameNode 会做各种校验，比如文件是否存在，客户端有无权限去创建等。如果校验通过，NameNode 就会记录下新文件，否则就会抛出IO异常。...客户端完成写数据后，调用close方法关闭写入流。
一、从其他App获取文件：官方文档 第一步： 让自己的App显示在系统的分享列表里：需要修改 *.plist 文件 Key为：CFBundleDocumentTypes Value是：数组，可以包含n个字典...，一般一个字典表示支持一种类型的文件 字典： Key Value CFBundleTypeName 文件类型名称（自己起个名） LSHandlerRank 包含Owner，Default，Alternate...app了，如图： 第二步：获取文件 当从其他app分享文件过来时，会调用： // MARK: - 其他app分享过来时回调 func scene(_ scene: UIScene, openURLContexts...，分享过来的文件都会存在这个文件夹下： // 获取 Document/Inbox 里从其他app分享过来的文件 let manager = FileManager.default let urlForDocument.../ 保存，为了展示分享 print("contentsOfPath:\n\(contentsOfPath)") } catch { print("error:\(error)") } 二、分享文件到其他
重定向方式读写文件 #include #define LOCAL int main() { #ifdef LOCAL freopen("input.txt","r",...stdin); //使得scanf从文件input.txt读入 //r只读，如果文件不存在，出错 freopen("output.txt","w",stdout); //...使得printf写入文件output.txt //w只写，如果文件不存在，建立新文件 #endif //只有定义了符号LOCAL，才编译2条freopen语句。...); for(int i=0;i<5;i++) printf("%d\n",i); printf("%d\n",j); return 0; } 非重定向方式读写文件
如何使用Node写入文件 如何使用Node写入文件 追加到文件 使用流 本文翻译自How to write files using Node 如何使用Node写入文件 2018年8月22日发布 在...Node.js中写入文件的最简单方法是使用fs.writeFile()API。...w+ 打开文件进行读写，将流放在文件的开头。...如果不存在则创建文件 打开一个文件进行写入，将流放在文件末尾。 如果不存在则创建文件 a+ 打开文件进行读写，将流放在文件末尾。...}) 使用流 所有这些方法都会在将控件返回到程序之前将全部内容写入文件（在异步版本中，这意味着执行回调） 在这种情况下，更好的选择是使用流写入文件内容。 下载我免费的Node.js手册
我们使用时习惯将其合并为一个双端文件。 原理 原理就是将两个文件内容依次输入到一个新的文件内，你也可以将第二个文件内容追加到第一个文件后面。 zcat命令可以不用解压缩来实现内容输出。...FDSW202295954-1R_L1_1(1)_clean.rd.fq.gz' >> FDSW202295954-1r_L1_1.clean.fq` 拼接完成以后我们检查一下，首先用less查看一下第二个文件的第一条...less 'FDSW202295954-1R_L1_1(1)_clean.rd.fq.gz' 第二个fq文件的第一个read @A01050:298:HK577DSXY:1:1101:2899:1000...read与第二个fq文件的第一个read衔接，也没有缺失换行或者多换行符，成功完成了数据合并。...打包成tar.gz格式压缩包 tar -zcvf 压缩后文件名.tar.gz 待压缩文件名 解压tar.gz格式压缩包 tar zxvf 待解压文件名.tar.gz
在 Python 中，将报告写入文件的过程可以使用内置的文件操作功能，通常涉及以下几个步骤：基本步骤打开文件：使用 open() 方法，指定文件名和模式（如写入模式 w 或追加模式 a）。...写入内容：使用 write() 或 writelines() 方法将内容写入文件。关闭文件：使用 close() 方法，或者通过 with 语句自动管理文件资源。1、问题背景有一份报告需要写入文件。...，然后使用 print() 函数来将数据写入文件。...在第二种方案中，我们使用 with 语句来创建一个文件对象，然后使用 f.write() 函数来将数据写入文件。...检查文件路径： 确保目标路径存在，避免报错。选择适当格式： 根据需求选择文本、JSON、CSV 或 Excel 格式。根据报告的内容和用途，选择合适的方法将报告写入文件即可。
写入文件 保存数据的最简单的方式之一是将其写入到文件中。通过将输出写入文件，即便关闭包含程序输出的终端窗口，这些输出也依然存在。...写入空文件 要将文本写入文件，你在调用 open() 时需要提供另一个实参，告诉 Python 你要写入打开的文件。...，可指定以下模式： 模式 名称 读取模式 r 写入模式 w 附加模式 a 读取和写入文件 r+ 如果你省略了模式实参， Python 将以默认的只读模式打开文件。...如果你要写入的文件不存在，函数 open() 将自动创建它。然而，以写入模式打开文件时千万要小心，因为如果指定的文件已经存在， Python 将在返回文件对象前清空该文件。...写入多行 函数 write() 不会在你写入的文本末尾添加换行符，因此如果你写入多行时没有指定换行符，文件看起来可能不是你希望的那样： filename = 'programming.txt' with
只能看到以下情况 所以最后一组权限，也就是其他用户组权限全部是-(7.0版本及以后最后一组权限只能是-，哪怕最后一组权限是MODE_APPEND也全部是-)，也就是其他用户组无权操作，所以另一个app...setContentView(R.layout.activity_main); } public void button(View view) { /* 读取其他应用程序的文件在...Toast.makeText(this, "读取失败", Toast.LENGTH_SHORT).show(); e.printStackTrace(); } } } 当读取或者写入的文件是其他应用程序目录下的子目录的文件时...接下来看一下写入其他app数据的情况，可覆盖别的app数据达到自己的目的 import android.support.v7.app.AppCompatActivity; import android.os.Bundle...setContentView(R.layout.activity_main); } public void button(View view) { /* 读取其他应用程序的文件在
mode 作用 r 读，文件不存在则报错 w 写，若文件存在则覆盖重写，若文件不存在则新建 a 写,若文件不存在，则新建；如果文件存在，则在文件尾追加要写的内容 r+ 读写，文件不存在则报错 w+ 读写...，若文件存在则覆盖重写，若文件不存在则新建 a+ 读写,若文件不存在，则新建；如果文件存在，则在文件尾追加要写的内容 b 以二进制模式打开文件 file=io.open("/test.txt","r"...) io.input(file)-- 设置默认输入文件 print(io.read()) io.close() file=io.open("/test.txt","a") io.output(file...)-- 设置默认输出文件 io.write("last row!")
发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/106359.html原文链接：https://javaforall.cn
写入 log buffer 4. 写入日志文件 5. 日志文件刷盘 6. 总结 正文 1....Redo 日志从产生到刷盘，一共会经历 4 个阶段（产生、写 log buffer、写日志文件、刷盘），本文会用 4 个小节分别介绍这 4 个阶段。 2....这里的写入日志文件，只是调用了操作系统的写文件方法，把 Redo 日志写入日志文件的操作系统缓冲区中，日志文件暂时还不会刷新到磁盘上。 那怎么判断 log buffer 中是否有空间呢？...log_writer 线程接下来从 m_tail 对应的 LSN（2097252）开始，寻找更大范围的连续日志区间。...日志文件刷盘 Redo 日志从 log buffer 写入日志文件中，并不是直接就写到磁盘文件中了，而是会先进入日志文件在操作系统的缓冲区中，还需要经过刷盘操作才能最终写到磁盘上的日志文件中，成为持久化的日志
7.1.0/bin/cellranger ~/APP/bin/cellranger export PATH=$HOME/APP/bin:$PATH index 10X提供人和鼠的基因组参考index，其他物种可以是用...下载原始数据 CNCB的原始数据需要申请，申请通过后可以下载meta data https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/browse/HRA000728 run信息 run.tab文件..._r2.fastq.gz 8dbdddfd49bc99b4cf72c2ac5da1c455 制作下载文件 sed '1d' run.tab | cut -f 1 >> hrr sed '1d' run.tab...文件移动到同一个目录下 find ....-s ~/Project/HM/fqs/* ~/Project/HM/fastqs/ # 56个文件 find fqs -name *gz | wc -l 重命名脚本 10X官网给指出来了文件名规则
1、文件的写入： 在VBA里，我们要对文件进行二进制的写操作，使用的是： Open pathname For mode [ Access access ] [ lock ] As [ # ] filenumber...2、文件写入代码 我们来尝试用VBA代码对文件进行写操作： Sub WriteTxtByOpenBin() Dim num_file As Integer Dim str As String...str = "测试文件写入" Dim b() As Byte '将string转换为byte数组 b = str '获取1个文件号...为什么和我们写入的str = "测试文件写入"不一样呢？...虽然这个很好用，但希望使用者一定要先去理解如何按照mode为Binary的方法去读取、写入文件，在要处理的地方都自己手动去处理好，真正能够理解了原理后，图方便再去使用mode为Input、Output等
场景 之前我们推文讨论过如何使用jmeter读取文件, 比如csv, txt文件读取, 只要配置csv数据文件, 即可非常容易的从文件中读取想要的数据, 但是如果数据已经从API或者DB中获取, 想存放到文件中去该怎么办呢...Beanshell 脚本 跟着我来做吧, 在本机新建一个txt文件, 新建一个用户自定义变量来假设里面的数据是从其他地方获取的, 新建一个beanshell sampler ?...filepath是本地文件路径 vars.get()提取变量 此处为了演示,特意定义了两个变量v1,v2, 并将它们同时写入文件id_test.txt 添加结果树, 同时添加Debug sampler,...同时到本地文件id_test.txt中去查看文件写入情况 ? 写入情况与预期一致. 写入文件同样支持csv格式, 还不赶紧学起来~
无论是日志记录、配置文件管理还是数据持久化，掌握如何有效地使用Python来写入文件内容都是必不可少的一项技能。...对于程序员来说，如何高效地处理这些数据成为了关键问题之一。而写入文件作为数据存储的一种常见方式，在项目开发中占据着重要地位。它不仅能够帮助我们持久化数据，还能方便后续的数据分析与处理工作。...print("写入完成！")上述代码展示了如何使用with语句安全地打开一个文件，并向其中写入两行文本信息。注意，在使用完文件后，即使没有显式关闭，with语句也会自动帮你完成这一步骤。...之后，利用前面学到的CSV模块知识，将这些数据写入到了一个名为users.csv的新文件中。扩展讨论虽然本文已经涵盖了从基础到进阶的文件写入操作，但在实际应用中还有很多细节需要注意。...例如，在处理大数据集时，如何优化写入效率？面对不同编码格式的文件，又该如何正确读取和写入呢？
所以现在我们的f是一个文件对象 参数filename:是一个字符串，用来代表文件名，如果只写文件名，就会在程序当前目录下查找，也可以像我这样指定路径 参数mode:决定了打开文件的方式，比如只读， 写入...此例子中，我的f.read( )语句就是调用了文件对象的方法 read( ) 它的功能是读取这个文件的全部内容,并作为字符串返回，让我们来试一下content是什么内容： ?...这次我用了关键字 with，with会让python自动选择合适的时候来关闭文件，即python判断不需要访问文件后将其关闭 所以采用这种结构，我们只管打开文件，不用操心合适关闭文件 但要注意！...，我们用readline( )取代read( )逐行读取, 然后把结果存进一个列表line里，这样由于列表line的每个元素都对应于文件中的一行，因此输出于文件内容完全一致 3.写入文件 3.1写入空文档...文本的读取和写入基本操作就是这样了
对于文件的其他一些操作，其实和我们平时用鼠标操作都是差不多的，主要就是创建文件夹、删除文件夹、创建文件、删除文件、文件/文件夹重命名、文件/文件夹移动等。...3、删除文件Kill VBA.FileSystem.Kill ThisWorkbook.Path & "\test1.txt" 4、文件/文件夹重命名Name As Name ThisWorkbook.Path...6、创建文件 创建文件没有直接的方法，比如我们创建Excel文件，也是先使用Workbooks.Add之后，再使用SaveAs进行保存。...在文件操作——写入中，我们能够发现直接写入1个不存在的文本文档的时候，程序是会自动创建文件的。...上面这些文件的操作都要注意在文件或者文件夹不存在的情况下，会出现运行时错误，所以好的习惯是使用前先按照文件操作——查找遍历里的方法进行检查是否存在。
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