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dplyr-cli:在Linux Terminal上直接执行dplyr

熟悉R的朋友都会知道, dplyr包是对原始的数据集进行清洗、整理以及变换的有力武器之一。但是其使用会局限于你需要有打开R/R studio或者通过R脚本来执行 dplyr。...dplyr-cli设计的初衷就是让我们能够方便快速的在不打开R的情况下,在命令行中运行 dplyr,处理csv的文件。...csv 不执行dplyr命令,仅将输入数据作为CSV输出到stdout kable不执行dplyr命令,而仅将输入数据作为 knitr::kable()格式字符串输出到stdout 其工作原理:dplyr-cli...使用 {littler}在终端中的CSV文件上运行dplyr命令。...目前的不足: 仅在 OSX和 YMMV的bash下测试过 每个命令的实质是在单独的R中运行 安装 虽然 dply-cli是可以直接在命令行中直接使用,但是其执行时候还是会依赖到R包。

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R语言:24个高效操作技巧

修改默认提示语言 在R中,默认的提示语言根据用户的系统语言设置而定。...代码中的换行操作 在RStudio中,回车键默认执行代码。若在编辑时需要换行而不执行,可以使用Shift + Enter。 function(x, y) { # 你的代码 } 5....边赋值边显示变量 在R中,你可以在赋值的同时直接显示变量的值,通过将赋值语句包含在括号中实现: (x 的值 6....不加载包使用其中函数 在不加载整个R包的情况下使用其中的某个函数,可以使用“包名::函数名”的格式: dplyr::filter() # 使用dplyr包中的filter函数 17....快速获取颜色 在需要快速为图形设置颜色时,可以使用rainbow()函数快速生成多种颜色: rainbow(6) # 生成并显示6种不同的颜色 18.

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    使用decoupleR一次性实现11种基因集的活性打分(R与Python我都要)

    关于Python和R编程语言的优先级的讨论实在是太多了, 小朋友才做选择,成年人就是全都学!...就是因为考虑到绝大部分小伙伴是Python和R编程语言的二选一,所以为了自己的工具使用更广泛,很多开发者会特意分发不同版本的软件。...以下是每个通路的简要描述: 雄激素(Androgen):参与男性生殖器官的生长和发育。 表皮生长因子受体(EGFR):在哺乳动物细胞中调节生长、存活、迁移、凋亡、增殖和分化。...雌激素(Estrogen):促进女性生殖器官的生长和发育。 缺氧(Hypoxia):在氧气水平低时促进血管生成和代谢重编程。 JAK-STAT 信号通路:涉及免疫、细胞分裂、细胞死亡和肿瘤形成。...血管内皮生长因子(VEGF):介导血管生成、血管通透性和细胞迁移。 WNT 信号通路:在发育过程中调节器官形态发生和组织修复。

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    「R」dplyr 编程

    来源:vignettes/programming.Rmd[2] 大多数 dplyr 函数使用非标准计算(NSE)。这是一个术语——意味着它们不遵循通常的计算规则。...相反,它们捕获你键入的表达式并以自定义的方式对其进行计算。这让 dplyr 代码有两个主要优点: 数据框的操作可以简洁地表达,因为你不需要重复输入数据框名称。...例如你可以这样写filter(df, x == 1, y == 2, z == 3)来代替df[dfx == 1 & df dplyr 可以选择以不同的方式计算结果与base R 相结合。...幸运的是,dplyr 提供了克服这些挑战的工具。他们需要多一点打字,但少量的前期工作是值得的,因为他们从长远来看可以帮助你节省时间。...这篇文章有两个目标: 演示如何使用dplyr的pronouns和quasiquotation编写可靠的函数,以减少数据分析代码中的重复。

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    华人博士提出few-shot NAS,效率提升10倍

    神经架构搜索 (NAS) 就是这样一种技术,在深度学习领域逐渐受到关注,随着研究的发展,NAS能够帮助研究人员快速搭建合适的深度学习模型。...暴力搜索和深度学习的通病就是需要更多的时间,例如完整搜索可能需要数千小时的 GPU 时间,导致在许多研究应用中计算成本非常高,无法实际应用。...在设计 few-shot NAS时,研究人员主要面向这三个问题提出解决方案: 1、如何将one-shot 模型表示的搜索空间划分为子超网,以及在给定搜索时间预算的情况下如何选择子超网的数目?...在 AutoGAN 中,few-shot NAS 的性能比以前的结果高出将近20% ,而在 CIFAR10中,它在不使用任何额外数据或传输学习的情况下达到了98.72% 的 top-1准确率。...最近的工作主要集中在改进深度学习的系统支持和深度学习在 AR/VR 中的实际应用。

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    自学攻略 | R语言数据筛选和修改

    在《生信小白自学攻略》系列的前几篇文章中,我们已经了解了 R 和 RStudio 的安装、RStudio 的深度探索,以及 R 语言的基本数据类型和数据结构。...准备工作:导入你的数据 在进行任何数据处理之前,我们首先需要将文件中的数据导入到 R 中。常用的数据格式包括 .csv(逗号分隔值)、 .txt(制表符分隔值)、.xls 和 .xlsx 等格式。...R 语言数据处理的核心利器:dplyr 包 在 R 语言中进行数据处理,dplyr 包是不可或缺的工具。它是 tidyverse 系列包中的一员,提供了一套简洁、一致的函数,让数据操作变得直观高效。...dplyr 中的 filter() 函数可以帮助我们轻松实现这一点。...数据的替换和清理 (replace_na(), 基础R替换) 在真实数据中,缺失值(NA)非常常见,对其进行合理处理至关重要。此外,有时我们也需要替换特定值。

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    往前一步是优秀,退后一步是懵懂

    我们的生信入门班和数据挖掘线上直播课程已经有了三年多的历史,培养了一波又一波优秀的生信人才。前面提到R语言授课时的超纲练习题,已经分享过两位优秀学员的答案。...超纲练习题不超纲 下面继续来看优秀学员Dr.luka的分享: R语言超纲练习题 (生信技能树优秀学员Dr.luka) 数据挖掘(GEO,TCGA,单细胞)2022年6月场,快速了解一些生物信息学应用图表...徐谦同学 的分享笔记超纲练习题不超纲 ❞ 1.读取文件 exp <- read.csv('exp.csv') #第一次读入不要用row.names=1,防止报错 soft 在进行基因名转换之前,需要把探针进行过滤,留下有效的探针 table(exp$X %in% soft$ID) #如果有FALSE则说明有不对应情况 dim(exp) #过滤前探针数 exp 生成新的列(Group.1) # 1 A 1.5 2.5 1 # 2 B 3.0 4.0 1 # 3 C 4.5 5.5 1 aggregate(x = data

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    命令行上的数据科学第二版:六、项目管理与`make`

    您可能已经注意到,由于使用了命令行,我们: 调用许多不同的命令。 在不同的目录中工作。 开发我们自己的命令行工具。 获取并生成许多(中间)文件。...rw-r--r-- 1 dst dst 263 Mar 3 10:45 tasks.make -rw-r--r-- 1 dst dst 27 Mar 3 10:45 template.make 获取这些文件的说明在第二章中...任何其他文件都是使用命令行工具下载或生成的。 6.2 make介绍 make围绕数据及其依赖关系组织命令执行。您的数据处理步骤在一个单独的文本文件(工作流)中被正式化。每一步都有输入和输出。...如果你不指定一个目标的名字,那么make将构建第一个在Makefile中指定的目标。...6.5 添加依赖关系 到目前为止,我们已经研究了孤立存在的目标。在典型的数据科学工作流中,许多步骤都依赖于其他步骤。

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    独家 | 规范性分析的实用介绍(附R语言案例研究&演示代码)

    他们用这个来决定何时以及需要做什么来防止生命的损失。 因此,在本文中,我们将首先了解“规定性分析”这一术语的含义。然后,我们将通过进行案例研究和实施分析分支(描述性、预测性和规定性)来巩固我们的学习。...有三个R文件,您应该按以下顺序使用它们: DataPreparation.r Visualization.r ModelBuilding.r 假设生成 生成一个假设是解锁任何数据科学或分析项目的关键。...ModelBuilding.r代码将帮助您处理上述代码块的逻辑流。 最后几点 如果公司能够恰当地利用规范性分析,那么它真的是一件了不起的事情。就分析的三个分支而言,这仍然是人们关注的焦点。...但是,随着我们在分析层级上的不断提升,规范性分析是最受欢迎的领域,因为它可以帮助组织以相当的信心规划和准备未来。 规定性分析旨在确定各种选择中的最佳解决方案或结果。请记住,我们不能分别地分析三个分支。...我们需要先做描述性的和预测性的工作,然后再进行规范性的工作。

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    R语言之 dplyr 包

    例如,下面的命令将数据框按照变量 bwt 的值从小到大排序,在 bwt 取值相等的情况下再按照第二个变量 age 的值从小到大排序。...select(birthwt, bwt, age, race, smoke) 请注意,MASS 包里有一个同名函数 select( ),如果同时加载了 dplyr 包和 MASS 包,R 会默认使用较后加载的包里的函数...相对于传统的数据框,tibble 在很多方面具有优势,感兴趣的读者可以参阅函数 tibble( ) 的帮助文档。...summarise(birthwt.group, mean(bwt)) 这种方法的最大缺点是需要为每个中间结果建立一个变量。在很多情况下,比如在上面的示例中,这些中间变量其实是没有什么实际意义的。...我们需要给这些中间变量命名,而且这些中间变量会保存在工作空间中占用内存。传递操作符 %>% 将该符号之前的对象传递给符号后面的函数并作为函数的第一个参数值。

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    数据框的列名居然会影响绘图

    第一次提问:在r编程语言里面绘制一个箱线图 在R语言中,你可以使用ggplot2包来绘制箱线图,或者使用基础图形系统中的boxplot()函数。...例如,如果你在创建一个自定义函数来绘制图形,并且函数内部使用了select(),你需要确保传递给select()的变量名在数据框中不是重复的。...如果需要从函数参数中动态选择列,可以使用rlang包中的sym()或!!操作符来避免非预期的列名重复问题。...此外,如果错误发生在使用ggstatsplot的ggwithinstats()函数时,这可能是因为在处理大量数据点时,函数内部的某些操作导致了列名不唯一。...在这种情况下,尝试减少数据点的数量,或者检查数据框确保没有重复的列名,可能会有所帮助。

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    R 语言中常见的 10 个错误,看到第 7 个会不会感觉很神奇?

    有些错误信息通常不是很清楚,R 并不是真的很擅长表达它们,但是答案通常就在您的面前。一旦您敢于阅读错误信息,我们将帮助您阅读这些错误信息!...> rnorm(1) [1] -0.7503872 CASE 2 : 或者(在大多数情况下)您忘记了加载包含该函数的软件包。...Correction : 你需要检查else是否与前一行正确关联。 R 一次解释一行代码,所以当if没有关联的else代码时,要让你的代码起作用,请确保 R 知道您的指令已完成。 if ( 1 !...在错误消息中包含解决方案。 Correction : 在错误消息中已经给出了如何校正的方法。您只输入了一个=,但条件必须用==编写。...在这种情况下,R 一直等到您的指令结束。但是,您不仅要发送丢失的括号(或括号/引号),而且要再次发送整个指令。Rmd 更加棘手,因为您没办法通过查看终端来检查确实已经发送给 R 的内容。

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    深入探索神经架构搜索(NAS)中的强化学习建模与控制器RNN的策略梯度优化

    2017年,Google Brain团队首次提出神经架构搜索(NAS)概念时,这项技术需要800块GPU连续工作28天才能完成一次搜索。...这种搜索空间的创新直接导致了在医疗影像分析任务中,NAS自动生成的3D CNN-Transformer混合架构比纯人工设计模型的病灶检出率提高了15.6%。...强化学习在NAS中的应用 强化学习与NAS的范式革命 在传统神经网络设计中,架构工程师需要依靠经验和直觉反复调整网络层数、连接方式等超参数。...经典RL-NAS实现方案分析 基于策略梯度的控制器设计 在Zoph等人开创性工作中,控制器RNN通过策略梯度优化逐步提升其生成优质架构的概率。...采用改进的PPO算法进行策略更新,有效缓解传统策略梯度方法的高方差问题 与传统手工设计的ResNet-18相比,NAS发现的架构在参数量减少17%的情况下,错误率降低了29%。

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    探索大数据分析的无限可能:R语言的应用与实践

    在众多的数据分析工具中,R语言因其强大的统计分析功能和丰富的生态系统,备受青睐。本文将深入探讨使用R语言进行大数据分析的方法和实践,并通过实例代码加以说明。为什么选择R语言?...优异的数据可视化能力:通过ggplot2等可视化包,R语言可以生成高质量的图表,帮助用户更直观地理解数据。开源免费:R语言是开源软件,任何人都可以免费使用并参与社区贡献。...使用R语言进行大数据分析的方法在实际应用中,我们通常会按照以下几个步骤来使用R语言进行大数据分析:数据获取与预处理:首先,我们需要获取数据,并对数据进行清洗、转换等预处理工作。...实例:R语言在大数据分析中的应用以下通过一个具体实例,演示如何使用R语言进行大数据分析。假设我们需要分析某电商平台的用户购买行为数据,从中发现影响用户购买决策的因素。...通过本文的介绍和实例演示,希望能帮助读者更好地理解和应用R语言进行大数据分析。在未来的数据驱动时代,掌握R语言的使用方法,将为我们的工作和研究带来更多可能性。

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    民用天花板NAS能否一战?Z423旗舰版性能压榨,本地部署语音模型 - 熊猫不是猫QAQ

    常规来说,NAS的性能用来作为算力单位的确是有点难为它了,毕竟就算是早期的GPT3.5模型中也包含了1750亿个参数,想用NAS来计算还是多少有点乏力。...NAS性能 部署前依然是检查好自己的NAS网络情况,该项目的镜像文件有4.29GB,在镜像下载之后还有4GB多的模型需要下载,所以如果网络不顺畅,那么前期的下载工作就需要浪费很多时间。...参考音频 最后点击右边的Generate生成音频即可,这个速度根据CPU性能而定,熊猫这里这句话11个汉字,同时加了参考音频的情况下,用Z423旗舰版生成花费用时280多秒,各位可以用Z423旗舰版的CPU...性能作为参考,也能算出自己的NAS生成一段音频需要时长。...语音生成 生成过程中CPU会占用比较高,NAS的温度会随之上升,这是正常情况,不要惊慌,生成过程内存消耗不会怎么增加,毕竟算力对于内存的需求基本没有。

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    DMS:直接可微的网络搜索方法,最快仅需单卡10分钟 | ICML 2024

    目前,大多数网络的结构设计仍然依赖于人类专业知识。通常需要大量资源来调整结构超参数,导致很难确定最佳结构。与此同时,神经架构搜索(NAS)方法已经被引入到自动化网络结构设计中。...例如,DMS在搜索过程中只需0.4 GPU天,就能比最先进的zero-shot NAS方法ZiCo表现出1.3%的优势。...one-shot NAS:需要训练一个庞大的超网络,也需要大量资源,如ScaleNet用了379个GPU天来训练一个超网络。...$a$ 限制在 $0,1$ 的范围内,其中 $a=0$ 表示不剪枝, $a=1$ 表示剪枝所有元素。...预训练阶段的高本占据了总成本的大部分,这是NAS和剪方法在实际应用中面临的一个重大障碍。

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    ​从800个GPU训练几十天到单个GPU几小时,看神经架构搜索如何进化

    更令人印象深刻的是,现在 NAS 在单个 GPU 上仅需执行 4 个小时,过去在 800 个 GPU 上需要执行 28 天。...图 1:训练 NAS 控制器的迭代过程图示:训练控制器(RNN),以概率 p 采样架构 A,训练架构 A 的子网络得到准确率 R,计算 p 的梯度并且乘以 R 用于更新控制器。...NAS 的目标是找到 SOTA 网络架构,那么是否有方法可以在不牺牲最终性能的情况下,在搜索算法中使用较小的模型呢? ?...在基于强化学习的 NAS 过程中,需要训练多个模型以便从中找到最佳模型。那么有没有办法避免训练所有的模型,而只训练一个模型呢? 可微性 在搜索空间的 DAG 形式中,训练的网络是较大网络的子网络。...其中一个例子是 NAS 中的可微分采样 [9],由于每个前向传播和反向传播在搜索中需要使用的操作减少,因此该方法将搜索时间缩短到只要 4 个小时。

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