参考其他Snakemake规则的输入或输出文件

是指在Snakemake工作流中，一个规则的输入或输出文件是另一个规则的输入或输出文件的依赖或产物。这种依赖关系可以通过在规则的输入或输出文件中引用其他规则的输出文件来实现。

这种参考其他规则的输入或输出文件的方式可以帮助我们在构建复杂的工作流时更好地管理文件之间的依赖关系，提高工作流的可维护性和可扩展性。

在Snakemake中，可以使用规则的输出文件作为其他规则的输入文件，通过在输入文件中使用{rule_name}的方式来引用其他规则的输出文件。例如，假设有两个规则rule1和rule2，其中rule1的输出文件是output1.txt，rule2的输入文件是input2.txt，那么可以在rule2的输入文件中使用{rule1}来引用rule1的输出文件，即input2.txt: {rule1}。

这种参考其他规则的输入或输出文件的方式在构建复杂的工作流时非常有用。它可以帮助我们避免重复定义相同的输入或输出文件，提高工作流的可读性和可维护性。同时，它也可以帮助我们自动处理规则之间的依赖关系，确保每个规则在其所依赖的规则执行完成后再执行。

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