即使pdb退出，Biopython也无法下载文件
Biopython是一个用于生物信息学的Python库，它提供了许多用于处理生物序列、结构和其他生物信息数据的工具和模块。在使用Biopython下载文件时，如果pdb退出，可能会导致下载失败的情况。
要解决这个问题，可以尝试以下几个步骤：
- 检查网络连接：确保你的网络连接正常，可以通过尝试访问其他网站或使用其他下载工具来验证。
- 检查Biopython版本：确保你使用的是最新版本的Biopython库，可以通过升级或重新安装来解决潜在的问题。
- 检查下载链接：确认你使用的下载链接是正确的，并且没有被防火墙或其他安全设置阻止。
- 使用代理服务器：如果你在使用Biopython时遇到下载问题，可以尝试使用代理服务器来下载文件。代理服务器可以帮助你绕过网络限制或提供更稳定的下载连接。
- 检查文件权限：确保你有足够的权限来下载文件，有时文件下载可能会受到操作系统或文件系统的限制。
关于Biopython的更多信息和使用方法，你可以参考腾讯云提供的云原生产品-Serverless Cloud Function（SCF），它是一种无服务器计算服务，可以帮助你快速构建和部署云原生应用。SCF支持多种编程语言，包括Python，你可以使用Biopython库在SCF中进行生物信息学数据的处理和下载。
腾讯云SCF产品介绍链接：https://cloud.tencent.com/product/scf
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我正在尝试使用biopython和python3自动下载pdbs。然而，对于一些pdbs，我有一个问题，我得到了一个404错误。
urllib.error.HTTPError: HTTP Error 404: Not Found
一个例子，它不工作，但应该是: 4YUU，pdb文件存在于数据库中，我看不出与下载的pdb biopython有任何不同。任何帮助都将不胜感激。
使用的代码如下：
import Bio
from Bio.PDB import PDBList
pdbl=PDBList()
pdbl.retrieve_pdb_file('4YUU')
浏览 18提问于2017-03-16得票数 1
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1回答
我正在尝试使用Bio.PDB模块(BioPython)下载PDB文件。注册号列表来自一只熊猫DataFrame。这是我目前使用的代码：
def get_pdb(accession, dir='/Users/my_folder'):
pdb1 = PDBList()
pdb1.retrieve_pdb_file(accession, pdir=dir)
for i in df.loc[:, 'Structure_(PDB)_id']:
get_pdb(i)
代码能够将2个文件下载到my_folder，但是之后，出现了这个错误：550 Ca
浏览 3提问于2018-04-04得票数 0
2回答
我正在使用Biopython对pdb文件执行各种操作。随后，我想向由Biopython生成的Biopython结构对象添加一些新原子。在Python中有没有好的/推荐的方法来做这件事。Biopython似乎只提供了写出pdb文件的现有元素的选项，而不是创建新的元素。
浏览 5提问于2019-11-10得票数 0
尽管PDB中存在一些pdbs，但它们不能使用biopython从PDB下载。它会产生错误。此代码用于下载pdb (2j8e)，它无法下载，但是它可以用于其他pdb。
Python 2.7.4 (default, May 14 2013, 09:41:12)
[GCC 4.4.6 20120305 (Red Hat 4.4.6-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from B
浏览 4提问于2014-10-07得票数 0
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我想使用Biopython的PDBParser下载PDB文件，但是当我试图导入它时会出现这个错误：
回溯(最近一次调用)：文件“C：\Python27 27\TAREA 3 FINAL.PY"，第33行，HTML Bio.PDB导入*文件PDBParser第15行，PDBParser导入PDBParser文件PDBParser第13行，HTML numpy ImportError:没有名为numpy的模块
这里发生了什么事？
浏览 6提问于2012-05-25得票数 0
1回答
使用典型的pdb文件，我可以使用类似于Biopython文档中的方法计算结构中两个原子之间的距离。如下所示：
from Bio import PDB
parser = PDB.PDBParser()
pdb1 ='./4twu.pdb'
structure = parser.get_structure("4twu", pdb1)
model = structure[0]
chain = model['A']
residue1 = chain[1]
residue2 = chain[2]
atom1 = residue1['CA
浏览 5提问于2016-05-06得票数 2
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我是Python的新手，在BioPython中是否有任何函数来计算给定一个PDB文件的原子向量，并将坐标作为它的输入？
或
是否有一个BioPython函数来从PDB文件中分别提取坐标？
浏览 0提问于2016-10-17得票数 0
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如果我们从PDB文件中重建一个蛋白质，有一个PDB文件就足够了，还是需要PDB之外的更多信息？
以BioPython框架为例。如果PDB文件外部需要任何信息，这个框架将它们存储在哪里？
我能打开看看那些文件吗？
浏览 11提问于2022-11-23得票数 -2
1回答
我想使能够读取文件(修改后的文件被原子电荷和radius替换为占用率和B因子)。
Biopython解析器无法读取Bfactor，因为它通过PDB列索引检索值( PQR格式不遵守该值)。
标准PDB原子记录的示例：
ATOM 1 N LEU 1 3.469 24.678 1.940 1.00 48.46 N
1.00为占用，48.46为bfactor
与PQR :
ATOM 1 N LEU 1 3.469 24.678 1.940 0.1010 1.8240
0.1010是电荷，1.82
浏览 6提问于2012-11-13得票数 2
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我有一堆蛋白质，来自一种叫做蛋白质网的东西。现在那里的序列有某种ID，但它显然不是PDB id，所以我需要用其他方法找到它。对于每种蛋白质，我都有其氨基酸序列。我正在使用biopython，但我还不是很有经验，在指南中找不到它。
所以我的问题是，如果我有蛋白质的氨基酸序列，我如何找到蛋白质PDB id？(这样我就可以下载蛋白质的PDB文件)
浏览 32提问于2021-03-12得票数 1
使用Biopython的Bio.PDB.PDBList从PDB下载一些蛋白质数据
这是一分钟。可复制的例子：
from Bio.PDB import PDBList
pdbl=PDBList()
pdbl.retrieve_pdb_file('1GAV', file_format="pdb")
这将返回：
Downloading PDB structure '1GAV'...
Desired structure doesn't exists
所需的行为是将PDB文件下载到工作目录。
可能有用的信息：
使用python 3
不想下载
浏览 12提问于2020-07-09得票数 0
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我试图使用Biopython拆分大量pdb文件，然后将它们保存为名为pdbid_chain.pdb的单独文件。到目前为止，我没有成功。此外，我对python非常陌生。
任何帮助都是非常感谢的！
这是我的代码：
#pdb_list contains a list of 208 pdb structures
io = PDBIO()
#parse structures
for f in pdb_list:
pdb_parsed = PDBParser().get_structure(pdb_ids, str(PDB_RAW_DIR) + '/' + f)
浏览 14提问于2022-03-05得票数 0
我正在使用Biopython将结构加载到我的代码中。然后，我通过PyRosetta将它们转换为姿势，因为我想将我的theo结构与PDB网站结构对齐。这是我的代码： pdbl = PDBList()
native_pdb = pdbl.retrieve_pdb_file('%s' %protein, pdir='/my/directory/path/test_natives', file_format='pdb')
native_pose = pose_from_pdb(native_pdb) 但是retrieve_pdb_file会创建.ent
浏览 82提问于2021-06-21得票数 0
我想知道如何使用biopython库将多个pdb写入单个pdb文件中。对于读取多个pdbs，例如核磁共振结构，在中有内容，但对于写入，我找不到。有人对此有什么想法吗？
浏览 0提问于2015-03-16得票数 4
1回答
我有一个PDB文件'1abz‘()，它包含一个蛋白质结构的坐标。请忽略标题注释的行，有趣的信息从第276行开始，上面写着“型号1”。
我想将坐标转换为原点的参考帧(即x=0、y=0、z=0)，并生成一个新的坐标文件。
我阅读了biopython教程()，使用了Atom ()的转换方法，并想出了这个脚本，但没有成功。
我该怎么做呢？事先非常感谢！
from Bio import PDB
import numpy as np
parser = PDB.PDBParser()
io = PDB.PDBIO()
struct = parser.get_structure('1abz&
浏览 2提问于2017-12-14得票数 1
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我正在编写一个脚本，重新命名蛋白质结构(CIF文件)，然后保存它们(PDB文件: Biopython没有CIF保存功能)。
对于我使用的大多数文件，它都能工作。但是对于6ek0.pdb、5t2c.pdb和4v6x.pdb这样的文件，我总是为io.save函数的同一行获取相同的TypeError。当我不对文件重新编号时，也会出现错误，只有这样的输入和输出：
from Bio import PDB
io = PDB.PDBIO()
pdb_parser = PDB.MMCIFParser()
pdbfile = '/Users/jbibbe/Documents/2018Mastersta
浏览 1提问于2018-05-29得票数 1
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1回答
我想重命名PDB文件‘6 6gch’- 的链。
我查过Biopython手册，似乎找不到任何东西。任何输入都会有很大帮助！
浏览 25提问于2021-12-06得票数 1
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我确信我已经在Biopython的PDB模块中发现了一个可能的错误。简而言之，我一直在从PDB的2r09结构中寻找配体。这个结构包含两个相同的"4IP“杂残基的拷贝，它们都与蛋白质分子紧密相连。您可以在这里很清楚地看到它：。
然而，在解析过程中发生了一些奇怪的事情，4IP残馀之一的坐标发生了很大的变化，因此不再是它应该在的位置。事实上，它明显地改变了它原来的位置。我已经手动比较了pdb文件中的坐标和我使用biopython获得的坐标，而且它们确实不匹配。此外，当我在没有对其进行任何额外操作的情况下将打开的结构保存在biopython中时，我得到了错误的结果，这是通过在打开之前和之后可视
浏览 23提问于2022-08-25得票数 0
我有一个PDB文件，我需要提取它的剩余序列号(resseqs)。基于对PDB文件前几行的手动检查(粘贴在下面)，我认为resseq应该是[22, 23, ...]。然而，Biopython的模块却提出了不同的建议(输出也附在下面)。我想知道这是否是Biopython错误，还是我在理解PDB格式方面有问题。
ATOM 1 N GLY A 22 78.171 89.858 59.231 1.00 21.24 N
ATOM 2 CA GLY A 22 79.174 88.827 58.999 1.00 20.8
浏览 1提问于2017-08-02得票数 2
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我正在使用Biopython的PDBParser模块来读取PDB文件。我需要找出哪些模型/链属于RNA链。有什么简单的方法可以做到这一点吗？
浏览 49提问于2021-10-28得票数 0
2回答
当我尝试调试VisualC++ 2010中的代码时，在“输出”框中有一些通知：
加载'C:\Users\sinta\Documents\Visual 2010\Projects\latihan\Debug\ATHAN.exe‘，符号加载。
加载‘C：\Windows\System32 32\ntdll.dll’，无法找到或打开PDB文件
加载‘C：\Windows\System32 32\kernel32.dll’，无法找到或打开PDB文件
加载‘C：\Windows\System32 32\KernelBase.dll’，无法找到或打开PDB文件
已加载‘C：\Windows\Sy
浏览 6提问于2012-05-10得票数 0
我和Biopython一起工作。我想找出残留物中的原子。
from Bio import PDB
pdb = "1dly.pdb"
name = pdb[:3]
p = PDB.PDBParser()
s = p.get_structure(name, pdb)
y = s.get_residues()
for x in y:
print x, x.resname
我知道了残留物的名字，但我需要把原子放进残留物里。我怎么能这么做？
浏览 0提问于2014-01-08得票数 3
我有一个pdb文件，我想解析pdb。我也在使用Biopython。我要把N坐标列在每一个残余物的列表中。我怎样才能做到这一点？
pdb = "1dly.pdb"
name = pdb[:3]
from Bio import PDB
from ast import literal_eval
p = PDB.PDBParser()
s = p.get_structure(name, pdb)
#print dir(s)
#y = s.get_residues()
z = s.get_atoms()
for x in z:
print x, x.get_coord()
我
浏览 1提问于2014-01-08得票数 0
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1回答
我试图在我使用的外部模块中设置一个函数，但是monkeypatch似乎无法访问该函数，因为模块的命名空间在导入时会被覆盖。
具体来说，我在代码中使用了一个Bio.PDB.PDBList.PDBList对象(biopython模块)，我试图在中修补_urlretrieve，以防止对internet的调用，而不是从本地目录获取文件，而不必模拟PDBList的实例方法，这将大大增加工作的工作量。但当我尝试天真时：
m.setattr("Bio.PDB.PDBList._urlretrieve", mock_retrieve)
庞泰斯特抱怨：
AttributeError: '
浏览 1提问于2018-09-19得票数 1
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我正在尝试调试EntityFramework NuGet包(版本6.1.3)中的StackOverflow。为了查看堆栈框架，我需要EntityFramework.DLL和EntityFramework.SqlServer.DLL的PDB文件。但是，我似乎无法让Visual Studio从MSFT符号源或SymbolSource.org下载该文件(我可以获得其他系统PDB和类似NewtonSoft.json的东西)。EF PDB是否随处可用？
浏览 2提问于2015-08-20得票数 32
我找不到使用Windows Power Shell的arpeggio输出文件(算法是为Linux创建的)
我尝试添加>来创建输出文本文件，但这只创建了以下内容的输出文件：
INFO//08:56:42.365//Program begin.
INFO//08:56:42.402//Loaded PDB structure (BioPython)
INFO//08:56:42.403//Detected that the input structure contains hydrogens. Hydrogen addition will be skipped.
INFO//08:56:42
浏览 0提问于2019-07-08得票数 0
我编写了一个脚本，它使用GenBank文件和Biopython从GBK文件的序列部分获取给定基因的序列，我的同事在他们的工作中使用该序列。
我们现在在一个新的数据集上遇到了一些问题，结果是下载的GBK文件没有包含序列(从NCBI的GenBank网站下载时很容易发生这种情况)。Biopython没有抛出错误，而是在使用record.seq[start:end]时返回很长的Ns序列。从一开始就抓住这个问题的最简单的方法是用错误消息停止脚本吗？
浏览 4提问于2014-08-28得票数 0
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我被这部分卡住了。我已经生成了使用Biopython生成所需序列的代码。下面是我的代码。如何修改此代码，以便在我当前的工作目录中保存为快速文件。
for record in SeqIO.parse("4N8C.pdb", "pdb-seqres"):
print('>'+s+'_chain_'+record.annotations['chain']+'\n'+record.seq)
>my_protein_chain_H
QVQLQQSGPEVVRPGVSVRI
浏览 34提问于2020-11-14得票数 0
1回答
我试图使用Visual 2012打开一个转储文件，但是缺少一些PDB文件。
有没有办法让调试器使用另一个PDB文件，构建在我的机器上？不幸的是，我无法访问原始的DLL和PDB。
我试图使用“浏览并找到***.dll.”打开我的PDBs。按钮，但我收到一条错误消息：“在此文件夹中找不到匹配的符号文件”。
浏览 4提问于2017-10-23得票数 0
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2回答
我将Oracle 18c与PDB技术结合使用。我意外地从文件系统中删除了一个.dbf数据文件。这对我来说没问题，因为我可以通过添加一个新的PDB快照来重新创建数据库。但是，旧的PDB在“挂载打开读写”状态下仍然可见，我基本上不能对它做任何事情：
我不能将会话/登录切换到损坏的PDB我不能关闭它我不能通过输入xx.因为它还开着。I无法恢复旧的数据文件-没有备份可用。
在不关闭整个集装箱(CDB)的情况下，是否有任何选项强制将PDB移除？
浏览 4提问于2020-05-20得票数 1
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我有一个目录中的PDB(文本文件)文件。我想打印每个PDB文件的子单元数。
读取以ATOM开头的pdb文件中的所有行
ATOM行的第五列包含A、B、C、D等。
如果只包含A，则子单元数为1。如果包含A和B，则子单元数为2。如果包含A、B和C，则子单元数为3。
1kg2.pdb文件
ATOM 1363 N ASN A 258 82.149 -23.468 9.733 1.00 57.80 N
ATOM 1364 CA ASN A 258 82.494 -22.084 9.356 1.00 62.98
浏览 2提问于2012-09-15得票数 0
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我从pdb文件中分析了一个残留物列表：
res_list=PDB.Selection.unfold_entities(Find_chain(par), 'R')
(Find_chain是一个选择我需要的链的函数)，我正在对所有的残差做一个循环，计算每个残余物的特定因子。但是我也需要"resseq“(因为，如果我理解的话，它就是pdb文件中报告的剩余数)。如果我做了
for residue in res_list:
print residue
我得到了
<Residue SER het= resseq=1 icode= >
<Residue GL
浏览 3提问于2014-10-31得票数 0
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我将GitHub上的存储库派生到。
我在我的本地存储库中做了一些更改，创建了一个，然后它们被到上游的biopython存储库中。到现在为止还好。
我在我的存储库中制作了一些，同时在主biopython存储库中制作了一些。
现在我想更新我的本地存储库，以便从主存储库引入更改，所以我这样做了：
$ git pull upstream master
remote: Counting objects: 12, done.
remote: Compressing objects: 100% (5/5), done.
remote: Total 12 (delta 9), reused 10 (delta
浏览 1提问于2017-02-14得票数 1
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我有一个PDB文件'1abz‘()，包含有23个不同模型(编号为模型1-23)的蛋白质结构的坐标。请忽略标题注释，有趣的信息从第276行开始，上面写着“型号1”。
我想计算一种蛋白质的平均结构。蛋白质的PDB文件包含多个构象/模型，我想计算每个剩余原子的平均坐标，这样我就得到了一个构象/模型。
我不知道如何使用Biopython，所以我试着用Pandas计算出平均坐标。我想我已经计算出了平均值，但是现在的问题是我有一个不再是PDB格式的csv文件，所以我不能将这个文件加载到PyMol中。
我的问题是，如何将我的csv文件转换成PDB格式。更好的是，如何在不损害原始pdb文件格式的情况下
浏览 3提问于2018-03-19得票数 5
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1回答
我也是视觉工作室和C++的新手。我一直在尝试从交互式计算机图形学()获得Sierpinski垫圈的例子-- example的“自上而下的方法”( OpenGL )，特别是第二章示例1的视觉C++项目，我遇到了一些我似乎无法解决或无法找到解决方案的问题。我遇到的问题是，当我在VS2012中运行它时，窗口会立即错误地关闭，一些类似于它的东西找不到vshader21.glsl。当我从调试文件夹中的6E Test.exe运行它时，它会很好地打开，创建一个窗口，但是它没有显示任何三角形，只是一个空白的白色框。我已经下载了GLEW和freeglut的最新版本，我肯定我把一切都放在了正确的位置。
示例项目包
浏览 0提问于2013-09-04得票数 0
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1回答
我正在使用2013编写一个C++动态链接库，然后使用EXCEL通过VBA加载DLL。在Visual Project Property -> Configuration Properties -> Debugging -> Command = C:\Program Files (x86)\Microsoft Office\Office14\EXCEL.EXE中设置之后，我开始调试，然后出现一个对话框：
无法找到或不匹配“Excel.exe”的调试信息。无法找到或打开PDB文件。要继续调试吗？
在单击“是”之后，我注意到VS试图下载大量pdb文件，但失败了：
'
浏览 0提问于2016-09-23得票数 0
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from Bio import PDB
pdb1 = PDB.PDBList()
pdb1.retrieve_pdb_file("1CRK") #downloads the .pdb file from the internet
parser = PDB.PDBParser(PERMISSIVE=1)
structure = parser.get_structure("1CRK",r'C:\Users\Sam\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\Lib\site-packages\Bio\cr\pdb1crk.ent&
浏览 3提问于2015-04-17得票数 0
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2回答
我下载了一些dll文件，随之而来的还有pdb、exp和ilk文件。现在我需要知道我是否需要将它们放在我的系统文件中，以及它们每一个的一般用途是什么？
浏览 2提问于2012-06-03得票数 42
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我正在运行以下代码：
cat Human_List.txt | xargs -I "%" curl -O http://www.pdb.org/pdb/files/"%".pdb
正如您所看到的，它从我的Human_List.txt中获取每个文件名并将其循环到URL中。作为保存选项，我有-O，它在其中获取URL名，并使用Human_List中的行名保存它。
我需要的是用一个Human_"foobar".pdb文件名保存每一个.pdb文件，这样我就可以区分我的不同列表下载。否则我无法区分哪个下载来自哪个列表。
谢谢
浏览 3提问于2012-09-12得票数 1
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这是我的代码，非常简单，只是为了测试。
#include <iostream>
using namespace std;
int main()
{
int a, b, c;
a = 2;
b = 7;
c = a + b * 3;
cout << c;
return 0;
}
我得到了这个调试程序'test.exe‘(Win32)：加载了’C：\Users\雅各布\Documents\Visual Studio2017\Projects\test\ debug \Test.exe‘。符号已加载。'test.exe‘(Win32)：
浏览 0提问于2017-05-24得票数 0
3回答
VS 2010调试
、、、、
.pdb文件是否足以调试和单步执行dll的代码？或者你真的需要引用相应的项目源代码吗？
我尝试使用同一目录中的.pdb文件引用dll，但无法单步执行dll的代码。所以我想知道dlls和.pdb文件的规则是什么。
提前谢谢。
浏览 2提问于2012-05-22得票数 0
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4回答
我有一个大约一小时前调试工作良好的项目，现在在最近的重建之后，我无法让它加载符号文件，所以我无法命中我的断点。
我已经在上尝试了这里建议的所有东西，但是无法让它加载我的PDB。关于.PDB文件没有加载到这里有很多问题，所以我花了最后一个小时尽可能多地查看它们，并尝试了所有建议，但都没有结果。
我尝试过Build>Rebuild Solution、Build>Clean+ Build>Build Solution、Build>Clean + Build>Rebuild Solution，手动删除BIN输出文件夹+ Build Solution和/或Rebuild S
浏览 10提问于2015-08-17得票数 3
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2回答
我正在输入一个程序，我将评估到视频演播室，看看事情发生在哪里，但它马上就要关闭了。
下面是代码：
#include <iostream>
int dowork(int a, int b);
int main()
{
using namespace std;
int x = 4, y = 6;
cout << "Welcome to SIT153..." << endl;
x = dowork(x, y);
for (int i = 0; i < x; i++)
{
int y = i + 3;
if (y >
浏览 1提问于2015-09-19得票数 0
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是否有PDB文件(蛋白质数据库)的解析器，可以从标题/备注部分提取(大多数)信息，如细化统计数据等？
可能值得注意的是，我主要感兴趣的是在文件生成后立即访问数据，而不是从已经存放在蛋白质数据库中的结构中访问数据。这意味着有相当多的不同的“适当”格式需要处理，这取决于所使用的改进软件。
我看过Biopython，但他们在FAQ中明确表示：“如果您对PDB头文件的数据挖掘感兴趣，那么您可能想看看其他地方，因为对此的支持有限。”
我很清楚，从mmCIF文件中提取这些信息要容易得多，但不幸的是，这些信息仍然不是许多大分子结晶学程序的常规输出。
浏览 6提问于2016-08-17得票数 0
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我试着用Windbg分析这个转储。但是它不能显示x86调用堆栈。符号路径配置为：
srv*D:\dev_head\win_symbols*
一些命令结果：
0:000> !teb
Wow64 TEB32 at 000000007efdd000
*************************************************************************
*** ***
***
浏览 0提问于2012-09-24得票数 0
1回答
通过使用biopython库，我希望在我的pdb文件中添加链in。我在用
p = PDBParser()
structure=p.get_structure('mypdb',mypdb.pdb)
model=structure[0]
model.child_list=["A","B"]
但我发现了一个错误：
Traceback (most recent call last):
File "../../principal_axis_v3.py", line 319, in <module>
main()
浏览 0提问于2015-10-27得票数 2
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我刚开始安装python软件包。
我刚刚安装了Biopython，方法是转到源代码(从github下载)并运行：
python setup.py build
我的问题是-我现在可以扔掉我的桌面上的源代码文件(文件夹)吗？还是我必须把它们保存在那里才能让Biopython包起作用？
浏览 5提问于2014-09-11得票数 2
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我有一个Windows可执行文件(本机而不是.Net)项目，我正试图将该项目传递给一个新的团队成员。它是一个使用Qt小部件库和OpenGL的图形建模工具。
该项目在我的框上运行良好，但当我们在这台新成员的机器上显示并链接它时，他试图对其进行调试，下面是他所看到的(为了简洁起见，并非所有条目都包括在内)：
ModelingTool.exe'：加载加载的'C:\ModelingTool\ModelingTool\ModelingTool\Debug\ModelingTool.exe'，符号。'ModelingTool.exe'：加载‘C：\Windows\
浏览 3提问于2010-02-23得票数 1
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我试着阅读PyInstaller文档和使用规范文件，以及Google/SO，但是没有找到任何明确的答案。
我使用Biopython编写了一个python脚本，并使用PyInstaller将它变成了一个可执行文件，并且运行良好。但是，脚本使用了一个Biopython函数(NcbiBlastnCommandline())，它是NCBI Blast+ blastn程序(用C++编写)的包装器，目前用户仍然需要在本地安装NCBI Blast+。
是否可以将C++ .exe与其他文件一起打包，以便最终用户只需要下载我的可执行文件，而不需要下载其他任何文件？
浏览 3提问于2018-07-27得票数 1
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6回答
如果导入定义属于包的同名类的模块，则会将其导入为类，而不是因为父包的__init__.py而导入模块。详情请参见。在Python或ipython中，如果我这样做了
from MyPak import MyMod
MyModule总是作为类导入，因此我无法重新加载它(重载()只用于模块)。跑
from MyPak import MyMod
同样，似乎没有更新类定义。有人能提出在python中更新类的方法吗？
ps。而不重新启动python解释器。
pps.以防万一您手头有代码并想对其进行测试:我实际上是在谈论BioPython，我正在开发Bio.PDB.PDBParser。我有一个ipython
浏览 9提问于2011-08-04得票数 81
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