文献汇总--Stereo-seq的双pattern分析

作者，Evil Genius

大家都要盗版，希望盗版的出现能替我挡点灾难，毕竟不能光拿好处吧，贪官也知道拿了好处办点事了。

大家元旦怎么过？我媳妇上夜班，一个人瞎过，你们呢？

有很多同事工作到30岁选择了去读博，问我去不去，我呢，没啥志向，有个工作活着就行，况且最近几年运气太差，再来点波折读博可能也就夭折了。

今天汇总的文献来自于

关于华大数据的bin20~bin30的分析，这篇文章给了很好的思路。

基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）获得的细胞类型特征基因，对每个spot进行去卷积分析（deconvolution analysis），并计算其富集得分。去卷积后，根据前两种主要细胞类型的富集得分，识别出两种spot模式（第一模式和第二模式），并将其映射回原始FL区域。

这种模式下，进一步体现在LR的共定位分布

CellPhoneDB分析所预测的相互作用信号的空间表达情况，发现编码配体的基因（如MDK和PTN）在spots内部（intra-spots）及spots之间（inter-spots）的微环境细胞中高度表达；而与受体相关的基因（如LRP1和PTPRS）则在HSCs/MPPs定位的spots中显著富集。这些结果表明，空间上的邻近性促进了支持HSCs/MPPs扩增的功能性信号相互作用。

生活很好，有你更好。