读《Docker实战》

跟着运来兄搭建自己的生物信息小书房。趁年轻，读几本硬书，到老了慢慢反刍。

《Docker实战》是咱们生信书房推荐的第69本书。在做了一段时间生物信息分析工作之后，大约是2018年左右，开始看到一些项目开始用Docker部署分析流程的环境，当时便觉得这个可能会改变生物信息软件的部署方式。

然后是零星地接触和了解这个工具，但是从来不系统。不知道Docker这个单词的本意是指在船只停靠港口之后，将商品移进或移出的港口码头工人。箱子和物品的大小、形状各异，而有经验的码头工人能以合算的方式，手工将商品装入船只，因而他们备受青睐。

在生物信息分析过程中，我们经常需要安装一个又一个软件、部署流程。当有不同的软件流程时，安装失败、版本冲突、环境杂乱可能会用掉大量的时间。明明人家软件写得很好，奈何用不了。可以说，准备环境是一件高成本、费时、需要手工操作且十分不优雅的事情(天知道会出现什么样的意外，明明有十年生物信息经验，照样会束手无策，囧)。

那么，Docker解决的就是这个环境部署的问题，它像一个承包商，只要告诉他，需要构建单细胞测序平台，他会把上下游需要的仪器和试剂都配置齐全。或者，当我们在一个服务器上构建好流程之后，需要迁移到另一个服务器上，如果从头部署，那很头大。

这样看来，是有必要了解一下Docker的工作方式了。2020年这本《Docker实战》一上市，就买了这个纸质版。这里面没有一句是关于生物信息的，没有基因组、转录组、蛋白组、表观组学，有着Docker使用的114个技巧。从编写一个Dockerfile，到从镜像中提取文件。内容的组织上，符合做中学的基本逻辑，既可以按需去读相应的内容，也可以从头到尾循序渐进地阅读。

不敢说这是学习Docker最好的一本书，但却是一本有一定提高，又能有所收获的书。面对一个新的技术，很多时候我们需要的也不是最好的材料，而是有个相对系统的材料。因为我们面对的是一个新的领域，有就是好，不去找最新的、最全的，而是拿起一份可以用的。

学习Docker的一个难点是，在自己的服务器上部署一个Docker。吊诡的是，Docker专业用语环境部署，但是要部署Docker本身却需要更多的权限。换句话说，阅读这本书是有一定的门槛的。虽然说是：技多不压身，但是每个人的时间也很有限，所以还是值得翻看一下的^_^。

如今年十月的一篇文章：ShortCake: An integrated platform for efficient and reproducible single-cell analysis，就是用Docker封装了单细胞数据分析的主要工具，让单细胞数据分析更加的高效和可重复（单细胞数据分析重复不出来是不是很难受？）。

你像单细胞数据分析中比较难配置的velocyto分析，只需要一行代码就行了。

docker run --rm rnakato/shortcake \
velocyto run10x -m repeat_msk.gtf mypath/genes.gtf

想不想试一试？