三代测序100问（11）| 有一键进行三代全长转本的组装和定量的分析工具吗？

在上一期《三代测序100问》中，我们详细探讨了经典工具StringTie如何在三代全长转录组分析中大展身手，特别是结合Minimap2进行比对后的组装和定量。然而，正如李老师最近被问到的一个常见疑问：“有没有更简便的工具呢？比如只需一行命令，就能从头到尾实现比对、组装和表达定量？” 答案是肯定的。今天，我们就来介绍一款这样的“利器”，它以高效和用户友好著称，为三代全长转录组分析注入了更多便利。

IsoQuant：长读长转录组分析的革命性工具

这款工具的主角，是2023年发表于《Nature Biotechnology》上的IsoQuant。它专为利用长读长序列准确重构转录本而设计，无论在有参考基因组注释还是无参条件下，都能高效工作，并同时完成表达定量。更值得一提的是，IsoQuant兼容PacBio和ONT平台的原始数据，这使其在三代转录组研究中脱颖而出。

使用便捷：新手友好的设计

IsoQuant的最大亮点在于其极致的简便性，对初学者而言尤为友好。首先，安装过程极为高效：作者提供了Conda一键安装选项，一旦安装完毕，即可直接调用。其默认比对软件便是我们熟悉的Minimap2，这进一步降低了学习曲线。

其次，IsoQuant的操作堪称“一键式”：只需一行命令，就能从质控后的FASTQ文件直达最终的表达矩阵结果，省去了诸多中间手动步骤。具体而言，用户仅需提供以下关键参数：参考基因组文件、基因组注释文件、样本的FASTQ文件、测序平台类型（PacBio或ONT），以及结果输出路径。命令形式简洁明了，例如：

isoquant.py --reference <genome.fa> --annotation <annotation.gtf> --fastq <sample.fastq> --data_type <pacbio|ont> --outdir <output_dir>

这一设计大大简化了工作流，让研究者能更专注于生物学解读而非技术细节。

输出结果：全面而实用

如果提供了参考基因组注释文件，IsoQuant的主要输出包括已知基因和转录本的计数（count）和TPM（Transcripts Per Million）表达矩阵，以及新鉴定转录本的表达矩阵。这些结果不仅覆盖了标准定量指标，还突出了IsoQuant在发现新型Isoform方面的优势，为下游的差异表达分析或功能注释提供了坚实基础。

权威评测的背书：表现最佳

IsoQuant的可靠性并非空谈。去年，两篇高影响力文章——一篇发表于《Nature Communications》，另一篇发表于《Nature Methods》——均对全长转录组定性和定量工具进行了全面评测。结果显示，IsoQuant在所有参与评测的软件中表现最佳，特别是在准确重构转录本结构和定量低丰度Isoform方面的优异性能，让研究者们可以放心采用。

注意事项：保留Poly(A)尾

值得特别强调的是，IsoQuant的默认输入假设转录本序列带有Poly(A)尾。因此，在数据质控阶段，务必避免裁切掉Poly(A)尾序列，以确保工具能正确识别和处理全长信息。这一细节虽小，却直接影响分析的完整性。

结语：高效工具赋能科研

总之，IsoQuant以其一键操作的便捷性和顶尖的性能，为三代全长转录组分析提供了理想解决方案。它不仅简化了从比对到定量的全流程，还在权威评测中证明了其卓越价值。希望今天的分享，能激发您在转录本水平上挖掘更多调控机制！好了，今天的分享就到这里，大家赶紧去尝试一下吧，我们下期见！