一站式解决Rstudio使用问题：常见错误与解决方案汇总

Rstudio在使用过程中经常遇到的问题我们已经更新到《常见问题》文档中，本篇就做一下汇总，一次性说清Rstudio问题解决方法。

《常见问题》文档链接：

https://www.yuque.com/dftianyi/tyy/hhikdpbiurntob41#Rkj3P

一、“转圈圈”

现象描述

登录时转圈圈是大内存使用的通病，《R语言实战第三版》已经把这个问题写到书上了，不是服务器的问题哦~

网页提示信息“R is taking longer to start than usual”，直接翻译过来就是“这次启动 R 会比平常更久一点儿”。

原因解释：用户使用Rstudio运行程序，计算过程中产生了大量的中间变量（几十GB，上百GB），在退出Rstudio之前也没有清理掉，那么在退出Rstudio之后，数据会从内存写入硬盘（家目录下的session文件）。下次打开Rstudio的时候，数据又会从硬盘读取到内存，此时这个读写和载入过程会变得很漫长，而且有可能卡死，这就造成了开头转圈圈的那种情况。

解决方法

选择Rstudio & jupyter 服务的用户，登录天意生信云服务器官网，点击“清理Rstudio会话”，等待一会重新打开Rstudio。

使用独享服务器和共享服务器的用户按照下面的操作：

1、删除用户上一次会话的session文件

打开 SSH 连接服务器，进入家目录~，然后按以下步骤运行：

查看用户的HOME目录

#############查看用户的HOME目录
getent passwd 用户名 | cut -d: -f6

例如：tycloud用户的Home目录

getent passwd tycloud | cut -d: -f6

删除session文件

######## 删除session文件#######
#  rm -rf /home_path/.local/share/rstudio/sessions/active/*

home_path ： 前面查到的用户目录

2、删除R session进程

输入以下命令查询PID进程编号：

rstudio-server active-sessions

返回信息中第一列的PID是进程编号，如果有多个用户的话需要选择自己账户对应的PID。

然后运行以下命令删除进程，注意[PID]是刚刚查到的那个值，比如上图中的5631，需要根据实际情况而定。

rstudio-server kill-session [PID]

如果命令：rstudio-server active-sessions执行后，没有内容，说明Rstudio已经挂掉了，需要重启Rstudio。

rstudio 执行命令：

• 重启命令 rstudio-server restart
• 查看状态命令：rstudio-server status
• 停止命令 rstudio-server stop
• 启动命令 rstudio-server start

重新打开Rstudio server网页，此时恢复正常，能够正常登录。

有没有使用技巧能避免卡死？

方法一：工作区清爽

分析大数据过程中（内存占用量超过5G以上），每次想要退出Rstudioserver时，先将当前的环境中变量都保存为Rdata，然后运行gc()回收内存，然后再关闭浏览器。下次启动时直接加载Rdata即可恢复变量。

另外，养成良好的编程习惯，对垃圾内存进行回收，避免长期占用。

Rstudio退出（请一定重视，否则可能再次访问时无法打开。）

退出Rstudio最好不要直接关闭网页，否则有可能导致以后登陆Rstudio报错，甚至无法打开。在退出之前进行保存文件

然后清理掉变量

最后退出即可

方法二：运行后台服务

Rstudio的设计不是为了用来跑长时间的大任务的，而是使用Rstudio小数据量调试完代码之后，将其作为后台的任务去运行，把结果输出到文件里面，这样就不存在大量中间变量的问题啦！

Rstudio自带提交后台任务的功能，点击“开始后台任务”的按钮，会出现弹窗，进行脚本以及工作目录的设置、环境变量的设置。设置好之后点击开始！

使用Linux终端运行代码

如果程序使用Rstudio卡住很久了，可以使用Linux终端运行R代码，注意结合日志查看具体运行情况。

# 假设我们要执行的命令是 abc xyz（xyz是命令的参数）

# 使得命令后台运行的方式是：自己命令的前后分别加上nohup以及&
nohup abc xyz &

# 我们再次登录服务器的时候，怎么判断命令的执行状态呢？
# 1. 查看nohup的命令日志 nohup.out文件（推荐）
tail -f nohup.out

# 或者查看进程是否结束
ps -ef | grep abc

# 终止后台运行的进程
## 第一步：查找进程号，把abc换成你的关键字
ps -ef | grep abc
## 第二步：删除进程
kill -9 进程号

二、没有变量，但依旧占用内存

可能是suspended-session-data占用的，有时候点击Rstudio的清理按钮，也无法清理这些数据。

查看suspended-session-data的容量，发现这下面的文件大小刚好和Rstudio的内存占用一样，suspended-session-data文件产生的原因可以看这个：

https://stackoverflow.com/questions/44031205/risk-in-deleting-suspended-session-data

简单来说就是长时间不使用Rstudio的话，其会把变量数据存储磁盘中，产生了suspended-session-data

du -h--max-depth=1 ~/.local/share/rstudio/sessions/active/

三、Unable to connect to service

现象描述

网页提示直接翻译过来就是：无法连接到 RStudio Server 上的 R 会话。无法连接到服务。

解决方法

选择Rstudio & jupyter 服务的用户，登录天意生信云服务器官网

1、首先检查一下磁盘使用率，如果磁盘满了，需要扩容。

2、如果磁盘没有满，Rstudio可能因为某种原因导致退出了，需要重启。

使用独享服务器和共享服务器的用户

遇到登录问题，点击Retry无效，可以登录服务器上查看rsession的情况。top -u shpc_xxx （shpc_xxx改成你自己的用户名）这样看看rsession是否一直在加载数据，或者执行watch free -m命令观察内存变化情况，执行df -h 命令查看磁盘使用情况。如果系统资源紧张，可能会导致RStudio Server无法正常运行。

如果内存和磁盘的使用都没有问题，尝试重新启动Rstudio server:

• 重启命令 rstudio-server restart
• 查看状态命令：rstudio-server status
• 停止命令 rstudio-server stop
• 启动命令 rstudio-server start

四、Error occurred during transmission

现象描述

在传输过程中发生错误。

该问题产生可能是由于之前关闭Rstudio-server不正常，重新连接时导致上次的文件或记录无法被加载。数据可能已损坏。 可以尝试删除 /home/<user>/.local/share/rstudio文件夹。 使得允许Rstudio再次加载。

登录到服务器

rm -rf /mnt/data/home/<user>/.local/share/rstudio/

删除之后重新启动Rstudio server ：rstudio-server restart