sra-tools安装流程再学习(包含镜像设置)

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修改于 2024-11-26 23:42:43

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SRA-Tools (Sequence Read Archive Tools) 是一组用于处理美国国家生物技术信息中心 (NCBI) 的序列读取档案（Sequence Read Archive, SRA）数据的命令行工具。它包括了一系列实用程序，主要用于下载、转换和处理基因组测序数据。以下是一些常用的工具和功能：

fastq-dump：将SRA格式的文件转换为常见的FASTQ格式，用于基因组序列的进一步分析。
prefetch：用于从SRA数据库下载数据。
fasterq-dump：是 fastq-dump 的改进版本，速度更快，通常用于高效地将SRA文件转换为FASTQ文件。
vdb-validate：用于验证下载的SRA数据是否完整、无损。因此工欲善其事必先利其器，再次学习一下。

conda的安装可以参考上一期推文：https://mp.weixin.qq.com/s/h5OxkU7WKePYbl53hH8sMQ

安装流程

关于conda的镜像问题，选择其一设置即可

#删除conda 镜像文件 (如果第一次配置则不需要)
rm  ~/.condarc 

# 添加北京外国语大学的镜像源
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --set show_channel_urls yes 

# 添加阿里云的镜像源
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/msys2
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/r
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加北京大学的镜像源
conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加清华大学的镜像源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加南方科技大学的镜像源
conda config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

# 清理一下缓存
conda clean -i

1.代码安装sra-stool工具

如果能顺利安装就是好事，估计大部分的时候可能安装不上~

# 安装前建议先创建环境哈！！
conda install -y sra-tools

2.网页安装sra-tools工具

复制这个Ubuntu linux 64 bit architecture的下载链接

下载软件

# 一般会创建一个软件管理文件夹
# 然后cd过去
cd ./biosoft/
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz

解压缩软件

tar -zxvf sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz

加载到环境

echo "export PATH=/home/data/t200558/biosoft/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

# check一下
which fastq-dump

check一下fastq-dump是否存在hhh

参考资料：

sra-tools: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/08.-prefetch-and-fasterq-dump

注：若对内容有疑惑或者有发现明确错误的朋友，请联系后台(欢迎交流)。更多内容可关注公众号：生信方舟

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原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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