R语言maftools包画oncoplot(瀑布图)的一个简单小例子

今天天在一个讨论群里看见有人 问是 否可以有偿做TCGA中 某个肿瘤的突变基因瀑布图 吗，瀑布图之前听过，但是自己没有画过。感觉有错过了一个可以赚外快的好机会，赶紧找资料来学习一下，争取下次可以抓住赚外快的好机会，哈哈哈哈。

搜索了一下,有现成的包可以做这个事情，链接 http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/oncoplots.html 一行代码就出图，这也太方便了吧！

image.png

看来画图不难，难点应该在于如何按照指定的格式准备数据。

首先把代码运行一下，看自己能不能得到结果图

之前没有用过这个包，第一次用需要先安装

BiocManager::install("maftools")

安装没有遇到问题

加载

library(maftools)

获得输入文件的路径

laml.maf = system.file('extdata', 
                       'tcga_laml.maf.gz', 
                       package = 'maftools')
laml.maf
laml.clin = system.file('extdata', 
                        'tcga_laml_annot.tsv',
                        package = 'maftools')
laml.clin

image.png

读入数据

laml = read.maf(maf = laml.maf,
                clinicalData = laml.clin,
                verbose = FALSE)
class(laml)
laml@

image.png

读进来的数据有好多内容，暂时还搞不懂是啥

接下来是画图

oncoplot(maf = laml, draw_titv = TRUE)

image.png

接下来看看输入数据的格式

临床数据是一个tsv文件，数据相对比较简单, (tsv文件就是文件内部的内容使用指标付分隔)

image.png

另外一个文件是 一个压缩文件 ，解压出来也是一个tsv格式的文件

image.png

那么如何把TCGA格式的数据整理成上面的格式呢？后面学到了再来记录吧！

TCGA和GEO数据库挖掘也该学起来了！

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