ComplexHeatmap做heatmap

生信编程日常

发布于 2020-07-13 16:36:13

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发布于 2020-07-13 16:36:13

BiocManager::install("ComplexHeatmap")
library(ComplexHeatmap)

输入的数据为表达矩阵，这里选用seurat数据，所以用GetAssayData取出标准化后的表达矩阵。

#导入表达矩阵
mat <- GetAssayData(Fib, slot = "scale.data")

将细胞按每个类群排序，这样画出的热图按每个类群排布

cluster_info <- sort(Fib$seurat_clusters)
mat <- as.matrix(as.data.frame(mat)[ ,names(cluster_info)])

安装一个调用颜色的包，并对cluster加上颜色

#devtools::install_github("caleblareau/BuenColors")
library("BuenColors")
col<-jdb_color_maps[1:3]
names(col)<-levels(cluster_info)

制作对列类别的注释

annotation = HeatmapAnnotation(df = data.frame(cluster_info))

对行聚类，将annotation添加到heatmap中

Heatmap(mat,
        cluster_rows = T,
        cluster_columns = F,
        show_column_names = F,
        show_row_names = TRUE,top_annotation = annotation)

参考： https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/a-single-heatmap.html#heatmap-split https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/102730562

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