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1、创建账号 将数据上传到GEO数据库，首先要创建并登陆NCBI帐号， 然后进入提交的网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/...
发现awk比较的时候可以用-代替某一个文件，这样让整个代码更灵活： cat 2.txt | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x...
python默认输出的pdf格式是type3，这种不能在 Adobe Illustrator中编辑文字等信息，需要改成type42.
pnorm(q, mean = 0, sd = 1, lower.tail = TRUE) q就是z-score；
注意保存的时候，要使用cairo_pdf()而不是pdf()，否则p有可能显示不出来。
来自https://github.com/r-dbi/RPostgres/issues/110 中的解决方法。
其实这是因为matplotlib是默认画图backend是TkAgg，这个需要有GUI的图形界面。只需要指定不需要GUI的backend就可以解决这个问题：
参考：https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/2800/bigwig-to-bed-for-reg...
构建一个显示的数值的函数，将plt.pie中的autopct=该函数即可。 代码： import pandas as pd import matplotlib....
有一个叫group_g的data.frame,想按group那一列转为list，代码如下：
install.packages('devtools') library(devtools) # scHCL requires ggplot2/reshape2...
此功能使用样本中的信息通过指定的道具对每个分子的读数进行下采样。然后，它基于具有非零读取计数的分子构造一个UMI计数矩阵。目的是消除技术噪声中的差异，这些差异可...
参考：https://stackoverflow.com/questions/59101791/seurat-dimplot-highlight-specifi...
linux下安装nbextensions，jupyter_nbextensions_configurator。
Illumina测序下机后的数据为 原始数据（raw base call ）BCL文件，拿到BCL文件之后，第一步是使用cellranger的cellrange...
数据如下： 目的是修改index的1-0到1. 1. rename data = data.index.map(lambda x:x.replace('1-0...
======================================== 我们目前在简书连更了365天啦，已经拿到了那个年更徽章。现在打算不定期更新记...
将Ensembl 中的蛋白ID转化成基因ID,可以通过clusterProfiler这个包。 如以大鼠的基因与蛋白转化为例; 安装clusterProfil...
因为没有找到提供的测试数据集，就用之前用seurat分析过的不同时期的心脏单细胞数据跑一边吧。E9.5_P21.combined@assays$RNA@coun...
计算一组数据有没有相关性以及相关程度时，可以使用cor()，以及cor.test()计算显著性，如下所示，我们想计算这两种花的长度有没有相关性。
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