2026第十七课：visium HD（Stereo-seq）空间通讯分析策略原创

接下来上我们的第17课啊，关于这个高精度VZMHD以及华大的空间通讯分析策略啊，这节课其实非常重要啊，因为他来到了这个分支机制的一个阶段了。啊，我们做研究呢，从前面无论从单细胞或者空间。啊，哪个方向做最后啊，都会慢慢的集中到这个分子机制层面上。比如说单细胞。啊，做完了这个降落聚类各种定义好之后啊，最后要用什么。第一去看他们像细胞之间的内部通讯，对吧，他们之间的交流是怎么样的，第二个要看内部的转录程序的变化啊，用到的是少多因子心因尼的一个分析，说白了每个分析啊，都要归因到最后，这个基因的一个变化到底是在外界的条件因素下。内部究竟发生了怎样的一个变化？

才是分析的一个最后的一个靶点的一个核心啊。我们先来看看通讯分析的一个策略啊，之前的一个策略，像单细胞怎么分析通讯呢。啊，单细胞分析通讯就是大家定义好对吧，定义好最好是定义到亚类。啊，亚类和亚类之间的通讯对吧，用这个CNDBCNE等等等等。三个方法是最主流的，当然也有一些其他的方法。像那个张泽民就喜欢用I talk啊等等等等啊，本质上呢，其实就是两类细胞类型，一个表达配体，一个表达受体啊，这个受体基因或者配体基因是不是在差异基因里面，如果在。认为这个通讯应该是有效的，当然注意啊，这里是应该还是要后续的实验验证啊，这是单细胞，单细胞做通讯的策略是比较简单的，其中mid net这个软件稍微复杂一点。

考虑一下下游的基因表达。所以说呢，单细胞现在这个做通讯啊，通常是联合的一种策略，像SDB联合ni net.或者联合尼吃奶这样两种策略。分析单细胞的同时。那么来到我们低精度的空间上呢，前面已经讲到了，主要有6种策略，像第1种呢，就是呃，单细胞配受体空间定位对吧，直接对它进行临近的配受体进行分析啊。这个呢，涉及到这个通讯的一个距离范围。前面多次提到过像这种接触式的配受体。啊，像这个接触式的配受体细胞必须挨着才可以发挥通讯效果的那种，那距离通常来讲就是。啊，严格上是0，但是我们的空间坐标啊，通常以这个和为啊中心，所以距离大概是10~20μm之间。

啊，直接展示配受体，像这个分泌式的呢，分泌式的呢，它也不可能永久，呃，一直存在，它发挥了效果之后立马就要灭活，嗯，否则会引起我们身体的各种疾病，所以说呢，它在一定范围内是会发挥效果的啊，最远最远看到文章最远的设定。是250μm啊，通常200μm已经到了这个极限了啊，一般来讲就这么远。这是直接供定位啊，第2个就是。啊，微环境通讯啊，微环境通讯的话，这个大家呃，用那个CFNDBV5的那个策略。啊，就是单细胞数据啊，要把它限制一定的空间微环境，这个空间微环境呢，就是我们空间低精度节卷机分析得到的那个微环境，诶每个区域到底富集了哪些细胞类型，把这些负极的细胞类型纳入后续的分析啊。说白了就是限制它的空间范围。

啊，还有这个空间空定位策略啊，还有这个单细胞被受体啊，空间定位策略，前两种策略其实更多的是借助单细胞的力量，等到后面啊，最开始主要借助空间的力量，像信号流策略。啊，从一个位置信号如何流向另一个位置。啊，是怎样的一种轨迹啊，它采用了一个最优传输系统，这个系统类似于我们买东西那个物流啊，提前。算好呃路径哪条路最最这个省时间。啊，最这个便宜啊，最快等等等等，像我们配受体也是一样的啊，远距离传输的时候是成波浪式的，我传给你，你传给他。这样的话，他会少找到一个能量消耗最低啊，速度最快的这样一种方式啊。然后是边界通讯策略，边境通讯策略，这个在啊，无论是低精度还是高精度都是适用的。嗯。因为边界啊，是这个类似于开关的转换器。

啊，前面讲无论是讲这个密度梯度啊，细胞梯度，还是讲这个通讯，都给大家重点强调了这个边界的一个重要性，它起到了一个开关的作外界外部是一个环境，内部是一个环境，而外部的和内部的交界的这个地方呢，起到了一个屏障作用，啊这个屏障的配受体是如何的？有哪些细胞类型专门在这在呃复极在这儿啊，起到了这样一个开关的作用。啊，是大家课题研究的一个核心重点啊，最后一个是逆次通讯策略，就是内部通讯。历史内部通讯啊，这个是最适用。也是多样本常用的一种策略啊，我们在分析了逆势之后呢，逆齿内部到底进行了怎样一种通讯啊，有的逆势呢，主要集中在正常样本啊，它的一个通讯是怎样，有的历史主要集中在疾病样本，它的通讯内部通讯又是怎样？

啊，等等等等，只不过低精度的逆程序啊，它无法精确到是哪种细胞。这是它的一个缺点。不过随着这个精度的提升。来到我们高精度的时候。很多策略呢，就会有一个巨大的。改变。啊，巨大的改变，首先大家可以思考一下。共定位策略能不能用？供定位策略。宫定位策略在一个点内啊，现在我们来到单细胞阶段了啊，不存在点内啊，如果是细胞分割的话，就是紧邻对吧，挨得很近。所以说工定位的策略呢，哎，绘图可以啊，但是这个分析策略是。呃，不太适用的微环境策略了。微环境策略。理论上讲可以用。但是几乎没人用，为什么呢？因为我们在分析了这个分子逆齿的之后啊，直接就可以定位到细胞类型了啊，他们之间直接分析，相互通讯就可以了，不再需要借助专门复制一个微环境文件等等等等啊。

不过这里面要提醒啊，大家做那个华大。啊，我就见过华大是怎么用的啊。华纳的基因数呢，因为检测的偏低，之前提到过检测的偏低。直接借助空间的数据进行通讯分析，其实是很多次通讯是没有的，就是结果是空的。这个时候呢，他们就采用了一种自由中的策略，就是单细胞空间。空间呢，去分析哪些细胞类型具有固定位的效果，而把这个固定位效果给到单细胞，让单细胞去分析这些共定位的细胞类型自建发生了怎样的通讯，而且这个通讯啊，只能在单细胞中验证，在空间中还验证不了，因为可能空间就没有检测到这个基因。所以华纳的策略呢，偏向于这种，并且这个配售迭代空间展示啊，目前来讲我没看，我没看到过一篇文章啊，当然也可能看的不全啊，就是说看的文章里面。

华纳的数据啊，没有一篇是直接展示空间配受体的。然后是信号流策略，这个再高精度也是可用的，不过文章目前还没有用的。啊，就是的大部分呃，看到的文章没有用的啊，不过最近看到有一篇在用啊。编辑通讯策略，这个是常用的啊，这个是常用的啊，逆势通讯策略，这个在高精度是最常用的。首先，我们来挨个看一看。啊，我们来看一看啊，看一看它们之间的一个，首先看看它们之间的一个。精度提升带来的一个差异啊。像低精度是混合信号，大家都知道了，每个点内包含多种细胞。这种啊，其实分析区域内的同学还是可以的，但是呢，一旦我们想要精确到细胞类型。

以及细胞类型内呃之间的一个通讯啊，低精度明显就做不到了，在没有单细胞的力量的情况下，它很难区分出到底是谁发出了这个信号，而又是谁。接受了这个情况。那么来到威兹姆序地和华纳的话。如果我们细胞分割准确的话，那就是基于真实的细胞在做通讯啊，直接分呃，直接得到每个细胞的表达矩阵，分析他们之间精确的同学，但是有两个前提，第1个就是大家的细胞分割啊。不能太差。前面提到过，至少百分之八九十的分割是要准确的，大家回去看一看，像那个华大啊，不太好看啊，HD还好看一点，它那个和是不是在。分割的一个中心点啊，中心位置啊，如果在的话，基本上还认为可以啊可以。然后通讯的一个缺点啊，像这个低精度的话，虽然具有一定的吸附性。

但是呢还好啊，但是它这个系数性啊，主要指这个。啊，不是指基因的系数性，而是指这个什么。使它细胞类型啊，是一种混合状态，不够精确，是细胞类型的吸取呃，系数性。明白吧，他不是说基因检测的少，而是细胞类型不能够精确的稳定的进行鉴定啊。啊，可能会减压阳性或腺癌稀有的这个细胞间通区。那么低精度呢，低精度的话，数据这就特别稀疏了啊，大家那个低精中位数有个一百两百三百，这都算质量好的了。通过简单的过滤呢，剩下的可能会过滤掉百分之二三十。啊，细胞分割呢，前面提到了，其实还在发展过程中，并没有一个特别好的，就是稳定的啊分割方法。大家的样本是不是和那个默认的方法其实纯一啊，给大家分享的文件大家也看到了那个细胞分割的方法呀，每篇文章都都不太一样啊，都不太一样，没有说大家都用同一个方法来做细胞分割。

这个目前还没有啊，没有形成共识。这里面啊，大家看到这个，嗯，他们之间的差异之后啊。大家思考一个问题，什么问题呢？我们的AV字母HD，我们的华纳在经过细胞分割之后确认了细胞身份。能不能把这个整个片子。的这个细胞矩阵。当成单细胞那样的一个策略进行通讯分析呢？大家思考一下，可不可以这样，就是V字HD，我做了细胞分割，比如说十几二十万个点。啊，或者多样本啊，更多个点。细胞身份确定好之后，比如确定了十几种细胞，把它单细，把它当成单细胞那样一个策略。

啊，把这十几万个点啊，十几种细胞之间进行相互通讯啊，用单细胞的策略进行分析，可不可以呢？算法上可以啊，算法上可以，但是生物学不可以。啊，大家要注意这个区别啊，比如很多时候那个公司给大家推荐的方法啊。不见得都适用啊，分什么场景，这也是为什么公司要设立这个技术支持产品经理啊，这个课题设计这样一个岗位的一个原因啊，因为每种方法有它适用的场景，不可以套用，需要提前做课题设计。如果大家用V字MHD或者华大这样的一个单细胞的矩阵，当成类似于单细胞那种的啊，做通讯分析。分析出来的结果大概率都是什么？都是空的。都是空的。

华大的就更是空的了啊，如果因为我们的这个配速体这个分析啊，是要基于这个呃翻译的啊，那种非编码的根本就不在范围之内，如果把非斑码的去掉，华拉的金英中位数会进一步降低。嗯，HD的呢啊，其实也比较稀疏，如果直接用这种套路绝对是做不到的。分析结果基本都是空的，这个在无数项目中已经验证过。验证过了。所以说一旦涉及到个性化的时候，就会专门公司就会专门派出一个人来正常啊，专门派出一个人来和你沟通啊，用这种方法的优缺点是什么，用那种方法的优缺点是什么，最后把每条思路。大家摆出来看一看啊，这种策略，这种策略可能给了大家3个策略。3个策略都可能是对的啊，也有可能都错。啊，就问问你要不要尝试啊，当然这个尝试就要费用了，是吧，这也是为什么，这也是科研。啊，你要试错啊，就是不知道哪条路，那就哪条路都试一试，就是试错。

呃，这个必经的阶段，这个没有办法啊。对于我们课题组来讲，最好培养一个人三条思路啊，这个人都分析分析是吧，拿到一个。相对合理的结果啊，如果找公司做的话。3个思路，3个费用啊，哪个队。不知道，反正结果给了你之后，自己也要选择一下。啊，所以说呢，这个精度的提高不见得都是好事儿啊，不见得都是好事。啊，目前来讲呢，这个高精度啊。严格意义上来讲，还是需要大家划分一定的区域来做通讯的啊，很难说把整个片子都放。整个偏置方景呢，不仅掩盖了内部的艺术呃，内部的一致性，而且因为基因呃质量数呃，基因检测数太低的话。做那个假设检验啊，根本就没有显著的黑手题。

嗯，下面这段话呢，大家可以理解一下啊，从群体对话到单细胞密语。啊，低进度是sport和sport对吧，混合状态。而。这个高精度呢，如果做细胞分割的话，就是cell和cell的状态。精准的定位到细胞之间，但是呢，这个细胞之间也是牺牲了一定的信息的。因为做了细胞分割，每个细胞表达的值啊，远远达不到它正常该有的一个表达值，那么很多信号就会丢掉，所以说呢，必须采用群体的方法，就是说。嗯。一定要在一定数量的基础上进行分析，这样的话这啊一定程，这样的话在一定程度上可以什么。掩盖啊，这个稀疏性啊，让他尽量的拿到一定真实的结果。对于我们科研来说啊，最好能拿到1对1的这个关键信号，因为我们的靶点靶细胞啊，最好都非常精确。

啊，尤其是将来走向临床应用必须非常的精准啊，不能有一点点的这个偏差啊。接下来呢，我们看看高精度的一些通讯策略啊，我列了一些文章，大家可以看看，首先第一篇文章是这个。他对这个HD采用了这个的这个策略。CNE的这个策略呢，大家可以看一看，它也是在啊，首先做了windm HD的一个细胞注释，大家可以看到基本上它是细胞分割的这样一个状态，如果说不是细胞分割的话，它这个点间就不会存在空隙啊。然后呢，划分一定的范围。啊，它采用了50μm。然后进行一定的信号啦，通讯啦，这样的一个分析，大家看到没。这个方法不知道大家之前听过没啊，Cell n啊，之前我在这个刚开始做这个HD的时候啊。

有这个客户要求说我能不能用这个方法做一做。啊，然后专门去研究了一下这个方法呀，其实类似于comment。只不过common的是低精度，它是高精度啊，它是高精度，它是一种什么呢？类似于高精度的那个最优传输策略。啊，它的本身呢，发表在这个方法，其实这篇文章的还挺高的。然后呢，大家可以看看到一个策略啊，像单细胞通讯。然后有通讯网络，它的思路和common是一样的，就是说一个信号传信号从一个位置传到另一个位置，需要层层的递进。啊，那么在传输的过程中呢，就类似于common的那种最优传输策略。啊，形成这样一个网络。啊，一层一层往外往这个内部传啊形成。形成这样一个右边，尤其是右边这样的示意图啊，通讯网络啊，信号是怎样的一个传输系统。

这篇文章大家感兴趣可以去看一看，不过这个方法运用啊，就见过一篇，就这么就刚才那篇文章在用。这就是他。呃，内部分析的一个传输网络啊，从这到这儿，到这到这儿等等等等啊，传输网络啊，大家可以看到用深度学习啊，图具一律网络发现空间反复出现的细胞通讯模式啊，尤其是那些需要多个细胞接力传导的终极网络。啊，其实就是类似于common的那种一层一层往外传的时候。这个分析啊，它那个三奈的啊，当然文章有用，但实际效果如何呢？实际效果呀，它那个文章啊，更多的，呃，文章本身啊，更多的推荐这个低精度的，因为基因比较多，但是它的这个软件教程啊，是有这个高精度的，用于HD用于。

华大的。嗯。但是呢，实际效果来看的话，第一个如果全篇都上。就是HD或者华纳，整个片子都放进来。没有很好的效果啊，必须截取一定关键部位的分析分析，这个是有时候还行，而且有的时候还不行，所以并没有一个稳定产出的一个可靠的结果啊，但是呢，这个本身这个软件本身确实有很多的借鉴意义，首先第1个。要定义这个接力网络。对于我们空间来讲呢，就是信号一层一层往外传，对吧。第二个呢？用了一些这个AI的算法，或者是要深度学习的算法，把整个的这个网络给它构建出来，形成高深度的一个空间通讯网络。这个呢是未来的一个方向。未来的一个方向。我们现在的通讯啊，更多强调的是细胞群之间。啊，你对我，我对你，或者说是空间局部区域之间。

呃，到底两种细胞类型在发生怎样的一个信号？等等等等，其实本是本身啊，我们的网，我们的这个内部通讯，尤其是样，尤其是我们的组织啊。内部的通讯其实呈现一种复杂的网状结构的。这个就需要将来借助AI。借助这个呃，更加深层次的这个啊，机器学习来帮我们实现了，不过目前来讲。目前来讲还在发展中啊。这个引用的比较少，大家知道有有这个就可以了。啊，第二个策略呢，就是啊类似于什么。类似于这个低精度的那种逆策略。历次处理知道吧。就是说第一个我们先分析，呃，做好这个高精度的细胞类型定义，然后分析它的临近和细胞的通讯，就是说哪些细胞处于临近状态，哪些细胞处于这个。

呃，较远的状态啊，只分析这个邻近的细胞类型之间的一个空序。啊，最后分析出通讯的一个效果，但是大家要注意，这个通讯呢，要和这个文章一样，不可以全量上。必须选一定的区域，就和它一样啊，选一定的区域出来，把它放大，放大出这个局部区域，进行一个细胞通讯的效果。还是刚才提到的那样。如果大家全量的上。怎么样？因为数据的极度稀疏，可能在做假设检验的时候并没有明确的信号。并没有明确的信号啊。这个是大家是需要注意的一点，最后呢，分析出比如说。癌旁癌是吧，选一个小的区域出来分析内部通讯到底有什么样的变化等等等，你像它这个就是什么疾病多了个什么变化。这个红色的连线。嗯，MG和CM之间的一个通讯，哎，就能看出来，他们之间内部的一些差异，很可能就是大家研究的靶点了。

啊，你像这个也是一样的。这里面啊，稍微有一个不太一样的地方，等到我们讲到高精度的一个通讯的时候，还会再会。呃，说一下就是用到这个cosmic或者zip的时候啊，这种高精度，包括HD的话，Common的这个方法也是可用的，只不过现在引用的非常少啊，引用的非常少。呃，少的原因大家也都知道，它其实更多强调的是区域之间的通讯。啊，一个区域到另一个区域的同学啊，能不能准准准的定位于细胞类型呢？高精度还可以啊，高精度还可以，高精度的这种策略呢，就是大家如果只关注两种细胞类型。就只分析这两种细胞类型的comment。明白吧，像敌军的，它是混合信号的comment，混合信号的传输。

嗯，可以说是去一个区域到另一个区域，但是啊，不能精准到细胞类型来，到高精度的话，就可以一定程度上精准到细胞类型，比如说分析嗯，两种细胞类型，就把这两种细胞类型的数据给subset出来，用common进行分析。啊，不过这个common的用于高精度啊，还是比较少的，用在HD上也有一篇，用在高精度，像z name来讲，或者cosmic来讲也有那么一两篇，但是绝大部分不采用这个策略，不采用这个策略。啊，限制范围等等，限制空间范围，这个已经是共识了，啊，已经是共识了。不过本质上啊，他还是要借助这个逆次的一个方法。逆的一个方法啊。限制在一定范围之内进行内部的一个通讯。像这个啊，也是一样的。把它限制在逆次范围之内进行通讯。啊，至于内部通讯，大家用3TT还是啊，3F分DB啊都可以都可以，这是第二种策略，第二种策略的做法就和低精度那个逆次通讯内部通讯策略的做法是一样的。

大家用那个bank分析了分子历史之后啊。把每个呃逆齿subset出来，然后逆齿内部的细胞类型组成啊，当然经过分析呢，可以知道负极的那些细胞，然后类似于单细胞的方法进行。内部通讯，最后找到每个ne内部到底啊细胞类型之间发生了哪些互助的效果。类似这样的啊。哎，类似于这样的一个策略啊。逆次内，呃，这个是策略2，逆次内部通讯啊，它的逻辑呢，其实就是逆次，我们在分析逆次的时候，既考虑了本身，又考虑了周围的一个环境，那么它们形成同一根地齿，意味着。

怎么样，细胞类型本来在空间上就有临近的效果啊。第3种策略呢，其实更为直接，更为直接啊。就是只分析范围内的通讯。什么叫只分析范围内的通讯呢？就是只分析这个临近区域有哪些通讯。当然细胞类型，比如说。画了一个区域啊，细胞类型有5~6种，那么在分析通讯的时候呢，每个细胞类型的通讯把它限缩在一定范围之内。限缩在一定范围之内。啊，比如说他这篇文章就把这个线缩在20μm方，20μm什么概念。20μm，就是说这个细胞几乎是紧挨着共定位的这样一种啊，共定位这样一种策略。啊，然后呢，只分析内部邻近的一个细胞弧度。

这个方法是目前V字母HD和华大嗯，最推荐的方法。最推荐的方法啊，就是直接进行领域通讯。把它限缩在一定范围之内。但是这个距离大家要把控一下，像这个文章用了20μm，它只分析这个接触式信号。当然我们分析的时候，可能要那个封闭式信号也要考虑一下，所以距离呢，稍微设的可能会远一点，比如设到这个200。啊，一般不会超过200。啊，这篇文章大家可以看看它这个方法啊，其实这个方法其实是最好的啊，最好。嗯，还有这个啊，也是顶开用的一个方法，其实跟呃，其实本质上还是什么。直接就是淋浴通讯。因为我们在细胞分割之后啊，已经确定好每个细胞的身份和它的一个距离关系了啊，直接进行内部通讯就可以了。

啊，画一个区域出来，只分析每个点周围和周围一定范围内细胞类型组成的一个通讯效果，然后把它汇总出来，看看内部到底怎样的一个通讯啊，这是这个高分文章目前主流的一个方法啊，大家可以看一下。为了识别空间啊，空间这个resolve的配受体in and, 呃，联系他们的具体的劳动。这个我这个联系到具体的扰动是什么意思呢？其实就是让大家圈区域。圈区域。啊，你全部放进来，当然就是这个背景，大家都一样啊，混合在一起，这个不存在背景扰动。啊，当然也忽略了内部的一致性。而真正分析的时候就要这个文章一样进行什么。啊，圈一定区域出来，这说明每个呃区域啊，因为空间背景的不同，他们的通讯啊也会存在一定的差异啊，也会存在一定的差异，所以说呢，一定要圈选一定的区域，明白吧。

啊，尤其是大家那个数据量特别大的时候，每个样本十几万点，20万个点啊，全量上其实没有什么好的结果，必须圈一定区域存啊，至于圈线区域的策略呢，前面讲过了，本质上应该缺和他一样，缺选一些什么。看到没，就是一些变化比较明显的区域，给它圈一圈出来，你像这个呢，就有类似于有一种交界的效果。圈住了。啊，然后呢，配速题分析啊，当然这个配速题哪来的。大家可以自己收集，也可以直接借助软件的力量，像ni net啊，它用的配收体cell t呢，内置了配收体啊。嗯，包括CFNDB也有内置的配受体，只不过每个软件内置的配受体啊，有一些差异，其中最权威的。最权威的啊，还是31分GP啊。然后表达在相似的或临近的病啊，先先收在这个50范围，50μm的范围之内，然后呢，进行通讯的汇总，看看细胞之间的一个通讯的效果到底是如何。

啊，像这个也是一样的啊，这篇文章呢，是国内一个很牛的课题组发的啊，这个课题组啊，发了很多的这个空间文章，其中他的开发了一个方法，我觉得非常好用，就是这个。他的目标也是一样的，直接分析临近的配错题。直接分析邻近的非受体。但是大家也要注意啊，这个区域是要进行一定的划分的，呃，圈选的不能不笼统的同学啊。尽量选一些区域出来进行通讯，通讯的模式呢，就是它这种的。这个软件呢，在多个呃，这个方法中设计呢，通讯的模式呢，包括接触式和分泌式配受体。用这个直接的啊。

啊，Communication mode.它的一个通讯的策略呢，其实就是临近通讯的策略啊，这么多接触式配受体啊，这么多封闭式配受体被screen。啊，对于这个接触式配售型呢。8个最邻近的，呃，邻居呢，被考虑啊，如果采用B模式的话，就是考虑。8个最临近的HD是99宫格的那样一种状态，明白吧。当大家用十五六个微米或者8μm这样一种策略的时候，就考虑最近的9个。啊，对于分泌式配受体呢，啊临呃临近的范围，呃，把它放在这个400μm。之内，400μm之内啊，最后的结果呢，经过这个。啊，一定的数据分析呢，进行展示啊，就是右边这个图。通常来讲啊，我们不设这么远啊，不是这么远，但是有的时候拿不到好的结果，可能距离要射的远一点，这里面通常我们设在200μm之内。

200μm之内，当大家射的比较远的时候，可以把这篇文章作为引用啊，就是说我为什么要设300，为什么要设400，因为这篇文章用了这么远的一个距离啊，作为一个参考啊，通常来讲我们200μm已经算是比较远啊。这个方法呢，就是今天要给大家展示的方法啊，非常的。啊，就是在这个思路上，包括代码的书写上都非常的好啊，非常的好。啊，它的一个核心策略就是直接分析临近通讯，直接把它的一个通讯范围给它缩在一定的范围之内。缩在一定的范围之内。啊，无论是这个微字酶蓄地和高精度啊，像zic都是可以用这个方法的。这是它右边的展示图。背包类型啊。通讯的啊，相互之间的通讯啊，在这个通讯解读的过程中啊，大家可能有一个感兴趣的细胞类型，比如说他感兴趣的CD。

CT8阳性的T细胞。它在不同的区域。啊，不同样本的区域，到底通讯发生了怎样的一个变化？通过他这种方法就可以分析出来，你看到没明显和这个中性粒细胞建立了人体。对吧。原来有联系啊，这个样本没有啊，这个样本突然又有了，为什么会有这样的一个变化？这就是他接下来分析的重点了，包括一些通讯信号的增强，一开始和趋势信报通信很强，中间变得特别弱啊，后面又恢复了一些啊，等等这样一种变化。就是后续分析的重点啊，这是通讯分析的一个效果。嗯，最后呢，还有一种空间展示的一种方法，就是说前面我们分析了黑瘦体退，基于这个。啊，临近通讯，基于临近通讯呢，我们如何展示呢？啊，你像这种呢，如果把这个配色体直接全量展示到这个。

HD样本上其实很多时候啊。啊，并不太好，并不太好啊，需要我们额外会像这个啊，这篇文章虽然不高，但是对他呃配售体的展示是非常值得借鉴的，像这种的。啊，这也是HD样本。啊，对它配售机进行展示，看看一些高的区域，低的区域等等等等啊。大家看到没？都低的是绿色啊，配体高的是这种颜色啊，反正每种颜色展示一下它的一个独特的特点，像都高的是。红色啊，最后展示他们的LR这种综合的考虑领域的一个分数啊，可以看看这个距离变啊，看看这个配受体的变化。当大家把多个样本放在一起的时候，就能明显感觉到这种变化啊。啊，左下缘这张图呢，还是昨天，呃，还是上节课给大家提到的那个策略，大家分析完这个。

啊，尤其是分析到最后啊，已经找见找见这个靶点。靶细胞之后啊，你像这个他找见了配受体。那么就要有一定的啊，当然文章最好能提供一个什么。可能的解决性方案可能的啊，不是说大家一定要验证它可行。验证它可行可能需要大量的资源，这个不是我们普通课题组可以做到的。就是说从我们的思路上要提供一个可行性的方案。你像他这个分析了一个配受体啊，然后用一些嗯，分子对接分子动力学的方法。看看它两者之间结合的方式啊，看看它两者之间结合的方式，分析出其中的关键性氨基酸。嗯，分析出其中关键什么氨基酸，然后提供了一个比较。啊，就是说可能会打断这种连接的方式啊，或者说阻断它发挥作用的一种方式，大家注意啊，这里面我提到的也是一种。

可能。可能啊。像那个细胞实验简单验证也可以啊，但是更多的人体试验等等等等，那个是另外就是更另一个维度的东西了。这个需要大家去往更高的平台啊，更高的平台。这种图大家看到没，嗯。展示的时候用的是SPA基因，SPA基因当然呢，用这个，呃，直接绘图也可以啊，直接绘图也可以。像那个SPA基因在低精度的时候给过大家它那个方法呀，可以直接用到那个高精度啊。里面写了18基因呢啊，应用在识别配受体啊，和他们的共定位。最后呢，看一眼这个华纳的方法，前面提到过华纳的矩阵啊。基因就是那个大家做了细胞分割的那个空间基因，呃，空间细胞矩阵。啊，稀收性挺高的，吸收性挺高的，那么华纳内部有一个策略方法，就是这个方法，它自自我开发的。

这个方法。啊，在华大的文章中啊，啊，有一些文章采用了，有一些文章采用了啊，但是呢，它基本的策略还是和刚才我说的一样。借助单细胞的力量。啊，首先呢，空间分析可能存在固定位的配速底对。然后呢，把这个配受体对给到单细胞啊，比如说空间上分析了T细胞和B细胞。啊，共定会比较强。好，去单细胞里面分析T细胞和B细胞，他们内部的一个通讯是什么？而且很难直接在空间上展示，因为很多基因华大这个基因检测不到，包括HD的话，检测的基因也比较有限，所以很多配素体直接用空间展示其实是有问题。这是华大的一个折中的一个策略啊，折中的一个策略。

啊，包括这个方法呢，大家可以简单看一看。首先构建空间连接图，其实就是为了啊识别就要识别空间上具有空间位的细胞对。前面提到了，临近是通讯的一个前提啊，只有临近才可能发生这个互互助。啊，所以说呢，构建空间连接图呢，就是来找件具有空间共定位的细胞，对。啊，细胞对之后呢，就会拿到单细胞那个地方去。啊，让它进行相互之间的黑色体的检验啊，通过置换检验等等等等啊，筛选中具有这个显著的黑色体，对。啊，然后呢，整体的策略有这几种，这个方法分的这几种啊，但是能用的就一种。啊，架接了尼尺啊，这也是一个空间通讯的一个核心方法，也是建立在微环境通讯分析的基础之上啊。软件分了这4种啊，细胞之细胞，细胞之间。这个呢？啊，大家可以试试用在华大上可能很多时候就没有结果是空的。

就是空间上的那个细胞，细胞之间啊，还是要折中单细胞的那种方法应用的更多一点。啊，第二个就是微环境策略啊，一次微环境。这个呢，它封装了一个比较复杂的一个内容，就是说啊，目标细胞和周围的一个微环境啊，类类似于这个策略就是这个。SOAPY这个策略。啊，但是它不如SOP这么的智能。这个软件的开发啊，也是国内团队开发的。啊，就是一个胡金啊，胡金剑啊，狐狸剑啊。啊，这个中文的这个读音啊，可能在英文上不太知道啊，大家可以查一查这个题。然后是逆齿，逆齿的同学，这个呢啊，细胞逆史的同学啊，发动细胞对周围细胞接触性的这两种。这两种。合并起来就是它。啊理论啊，就是那个思呃，思想上合并起来，就是他他的这种通讯策略。

啊，最后逆逆之间的这个用呃，引用的很少混合信号，现在在空间上分析啊。越来越少见了，大家更多的需要精准，到底是谁，到底是发出了什么信号需要精准啊，所以更多的应用是第一种。啊，不过这个第一种也是需要借助单细胞的力量的，本身华大空间的一个分析啊，尤其是通讯的分析，大家可以搜集一下这个。呃，搜集一下这个。呃，华大发表的文章，反正我收集的文章没见过华大的文章。直接空间配受体分析，并且进行空间展示的，没有见过啊。当然我看的也不算很全面啊，大概看了一些啊，部分右边这个是软件的参数嘛，不是啊，右键这个只是给大家限制了。限制了这个范围，比如说细胞和细胞之间需要大家怎么样。啊，前面先分析好具有共定位的细胞对，然后用这个策略进行细胞时胞之间的通讯啊，类似于单细胞的方法。

像历齿和细胞之间呢，也是一样的，分析某个细胞周围环境组成市长。啊，前面先分析好，后面再用这个方法，这是只是他的一种思想啊，只是他的一种思想，它本身的这个，它本身的这个教程啊，其实不太好。它本身这个教程不是很好啊，不是很好。然后就没有了，从来不进行空间配受体对的展示，因为华纳的这个确实基因检测少啊，很可能检测不到，那怎么办呢？

啊，只能用单细胞来弥补空间的吸附性啊。啊，当然他这个思想很好，思想很好，但是思想很好的前提是数据的质量要够用啊，要够用。最后呢，给大家总结一下这几种策略啊，第一种策略就是信号流策略，Cell n高精度的策略，用来发现反复出现的细胞通讯模式，这个大家如果说其他方法都不太行的话，用这个方法试一试。不过在实际效果中啊，不是每次都能拿到好的结果。第2个就是逆内部通讯策略，我们用banky或者用其他方法吧，分析了分子逆词之后，把每个逆子内部细胞类型的组成之间的通讯呢进行分析。啊，首先分子逆史呢，分析分子逆史需要借助空间的力量啊，历史内部的通讯呢，利用类似单细胞的那种通讯方法啊，这也是一个折中的一个方法。

还有就是直接的领域通讯啊，目标细胞直接的领域通讯了啊，这个呢，在。嗯，就是思想最简单。方法上啊，实现起来也比较容易，但是呢，需要大家对这个病理啊，需要这个对这个片子呀。有一定的划分，不能全量上，全量上的话，其实。就是俺同学啊。要么是空的，要么不够显著啊，最后是公定位策略，公定位策略呢，其实就是一种图片展示了。另外类似于它。啊，都高都低，你高我低，这样一种策略，看看局部的一个局部的一个分布情况。还有一种策略呢，就是前面提到的华大的那种策略啊。空间分析固定位的细胞，对啊，然后把这个固定位的细胞位给到单细胞数据，然后单细胞去分析显著的配色梯队啊，并且空间也不展示。这样的话是一种折中的方法，也可以用，如果做滑拉的话，是可以用这种策略。但是我们目前主流的方法是这是这两种。

第一个就是分子内部的内，呃，分子历史的内部通讯啊，然后我用这种方法展示。啊，然后直或者说直接的领域通讯，直接的领域通讯采用的就是它。SOAPY啊，国内开发了一个非常好的方法啊，包括这个方法本身就发了一篇好的文章，大家可以搜一搜。然后进行配色题对的一个展示，就是这样一个展示。啊，这就是我们今天所要汇总的一个可信度的通讯的一个策略，啊，通讯的策略，其中个人最推荐，我最推荐的是第二种。连雨通讯加。空间配置题展示。啊，这个领域通讯直接就是空间的领域通讯，它能分析出来的配受体对说明什么。说明空间上一定可以展示啊，包括这个分子内部，呃，分子逆是内部的同学，也是空间数据得来的，它能分析到这个显著的配受体，空间上一定可以展示。

好了，同学们，我们休息5分钟，休息5分钟，我们来看看代码部分，好吧，休息5分钟。

啊，反正大家分析这个空间通讯啊，一定要小心啊，一定要小心逐步推进啊，不要一开始就上来。像那个公司给的报告都是单细胞的那种方法。直接全量的，类似于单细胞那种细胞之间直接通讯那种呢，其实在空间中是不适用的啊，不适用的。不能来，不能用了。不能用啊。不能用啊。当然了，公司是流程化出结果啊，流程化出结果。嗯，他们是为了标准化，流程化。我们真正做课题是强调什么啊？个性化。因为每个人的课题都不一样，那么在分析的过程中呢，就需要针对自己的数据进行详细的课题设计，这样的话才能达到什么。

详细的课题设计，这样的话才能达到我们分析的目的，找到我们核心生物学问题的一个关键啊关键。千万不要像公司那样笼统的出一个结果，然后就没有用了。It轮是不是也可以高精度细胞通讯啊，啊，可以啊可以。可以啊，它那个后续更新了一个教程。啊，细胞啊，低精度就不看了。他用这个ZM的。不过HD的教程呢，Python版本更新的都不多。然后加载之后分析通讯的时候，它也是用了这样一个，它是用了这种网格化的方法。啊，网格化其实就是内部领域啊，就是在划分领域。然后有这个距离设置啊，距离设置明白吧。

距离的设置。不过这个方法相对于这个刚才那个直接用在HD上那个方法还是稍微差一点，ST还是稍微差一点啊。还是稍微差一点啊，我们来读一下数据啊。啊，还是那个数据啊，注释好啊，样本BAT啊，空间坐标，包括我们的分子逆尺啊都要用到，然后呢，这个地方强调一句，就是说我们分析空间领域通讯啊，最好不要全让我门上。最好不要全量少，呃，要划分一定的区域圈，选一个区域出来，这个区域呢，用这个HD的话，就直接用那个它那个loop全选就可以了，如果是华大呢。华大需要借助他的云平台，或者告诉那个内部的通讯人员，告诉我，我想画这个交界区域，你给我画一下，把他的八口的给到我，我来，嗯，分析分析，我们直接拿它那个数据，就是华纳给我们交付的那个数据划分啊，那个困难太大了，根本就图片都贴不到。

啊，数据上。啊，不太好画，即使，而且也没有自己也没有软件画。啊，我这里面随便画一个啊，我就抽一下数据抽5000个点啊。相当于花了，大家自己也要花啊，不要全量少啊，有的时候呢，大家说我想看看整体的也可以啊，也可以，方法上可以看看整体的效果也可以啊。不过推荐大家那个嗯，推荐大家那个嗯，划分一些小的区域出来，就像文章一样。啊，当然和它一样画画区域。画一画去圈圈去啊圈圈或者是啊，这个是历史内部通学了也可以啊也可以。啊，逆Che内部通讯就和那个那个代码呀，就和低精度那个是几乎一样的啊，大家就是分析了逆Che之后，把每个逆单独sub sub筛出来，然后逆内部的细胞类型具有一一对应的关系啊，用单细胞的方法就是query SQ RD q直接分析就可以啊。

那个我们就不演示了，那个大家回去看定金度的那个就可以了。接下来我们看高精度，首先获取配售底，对这个配售底对呢，是它那个自带的。啊，内部的一种格式啊，内部的一种格式自带的。接下来呢，就是它的关键了啊，进行空间啊，细胞水平的一个关键了，其中呢，呃，大家要注意每跑一个关键函数啊，大家都help一下，看看到底具体有哪些参数啊，哪些参数千万不要按照官网那个跑法。啊，官网那个是极简的跑法，就是最简单的跑法，我们自己要把它内部参数都看看，然后设置一个相对符合自己目标的一个参数，然后进行分析，首先呢，大家看细胞队啊，这个当然它内置了一些。

我们可不可以外置一些呢？嗯，也可以，不过它内置的采用的是。哎，CDB的那个那个已经很权威了啊，如果想往往里加。啊，也可以像T和ni net, 它的配售体队你想往里加。啊，也可以啊也可以，不过ni net和3TRADE的额外的配售敌对。权威性就没有那么高了。第二个是class k, 其实就是我们的注释列啊，我们就是细胞类型了。啊，然后就是Q。Skill就是说呃，用随后的分析，如果这个微任务数据。高低精度这个。要这个进行一定的图片和数据的矫正，然后是三列。哎，临近的cut off, 临近的cut，哎，强度的cut off.其中呢，有一个有两个参数，大家要注意，第一个是contract。

就是说我们分析配受体空间，一定不能像单细胞一样直接分析分泌式配受体空间，一定要分析这个接触式配受体。啊，所以说在分析的时候，一定要指定接触的配受体和分泌的配受体，两者都要有啊，两者都要有，然后是分泌的半径，这个呢也是一个重要的参数，分泌的半径，如果大家只分析这个。接触式配受体。啊，半径二十三十就够了，如果说想要把它纳入到这个，呃，纳入到这个封闭式配售电呢，稍微远一点，最远最远也就到200，像那个文章用的400呢，这个比较少见啊，如果说200也拿不到好的效果，可以适当放大一点，不过200一般就够用了。嗯，然后其他的一些参数就。啊，不太重要了啊，重要的参数给大家点一下啊，大家自己分析的时候一定要注意，你像这个地方我就写了这个。接下来看啊，数据是我的数据配送你的，用它默认的啊，默认的就够用了，细胞类型类似set type, 这个是什么？迭代次数，就是做这个置换检验。

看看是不是显著啊，如果不显著怎么样？啊，也要标注出来，我们尽量选择一些显著的配售梯队。然后M=0.5M，这个参数呢就是。哎，画图这个位置的参数。啊，就是权重参数I质的维的啊，就是那个类似于细胞之间的权重，它的一个矫正值，细胞之间比如通讯强度是1啊矫正一下啊，相互之间矫正一下啊。然后呢？接触式的配受体啊，分泌式的配受体，这个信号这个值哪来的，是它自带的。他的配EL你内部自带的，只不过大家看不到。然后呢，分泌半径。前面提到了分泌半径。如果大家采用这个。呃，直接分析这个接触式配受体，写20写30都可以啊，如果想要，呃，纳入一些分泌式配受体。

最远最远写到200就可以了，然后最后有一个空间坐标，这个坐标呢，默认通常来讲我们有默认的帕塔。这个是他默认的啊，我们读了数据自自动就有。啊，当然有的时候我们可能做了一定的数据矫正，像我这是合并了两个样本。啊，就新起了一个数据，不过这个数这个坐标呢，因为我抽了数据了，它已经不起作用。这个地方最多最多设到200啊，通常情况下最多最多设到200啊。其他的基本上就不需要变啊，只需要注意一些参数的设置，这个写你细胞定义的列，我这里定义的列是cell type.你定义了什么，你就写什么啊，迭代次数100。接下来就啊跑运行就可以了。华纳的也是一样的跑法啊，一样的。虽然我这里用HD数据进行演示，但华大也是一样的，先分析这个接触适配数据，我们稍等一下，这个运行的比较慢，即使抽了5000，它运行也比较慢。

啊，也比较慢啊。我们稍等一下，看看它运行的一个效果啊。等到大家自己分析的时候啊，有很多需要注意的细节了。这个细节啊，非常的重要啊。个人可以。可以真正的说就是细节决定成败啊，笼统的分析没有任何意义啊。啊，当然很多老师啊，可能拿到那个公司的那个标准化的报告，以为那就是对的，其实那个啊，就是看看离那个对。就是我们生物学认为的对。啊，距离还非常的远啊，非常的远。

这个跑的就比较慢了啊。嗯，还好，资源还好够用，可能跑一跑啊，我们稍微等个一两分钟，应该一两分钟就能跑出来。升值点时间可以给大家看看这个SOP。看看这个软件的官网啊，国内的团队开发的啊，我觉得非常好。这里面有一些其他的教程啊，比如空间趋势啊，空间趋势呢这个。

目前还没有见文章用，然后这个空间临近性。有的人会用这个方法。分析这个细胞类型空间的临近性。有的人会用。但是里面的参数大家要看一看，不要跑它的标准化流程啊，然后是逆齿啊，高精度的逆齿这个也有啊，只不过它更多用在高精度的。逆史介入细胞逆史来进行的逆磁划分。啊，像我们低精度的话，像我们V字母HD或者这个。嗯，微字么，CD或者什么。华纳的话更多的是分子，你是用的多一点啊，因为它那个细胞分割目前来讲还不能说完全的对，但是基因是直接就能测到的，这个比对结果呢是。直接拿到的数据，直接拿到的数据啊，这个比较准确一点。然后看它的通讯啊通讯。他这里面用了一些它自带的数据，我们就不用了，我们直接用我们自己HD的啊。然后呢，这是它的。

但是拉的事例数据啊，事例数据。获取配受体，然后呢进行空间通讯，大家看到没，它设的100。M是50细胞裂是这个。Plus就是我们的cell type.然后分泌半径，它教程给的是100，大家根据自己的需求稍微设置一下啊，稍微还没跑出来啊。稍微设置一下。稍微设置一下啊，然后可视化，像这种可视化。网络化的可视化，这个在空间上用的不多啊，这个还可以啊，这个还可以，但是空间上更多的采用的是哪种策略？空间直接展示配受体的这样一种策略。这种策略会多一点，就跟PPT一样。当然软件自带的绘图啊，通常来讲都比较差，需要我们额外再绘，再精心的绘一会，它自带的就是这样一种画画吧。啊，并不是太完美啊，我们希望能拿到这种效果。看看咱我们会会能不能拿到啊。

啊，这里面其实核心参数就这，呃，核心函数就这么一个。啊，大家分析的时候自己注意设置一下参数即可啊。我们来跑一跑啊，跑的相当的慢啊，这也是为什么大家要学会Python，学会封装的原因啊，你要一行一行跑，那就在这等。他不跑完后面就完全没办法运行。我们再等一下，看看他能不能。跑完啊跑完。我们的空间数据啊，其实已经非常大了啊，非常大了啊，必须封装拖到后台啊，让后台的集群进行运行。啊，像这种一行一行运行不太可取啊，不太可取，并且还伤服务器。啊，非常上服务器啊，一旦呃，现在的服务器啊，都有预警系统。一旦你的那个，一旦你的那个服务器超过一定的资源能耗，怎么样，直接内部就会把他任务给杀掉。

不让你运了。8μm16μm怎么选啊？通常就选16μm啊。当然也有8μm发的文章，为什么通常选16μm呢？因为我们的哺乳动物的细胞呀，在呃，大多数啊，在10~20μm之间就是直径。啊，那16就是比较合适的一个选择，嗯。8μm其实达到亚细胞级了，选的少啊选的少。而且16，呃，还有那个16μm，在分析共定位的时候，大家要注意RCTD在分析了一个点内有两种细胞类型。啊，就是double certain的这种状态啊，一定要注意是不是一个重复出现的状态，如果重复出现的话，说明两种细胞类型存在一定的固定位啊，这些分析细节都不要放过啊，都不要放过大家作为这个科研人员。尽量深入挖掘。尽量的深入挖掘，任何细节都不要放过，其实真正做科研啊，就两个阶段，一个是学生阶段，就是个位。

读博呢或者硕士。啊，也没有什么其他的压力。就好好做课题，反正也不用工作，也不用干啥的，或者说有一些实验的等等等等，但是在科研上基本上全身心的投入，这几年就完成一个课题就可以了。第二个阶段就是大家将来进入了课题组，有了编制以后。深入挖掘也可以啊，像社会人员，像我这种。啊，真正做科研其实是做不到的。第一个没有资源啊，大家在科技都有资源，数据给你了是吧，实验器材什么都乱七八糟都有，大家自己研究研究就可以啊。第二个呢？啊，经费啊，有经费是吧，社会人员没有任何经费啊，都是那个辅助。第3个就是那个大家进了编制，有稳定的生活以后啊。不用为生活发愁了，就可以认认真真搞科研了，工作了以后，你天天想的就是什么。

哇，工资多高啊，房贷多少啊，等等等等这些乱七八糟的事。就不能认真搞科研了。这个还没跑完吗。跑的有点慢啊，有点慢啊，大家将来要试试啊，不过我前面跑过一次，给大家看看这个结果啊。首先啊，跑完有这个，首先这个跑完啊。看来这一时半会跑步啊，首先跑完这一步啊，大家今天这下面就是直接绘图了，绘图的时候呢，首先是接触，是配售棋的绘图。啊，我前面跑过一次啊，给大家看一看，首先大家要拿到这个底图。啊，细胞类型之间接触式的配受体都有哪些？你像这种的是吧。

接触式的配错题都有哪些？为什么要看这个呢？其实就是为了让大家方便挑选配兽体队和它对应的细胞类型。比如说这个CDHR和CDHR是这个，他主要是谁发的啊，自我自己和自己在进行一个空训啊，自己和自己在腾讯我们挑选挑选一些。呃，一方面显著的，比如说这个。这个和这个啊，C9V1和SDCE1。他们的一个通讯的细胞是什么？啊，这个和肿瘤块儿啊，肿瘤块。我们在挑选配受体进行空间展示的时候，就挑在这里面挑选即可，它会告诉大家显著的接触式的配受体，对都有哪些啊，看一看。当然这个我是抽了数据的啊，大家将来分，大家真正的画区域的结果其实是更好的。跑不动啊，完全跑不动，还有一个是分泌式的配受体。

我们划定了一定范围之后呢，接触式和倍数体啊，接触式和分泌式都能拿到，拿到之后呢，就可以看到啊，有不一样的对吧。说明分泌式配售体验。啊，在这个抽了数据之后比较少，但也可以挑一挑啊，像这个呢，这个比较多一点，这个强一点。啊，这个是分数啊，分数越高越好，红色的说明更显著，像这个呢，在这个。所以这个在这两个，在这两种细胞里程中间啊，通讯比较强，这个注意啊，我们是领域同学划分的距离是200。还没完，跑不动啊，跑不动。呃，然后呢，接下来就要绘制一些空间图了啊，刚才强调了我们要绘制一些空间图，配速体在空间上的一个展示，他们是不是在空间上是临近的，对吧，像低精度高精度都有这样一种策略，都是这样一种策略。

都跑的比我想象的还要慢啊。不过这里面我都给大家跑过了啊，是可用的啊，像这个我展示了其中的一个配售梯队。从那个点图里面选择了一个关键的，最后绘图绘出来一个啊，绘出来我们看一下效果啊。像这种的。啊，抽的点非常的差啊，但是呢，也可以看出来什么红色和蓝色，确实在这个区域是有。接触效果的，对吧，像这种确实是有接触效果的，而这就是我们分析的目的，就是要看它是不是空间有接触。就是空间上来验证是不是有通讯啊。啊，然后是这个封闭式的呢，封闭式的话，我们可以允许它远一点啊远一点。

啊，像这种的啊，这个状态。区域的一个状态啊，它既然显著的话，说明这个区域确实存在一定的封闭式的一个空虚啊，当然这抽的比较差啊，完全看不出来了。还没跑完。啊，消耗资源已经消耗的非常多了啊，说明这个确实计算量非常大。非常大啊。啊，杀掉吧。大家要注意运行到后台即可啊，不要这个。啊，不要像我这样为了演示强行在交互式界面跑啊。

他这个跑步啊，把它杀掉啊。把它杀掉。啊，大家的服务器尽量尽量也不要像我那样那种盲跑啊，盲跑其实是有问题的。往往的话很容易，一方面任务很容易断，另一方面消耗太多这个交互式资源的话。怎么样容易让后台认为这个任务是什么，是一种僵尸任务，就要求你投到后台去。

跑出来就是这样啊，一定要投，投到后台去分析啊。啊，你是租的服务器吗？有推荐吗？这个服务器啊，我是用的这个别人给我的，它的这个资源其实相当高了，大家可以看一下这个服务器。大家一般租的服务器绝对不可能用这么高的这个计算资源的。1.1.38个T的这种，大连租个服务器一般有个呃，一两百G的运行内存就够了啊，核数的话大概40就够了啊。啊，一个月一年好像也就几百块钱吧，几百一千块钱吧。啊，前面的绘图呢，这个最后呢，给大家简单会一会什么。会一会这个这个图。这种图啊，类似于这种图，给大家绘一绘啊，大家绘图的时候啊，大家也看到了，软件自带的绘图其实都非常差。

很多时候是用不了的。我们需要有的时候啊，需要自己在。自己在这个简单会一会啊，简单会啊，这里面呢，我给大家。给大家举这个例子啊。以这个配受体为例啊。这个配速体怎么选呢？就是刚才那个点图里面大家选啊，选出来，选出来之后呢，构建一个体系啊，构建一个绘图体系。啊，就是这样的。然后把它的index引导，Index其实就是它的行名啊，这就是我们绘制配做题的2个体系啊，2个体系接下来我们来绘图。第一步啊，大家要设置颜色。

颜色呢，这个梯度颜色。就是这个颜色，我直接采用了他的这个。它的这个颜色啊，之前给大家告诉过大家一个软件怎么提取颜色就是它。啊，提取颜色怎么提呢？比如说他你觉得这个颜色提度很好，你直接呃用这个软件提一提，比如说它这个颜色很好，哎。点一下把这个颜色复制上。然后点一下啊，这个年是副市长等等等等。这个绘图的配色搭配啊，大家也需要好好弄啊，好好弄，不能随意的跑啊，随意不能这个随意的用颜色啊。把图片组成在一起都需要一定的这个。都需要一定的这个技巧的，首先呢，第二个就是。啊，设置了颜色梯度对吧，然后呢，设置这个阈值。这个阈值，比如说这个PPT。比如说这个PPT。漏害是怎么界定的？

漏画是怎么界定的？啊，需要我们人为来界定啊，比如说氦，我认为前1/4才是害，其他都是漏，或者说中位数以上是氦，中位数以下都是漏。都可以啊，都可以，这里面我设的是4分位值啊，4分位值以上才是汉啊，大家如果想用这个中位值的话，直接把它改成0.5就可以了啊，这里就不改了啊。然后划分啊，谁高谁低啊划分出来对吧，这是一个函数啊第一定。上升出来，最后呢。设置category df, 嗯，Category首先是空值，然后进行计算，计算它的分数。这个分数就是临近分数啊，临近分数，我们继续依据它的空间坐标计算这个临近分数。啊，0点分数。最后呢，绘图。啊，这都是绘图代码了，这个就大家自己回去研究研究看看就行了，我直接直理直接跑了。

啊，最后保存出来。当然我这个数据啊，瞎抽的。啊，这个我已经跑过了，就就就给大家看一看啊，这个数据我直接瞎抽的。不一定完全满足他这个。美观度啊，但是这个思路就是这样的啊。你像这种的啊，看到没。首先颜色梯度啊，都是0的啊，白色都是低的，绿色啊配体高的，反正这个颜色梯度我就采用了这个PPT这个颜色梯度。然后绘出来这样一种图。黑的category像都高的是红色，你看高的区域还是有点多的，对吧。当然我是瞎抽的啊，大家那个数据密点在密集一下，这个点比较少，大家如果有点在密集一下，像他这种啊就更好看了，或者把这个点设大一点。

就更好看了，然后呢是iOS扣啊分数啊，绿色的点啊，看看大家分数的一个情况，像PPT分数的也大部分是白色，少部分是绿色啊，就是拿到类似于这样一个效果。啊，当然我这里面随便画了一个。大家自己用真实的数据话，比这个效果要好得多啊，好得多。强调一下这个配速体队啊，大家自己分的，呃，跑的时候呢，就用这个刚才点图那个跑的那个结果呢，挑一挑。明白吧，如果这个配色体队大家刚好感兴趣，可能是你的目标配售梯队，比如说你关注的两种细胞类型，它在临近上的这个通讯呢是。嗯嗯，反正这个配色理论是大家感兴趣的一个方向，就把它绘绘出来明白吧。啊，这个点图我把代码会发给大家的，大家回去按照真实数据来跑一跑，注意啊。啊，尽量用服务器投到后台跑，不要这个，呃，像我这种一行一行展示啊，大家也看到了，有的时候代码很慢的话，不仅消耗资源多，而且还很伤服务器啊。

比如。备注，嗯。嗯，好啦，同学们。这就是我们这节课的内容了啊，这节课的内容了。