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用Seurat做RNA Velocity
(object = bm, dims = 1:20) bm <- FindClusters(object = bm) bm <- RunUMAP(object = bm, dims = 1:20) 将velocity bm) cell.colors <- ident.colors[Idents(object = bm)] names(x = cell.colors) <- colnames(x = bm) show.velocity.on.embedding.cor
4K40发布于 2020-04-09 - 来自专栏单细胞天地
RNA Velocity and Beyond 系列1—Introduction
"RNA velocity of single cells."*Nature, *560.7719 (2018): 494-498. Biorxiv, 2021 非常精彩的文章，结合 metabolic labeling 的数据（可以标记新生成的 RNA）与 RNA velocity，从而对于 RNA velocity 有更真实意义上的刻画 RNA velocity 18年 “RNA velocity of single cells” 首先引入 RNA velocity 这个概念，充分利用现有的数据来得到全新的概念。 Biorxiv, 2021 包括三种model 1. model I 单纯的 RNA velocity； 2. model II 单纯的 labeling RNA velocity; 3. model III RNA velocity + labeling velocity。
86220发布于 2021-03-24 - 来自专栏单细胞天地
RNA Velocity and Beyond 系列2—Model
"On the Mathematics of RNA Velocity I: Theoretical Analysis." 没看过前文的可以考虑先看前文 RNA Velocity and Beyond 系列1—Introduction Model ? 回忆上文， RNA velocity 的关键在于利用 splicing 这一蕴含时间的动力学过程来刻画，从而在原来的 snapshot 中引入 velocity。 Deterministic Model 首先根据 RNA velocity 的 dynamics 可以得到相对应的 ODE ? 对于转录本的生成过程我们可以知道，对于α，我们有 ? Inference of RNA velocity 有了上面的模型，那么下一步就是通过数据来拟合这些参数。ts，α，β，γ。
54531发布于 2021-04-16 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
在原有的UMAP上标注RNA velocity
1.读入RNA velocity的loom文件,并提取spliced文件和unspliced文件 ldat <- ReadVelocity(file = test.loom") emat <- ldat cell-cell distances cell.dist <- as.dist(1-armaCor(t(seurat.object@reductions$umap@cell.embeddings))) 3.将RNA velocity的细胞的名字改成原有的seurat用到的细胞名字 colnames(emat) <- paste(substring(colnames(emat),6,21),"_1",sep="") colnames(nmat) <- paste(substring(colnames(nmat),6,21),"_1",sep="") 4.对velocity进行计算 # I'm not sure what # perform gamma fit on a top/bottom quantiles of expression magnitudes fit.quantile <- 0.02 # Main velocity
2.8K32发布于 2020-04-24 - 来自专栏生信小白的专栏
单细胞转录组分析RNA velocity-STAR solo
单细胞转录组的比对可以通过STAR-solo来实现，在solo Features 可以同时获取Gene expression和RNA velocity 信息，帮助我们进行拟时序分析。 本文将记录从单细胞转录组Raw data(fastq.files)到用于下游分析的基因表达矩阵和RNA velocity的剪切信息1.0 构建Index & 下载whitelist构建基因检索是每个比对软件的第一步 STAR/BC/3M-february-2018.txt \--readFilesIn CRRXXX_r2.fastq.gz CRRXXX_f1.fastq.gz得到结果文件3.0基于STAR结果进行Velocity 分析基于Python scVelo进行拟时序分析Velocity的信息存储在Velocyto/raw/matrix.mtx中需要提取整合# Load required librariesimport osimport github)https://zhuanlan.zhihu.com/p/362727395(构建STATR-index)https://github.com/alexdobin/STAR/issues/774(Velocity
2.1K11编辑于 2023-12-01 - 来自专栏全栈程序员必看
java velocity 语法_Velocity语法
Velocity还特别提供了得到循环次数的方法，$velocityCount变量的名字是Velocity默认的名字。 Velocity中的宏我们可以理解为函数。 ; import org.apache.velocity.VelocityContext; import org.apache.velocity.app.Velocity; import org.apache.velocity.app.VelocityEngine 2．Servlet和Velocity结合示例 (1)example.html Velocity Welcom to Velocity! org.apache.velocity.app.Velocity; import org.apache.velocity.exception.ResourceNotFoundException; import
2.8K20编辑于 2022-09-14 - 来自专栏全栈程序员必看
velocity定义_velocity模板
foreach include 、 parse define evaluate macro macro的注意 基本用法 导入依赖 <dependency> <groupId>org.apache.velocity </groupId> <artifactId>velocity</artifactId> <version>1.7</version> </dependency> 创建一个公共方法，它是通过类路径来获取模板的 , "UTF-8"); ve.setProperty(Velocity.OUTPUT_ENCODING, "UTF-8"); ve.setProperty(RuntimeConstants.RESOURCE_LOADER 解析 #parse 会被velocity解析 #include("/template/utils/compare.vm") #parse("/template/component/menu.vm") define #end #set($name = "王尼玛") $common #set($name = "张三") $common evaluate 可以后端保存velocity语句，传入解析： 比如我们在java
1.4K60编辑于 2022-11-02 - 来自专栏全栈程序员必看
java velocity 语法_Velocity 语法
Velocity Notes 变量名$name 为空时打印变量本身。 $!name 为空时打印空字符串(不打印任何内容)。 ${name} 类似 name，为空时原样打印。 #end 其实不仅仅是变量名可以使用花括号，保留字同样可以使用，这在内联 Velocity 脚本的时候 非常有用。 数组 & 访问 Velocity 访问数组对象，无法通过类似 arr[2] 来访问特定位置的元素。 #set(arr = [0, 1, 2, 3])arr.get(2) 注：Velocity 中的数组对应 Java 中的 List 对象。 条件比较 在 Velocity 中可以使用大于(>)/小于(1) 要修改为 if( 转义$\name $\{name} 不解析执行的内容#[[ 这段内容将不被 Velocity 引擎解析，原文打出
3.5K20编辑于 2022-09-14 - 来自专栏菩提树下的杨过
velocity模板引擎学习(2)-velocity tools 2.0
使用velocity后，原来的很多标签无法使用了，必须借助velocity tools来完成，目前velocity tools最新版本是2.0，下面是velocity tools的一些注意事项： 1. ; 9 import org.apache.velocity.tools.Scope; 10 import org.apache.velocity.tools.ToolManager; 11 import org.apache.velocity.tools.view.ViewToolContext; 12 import org.springframework.web.servlet.view.velocity.VelocityToolboxView </class> 5 </tool> 借助velocity-tools的LinkTool类，在velocity中直接用${link.contextPath}即可得到当前的contextPath 最后，Velocity还允许自定义标签（也有人称为自定义指令），支持开发人员定义自己的标签，比如#YourDirective，详情可参考： 编写自定义的 Velocity 指令
1.8K90发布于 2018-01-19 - 来自专栏杨焱的专栏
Velocity 语法
官方文档： http://velocity.apache.org/engine/releases/velocity-1.7/user-guide.html Variables Notation: $ Array list: #foreach ( item in [“Not”, my, “fault”] ) Range operator: #foreach ( $item in [1..3] ) Velocity ” “opinion.txt” ) Variable: #include( foo bar ) #parse – Renders a local template that is parsed by Velocity See parse_directive.maxdepth in velocity.properties to change from parse depth. #end VMs can be defined in one of two places: Template library: can be either VMs pre-packaged with Velocity
1.8K30编辑于 2021-12-08 - 来自专栏allsmallpi博客
使用velocity
使用maven引入jar org.apache.velocity velocity 1.7 org.apache.velocity velocity-tools commons-net 3.3 创建TemplateUtil工具类 package com.os.core.util.web; import org.apache.velocity.Template ; import org.apache.velocity.VelocityContext; import org.apache.velocity.app.VelocityEngine; import
60620发布于 2021-02-25 - 来自专栏全栈程序员必看
velocity语法
$变量名 = “值” ##velocity中仅有String做变量的值。
1K20编辑于 2022-09-06 - 来自专栏Ryan Miao
velocity分页模板
找到一份velocity模板。 1 <!
1.1K60发布于 2018-03-13 - 来自专栏CSDN
Velocity ${} 、$!{}、!${}的区别
{name}情况二：Velocity ${} 、$!{}、!${}的区别 前言情况一：{name}情况二：!{name}情况三：!{name} 情况一：{name}情况二：! 前言 在使用Velocity时经常会看到三种使用变量的情况 情况一：${name} 情况二：$!{name} 情况三：!${name} 那么三者之间到底有什么区别呢？莫慌！！！ 就像js中的布尔操作符一样，表示取反 原文出处： Velocity学习（三）之 {} 和 !{}、!${}区别
40210编辑于 2024-03-28 - 来自专栏全栈程序员必看
Velocity语法大全
一、基本语法 一、基本语法 一、基本语法 1、”#”用来标识Velocity的脚本语句，包括#set、#if 、#else、#end、#foreach、#end、#iinclude、#parse、#macro 3、”{}”用来明确标识Velocity变量； 比如在页面中，页面中有一个$someonename，此时，Velocity将把someonename作为变量名，若我们程序是想在someone这 个变量的后面紧接着显示 如：#parse(“/blog/top.html”)或#include(“/blog/top.html”) parse与include的区别在于，若包含的文件中有Velocity脚本标签，将会进一步解析 三、关于#set的使用 在万不得已的时候，不要在页面视图自己声明Velocity脚本变量，也就是尽量少使用#set。 脚本语法摘要 四、Velocity脚本语法摘要 四、Velocity脚本语法摘要 1、声明:#set ($var=XXX) 左边可以是以下的内容 Variable reference String literal
1.3K20编辑于 2022-09-14 - 来自专栏全栈程序员必看
velocity 语法 null
相信这个问题是很多使用Velocity的朋友所经常碰到的，大家可能非常期望下面这样的代码能够运行： #if($foo == null) … #end 实际上这段代码会报错。 这是因为Velocity中对null的支持比较特别。总统上说，判断是否为null有下面几种方法： 1. #if (! $foo) 判断$foo为空，判断非空为 #if ($foo) 2. 使用 #ifnull() 或 #ifnotnull() #ifnull ($foo) 要使用这个特性必须在velocity.properties文件中加入： userdirective = org.apache.velocity.tools.generic.directive.Ifnulluserdirective = org.apache.velocity.tools.generic.directive.Ifnotnull
85110编辑于 2022-09-14 - 来自专栏菩提树下的杨过
velocity模板引擎学习(4)-在standalone的java application中使用velocity及velocity-tools
通常velocity是配合spring mvc之类的框架在web中使用，但velocity本身其实对运行环境没有过多的限制，在单独的java application中也可以独立使用，下面演示了利用velocity ; import org.apache.velocity.VelocityContext; import org.apache.velocity.app.VelocityEngine; import org.apache.velocity.runtime.RuntimeConstants ; import org.apache.velocity.runtime.resource.loader.ClasspathResourceLoader; import org.apache.velocity.tools.generic.ConversionTool ; import org.apache.velocity.tools.generic.DateTool; import java.io.StringWriter; import java.util.ArrayList
- 2 . mac pro / 2 件
参考文章： http://www.ibm.com/developerworks/cn/java/j-lo-velocity198680发布于 2018-01-19 - 来自专栏Java编程技术
Velocity引擎原理探究
一、前言 常见的Java模板引擎有JSP、Freemark，Velocity。 * 源码org.apache.velocity.app下面主要有两个类Velocity和VelocityEngine。 Velocity ，主要对外提供一些static方法，可以通过类名直接调用，只要通过Velocity创建一个模块，在创建一个存放变量的context，就可以渲染，如下： ? Velocity内部数据隔离，Velocity不同模块通过传递参数方式进行处理，利于模块之间的解耦。 2.2 源码分析 2.2.1 试验准备 pom中添加velocity依赖 <dependency> <groupId>velocity-tools</groupId> <artifactId>velocity-tools-generic
1.9K20发布于 2018-09-06 - 来自专栏问天丶天问
Velocity 基础语法
$count]) $application_prefix.trim()as_hs_auth00${i} #end 1通用规则 1) "#":用来标识Velocity的脚本语句，包括#set、#if、#else 3) "{}":用来明确标识Velocity变量。 save" label="是否保存" type="select" options="false:否;true:是">false</field> </field> </variables> 4.3 velocity
2K40发布于 2018-06-19 - 来自专栏JokerDJ
Velocity模板引擎
velocity简介 velocity介绍 Velocity是一个基于Java的模板引擎，可以通过特定的语法获取在java对象的数据，填充到模板中，从而实现界面和java代码的分离 应用场景 源代码生成 :velocity可用于基于模板生成Java源代码 自动电子邮件:网站注册，认证等的电子邮件模板 网页静态化：基于velocity模板，生成静态网页 velocity结构 Velocity "); //2.加载velocity引擎 Velocity.init(prop); //3.加载velocity容器 VelocityContext org.apache.velocity.VelocityContext; import org.apache.velocity.app.Velocity; import org.junit.Test; "); //2.加载velocity引擎 Velocity.init(prop); //3.加载velocity容器 user user
89510编辑于 2023-11-27
腾讯云开发者
