- 综合排序
- 最热优先
- 最新优先
- 来自专栏生物信息学、python、R、linux
火山图
在分析RNAseq和microarray数据的差异基因的时候，常常用到火山图，需要的数据是包含Fold change（FC) 和pvalue的矩阵，通常横坐标用log2（FC）表示， 纵坐标用-log10
1K30发布于 2020-04-01 - 来自专栏菜鸟学数据分析之R语言
ggplot绘制火山图
火山（Volcano Plot）图在一张图中显示了两个重要的指标（Fold change/pvalue），可以非常直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。 检验分析出两样本间显著差异表达的基因后，以log2（fold change）为横坐标，以T检验显著性检验P值的负对数-log10（pvalue）为纵坐标，即可得火山图（Volcano Plot）。
1.5K30发布于 2020-08-06 - 来自专栏生信技能树
Science杂志：比火山图多一点信息的火山图
今天再来学习文章中的一幅不同寻常的火山图，相比于常规的火山图，这个图在底部展示了两个Hallmark KRAS signaling gene sets基因集的富集结果，竖线表示基因集中的基因在横轴即所有基因按照 图片如下： 图注：Fig. 1. 选择的标准：FDR<0.01的时候，按照 FC 从大到小排序取top200 火山图背景 PDAC细胞系KRAS siRNA RNA测序 为了确定 KRAS 依赖性转录组，作者对一组八个人类 KRAS 突变型胰腺导管腺癌 PDAC 的细胞系在经过 24 小时 KRAS siRNA 处理后的基因转录变化（图 S1A 和 B）进行了 RNA-seq 测序。
51110编辑于 2025-03-24 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
“站长，火山图咋画？”
火山图 就是比热图更热的图~~~ 少废话，直接上代码~ 基于R.3.4.4 #载入相关包 library(ggplot2) library(ggrepel) library(ggsci) library 后面的值根据自己的需要修改 p+geom_text_repel(data=filter(Vol.TG,padj < 0.01,abs(log2FoldChange)>6), aes(label=genename)) 效果图
73320编辑于 2023-03-02 - 来自专栏生信补给站
火山图|给你geneList，帮我标到火山图上
火山图（Volcano Plot）常用于展示基因表达差异的分布，横坐标常为Fold change（倍数），越偏离中心差异倍数越大；纵坐标为P value（P值），值越大差异越显著。 得名原因也许是因为结果图像火山吧! ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来 火山图只标示指定基因？这需求都遇到过吧。 一 载入R包，数据 library(ggplot2) library(openxlsx) library(dplyr) #绘制火山图数据 data <- read.xlsx("火山图.xlsx", sheet 二 绘制火山图（标示最显著的基因） 2.1 先根据阈值分出上调和下调基因； data$change <- as.factor(ifelse(data$adj.P.Val < 0.01 & abs(data 3.1 读入含有geneList的文件 gene <- read.xlsx("火山图.xlsx", sheet = 2) gene$geneList <- gene$gene ?
4.4K25发布于 2021-06-24 - 来自专栏全栈程序员必看
火山图标记基因_火山地形图
现在很多文章开始出现这样的一种情况，在绘制火山图中，显示我们所关注的基因，那么如何去显示呢？ 很多人可能会这么做，在绘制普通的火山图之后，使用AI对图进行修改，添加部分基因，但是现在我要介绍的是如何用R绘制 library(ggpubr) library(ggthemes) data <- read.csv(“easy_input_limma.csv”, head=T,sep=’,’) #绘制基本热图 data l o g p < − − l o g 10 ( d a t a parse error: Expected ‘EOF’, got ‘#’ at position 32: …own-regulated” #̲查看上调和下调的基因个数 ta…Group) #绘制新的火山图 最近看到一个更加强大的包，绘制的火山图更加好看 EnhancedVolcano包 1、首先安装这个包 if (!
91830编辑于 2022-11-01 - 来自专栏BioIT爱好者
R EnhancedVolcano 绘制火山图
火山图是用于差异表达分析结果可视化的一种有效方法。 今天，我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包：EnhancedVolcano ，该包拥有强大的绘图功能，用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性，此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象 使用 EnhancedVocalno 包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表，可以说非常简单又实用的一款神器了。 1. 下载与安装 R 版本：3.6.1。 legendPosition = 'right', legendLabSize = 16, legendIconSize = 5.0) legendVisible = FALSE 可以不展示图注 coord_cartesian(xlim=c(-6, 6)) + ggplot2::scale_x_continuous( breaks=seq(-6,6, 1)) EnhancedVolcano 包绘制火山图就先介绍到这里
1.5K40发布于 2021-10-15 R语言绘图 | 渐变火山图
客户要求绘制类似文章中的这种颜色渐变火山图，感觉挺好看的。网上找了一圈，发现有别人已经实现的类似代码，拿来修改后即可使用，这里做下记录，以便后期查找。
27000编辑于 2025-05-29- 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【画图】如何画火山图？
火山图，可以展现基因总体的表达情况，并且可以凸显某个基因的重要性，是展现效率极高的图形。 如果你不喜欢敲代码可以按照下面的链接在线完成 2分钟！ 使用小站工具，就能用鼠标点出火山图和GSEA图~回复：我要测试。领取测试数据玩起来吧~ 下面的数据与之前预测ACE2基因功能是一套数据，这里举例说明 画图 1. data = subset(Vol.data,Vol.data$SYMBOL==selgene), aes(label = SYMBOL), show.legend = F) pp } 4.出图 dataVol,selgene = "LINC02512") volcanoPlot.chris(dif=dataVol,selgene = "ARAP1-AS1") Tips 1、写个函数方便批量组图哦
91820编辑于 2023-02-28 - 来自专栏优雅R
R EnhancedVolcano 绘制火山图
火山图是用于差异表达分析结果可视化的一种有效方法。 今天，我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包：EnhancedVolcano ，该包拥有强大的绘图功能，用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性，此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象 使用 EnhancedVocalno 包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表，可以说非常简单又实用的一款神器了。 1. 下载与安装 R 版本：3.6.1。 legendVisible = FALSE 可以不展示图注 3.6 校正后的 p 值作图 EnhancedVolcano(res, lab = rownames(res), x = 'log2 EnhancedVolcano 包绘制火山图就先介绍到这里。
6.9K55发布于 2020-07-06 - 来自专栏生信宝典
R语言学习 - 火山图
火山图 火山图用于展示基因表达差异的分布，横轴为Log2 Fold Change，越偏离中心差异倍数越大；纵轴为(-1)*Log10 P_adjust，值越大差异越显著。 一步绘制火山图 输入数据格式 火山图需要的数据格式如下 (本文用到的数据文件名为volcano.txt，文末有下载链接，此处截取一部分作为例子，也可用来画图，只是数据少，效果不明显) id: 不是必须的 -26 Unchanged - E00047 -0.610941 5.51696648645932e-57 Unchanged - 使用significant列绘制火山图 自动计算significant列绘制火山图 若不存在significant列，程序会根据-F指定的参数计算并标记差异基因。 今天先到这，前天提到的富集分析图，今天的火山图都是散点图的一种，后续介绍散点图时再对用到的R代码进行解读。 需要绘图脚本的，还是请帮助转发下，谢谢。
3.6K70发布于 2018-02-05 - 来自专栏科研菌
生信代码：绘制热图和火山图
引言：前面几期中，我们学习了如何下载TCGA数据、预处理和差异分析，那么今天我们继续来看看如何将利用差异分析的结果绘制热图和火山图。 六、绘制差异表达基因的热图 TCGAvisualize_Heatmap()绘制热图的主要用法：等号后面对应的为默认参数。 七、绘制差异差异表达分析结果的火山图 TCGAVisualize_volcano（）绘制火山图的主要用法： TCGAVisualize_volcano(x, y, filename = "volcano.pdf title = "volcano plot by edgeR") title = "volcano plot by limma") 如下为此次分析的火山图结果 九、结语 今天的热图和火山图就暂告一段落。
6K53发布于 2021-01-25 - 来自专栏生信技能树
指定通路绘制gsea图热图和火山图
对初学者来说， 跳过了大量细节，所以跟这个教程会比较吃力，有粉丝就提问了希望可以对这些通路在在具体的癌症里面细化展示，比如绘制gsea图，热图和火山图。 , gsub('/','-',up_kegg$Description[i]), '.pdf')) }) 然后 批量针对每个通路绘制热图， '/','-',up_kegg$Description[i]), '.pdf')) }) 然后 批量针对每个通路绘制火山图 ，把每个通路里面的基因列表标记在火山图里面，这个时候仍然是分成两步走，首先绘制一个火山图 (不同的包做差异分析得到的矩阵列名不一样，下面是DEseq2的结果举例哦 )： ## for volcano dev.off() p_v ggsave(p_v,filename = 'step4_deg_volcano.png',height = 6,width = 5) 然后循环感兴趣的每个 通路，去叠加到上面的火山图里面
2.8K30编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
让你的火山图更丰富
下面是去年实习生的分享 EnhancedVolcano包可根据差异分析结果，基于ggplot2绘图结构，方便地绘制美观的火山图，下面根据自己的理解小结下基本用法。 -0.08459224 0.15186225 -0.3948862 0.6929268648 NA 如上，只要包含包含基因名、差异倍数、P值三部分信息的差异结果就可以用于绘制火山图 EnhancedVolcano(res, lab = rownames(res), x = 'log2FoldChange', y = 'pvalue') 如下图结果，基本绘制了不错的火山图 EnhancedVolcano()也提供了很多调整的参数，可供优化选择 1、标题修改 title =主标题 subtitle = 副标题，默认为 "EnhancedVolcano" caption = 图注 legendIconSize = 5.0) 可使用ggplot2的语法 + theme(legend.position="none") 设置取消legend 5、设置point label 如上面的图，
96720编辑于 2022-03-03 - 来自专栏优雅R
「R」数据可视化1: 火山图
在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。 什么是火山图 ? 火山图，是形如火山喷发的一种图形展示方法，常被用于展示差异，比如差异基因、差异微生物等等。 上图就是一张典型的火山图，描述了差异基因的情况。 火山图要怎么画 (1) 需要什么格式的数据 从网上找了一个别人的RNA-seq数据 ，让我们一起来瞧瞧。 ? （2) 如何使用ggpot2做火山图 能够做火山图的方法有很多，有一些RNA-seq分析的包中自带了画火山图的函数。 Volcano 一张精致的火山图就做好啦。
3.1K10发布于 2020-07-03 - 来自专栏简说基因
跟着Nature文章绘制转录组火山图
我们总能在文献中看到的火山图是怎么绘制的，本期就介绍火山图原理并且一起进行R代码实操训练，绘制自己的火山图。 导语： 火山图原理介绍； 阈值介绍； R代码实操； 火山图介绍 简介 火山图是一种用于可视化基因表达数据的图形，通常用于比较不同条件下的基因表达差异。 原理 火山图的横轴表示基因表达的对数变化（Log2 Fold Change），而纵轴表示显著性水平的负对数（-log10(P值)）。 实战演练 接下来就让我们通过复现一篇natrure文章的火山图，文献为： 文章原图： 数据可以从文章中下载，数据格式为： 复现代码： ## volcano_plot library(readxl) library axis.title.y = element_text(angle=90,vjust =2), axis.title.x = element_text(vjust = -0.2), 复现结果图：
97810编辑于 2025-02-27 - 来自专栏生信小驿站
R语言之可视化⑨火山图
====================================== 火山图可以方便直观地展示两个样本间基因差异表达的分布情况。 我们根据计算结果在图上按照FDR和我们自定义的logFC值来将这部分显著变化的基因用不同颜色标示出来以区分，这类图像往往呈现类似火山爆发的样子，于是就被叫做“火山图”（volcano plot）了。 data$padj <= 0.05 & data$logFC <= -0.5] <- "down" # 选最大值作为xlim的上下边界 x_lim <- max(logFC,-logFC) # 绘制火山图
1.8K30发布于 2018-12-13 - 来自专栏生物信息云
多组差异表达分析火山图合并绘制
多组差异表达分析火山图合并绘制 我这里有很多差异分析的结果，获取这些结果的完整路径 degr = dir("output/016_hot_cold_tumor/DEG", "DESeq2 data.frame(x=c(0:3), y=0, label= unique(alldeg2$cancer)) 绘制背景图：
1.7K20编辑于 2023-02-27 - 来自专栏医学和生信笔记
单基因差异分析并绘制火山图和热图
介绍下绘制火山图和热图的方法，如何在火山图或者热图中标记特定的基因，顺便学习下EnhancedVolcano包绘制火山图。 IL18 ## TNFSF10 TNFSF10 ## DAPP1 DAPP1 ## ANKRD22 ANKRD22 ## ZBED2 ZBED2 ggplot2绘制火山图 绘制火山图需要差异分析的结果，我们再增加一列信息展示这个基因是上调、下调还是没意义。 legend.background = element_blank() ) plot of chunk unnamed-chunk-7 EnhancedVolcano 一个专门用于绘制火山图的 首先是准备热图需要的数据，其实就是表达矩阵的可视化而已。
1K21编辑于 2023-08-30 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着CELL学作图|1.火山图
跟着CELL学作图之火山图 “实践是检验真理的唯一标准。” “复现是学习R语言的最好办法。” ? 今天带大家复现其中的一个Supplemental Figure：火山图。 本文代码及示例数据领取：后台回复“210412” （这个是我转载的，需要到 木舟笔记这个公众号留言获取示例数据和代码） ? 这图确实比一般的火山图美观且简洁。 火山图的意义 火山图可用于展示两组样本间基因表达水平差异的分布状况。
1.5K30发布于 2021-04-21
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号