今天给大家分享两个常用的小麦转录组数据库,Wheat Expression Browser(http://www.wheat-expression.com/)和WheatExp: An Expression Database for Polyploid Wheat(https://wheat.pw.usda.gov/WheatExp/)。
再选择blast便可在TGACv1中进行比对。后面获得ID的就比较简单了,不做介绍了。接着打开Wheat Expression Browser,选择对应的数据库再输入ID即可搜索。输入ID正确的话会自动出来下拉结果,在search就好。
这个数据库的好处在于具有多种处理,
翻译成中文方便大家理解,其中包括我们组比较关注的跟抗性有关的处理,包括赤霉,锈病,白粉等。
再介绍一下第二个数据库WheatExp: An Expression Database for Polyploid Wheat,这个数据库是我在帮赵佳师姐找二粒小麦比对方法的时候发现的,发现非常适合钟毓使用,而且使用方法看似也比较简单,甚至可以直接输入基因名称,另外的直接序列blast和protein ID的方法我就不介绍了。
为什么说适合钟毓呢,因为这个数据库更多的是跟生长发育有关转录组数据,所用的转录组数据就是钟毓seminar讲的那篇science的数据,
当然除了这个还有在不同组织,籽粒,光形态建成过程,叶片衰老过程,干旱和热处理的数据,我就不一一截图了。
好了,分享的两个数据库希望可以帮到大家。
领取专属 10元无门槛券
私享最新 技术干货