好用到飞起来的癌症候选基因数据库-The Network of Cancer Genes

数据库背景信息

由于越来越多的测序研究不断扩充癌症基因的相关数据，研究者急需一个能时时更新的癌症基因综合信息数据库。因此，研究者在2010年开始建立The Network of Cancer Genes (NCG)数据库，旨在从大量癌症测序数据中收集汇总癌症基因并给予详细注释。

图：2372个癌症候选基因来源（2个癌症数据库+273篇癌症测序文章）

数据库使用体验

首页（支持多种搜索模式）

以BRCA1为例，搜索结果页面内容

基本信息模块(各种NCBI序列编号与链接“一网打尽”)

癌症基因信息模块

①、Cancer information：提示BRCA1为肿瘤驱动基因的文献列表（包括技术平台，分析平台，癌种等信息）

②、Duplicability（倍性）：体现BRCA1基因编码蛋白序列在基因组的比对情况

③、Orthology BRCA1基因的直系同源情况

④、Network Properties：BRCA1蛋白互做情况

⑤、Gene Expression in Normal Tissues：包括2个基因表达数据（GTEx和Protein Atlas）和1个蛋白表达数据（Protein Atlas）

⑥、Gene Expression in Cancer Cell Lines：列举了三个数据库中肿瘤细胞系中该基因表达情况（Cancer Cell Lines Encyclopedia (CCLE)；Cosmic Cancer Cell Lines Project (CLP)；Genentech dataset (GNE)）

⑦、Essentiality：BRCA1基因对于细胞系存活的必须性（来源于OGEE和PICKLES 数据库）

⑧、Protein Function：蛋白参与的通路信息（来源于KEGG,Reactome，BioCarta三个数据库）

⑨、miRNA-gene interactions：互做miRNA信息

结语

如果准备开展一个肿瘤基因的功能研究，

先来NCG数据逛一逛，

一定可以少走很多弯路哦~

创新基因科技，成就科学梦想