我有一个snakemake工作流，它失败了，因为最后一个作业要么创建了两个输出文件，要么一个也没有创建。我尝试过使用检查点来解决这个问题，但我认为在尝试整理聚合函数中的输出文件时，我会使用通配符。最后一步是解析器(3)，它输出csv和fasta文件。但是，如果txt文件中没有匹配项(也就是insilico没有得到任何结果)，那么它就不会创建csv或fasta文件。output/metaphlan/isPCR/final/{id}_mismatch_{sample}n.txt"
浏览 49提问于2020-02-06得票数 0
简而言之，我在一条规则中从其他文件中创建了许多文件，它们都符合通配符格式。我不知道我创建了多少个，因为我不知道我最初下载了多少。因此，我猜这会修改函数本身中的检查点的调用方式。以及展开的用法。有关规则如下：textgrid_to_ctm_txtmerge_ctmsdownload_mv (创建{MV_ID}.TEX和.现在我和snakemake --dryrun在一起
Building DAG of jobs...allas:200
浏览 13提问于2021-12-06得票数 0
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我正在运行一个带有检查点的Snakemake工作流，从它收集以前未知数量的输出文件。然后，Snakemake应该根据带有下一个规则的文件号创建许多任务，将收集到的检查点文件的某些部分作为通配符用于该规则通配符。这一切都很好，除非我希望该规则也创建日志和/或基准文件，此时抛出：Not all output, log and benchmark files of rule plasmid_spades问题是，它在开始时评估日志/
浏览 5提问于2022-07-01得票数 1
wildcards)
input: conditional_input在上述情况下，当condition_a是False时，它只计算检查点B而不计算检查点A。
浏览 2提问于2020-02-04得票数 0
这个问题与我之前的帖子Snakemake exit a rule during execution有关。有人建议使用检查点函数，下面是我的建议： def readFile(file): line = f.readline()"output/out2.txt" run: shell("echo 'final' > output&#
浏览 10提问于2020-10-28得票数 0
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我正在将生物信息学管道转换为snakemake，并有一个遍历M个文件的脚本(其中每个非性别染色体都是M=22 )。 每个文件实际上包含N个标签列，我希望它们作为单独的文件。python脚本可以可靠地做到这一点，我的问题是，如果我为snakefile的输出提供通配符(包括染色体和标签)，它将运行脚本MxN次，而我只希望它运行M次。我可以通过在每个染色体上只查找一个标签文件来绕过这个问题，但这不符合snakemake的精神，管道中的下一步需要所有标签文件的输入。我已经尝试使用检查点功能(据我所知，它会在每个规
浏览 22提问于2019-05-26得票数 1
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我使用Snakemake作为工作流管理器，并且意识到Snakemake不喜欢一对多的规则。我定义一个检查点可以解决这个问题，但是当我运行这个脚本时，我会得到这个错误消息，并使用规则fastqc。# Snakemake file - input raw reads to generate quant files for analysis in Rimport osimport pathl
浏览 3提问于2022-01-05得票数 0
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我创建了以下snakemake规则： input: output: log:--nextseq-trim=20 -m 20" "0.50.4/bio/cutadapt/se"不能从输出文件中确定params中的通配符由于{}，Snakemake将-a 'A{100}'实现为通配符
浏览 9提问于2020-04-13得票数 4
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我正在尝试编写一个snakemake工作流，其中通配符使用输入函数进行“交换”。有一个中间步骤，然后我想使用来自一个条件的中间文件和来自另一个条件的原始文件。似乎没有正确地推断通配符。也许我误解了snakemake推断通配符的方式。我想这可能与检查点未完成有关，但是如果我在输入函数checkpoint_dir = checkpoints.create_files.get(**wildcards).output[0]的开头添加swap_input
浏览 17提问于2022-09-12得票数 0
基本上，我有三个snakemake规则(规则全部除外)，尽管有检查点资源，但无法解决这个问题。
第一条有我的第一个，也是我唯一开始的文件。它将有x个输出(数字根据输入文件的不同而变化)。也许我在设置检查点的时候遗漏了什么？
浏览 1提问于2021-03-03得票数 1
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我不知道在每个类别中将创建多少个文件和哪些文件(files)然后触发检查点，我将知道为每个类别创建了哪些文件。在create_file中生成的文件是通配符特定的，因此我将我的需要称为“通配符特定的”通配符。
浏览 1提问于2022-06-22得票数 1
在snakemake中，我可以在声明规则之前定义全局变量。当我有一个需要通过某个工具下载的文件列表时，这是很棒的--然后我可以确保这些文件的名称是我后续步骤的通配符。fastq" % "raw_samples/" "fasterq-dump {wildcards.srafiles} -O raw_samples"
这确保了我可以在snakemake中通过在规则中链接输入和输出来处理我下载的文件。但是，假设我没有从文本文件sra
浏览 10提问于2022-03-29得票数 1
sample}_2.fastq.gz" bam = "{sample}.bam", log: "/snakemake_log.txt
浏览 0提问于2019-11-07得票数 1
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让我的snakemake聚合命令工作时遇到了问题。我希望获得一个给定的GTF文件，在GTF中查找单独的区域，如果找到，则将这些区域写到一个单独的文件中。为了解决这个问题，我尝试使用一个snakemake检查点。 为此，我编写了一个名为collapse_gtf_file.py的简短脚本，它只接受一个GTF文件，并根据找到的单个区域的数量生成N个文件。但是，我无法让我的检查点命令工作。我可以让示例用例正常工作，但是当我尝试围绕这个检查点构建更大的管道时，它就会崩溃。到目前为止，我已经尝试遵循这里的检查
浏览 13提问于2019-05-21得票数 1
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我有大量的分析需要一次完成，因此我认为我可以制作一个字典，并将键和值解析为通配符(每次snakemake运行都需要使用两个通配符)。green"] }
在这里，字典中的第一个键是wildcard1，这里是{Apple}，第一个值为wildcard2，在这里运行snakemake然后，同样的键将再次使用({Apple}作为wildcard1)，并将第二个关联值(这里是{red
浏览 3提问于2020-10-23得票数 0
我想用一种非常简单的方式在Snakemake中使用通配符来启动两个数据集的脚本。不幸的是，我找不到合适的方法。subset.txt" "bash scripts/extract.sh {input.genes} {input.expression} {output}"大楼的工作.WorkflowError:目标规则可能不包含通配符。请在命令行中指定具体的文件或没有<em
浏览 13提问于2022-11-16得票数 1
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在函数中索引我的snakemake通配符有问题。由于某些原因，变量存储在“通配符”列表中的顺序有所不同。如何控制或修复通配符在“通配符”列表中的位置？我添加了Snakefile的相关内容。#!
浏览 2提问于2017-01-27得票数 0
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我已经建立了来做一些简单的QC和分析浅猎枪元组样品通过我们的实验室。当数据数量较低的样本作为输入交付时，管道中的一些工具将失败或出错--但有时从原始输入数据中无法知道这一点，因为中间过滤步骤(例如适配器修整和宿主基因组删除)可以删除不同数量的读取。
浏览 5提问于2016-12-20得票数 1
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Snakemake支持使用通配符泛化规则，如下所示： input: output:现在说我有另外一条规则： input:调用all规则，Snakemake将看到conversion可以生成请求的文件f
浏览 4提问于2022-03-16得票数 1
我想知道是否有可能在Snakemake中将这两个规则连接到一个规则中(它们在“run：”中做同样的事情)： rule without_d: vals_pcaoutput_{type, tt|gs}_d{amount}.npz' # DO STUFF 我曾尝试定义stats/output_{type}{amount}.npz，但是通配符显然与空字符串不匹配第二个想法是将它放入"or“中，就像stats/{output, output_{type}|o
浏览 37提问于2020-09-08得票数 2
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