作者： 付汉杰 hankf@xilinx.com hankf@amd.com 测试环境： PetaLinux 2021.2
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sed 全名为 stream editor，流编辑器，用程序的方式来编辑文本。sed 与vim等编辑器不同，sed 是一种非交互式编辑器(即用户不必参与编辑过程)，它使用预先设定好的编辑指令对输入的文本进行编辑，完成之后再输出编辑结构。
创建虚拟机，用最小化方式安装，按要求配置好ip，同网段之间要能互通，配置好yum，修改主机名
sed(Stream EDitor，流编辑器)是文本处理中常用的工具，能够使用正则表达式，功能不可小觑。
备注：一些命令的输出，第一次记录的数据是自重启到当前时间的平均值，所以，如果采用循环的方式不断重复开启命令，获取的数据可能不太准确，所以，这里采用开启命令后，一次性捕获需要的数据。
使用步骤： 1.设置一个定时任何 执行getperf.sh，采集性能数据 2.将采集到性能数据文件，如：192.168.1.1.tar.gz 解压 3.将性能分析的脚步performance_analyse.sh 放到解压后的目录中 4.安装gnuplot程序 5.将字体文件夹，拷贝到/usr/share/fonts/目录 6.直接运行 bash performance_analyse.sh
sed是一种流编辑器，流编辑器会在编辑器处理数据之前基于预先提供的一组规则来编辑数据流。
Sed是一种流编辑器，它是文本处理中非常中的工具，能够完美的配合正则表达式使用，功能不同凡响。处理时，把当前处理的行存储在临时缓冲区中，称为“模式空间”（pattern space），接着用sed命令处理缓冲区中的内容，处理完成后，把缓冲区的内容送往屏幕。接着处理下一行，这样不断重复，直到文件末尾。文件内容并没有 改变，除非你使用重定向存储输出。Sed主要用来自动编辑一个或多个文件；简化对文件的反复操作；编写转换程序等。
sed 是 stream editor 的缩写，它一种流编辑器，它一次处理一行内容 。
与grep不同的是，当使用sed匹配字符串的时候如下： #sed -n ‘//‘p file // 内填写需要匹配的字符串 例如： #sed -n ‘/root/’p /etc/passwd :匹配包含字符串root的行！（使用grep 匹配则是#grep ‘root’ /etc/passwd） [[email protected] sed]# grep 'root' passwd root:x:0:0:root:/root:/bin/bash operator:x:11:0:o
其中-n代表只输出模式匹配的行，s代表替换，p代表把匹配的行输出。 对比验证参数作用:
经常会碰到列数特别多的文件，而屏幕又不足以放下这么多列；即便能放下，也不容易清晰的辨别出想提取的信息在第几列。 根据我们前面的学习，可以用一行命令或简单的写一个bash脚本来处理这个问题。 命令如下，命令的解释见 Linux学习-文件排序和FASTA文件操作。 ```bash ct@ehbio:~$ vim test ct@ehbio:~$ cat test sample A B C D E F G H ID1 1 2 3 4 5 6 7 8 ID2 1 2 3 4 5 6 7 8 ID3 1 2 3 4
-w：word 精确查找某个关键词 pattern less -S Data/example.gtf | grep -w 'gene' ##匹配文件中含有gene的文字
是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用事先 定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合，组成一个 “规则字符串”，这个“规则字符串”用来表达对字符串的 一种过滤逻辑。
sed： sed ‘/root/’p test.txt 全部匹配出来 写法：sed ‘/ /’ p 匹配文件名字 sed -n '/root/'p test.txt 只匹配你要的部分数据 写法：sed
sed （stream editor）流编辑器也是linux中的一条命令，在shell中经常需要用到的非交互式修改文件内容的命令。sed处理文本是按行处理，也就是读一行处理一行。 sed的常用参数 -n 屏蔽默认输出；如果不加-n选项会全部输出文本满足条件的行再重复输出 -r 如果使用扩展正则，则需要添加-r选项，默认不支持扩展正则，只支持标准正则 -i 直接修改源文件；不加-i只会在屏幕临时输出不会修改源文件，一般测试过命令无误才会在脚本中使用-i选项 sed常用命令 a 在当前行后添加一行或多行。多行时
awk和sed想一对兄妹，一个出现，就会问起另一个。现在，都来了。 sed基本参数解释 sed是stream editor的简称，擅长对文件进行各种正则操作、插入操作、替换操作和删除操作，可以全局，可以指定特定范围的行或者特定特征的行。 s/pat/replace/: 正则替换 前插行i, 后插行a, 替换行c, 删除行d, 输出行p N: 读入下一行，同时存储；n:读入下一行，抛弃当前行 常见操作 替换特定的文本 ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat ID 2 cell 4 cel
history # 表示上一条 !! # 上一条命令的最后一个参数 !$ # 执行history的第555条 !!555 # 执行最近的一条以vi开头的 !vi # 键补全 vi 按两下出来全部v
sed是一种流编辑器，也是文本处理中非常好的工具，配合正则使用更强大处理时，把当前处理的行存储在临时缓冲区中，称为“模式空间”，接着用sed命令处理缓冲区的内容，完成后输出到屏幕，接着处理下一行
原文:https://wangchujiang.com/linux-command/c/sed.html
直接编辑文件 选项-i ，会匹配file文件中每一行的所有book替换为books：
n和N不打使执行权限回到顶部，而是只是单纯的读取下一行、追加下一行到当前的模式空间，从下一个命令接着处理。
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sed是一种流编辑器，也是文本处理中非常好的工具，配合正则使用更强大处理时，把当前处理的行存储在临时缓冲区中，称为“模式空间”，接着用sed命令处理缓冲区的内容，完成后输出到屏幕，接着处理下一行。文件内容并没有改变，除非使用-i选项。sed主要用来编辑一个或多个文件，简化对文件的反复操作或者用来编写转换程序等。
sed 是一种流编辑器，它是文本处理中非常重要的工具，能够完美的配合正则表达式使用，功能不同凡响。处理时，把当前处理的行存储在临时缓冲区中，称为“模式空间”（pattern space），接着用sed命令处理缓冲区中的内容，处理完成后，把缓冲区的内容送往屏幕。接着处理下一行，这样不断重复，直到文件末尾。文件内容并没有改变，除非你使用重定向存储输出。Sed主要用来自动编辑一个或多个文件；简化对文件的反复操作；编写转换程序等。
sed是一种流编辑器，它是文本处理中非常有用的工具，能够完美的配合正则表达式使用，功能不同凡响。处理时，把当前处理的行存储在临时缓冲区中，称为『模式空间』（pattern space），接着用sed命令处理缓冲区中的内容，处理完成后，把缓冲区的内容送往屏幕。接着处理下一行，这样不断重复，直到文件末尾。文件内容并没有改变，除非你使用重定向存储输出。sed主要用来自动编辑一个或多个文件，简化对文件的反复操作，编写转换程序等。
简介： 上篇推文 笔者介绍了如何用开源工具来闪回binlog，但有时候我们的机器无法安装这些开源工具。这时候我们可以使用shell脚本来闪回binlog，是不是觉得方便多了。
结果：1,2,34,5,61,2,34,5,61,2,34,5,61,2,34,5,61,2,34,5,6
从ENSEMBL的注释来看，人基因组中包含60,676个注释的基因，19968个蛋白编码基因。这些基因长度不同、位置不同、转录出的转录本不同，下面我们用几篇推文一步步去了解下基因组中的基因都有哪些令我们惊讶的地方。
正则表达式在编程语言中，数据库中，linux中都有着广泛的应用，一说起正则表达式就有些高深晦涩的味道，正则表达式精炼而重要,在Linux中有着举足轻重的作用，也是学好sed，awk的一个基本门槛。 正则表达式是基于正则表达式引擎来实现的，引擎主要有以下两类。可能大家对这个比较陌生。 POSIX基本正则表达式引擎 BRE POSIX扩展正则表达式引擎 ERE 大多数的Linux实现中都是BRE，也是默认的实现，还有扩展的实现就是ERE. 像grep，awk就支持基本和扩展的引擎，sed只支持基本引擎，
sed 默认每次只处理一行数据，除非使用 H、G 或者 N 等命令创建多行模式，每行之间用换行符分开。本篇将解释适用于多行模式的 sed 命令。在处理多行模式时，要记住 ^ 只匹配该模式的开头，即最开始一行的开头，且 $ 只匹配该模式的结尾，即最后一行的结尾。
[] eg: TATA-box 则可表示为：TATAATAAT. (这里的塔塔盒是指TATAWAWN 其中W=A/T N=ATC/G)
这里，得到的LSD = 6.708889, 多重比较中，用水平的平均值的差值，与LSD比较，如果大于LSD，则认为两水平达到显著性差异。
简介 本文主要介绍 Linux 系统的两个神级工具：sed 和 awk ，他们是Linux高手们必备的技能，很值得我们去研究的东西。 这里是我在网上书上收集的相关资料，因为这两个工具很有名也很重要，所以这些资料会帮助我更好的了解和熟悉它们。 什么是sed 在《sed and awk》一书中（1.2 A Stream Editor）的解释是： Sed本质上是一个编辑器，但是它是非交互式的，这点与VIM不同；同时它又是面向字符流的，输入的字符流经过Sed的处理后输出。这两个特性使得Sed成为命令行下面非常有用的
官网：http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/
假设fasta文件名为: aligned_fasta.fasta 读取fasta文件，转化：
本文承接之前写的三十分钟学会AWK一文，在学习完AWK之后，趁热打铁又学习了一下SED，不得不说这两个工具真的堪称文本处理神器，谁用谁知道！本文大部分内容依旧是翻译自Tutorialspoint上的入门教程，这次是 Sed Tutorial 一文，内容做了一些删减和补充，增加了一些原文中没有提及到的语法和命令的讲解，并且对原文所有的示例都一一进行了验证，希望本文对大家学习和了解Sed有所帮助。
Linux 系统中文本处理有多种不同的方式，系统为我们提供了三个实用命令，来实现对行列的依次处理功能，grep命令文本过滤工具，cut列提取工具，sed文本编辑工具，以及awk文本报告生成工具，利用这三个工具可以灵活的过滤截取任何系统文本内容。
表达定量 两个软件 featureCount，SalmonfeatureCount 常用参数图片cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/featureCounts## 定义输入输出文件夹gtf=/home/t_rna/database/GRCh38.104/Homo_sapiens.GRCh38.104.chr.gtf.gzinputdir=$HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Mapping/Hisat2/# f
正则表达式，林林总总说了几篇，还是有不少的内容需要补充。 -->星号 字符出现0次或者多次 $ echo "ik"|sed -n '/e*/p' ik $ echo "ieek"|sed -n '/e*/p' ieek $ echo "This is a color TV"|sed -n '/colou*r/p' --colour中的u可以出现0次或者多次。出现0次的时候color就符合条件 This is a color TV $ echo "This is a colour TV"|sed -n
20.1 什么是正则表达式 20.1.1 定义 正则表达式是你所定义的模式模板。linux工具可以用它来过滤文本。 正则表达式利用通配符来描述数据流中第一个或多个字符。 正则表达式模式含有文本或特殊字符，为sed编辑器和gawk程序定义了一个匹配数据时采用的模板。 20.1.2 正则表达式的类型 使用正则表达式最大的问题在于有不止一种类型的正则表达式。 正则表达式是通过正则表达式引擎实现的，正则表达式引擎是一套底层软件，负责解释正则表达式模式并使用这些模式进行文本匹配。 在linux中有两种流行的正则表达式
有时候不得不整题库, 但是题库是固定的,没得效果. 所以我弄了个脚本把题库随机下, 这样效果会好点.
cut 译为“剪切, 切割”，是一个强大文本处理工具，它可以将文本按列进行划分的文本处理。cut命令逐行读入文本，然后按列划分字段并进行提取、输出等操作。
head -2 1.txt | cut -c 5 截取1.txt文件的前两行的第五个字符 head -2 1.txt | cut -d ‘：’ -f 1,2 截取1.txt文件的前两行 以：分割 显示 1 2段内容 cut 从指定文件 截取内容 -c 按字符选取内容 -d ‘分隔符’ 指定分隔符 -f n1，n2 分割以后显示第几段内容，使用，分割 n 只显示n项 n- 显示 从第n项一直到行尾 n-m 显示 从第n项 到 第m项（包括m） Sort 排序 -u 去掉重复的 -n 升序 -n -r 倒序 -
版权申明：本文为博主窗户(Colin Cai)原创，欢迎转帖。如要转贴，必须注明原文网址 http://www.cnblogs.com/Colin-Cai/p/7663831.html 作者：窗户 QQ：6679072 E-mail：6679072@qq.com sed是所谓的流编辑器，我们经常用它来做一些文本替换的事情，这是sed最擅长的事情，如sed 's/Bob/Tom/g'就是把文章中所有的Bob改成Tom。 sed是图灵完备的，作为sed的粉丝，喜欢用sed做
语法：sed 选项 's/搜索的内容/替换的内容/动作' 需要处理的文件 动作一般是打印p和全局替换g
在linux中执行Jmeter脚本时候，大家是否一直使用【jmeter -n -t [jmx file] -l [results file] -e -o [Path to web report folder]】命令执行，是否想过通过shell命令执行或者python执行，今天简单介绍下shell命令执行,前置条件需要配置Jmeter环境变量，如果没有配置，需要在脚本中修改相应位置。
sed命令有两个空间，一个叫pattern space，一个叫hold space。这两个空间能够证明人类的脑瓜容量是非常小的，需要经过大量的训练和烧脑的理解，才能适应一些非常简单的操作。
用于文本搜索，匹配文件内容，语法格式为：grep pattern filename，例如：
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