然而，各种PCR技术，包括PCR、qPCR、RT-PCR、RT-qPCR、Real-Time PCR和dPCR，长得实在是太像了，好多同学看得头晕眼花也没弄明白这几种PCR有什么区别。
---- 新智元报道 编辑：拉燕 时光 【新智元导读】香港这波疫情爆发，仓鼠也在其中添乱搞鬼？看看顶会「柳叶刀」上的专家怎么说。 香港疫情爆发的罪魁祸首之一，竟然是下面这个萌萌哒的小动物？ 仓鼠带给人们欢乐、慰藉、陪伴，以及...... 新冠病毒！ 3月12日，医学顶级期刊「柳叶刀」上的一篇名为「案例研究：SARS-CoV-2型delta变异病毒（AY.127）从宠物仓鼠传播到人，引发人际传播」的论文引发热议。 这项研究由香港大学公共卫生学院严慧玲博士领衔，此外还有十多位研究人员合作完成。
1976年首次发现的具有完全闭环结构的RNA。然而，由于传统RNA检测方法的局限性，这些没有poly-A尾巴的转录本长期被忽视。近年来，随着高通量测序技术的发展，在真核转录组中发现了大量的circRNAs。circRNAs具有细胞类型特异性和跨物种高度保守的特点，被认为是在多种疾病中起重要作用的新的星形rna，包括人类癌症。
表达量芯片差异分析阈值：a false discovery rate (Benjamini–Hochberg test) adjusted p value of ≤ 0.05 and absolute fold-change values ≥ 2 or ≤ 0.5. （其中 3,248 were upregulated while the other 1,881 genes were downregulated ）
反转录PCR（Reverse Transcription，RT-PCR）又称为逆转录PCR。其原理是：提取组织或细胞中的总RNA，以其中的mRNA作为模板，采用Oligo(dT)或随机引物利用逆转录酶反转录成cDNA。再以cDNA为模板进行PCR扩增，而获得目的基因或检测基因表达。
以往的研究表明，miR-144-3p可能是非小细胞肺癌（NSCLC）的潜在生物标志物。然而，miR-144-3p对NSCLC起源，分化和凋亡的影响以及miR-144-3p与临床参数之间关系的综合机制很少有报道。
WB蛋白样本准备中最常用的是热变性（95-100℃，5min） ，并在加用上样缓冲液（loading buffer）。 Loading buffer分还原型和非还原型，还原型loading buffer多加有β-巯基乙醇等还原剂，能抑制或者破坏二硫键等的形成，能够更好地维持蛋白质的一二级结构。
一. RT-qPCR 基本原理和概念 实时荧光定量PCR （Quantitative Real-time PCR）是一种在DNA扩增反应中，以荧光化学物质测每次聚合酶链式反应（PCR）循环后产物总量的方法。通过内参或者外参法对待测样品中的特定DNA序列进行定量分析的方法。
引物设计是PCR成功与否的关键因素之一。目前已经发表了上百种引物设计的软件，该如何选择这些PCR引物设计软件呢？此前《Bioinformatics》发表了一篇题为“Classification and review of free PCR primer design software”的综述文章，对目前可用的免费PCR引物设计软件进行分类和回顾性总结。
这篇论文是生信技能+湿实验验证的套路，湿实验只有RT-qPCR和免疫组化分析（IHC）。文章题目是并列句，是生信分析的预后和诊断价值+肿瘤免疫微环境这个研究热点的结合。
12个样本：2个基因型（紫色和橙色胡萝卜）X 2个组织（木质部和韧皮部）X 3个生物学重复。
为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）
科研芝士的小伙伴们大家好啊！我是你们的老朋友小木舟~今天给大家分享一篇2019年11月发表于《JOURNAL OF TRANSLATIONAL MEDICINE》的一篇单基因生信结合组化实验的文章，杂志IF= 4.098。文章题目：Prognostic implications of Aquaporin 9 expression in clear cell renal cell carcinoma.原文获取方式，后台回复：JTM。话不多说直接进入正题~
摸索单细胞转录组数据分析这两年，我遇到过太多的CNS文章及综述，但只有本文被我安排给了所有人进行翻译，本译文来自于最优秀的学习者，最开始在不到3000粉丝的单细胞天地公众号发布，却喜获近5000的阅读量。
著有 “玄学” 之称的分子生物学，师兄师姐说小 M 要做的都是 “升级打怪入门级” 的实验，然而，实验记录本上清晰地罗列着自己整理的堪称完美的 (假装看懂的 Steps) 实验流程，可是完美的流程下，总是充斥着不丝滑的操作——提 DNA，PCR，电泳，纯化回收，构载体；提 RNA，反转录，文库构建，qPCR……如何快速完成一套绝美的逆袭！！！
MCE RT Master Mix for qPCR 含有反转录反应所需的所有组分，只需加入 RNA 模板和 H2O 即可快速高效完成反转录反应，反转录产物 cDNA 可直接用于 qPCR。
ceRNA（竞争性内源RNA）是近几年的研究热点，已知microRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默，而ceRNA可以通过竞争性地结合microRNA来调节基因表达。ceRNA（最常见的为lncRNA和circRNA）可以通过应答元件（microRNA response elements, MREs)与microRNA结合从而影响microRNA导致的基因沉默。相较于microRNA调控网络，ceRNA作为一种全新的基因表达调控模式，其更为精细和复杂，涉及更多的RNA分子。
还在为不会分析大数据发愁吗？ 还在为无法查询和比较发表文章中感兴趣基因表达值抱怨吗？ 使用genevestigator，高效利用已经有研究结果，轻松与同行研究结果比较！！！ GENEVESTIGATO
兼容性好：与 MCE SYBR Green qPCR Master Mix (HY-K0501、HY-K0521、HY-K0522、HY-K0523) 配合使用即可进行高性能的基因表达分析。
大约70%的多囊卵巢综合征 (PCOS) 妇女存在与体质量相关的高于或超过体质量的内在胰岛素抵抗 (IR)，包括脂肪组织 (AT) 的糖代谢功能失调。在AT中，对 IRS/pi3k/AKT 通路信号成分的分析发现，仅 GLUT4 在 PCOS 患者和 IR 对照受试者中的表达显著降低。我们检测了 miRNAs 的作用，特别是在调节 GLUT4（胰岛素敏感葡萄糖转运蛋白）在 PCOS 和匹配对照组的 AT 中的作用。PCOS AT 被确定为有差异表达的 miRNA 谱，包括上调的miR-93、-133 和-223。GLUT4是miR-93的高度预测靶点，而miR-133和miR-223已被证实可调节心肌细胞中GLUT4的表达。miR-93的表达揭示了体内IR稳态模型评估值与人 AT 中 GLUT4和miR-93表达之间的强相关性，而非 miR-133和miR-223表达。过表达miR-93 通过直接靶向GLUT4 39UTR 导致脂肪细胞中GLUT4基因表达下调，同时抑制 miR-93 活性导致GLUT4表达增加。这些结果指出了一种通过miR-93调节胰岛素刺激的葡萄糖摄取的新机制，并证明在所有PCOS和非 PCOS 妇女 IR中miR-93表达上调，可能解释了该综合征的 IR。相反，miR-133 和 miR-223 在 PCOS 的 IR 中可能有不同的作用，尽管尚未明确。
随着生信分析的热门程度与日俱增，生信分析类文章最近几年产出呈现井喷趋势，不少小伙伴们纷纷表示纯生信文章越来越难发了。事实上，有实验的生信会比完全纯的生信好发，哪怕你只补上一个简单的PCR验证或者免疫组化实验验证。这样简单实验需要经费少，即使没有国自然基金资助，市级课题或者校级课题的基金资助就足已完成验证。因此，小编将陆续给大家推荐几本“生信分析+简单实验验证” 且对国人极度友好的SCI期刊，供大家参考。首先就从PeerJ期刊开始介绍。
今天分享的是今年9月发表在Aging（IF=5.5）上的一篇文章，研究透明细胞肾细胞癌微环境中新型标志物的预后价值和免疫浸润情况。文章主题仍是生信分析结合免疫，但内容是以生信分析做基础，挑选出枢纽基因后结合临床病理特征进行多因素COX回归分析，构建了回归模型，最后进行枢纽基因免疫浸润的分析。
我在我在04-转录组笔记推文任务列表（半年期）里面安排了6个经典综述和10篇转录组应用文献给大家，可惜愿意沉下心了认真苦学的并不多。（https://share.mubu.com/doc/14uneHKvPg）
研究者们首先通过流式预先把细胞分类，分成：basal/stem, luminal, and luminal progenitor cells这3群细胞，如下所示：
保持遗传稳定性的两个关键机制包括DNA损伤修复 (调控基因组稳定性)以及有丝分裂检测点（调控染色体组稳定性）。
DNA/RNA测序的最新进展实现了通过“精确”定位个性化疾病模块来快速识别新靶标并重新利用已批准的药物治疗异质性疾病。基因组学时代，药物开发已成为高度集成的系统性问题，互补多组学与计算方法成为新的研究范式，由于基因组学和系统生物学最新技术和计算方式的进步，使得利用导致人类疾病的癌症类型特异性机制来识别新靶向药物与治疗药物成为可能。基于网络的方法通过度量药物靶标与人类蛋白相互作用组中疾病蛋白的接近度，为药物重新定位靶标和联合疗法提供了可能性。
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普通转录组的思路也可以应用到单细胞转录组。普通转录组相当于把一群细胞或一个器官混合到一起去提取RNA，获得的是每个细胞中RNA表达量的平均值。单细胞是把每个细胞单独分出来去提取RNA，然后建库测序，获得是是单个细胞的表达值。在每个细胞里面基因的表达具有随机性，且存在异质性。而且这些细胞群中会存在不同类型的细胞，尤其是当我们对整个组织或者器官进行测序时，它们本身就是由不同类型的细胞组成的，而我们用普通转录组来测序，相当于掩盖住了这些不同的细胞类型的差异，展示的是整个组织的平均的状态，所以说单细胞从这个来看跟普通转录组就不同在是用一个细胞测，不是用一堆细胞测。
一、实验方案设计 二、高分文献解析 三、分子生物学技术 四、细胞生物学技术 五、转录组、代谢组、蛋白组测序 六、生物医学实验方法PDF汇总
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背景：免疫疗法已成为治疗晚期或常规耐药恶性肿瘤的一种有前途的方法。在肺腺癌 （LUAD） 方面，T 细胞对抗肿瘤活性和肿瘤微环境有显著影响。然而，它们具体的贡献在很大程度上仍未得到探索。本研究旨在描述基于T细胞标志物基因的分子亚型和预后指标，从而揭示T细胞在LUAD预后和精准治疗中的重要性。
对于高通量技术大家一定都不陌生，但生物信息分析之后该做什么呢？接下来的日子，小编会和大家探讨并分享高通量测序后的实验验证，即该用什么技术做什么验证！
最近几年来m6A研究迅速发展，正是得益于meRIP-seq技术的开发及应用。meRIP-seq高通量测序技术的出现，能够高效精确检测全转录组不同的RNA 甲基化，是成功发现RNA 甲基化机理及功能的关键技术。MeRIP-seq 技术将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation， MeDIP) 技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation，RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing，RNA-seq) 技术组合起来，高精度地检测全基因组(或全转录组)范围内的RNA 甲基化。MeRIP-seq 技术采用免疫共沉淀方法，即甲基化RNA 特异性抗体与被随机打断的RNA 片段进行孵育，抓取有甲基化修饰的片段进行测序(IP),同时需要平行测序一个对照(Input)样本，对照样本用于消除抓取带有甲基化片段过程中的背景。然后将免疫共沉淀(IP)样本和对照样本中的序列片段对比(或定位)到参考基因组/ 转录组上，检测RNA 甲基化位点。对照样本测量对应RNA 的表达量，本质上是RNA-seq 数据。
最近有很多同学私聊小编说，刚进入实验室开始科研，但qPCR结果却总是不理想，实验一直停滞不前，非常的苦恼。记得我刚进实验室的时候，为了验证目标lncRNA在癌和癌旁的组织中有没有差异，闷着头做了两个月的qPCR。那么什么是qPCR呢，为什么有的同学结果总是不理想呢？今天小编就带大家一起探讨一下~
转录组分析是一种用于研究细胞或组织中所有RNA分子的表达水平的高通量技术。完成转录组分析后，科学家们通常需要通过定量实时聚合酶链式反应（qRT-PCR）来验证二代测序（Next-Generation Sequencing, NGS）结果的可靠性。这是因为qRT-PCR是一种精确的定量方法，可以用来验证特定基因的表达水平。
抗生素是一组用于抑制微生物生长或者杀死微生物的药物，一般用来抑制感染，例如我们生活中十分熟悉的青霉素、红霉素、头孢菌素等等就是典型的抗生素。抗生素的发现大大改善了炎症和感染，但是由于细菌变得越来越聪明，问题也随之而来，那就是抗生素的耐药性。
2年前，考虑到科研路的艰难，我组建了文献阅读小组，广邀粉丝参与，从自身做起，开始学习及分享！感兴趣可以点击下面的链接跳转去了解详情：
随着考研大战如火如荼，2022研究生报考数目再创新高，越来越多的学生选择继续深造，进入更高的学府，为自己的学历镀金。然而现实是，很多的人毕业后并不一定比本科生拥有明显的优势，包括在体制内的工作，编制和稳定也不一定能顺利如愿。 不过真本事才是硬道理，时刻有忧患意识，学院教我们理论，而我们终将走向社会。闲余时间也要尽力实习，增长经验，那么对社会职场来说，你就不再一直是菜鸟。如果一直做科研，也要时刻更新知识储备。 优质的学习资源不可或缺 关注这些公众号，免费学习 长按二维码，选择【识别图中二维码】关
一般qPCR的结果都是机器自动生成的，配合机器自带的软件生成一个Bar图，然而这个Bar图，没有统计信息，更没有好看的配色。
检测的基因是 CUL-5： 以及 other CUL family members (CUL-1, -2, -3, -4A, and -4B) 。实际上哺乳动物有：seven related cullins (Cul1, Cul2, Cul3, Cul4A, Cul4B, Cul5 and Cul7)
各种形式的肿瘤内异质性和复杂性会影响抗肿瘤治疗的疗效，导致治疗耐药性和转移。而近年来兴起的单细胞测序技术，结合数据整合方法的创新，使得精细理解肿瘤及肿瘤微环境中细胞间的相互作用，表征疾病进展过程中肿瘤内部结构成为可能，本文着重介绍单细胞RNAseq测序技术原理、肿瘤研究中应用、多组学数据整合分析、单细胞RNA测序未来发展等内容。
由安吉莉娜·茱莉助推的基因检测仍在持续火热，蓝海逐步成为红海。而早就有人把目光投向了肠道微生物群的检测，最近一段时间ncs的接力发表足以说明它的火热，检测公司国外有ubiome等，国内也有多家公司进行这个检测。下面，我们来管中窥豹，看看几个检测方法的比较，只说我用搜索引擎找到的公司，无任何偏好性。
最近刷文献，发表在 October 7, 2019的PNAS的：Immune effector monocyte–neutrophil cooperation induced by the primary tumor prevents metastatic progression of breast cancer 粗略的看完了全文才发现里面居然是有单细胞转录组的。但是搜索全文，才出现5次single这个单词。 这篇文章的测序数据是公布的：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/qu
❝好些年之前写过基因家族分析的文档，今年恰逢有朋友有这方面的需求于是小编重新整理了一下「基因家族分析的图表」,以往大家均是使用软件来进行基因家族的数据分析及可视化，随着小编代码水平的提高这次所展示的所有图表均由「ggplot2」及其扩展包组合完成，通过这种方式做的基因家族文章可以完全称得上生物信息，当然本教程的重点已经不再是基因家族分析了，而是深入的使用R语言来进行数据分析，关于「教程后续会出介绍内容，尽情期待」,下面来放部分结果给大家参考 ❝基因家族类的文章主要以短平快为主，且不耗费经费实在物美价廉
之前写的RNA-seq数据差异表达分析一文中提到，筛选得到差异表达基因list后，需要进一步分析这些基因参与了哪些功能，因此要进行后续的一些分析，比如功能富集分析、聚类分析和基因共表达网络分析。这次主要介绍在线功能富集分析与qPCR引物设计。其中在线功能富集分析可利用本人所在课题组开发的agriGO和PlantGSEA在线分析工具，分别进行GO富集分析和基因集富集分析。
Real-time Quantitative PCR Detecting System，简称qPCR，即实时荧光定量核酸扩增检测系统，也叫实时定量基因扩增荧光检测系统，是目前较为先进的核酸分子诊断技术，被美国FDA承认并推崇。
当来自两个基因的外显子融合在一起时，会形成嵌合RNA转录本（Chimeric RNA transcripts），通常是由于染色体易位、转录错误或转剪接效应产生的。虽然这些嵌合RNA只在某些情况下产生功能蛋白，但它们在疾病表型和进展中发挥重要作用。
荧光定量PCR技术于1996年由美国Applied Biosystems公司推出，由于该技术不仅实现了PCR从定性到定量的飞跃，而且与常规PCR相比，它具有特异性更强、有效解决PCR污染问题、自动化程度高等特点，目前已得到广泛应用。荧光定量PCR技术是通过荧光染料或荧光标记的特异性探针，对PCR产物进行标记跟踪，实时监控反应过程。随着PCR 反应的进行，反应产物不断累积，荧光信号强度也等比例增加。每经过一个循环，收集一次荧光强度信号，这样就可以通过荧光强度变化监测产物量的变化，结合相应的软件对产物进行分析，可以得到荧光扩增曲线，计算待测样品初始模版的量。实时荧光定量PCR技术是一次由定性技术向定量技术的飞跃，运用该项技术，可以对DNA、RNA样品进行相对定量、绝对定量和定性分析。
由于在短时间内还无法研发出冠状病毒特效药或疫苗，所以就全靠人类自身的免疫力（抗体细胞）来对抗冠状病毒。不过这些抗体细胞需要外部助力才行。因此，现在对抗冠状病毒的主要手段（不包括口罩，口罩不算设备）就是检测和辅助呼吸。对抗冠状病毒的第一步需要尽可能多，尽可能快地找出被感染的人，这就需要大量的检测设备，如果已经确诊，就需要考病人自己的免疫力来对抗冠状病毒了，不过在对抗冠状病毒的过程中，由于肺部细胞被冠状病毒攻击，病人可能在一定时间内部分或全部丧失呼吸能力，所以就需要辅助呼吸设备，也就是我们常说的呼吸机。因此，现在世界各国争夺的也就这两类设备：冠状病毒检测设备和呼吸机。所以本文将就这两类设备给出一些开源的解决方案，也许这些解决方案会成为那些医疗资源不足的机构和国家的新大陆。
「英文标题：Multi-omics profiling of younger Asian breast cancers reveals distinctive molecular signatures」
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