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我想了解rstan中extract的输出是如何对后验样本进行排序的。我知道我可以用as.array查看每条链的后验样本， model,
fitarray <- as.array(stanfit将后验样本
浏览 5提问于2018-08-15得票数 0
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我试图在这个图形的左上角重新创建这个图形：
简而言之，我想把随机效应的多个后验密度叠加在一起。我看过rstan::stan_dens()，但它没有任何add = TRUE参数。是否有一种方法可以用rstan绘图函数快速地叠加这些后验？或者，我应该只是extract()的样本，并将它绘制成长的方式？
一些我在玩的示例代码。堆叠theta是很酷的</em
浏览 10提问于2022-09-14得票数 0
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我在RStan中有一个用来估计模型(有点复杂的模型)的贝叶斯代码。在估计了模型之后，我从后验分布中提取了500个参数集样本，以模拟未来(下一个月)的模型数据。最后，我取预测值的平均值(每个时间点500个预测值)，然后将它们与实际观察值进行比较(用曲线图)。
我的问题是-如何计算预测值的这些均值的间隔？示例:在从后验分布中提取参数
浏览 2提问于2017-10-31得票数 1
使用update()来用500个样本更新模型与仅仅将原始模型创建中的n.adapt参数设置为1000而不是500个有什么区别吗？换句话说:当我做以下操作时，run1和run2之间有什么重要的区别吗？
浏览 3提问于2015-05-05得票数 3
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如果pymc实现Metropolis-Hastings算法来从感兴趣的参数上的后验密度中提出样本，那么为了决定是否移动到马尔可夫链中的下一个状态，它必须能够评估与所有给定参数值的后验密度成比例的东西。后验密度与基于观测数据的似然函数乘以先验密度成正比。
这些在pymc中是如何表示的呢？它是<e
浏览 1提问于2013-05-24得票数 21
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<- stan(model_code = schools_code, data = schools_dat, (这是从获得的)然而，这只为我提供了参数后部的分位数。因此，我的问题是:如何获得其他百分位数？我想它应该类似于bug(？)
评论：，我试着介绍标签stan，但是我名声太小了;)对不起
浏览 4提问于2012-09-04得票数 5
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假设我有两个独立的lm对象lm2 <- lm(mpg ~ wt + disp, data = mtcars)
在这种情况下，我想比较两个wt系数，并对两个模型中系数相等的空值执行假设检验(出于技术原因，我需要实际拥有两个模型，而不仅仅是包括交互)。
浏览 1提问于2018-03-09得票数 1
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我想在PyMC3中实现捕获和捕获的基本模型(您捕获100只动物并标记它们，然后在它们混合后释放它们并重新捕获其中的100种动物，并注释标记了多少动物)。这是我的密码：import pymc3 as pmK = 100 #marked animals indata_ppc, figsize=(12, 6))
但是我在plot_ppc中得到了'var names: "[\'likelihood\&#
浏览 13提问于2022-04-06得票数 0
我对jags中的以下语法感到非常困惑，例如，thin=100update(model,1000,progress.bar = "none")n.iter=100,000意味着MCMC链有100,000个迭代，包括刻录，
我对这个问题的解释已经检查了很长时间，但仍然不确定我对n.iter和n.adapt的解释是否正确，以及如何理解update()和thinni
浏览 4提问于2016-08-01得票数 2
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我的数据形状为136 x5，前5行如下：0 60 F 0.9 0 8260.03 52 F 1.7 1 15904.2其中OUTVAR是目标变量，其他是预测变量。1.007447
OUTVAR_sd 8936.351700 283.640474 8402.347757
浏览 1提问于2019-04-21得票数 1
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Pystan后验不确定区间
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我看到了，PyStan在使用posterior_interval()时没有与RStan相同的功能，但我们可以使用numpy.percentile()。我目前正在使用函数在PyStan中，以获得参数集，最大后验的可能性。我现在也想得到一个95%的后验结果的置信区间，所以我想知道numpy.percentile()函数是否会和optimizing函数一起使用？特别是，我不认为这是好的，因为当我期望后<e
浏览 1提问于2018-12-05得票数 4
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以前，rstan_package_skeleton(path = 'BayesianAAA')启动了我的计算机中的错误(但现在没有发生错误)。1) 的第一个问题是如何包含现有的stan文件和如何为rstan::stan_model()引用 my .stan文件？但我不知道如何为几个stan文件编写代码，比如Model_A.stan、Model_B.stan、Model_C.stan在我现有的没有rstan<
浏览 2提问于2019-04-03得票数 0
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我知道如何使用给定的example使用PyMC3将直线拟合到观测数据。在我运行代码并获得拟合y = mx + c的斜率(m)和y截距(c)的后验分布之后，对于给定的x值，我如何对y值进行95%的置信区间预测？我知道如何使用bootstrap来做这件事，但是有没有一种更优雅的方法，最好是使用pymc3？ 谢谢。
浏览 34提问于2020-08-15得票数 0
我已经按照以下示例中提供的步骤使用PyMC3创建了一个MCMC模型：
模拟样本很好地遵循了与观测数据相同的模式。但是，X和Y的范围要小得多。有没有人知道我怎样才能有覆盖与观察数据相似的数字范围的样本？
浏览 3提问于2017-04-03得票数 1
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如何在分层模型中比较两个超参数？
、、、、
在这种情况下，0.25是sd，我使用固定数字。A_mu和B_mu代表群体水平的平均值。通过rjags对数据进行拟合，得到了各参数的分布。所以我只是直接比较A_mu和B_mu的最高后验密度区间。在另一种情况下，如果两个超参数的sd不固定，如: dnorm(A_mu，A_sd)和dnorm (B_mu，B_sd)。我如何比较两个超参数并做出决定，例如，这个组与另一个组有显著不同？
浏览 1提问于2018-12-19得票数 1
如何计算后验样本的最大后验密度( HPD )间隔？我有四个参数，从后验参数分布产生1000个样本。现在如何在R软件中计算HPD。: 其中"winbugsresult“是一个
浏览 2提问于2020-07-11得票数 1
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我通常使用lme4包，但是glmmTMB包越来越适合处理高度复杂的数据(考虑过分散和/或零通胀)。
我正在使用计数数据(可用的)，这些数据是零膨胀和过分散的，并且具有随机效应。最适合处理此类数据的包是glmmTMB (details )。lets var increases quadratically
su
浏览 4提问于2020-05-19得票数 2
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共有220条记录，其中85条属于“是”类，135条属于“否”类。我的分类器的准确率是88%。在这里，上升星的后验概率，即P(RS)在数字上很低，大约是2.33E-8。但
浏览 0提问于2018-01-20得票数 4
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我试图使用RSS获得估计的约束系数。贝塔系数被约束在0,1和1之间，另外，我的第三个参数被约束在(-1,1)之间。利用下面的方法，我可以使用模拟变量获得一个很好的解决方案，但是当在我的实际数据集上实现该方法时，我总是得到一个非唯一的解决方案。反过来，我想知道是否有一种更稳定的数值方法来获得我估计的参数。
浏览 0提问于2018-02-13得票数 1
出于诊断目的，我通常从带有多个链的rjags中调用JAGS (例如，4个链)。在那之后，我经常想对后验参数估计做一些后处理(例如，使用预测值，计算额外的统计数据)。然而，在这一点上，将链存储在列表中是一件麻烦的事情。
将这些链合成为一个参数列表的好方法是什么？
浏览 1提问于2014-07-22得票数 6
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