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我想要找到大约10KB序列的新颖和已知的RNA和转录本。如果序列在ensembl和UCSC浏览器中没有很好的注释，那么使用生物信息学工具最简单的方法是什么？拼接EST和RNA测序数据是一种选择吗？
浏览 5提问于2012-09-04得票数 0
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我正在尝试查看已发布的数据集，以便为我自己的项目检查基因表达。我很难找到教我如何从GEO NCBI数据库中分析R上的单细胞RNA测序数据的材料。这是我试图访问的数据谢谢!
浏览 12提问于2020-04-14得票数 0
我正在使用Pagesus软件包分析我的单细胞RNA测序数据。我遇到了以下错误，使用飞马软件包进行单细胞分析。
浏览 7提问于2022-04-17得票数 -2
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稀疏数据有这样的问题吗？比方说，我们需要在列联表中测试两个序数随机变量X和Y的独立性，其中X或Y或维数为1000 (1000000)，而表的输入包含许多没有观察到的单元格？
浏览 3提问于2017-05-26得票数 1
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我们做了一个scRNA测序实验，现在我有了一个AnnData数据集。我已经对这个数据集有了很多了解，主要是通过使用scanpy库，我想通过提取3'UTR中具有特定RNA序列的基因来“完成”分析。
浏览 21提问于2022-07-07得票数 0
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生物:智人类型:按数组表达谱；阵列平台非编码RNA分析: GPL20115 6样例下载: GEO (TXT) 系列加入: GSE160804 ID: 200160804
溃疡性结肠炎患者的诱导器官重述结肠反应性(Submitter供应)我们报告了单核RNA-seq的应用。生物:智人类型:通过高通量测序平台进行表达谱分析: GPL24676 11样例下载: GEO (MTX，TSV) SRA Run Selector：系列加入: GSE152999 ID: 200152999
浏览 4提问于2021-03-22得票数 0
我有一些批量RNA测序数据，需要对其进行差异表达显着性测试。我有两个条件，WT和KO，每个条件都有两个副本，给出了一个数据帧，如下所示(列在计数中)： WT1 WT2 KO1 KO2 gene3 5.54 2.32 1.21 1.10 我的问题是，我如何在右边得到一列每个基因的p值，以便我可以构建数据的火山图？
浏览 9提问于2020-01-28得票数 0
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另一个特殊的条件是，在最多两个例子中，u的转换为g和/或g的转换为t的U-g，g-t##
## A python program to detect all indices of complimentary Micro-RNA
浏览 0提问于2017-08-11得票数 5
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基于序列对齐算法的NER构建
、、、、
问题：，因为命名实体识别器和DNA序列库都进行近似字符串匹配--使用DNA测序库(如)并构建NER是实用的吗？不使用现有的NER开源，而是使用DNA测序库来构建NER的原因之一是希望在我的NER中自动获得“拼写错误更正”。
如果我以上的假设是有意义的
浏览 0提问于2015-12-18得票数 0
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我正在处理非常高维的生物计数数据(单细胞RNA测序，其中行是细胞ID，列是基因)。
每个数据集都是一个单独的平面文件(AnnData格式)。每个平面文件可以按各种元数据属性进行细分，包括细胞类型(如:肌肉细胞、心脏细胞)、亚型(例如:肺数据集可分为正常肺和癌变肺)、癌症分期(例如:第1阶段、第2阶段)等。其目标是预先计算特定元数据列、子组、数据集、单元类型、基因组合的汇总指标，并使其易于访问，这样当一个人查询我的web应用程序时，我可
浏览 11提问于2022-06-07得票数 0
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我的数据结构是这样的:我的%REV_ALIGN；任何dna密钥都可以有多个RNA子密钥。相同的RNA子密钥可以与多个不同的dna密钥一起出现。其目的是基于共享的dna序列元素对rna (转录本)进行分组。例如，如果dnaA有RNA1、RNA8、RNA9和RNA4，而dnaB有RNA11、RNA4和RNA9
浏览 3提问于2015-10-07得票数 0
想问一下，mummer共线性分析的图里有一条序列的一部分（圈起来部分）和参考序列比不上，大概什么原因呢？有什么解决办法吗？
浏览 363提问于2023-09-25
我以前问过这个问题，但没有运气，所以我再问一遍：data.type <- c("DNA","DNA","DNA","DNA","DNA","DNA","DNA","DNA","DNA","1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34
浏览 2提问于2022-05-06得票数 1
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我需要能够使用我创建的值作为现有数据帧进行寻址。 循环的工作原理示例(我可能有10，20...100个数据帧，所以我想在一个循环中完成。temp1.obj <- subset(temp1.obj, subset = nFeature_RNA > 200 & nFeature_RNA < 2500 & percent.mt < .2)
temp2.obj <- subset(temp2.obj, subset = nFeature_RNA &g
浏览 18提问于2021-06-27得票数 0
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NAME CATEGORY RNA Apple Fruit 27 Orange Berry 29如果名称的列值(在同一类别中)与具有相同RNA的前一行不同，我将尝试对RNA列求和，否则为null。
浏览 0提问于2021-03-14得票数 0
请你解释一下为什么以下程序的结果不同？#define MUL(X) X*X{ cout<<MUL(++i)<<"\n";}25
浏览 1提问于2016-02-05得票数 1
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在ramda.js中，如何检测序列中是否存在大于某个值n的间隙？loginDate:"2017-10-03"},]
如果在任何两个记录的loginDates之间存在大于7的差距，我将如何检测但不是在当前记录和第一次记录之间--仅与前一项记录进行检查。我不知道如何将当前项与ramda中的前一项进行比较。
浏览 7提问于2017-10-04得票数 0
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这与单细胞RNA测序数据分析有关.
是否有可能创造一个小提琴图，在X轴上有基因，Y轴上有归一化表达，而不是X轴上的簇或细胞类型，Y轴上有基因，而选择分析的细胞是用户定义的？
浏览 11提问于2022-10-01得票数 0
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我的数据：Main proteins are in the lorem ipsunB CellsD Cells通缉格式：Main proteins are in the lorem ipsun
它应该取代所有有问题Nr任何线上的东西的行-问题在于检测后面的是什么，因为可以有
浏览 0提问于2015-11-20得票数 5
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我使用带有Tensorflow后端的Keras对多个序列同时进行一步一步的序列预测；也就是说，我有n个具有m个时间步骤的序列，我使用一个model.predict()命令将它们全部加载到Keras中，模型返回一个所以我的目标是最大限度地提高Keras检测序列间交叉相关性的能力。例如，假设序列a与序列b有一定的时间延迟和缩放因子差异，那么理论上，Keras应该能够使用序列b更好地预测序列a的下一步。我现在如何使用4个序列(每个30个元素)进行测试，并将它们发送给我的模型，因为输入数据具有形状(4，30，1)
浏览 1提问于2017-11-09得票数 0
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