rdkit:如何绘制高分辨率的化学结构
RDKit是一个开源的化学信息学软件包，用于分子建模和药物发现领域。它提供了丰富的功能和工具，可以用于化学结构的表示、分析、计算和可视化。
要绘制高分辨率的化学结构，可以使用RDKit提供的绘图功能。以下是一种常见的方法：
- 导入RDKit库和相关模块：
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw- 创建一个分子对象：
smiles = "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O"
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)- 设置绘图参数，包括图像大小和分辨率：
img_size = (800, 800) # 图像大小
dpi = 300 # 分辨率- 绘制化学结构图像：
img = Draw.MolToImage(mol, size=img_size, kekulize=False)- 保存图像为高分辨率的文件：
img.save("chem_structure.png", dpi=dpi)这样就可以得到一个高分辨率的化学结构图像，并保存为PNG格式的文件。
RDKit还提供了其他绘图功能，如绘制反应方程、二维药物分子互作图等。具体的使用方法可以参考RDKit的官方文档和示例代码。
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我对如何安装rdkit和deepchem感到困惑。在这里，我列出了我遇到的问题，并感谢你的帮助。
rdkit:经过几次试验，我终于发现rdkit只能在python2上使用。根据他们网站上的建议，我安装了rdkit：
$ conda create -n rdkit -c rmg rdkit
$ source activate rdkit
在从终端窗口调用时，我确保成功地安装了rdkit，因为我获得了正确的版本：
>>> rdkit.__version__
'2016.03.4'
但是，当我打开jupyet笔记本并导入rdkit时，我得到了错误：
ImportE
浏览 0提问于2018-08-04得票数 1
我正在使用jupyter实验室来绘制化学结构。但是输出图像的分辨率太低。我该如何改进它呢？
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
smiles = 'C1=CC(=C(C=C1C2=C(C(=O)C3=C(C=C(C=C3O2)O)O)O)O)O'
m = Chem.MolFromSmiles(smiles)
Draw.MolToImage(m)
非常感谢
浏览 67提问于2020-05-07得票数 2
回答已采纳
我使用Python3.6.5安装了Anaconda4.5.4，并安装了rdkit (使用命令"conda install -c rdkit rdkit")，但我试图导入该化学文件，但无法正常工作。
from rdkit import Chem
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/home/wandre/anaconda3/envs/flaskapp/lib/python3.6/site-packag
浏览 2提问于2018-06-13得票数 0
我使用的是rdkit，这是一个化学信息学工具包，它提供了一个postgresql盒来存储化学分子。我想创建一个django模型，如下所示：
from rdkit.Chem import Mol
class compound(models.Model):
internal = models.CharField(max_length=10 ,db_index=True)
external = models.CharField(max_length=15,db_index=True)
smiles = models.TextField()
# This is m
浏览 1提问于2014-02-26得票数 2
我有一个包含一些化学物质的v3000格式的摩尔(sdf)文件。如何使用RDKit将其转换为v2000格式的Mol (sdf)文件？ 任何帮助都是非常感谢的。
浏览 208提问于2021-06-16得票数 0
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有没有办法使用RDKit或其他python模块将微笑转换为化学名称或IUPAC名称？ 我在其他帖子中找不到非常有帮助的东西。 非常感谢!
浏览 76提问于2020-10-13得票数 4
回答已采纳
我正在尝试使用.NET中的化学信息库RDKit和F#，using this wrapper。下面是一小段代码示例： #r "nuget: RDKit.DotNetWrap"
open GraphMolWrap
let mol = RWMol.MolFromSmiles "COc1cccc(=O)c2cc(F)c(N3CCNCC3)cc21"
let adjMat = mol.getAdjacencyMatrix()
printfn "%A" adjMat
// Output: GraphMolWrap.SWIGTYPE_p_double 但
浏览 33提问于2021-04-07得票数 0
我试着用RDKIT获得微笑化学相似性。我的dataframe "subs_df“包含两个列，其中一个列包含微笑数据。
import time
import random
import sys
from pathlib import Path
import seaborn as sns
import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from rdkit import Chem
from rdkit import DataStructs
from rdkit.ML.Cluster import
浏览 22提问于2022-09-13得票数 0
1回答
我是RDKit的新手。我需要做一个化合物数据库的聚类分析。我已经从锌数据库下载了191K的3D mol2格式的化合物，现在我需要使用RDKit获取指纹。首先，我不知道是否可以将mol2格式转换为指纹，以及哪种指纹更适合这种类型的分析(我需要了解数据库中有哪些化学类型，以便-最终-找到一些代表)。有没有人有建议？(实用的建议也很受欢迎)。谢谢
浏览 30提问于2021-06-29得票数 0
我一直在通过jupyter笔记本使用VS代码。所以，我必须生成由15个分子组成的网格图像，并将其保存到我的计算机上，但我一直使用的脚本没有显示任何错误，但仍然没有生成任何图像，也没有将它们保存到我的计算机指定的文件中，即使电池气体已经成功执行。
我是新的和新的世界计算化学，并将感谢任何帮助！
我的剧本在下面。
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import MolsToGridImage
from rdkit.Chem import SDMolSupplier
suppl = Che
浏览 0提问于2021-02-24得票数 0
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RDKit是一个用于化学的Python库。我不想使用Anaconda发行版，我也不确定(从文档： )是否有一种没有它的使用包的方法。有人能给我一些关于在没有conda或安装Anaconda发行版的情况下安装和使用它的提示吗？
浏览 7提问于2022-06-04得票数 0
from rdkit import Chem
mol = Chem.MolFromSmiles(r"""
CCC(CC)COC(=O)[C@H](C)N[P@](=O)(OC[C@H]1O[C@](C#N)([C@H](O)[C@@H]1O)C1=CC=C2N1N=CN=C2N)OC1=CC=CC=C1""")
functional_group = Chem.MolFromSmarts('[CX3](=[OX1])[OX2][CX3](=[OX1])')
matches = mol.GetSubstructMatches(fun
浏览 177提问于2021-10-11得票数 1
我正在使用来自arxiv的python第三方代码，该代码使用RDkit作为库。它接受一个包含有关化学品分子的数据的.sdf文件作为参数，但随后RDkit抛出了一个错误：
OSError: File error: Bad input file file.sdf
我按照说明，安装了所有需要的软件包，按照他们说的那样下载了文件，因为.sdf相当大，所以在我的计算机中提高了交换空间，去掉了这个文件的大部分数据……但是我不能让它运行，这些尝试都没有成功。
我一直在寻找RDkit包，这是引发错误的代码片段：
LocalForwardSDMolSupplier(std::string filename, b
浏览 16提问于2019-04-08得票数 1
2回答
我正在尝试使用pip3安装rdkit。但它不起作用。 sudo pip3 install rdkit
Error: Could not find a version that satisfies the requirement rdkit (from versions: )
No matching distribution found for rdkit 对于conda，显然只有一个选择。 conda install -c rdkit rdkit 如何使用pip安装？谢谢
浏览 499提问于2019-10-02得票数 9
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我正在尝试在ubuntu上安装Rdkit，但我对conda配置有问题。
我已经在桌面上重新安装了anaconda3和python3版本，并从头开始安装。
当我运行以下命令时：conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
我遇到的错误是这样的：
Collecting package metadata (current_repodata.json): failed
ProxyError: Conda cannot proceed due to an error in your proxy configuration.
Check for typos an
浏览 0提问于2019-11-11得票数 9
我想用python的rdkit从微笑中提取分子。我使用的微笑是从drugbank下载的。
然而，当我使用函数Chem.MolFromSmiles时，有些微笑会报告，而有些则不会：Explicit valence for atom # 0 N, 4, is greater than permitted。
我找到了一些关于这个问题的解释:这是因为微笑产生了一个在现实世界中不存在的无效分子。但我不是化学学生..。有谁知道怎么解决这个问题吗？
浏览 1提问于2021-12-02得票数 0
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1回答
你好，我在试着把化学指纹
我使用的是rdkit，它为集群提供了一个层次化的方法，问题是我知道我想拥有13个集群的数量，所以我使用了基于tanimoto相似性评分的k均方法和scikit。
这是我的代码：
smiles = []
molFin = []
fps = []
np_fps = []
#mol["idx"] contain the name of the molecules
for x in mol["idx"]:
res = cs.search(x)
#get the smiles code of a molecule
smi
浏览 3提问于2016-08-09得票数 1
2回答
我需要在heroku中安装rdkit才能运行我的heroku应用程序。我使用以下命令在笔记本电脑上本地安装了rdkit
sudo apt-get install python-rdkit。
但是当我使用pip freeze生成需求文件时，生成的文件没有显示rdkit。并且pip install python-rdkit或pip install rdkit不起作用。谁能告诉我如何在heroku上安装rdkit？
浏览 2提问于2014-06-10得票数 2
1回答
我从事数据科学工作，我在清理Pandas数据帧时遇到的一个典型问题是将列从一种字符串格式转换为另一种字符串格式(特别是，我正在查看的字符串是化学标识符，它们中的每一个都以一种晦涩的方式表示一个分子，所以仅仅通过查看字符串并不容易理解它们)。我有许多小函数(从一个名为RDKit的化学库继承而来)来在格式之间进行转换，并且每个转换对(即输入格式和输出格式)大约有一个函数。这是太多的函数名称，难以记住。我想写一个包装器函数，将它们聚合成一个具有干净设计和用户界面的更大的函数。 问题是:给定一个输入和输出格式，从许多可能的小转换函数中选择一个干净的方法是什么？我是否应该使用存储小转换函数名称的字典？
浏览 36提问于2020-06-15得票数 1
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当我尝试运行deepmolecule.rdkit_utils时，我得到的错误是:没有名为python的模块
所以我在谷歌上搜索了"deepmolecule.rdkit_utils“，但是没有关于这个模块信息。
我该如何解决这个问题？
这是在python脚本文件中导入模块。
import csv
import subprocess
import numpy as np
import numpy.random as npr
import matplotlib.pyplot as plt
import copy
from deepmolecule.rdkit_utils import sm
浏览 5提问于2019-08-19得票数 1
我试图用rdkit包来确定任何分子中的石蜡基团的数量。一开始，我开始确定石蜡CH3基团，我必须把它扩展到石蜡CH2和石蜡CH基团。
在MWE中，我试图通过一个匹配的子结构来确定这一点，这个子结构并不像预期的那样工作。我也尝试过搜索Fragments函数，但是它是不可用的。
我怎样才能确定含rdkit 的CH3，CH2和CH分子的数量？
MWE
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Descriptors, Draw, Fragments
smiles_n_decane = 'CCCCCCCCCC'
smiles_branc
浏览 9提问于2020-04-22得票数 2
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我使用pip install rdkit-pypi安装了rdkit库。但是当我输入import rdkit as rd时，它会显示错误
ImportError: DLL加载在导入rdBase时失败:未找到指定的模块。
我在用Anaconda作为基地。如何使用rdkit库？
浏览 0提问于2021-12-02得票数 3
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我正在尝试让模块与ipython3 (我已经安装了它)一起工作。RDKit是作为Python3的一部分包含在RDKit中的，所以第一步就是安装imolecule。我使用了以下命令：
sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data
在RDKit文档的2.2节中找到了。当我在Python2中执行'import rdkit‘时，它可以工作，但在Python3或ipython3中不能工作，当我删除原始的RDKit安装并尝试用'python3-rdkit’重做时，它不能工作。我该如何解决这个问题？
浏览 1提问于2016-02-08得票数 1
3回答
我正试图让rdkit使用Anaconda和Python2.7在我的Windows 7系统上工作。我一直遵循的指示
conda create -c https://conda.anaconda.org/rdkit -n my-rdkit-env rdkit
activate my-rdkit-env
然后我得到以下信息：
失活环境“C：\Anaconda2 2”。
激活环境“C：\Anaconda2 2\envs\my-rdkit-env”
然而，如果我然后打开木星笔记本，并试图
import rdkit
它失败了
ImportError:没有名为rdkit的模块
任何帮助都将不
浏览 12提问于2016-05-15得票数 9
我想在Jupyter环境中使用RDKit。然而，在我遵循了this document中概述的过程之后。 在完成这个过程之后，包括获取jupyter的内核，我尝试访问RDKit并使用它。 (rdkit-test) [user] ~ $ python
Python 3.7.9 (default, Aug 31 2020, 07:22:35)
[Clang 10.0.0 ] :: Anaconda, Inc. on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for
浏览 52提问于2020-12-25得票数 0
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我试图用Pyinstaller将Python文件导出为.exe文件。我的Python程序使用RDKit包，默认情况下，Pyinstaller不支持这个包。我尝试设置标志--hidden-import='rdkit'，并将一个钩子文件与代码放在Pyinstaller目录中。
hiddenimports = [
"rdkit.*",
"rdkit.ANY.*"
]
但是我仍然收到了很多来自Pyinstaller的'lib not found'警告。当我运行.exe文件时，我会得到错误
"No such file
浏览 16提问于2021-12-21得票数 1
我在实验我的python包。我使用anaconda，在我的环境中，我已经安装了一些包：
conda list | egrep "rdkit|numpy"返回
numpy 1.19.2 py39h89c1606_0
numpy-base 1.19.2 py39h2ae0177_0
rdkit 2022.03.1b1.0 py39he30056e_1 rdkit/label/beta
我的setup.py有两个依赖
浏览 10提问于2022-07-28得票数 0
我只是简单地从rdkit (https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html#generating-images-of-fingerprint-bits)复制并粘贴了这些代码，我希望生成图形。然而，我得到了一条很长的字符串。 from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw
mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1CC1CC1')
bi = {}
fp = AllChem.G
浏览 121提问于2019-02-25得票数 0
我正在尝试使用包RDkit，我用conda安装了它，并使用文档命令：
conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
activate my-rdkit-env
提示告诉我它正在使用新的env，然后我从这个提示启动jupyter笔记本，但是我不能导入rdkit，它似乎在使用常规的env。另外，由于某些原因，安装conda后，cmd或powershell中都无法识别python (anaconda在PATH中)
浏览 3提问于2017-06-17得票数 0
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1回答
我想在下面实现这个模块，包括使用rdkit.Chem.PeriodicTable模块计算原子量
这是指向上述模块的链接：
由于文档很模糊，我不知道如何传递这个论点。
所以我做了这个：
from rdkit import Chem
print(Chem.PeriodicTable.GetAtomicWeight('C'))
但我遇到了这样的错误：
ArgumentError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-42-e098e56063a3>
浏览 9提问于2022-10-10得票数 0
我想使用rdkit来生成count Morgan指纹，并将它们提供给scikit学习模型( Python)。但是，我不知道如何将指纹生成为numpy数组。当我使用 from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
m = Chem.MolFromSmiles('c1cccnc1C')
fp = AllChem.GetMorganFingerprint(m, 2, useCounts=True) 我得到了一个需要转换的UIntSparseIntVect。我找到的唯一的东西是cDataStructs (参见：http://
浏览 97提问于2019-02-21得票数 2
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我有一个脚本，它使用rdkit来创建化学分子的svg绘图。我将在web服务器上使用它们，因此，数字的大小非常重要。当前输出是一个包含svg文件的字符串。我知道我可以使用Inkscape删除白色背景和“调整页面大小为绘图”，这正是我想要的。但是，由于我正在创建安静的许多数字，我正在寻找一种方式，以调整数字自动调整。我对svg的python模块的经验非常有限，因此我希望有人能够建议一个模块来应用所需的更改。
我知道我可以简单地删除
<rect style='opacity:1.0;fill:#ffffff;stroke:none' width='2000' h
浏览 4提问于2016-11-03得票数 0
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我想要能够提取".mae“格式的分子的细节。我导入了rdkit.Chem.rdmolfiles函数，它似乎适用于MolFromSmiles，但不像2019年文档中建议的那样适用于MaeMolSupplier。相反，我得到了NameError。如能提供任何协助或帮助，请拨打此功能将不胜感激。
适用于MolFromSmiles
import rdkit
from rdkit.Chem.rdmolfiles import *
mol = MolFromSmiles('C1NCN1')
print(mol)
(my-rdkit-env) [Me]$ python3 test
浏览 6提问于2020-03-25得票数 1
2回答
我使用下面的代码按照下面的RDkit命令安装了网站，
sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data
但是，当我使用下面的代码(在python中)检查版本时，请遵循这个网页的说明
>>> import rdkit
>>> from rdkit import rdBase
>>> rdBase.rdkitVersion
'2013.09.1'
我不知道最新的版本。
如何在命令行的ubuntu或python中更新此版本？
系统细节
>>> impor
浏览 0提问于2018-02-27得票数 1
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2回答
我已经在我的Debian 9.1.064位Linux平台上安装了Spyder3.2.1当前版本的Miniconda3。Spyder表现不错，但我在安装RDKit时遇到了困难。
我遵循RDKit_Docs_current.pdf的指示
如何使用Conda安装RDKit
使用这些包创建一个安装了RDKit的新conda环境需要一个类似于以下命令的命令：
$ conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
最后，必须激活新环境，以便相应的python解释器在同一个shell中可用：
$ source activate my-rdkit-env
在安装过
浏览 11提问于2017-08-16得票数 4
1回答
我正在尝试创建一个web服务器，该服务器最终使用以下命令从PHP代码调用python脚本("MyScript.py")
echo exec("MyScript.py ....some arguments")
MyScript.py实际上包含一个使用RDkit和其他模块(如numpy )的代码。
当我从用户(MKT)运行这个MyScript.py时，....it就像一种魅力。
但是，当它从服务器从PHP脚本执行时，问题就出现了。/var/www/log/apache2/error.log中的错误消息如下：
ImportError: No module named
浏览 2提问于2014-08-31得票数 0
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我有以下代码：
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import rdDepictor
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import SVG
m = Chem.MolFromSmiles('c1cc(C(=O)O)c(OC(=O)C)cc1')
substructure = Chem.MolFromSmarts('C(=O)O')
print(
浏览 3提问于2021-10-27得票数 1
回答已采纳
1回答
我正在尝试使用以下命令安装rdkit conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit 但是当它在下载和解压包的时候，它就停止了！我该怎么办？我在网上找到的所有命令都试过了，没有一个管用！
浏览 21提问于2020-08-06得票数 0
我想不出如何解决以下问题。直到今天，我还在使用下面的代码片段在Google Colab中安装RDKit： !wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit
import s
浏览 101提问于2020-07-29得票数 4
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1回答
RDKit可能是一个很好的软件包，如果它不是那么复杂的安装。因此，在安装RDKit时有几个问题。然而，在不同的操作系统或不同的环境下。
我的配置是： Win10，Python3.7.4，pip被安装，PATH被设置，PYTHONPATH被设置。其他模块的安装通过python -m pip install <package>运行良好。
我知道推荐使用Anaconda最快的安装。然而，我没有也不想要Anaconda。
在上，它写着：“从：获取适当的windows二进制构建”。但是，没有最新版本的二进制文件。
这意味着，我必须从源头上构建它。我之所以犹豫不决，是因为这个过程似乎相当复杂，
浏览 1提问于2019-07-19得票数 8
我的Ubuntu18.04系统上有Python2.7、Python3.6和Python3.7。我想使用rdkit在Python3.6中安装apt-get install。
这样做的命令是：
sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data
我如何知道它正在安装哪个python版本？(没有打开我所有的Pythons和检查)
如何控制安装在哪个版本中？
对于那些似乎无法通过pip获得的包来说，这是一个普遍的问题。
浏览 1提问于2020-04-27得票数 0
我正在尝试弄清楚是否可以相对于Y轴进行系列分组绘图，例如，我有5个系列
物理，化学，数学，文学，编程。
假设我的数据也是按照上面的顺序，当我正常绘制图形而不给出不同的y轴时，它将生成与默认y轴相对应的图形，
如果指定{ yaxis：'y2axis'}，它将在次要y轴上打印化学图形，而所有其他图形将打印w.r.t y轴。通过指定相应的{yaxis:yNaxis}，我可以在不同的y轴上绘制所有这五个元素
有没有什么方法可以指定在y1轴上绘制物理，化学，在y2轴上绘制其余三个主题？当前，默认情况下，它绘制图形w.r.t、y轴，如果我们指定yaxis：'y2axis‘，则只会为
浏览 2提问于2012-01-11得票数 3
我在尝试使用python3安装RDKit时遇到了很多问题，Ubuntu20.04LTS尝试这样安装rdkit： sudo apt-get install python3-rdkit 但是，当我尝试使用python3导入它时，它不起作用。它确实安装了，但它不在软件包列表中。我也不能在使用后导入它，例如： from rdkit import Chem 官方网站(https://www.rdkit.org/docs/Install.html)确实有以下安装语句，但它不起作用： sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data 我将感谢任何
浏览 82提问于2020-06-15得票数 4
我已经将一个分子作为.mol文件导入到rdkit中。该分子含有CN=NC亚结构。我希望找到CN=NC子结构的坐标。 我曾尝试使用Chem.MolToBlock(molfile)列出3D坐标；但是，这将返回整个分子的3D坐标。 我的代码的基础是： molecule = rdkit.Chem.MolFromMolFile('molfile')
query = rdkit.Chem.MolFromSmiles('CN=NC')`
subatomids = m.GetSubstructMatch(q) 然而，我不知道是否有一种简单的方法来返回特定原子的坐标。 理想的结
浏览 44提问于2019-04-30得票数 1
回答已采纳
我正在使用RDKit完成一些任务，并遇到了一些问题。我正在尝试使用SaltRemover()函数对我的数据集进行清理，但是发生了ArgumentError，但我找不到它。
所使用的代码如下：
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.PandasTools import LoadSDF
A1 = LoadSDF('finaldata_A1.sdf', smilesName='SMILES')
A1 = A1['SMILES']
for mol i
浏览 12提问于2019-12-03得票数 2
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1回答
我得到了多个列表，每个列表对应于一些物种在49个模拟化学反应的时间步骤中的化学浓度。我也有一个系统温度值的列表在这49个相同的时间步骤。我试图在y轴上画出所有这些化学物种的清单(有19种)，而温度是x轴。然而，我想不出如何在一次超过一个温度的情况下画出更多的图。如果使用任意x轴，一次只能绘制多个图。到目前为止，我已经：
runstats = Import["file.csv"]
t = runstats[[1, All]]
element = Import["file.csv"]
e = element[[#, 2 ;; -1]] &
f = elem
浏览 1提问于2015-07-24得票数 1
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我正在使用RDKIT，并使用一种算法来随机生成所有2048位的摩根指纹。我想知道是否有一种方法可以追溯指纹，以某种方式找出它是什么分子，是否它是一个微笑字符串，名字等。谢谢！
浏览 9提问于2021-01-09得票数 0
这是我第一次尝试用and解析来写东西，我真的迷路了。此脚本的目标是读取file.sdf，然后将其写回file2.sdf
这是我的剧本：
import argparse
import rdkit as rdkit
from rdkit.Chem import PandasTools
import pandas as pd
parser = argparse.ArgumentParser(description='This is a work in progress')
parser.add_argument("-i", "--input", he
浏览 3提问于2022-07-28得票数 0
回答已采纳
1回答
我目前正在做一个Django项目，该项目需要获取InChI字符串并将其转换为分子的功能，但我正在使用的包似乎在其功能MolFromInchi方面存在问题。每当我尝试使用这个函数时，python都倾向于生成这个回溯：
例如。
>>> from rdkit.Chem.inchi import MolFromInchi
>>> mol = MolFromInchi('InChI=1S/O2Si/c1-3-2')
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", li
浏览 0提问于2020-04-10得票数 3
在用RDKit绘制结构时，原子标签字体大小和环大小不成比例。标签要么太小，要么太大，或者不对齐。
不幸的是，有关这方面的文档很少。我发现了这个：，但我不知道这是否相关，我将如何将它放在一起。我遗漏了简单的实用代码示例。
我也尝试过Draw.MolToQPixmap，但在那里我体验到原子标签是不对齐的，到目前为止，我了解到原因是很难使这个跨平台的一致性，而且Draw.MolToPixmap使用了旧的绘图代码。我应该用Draw.MolToImage代替。但与Draw.MolToFile类似，字体大小也太小了。我不确定这是否也是一个跨平台的问题(我在Win10上)。因此，解决方案是简单地设置font
浏览 11提问于2020-11-13得票数 1
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