[]中括号里面的可以是逻辑值判断，可以是具体的值（即下标），可以是函数，可以是向量
新鲜出炉的第三版，更新也很大，全面拥抱了ggplot体系。对我来说，比较新的知识点可能是一些小技巧，这里借花献佛给大家。
（2）在Console 控制台（左下）输入命令，相当于Linux的命令行，右上是脚本窗口
处理文本是每一种计算机语言都应该具备的功能，但不是每一种语言都侧重于处理文本。R语言是统计的语言，处理文本不是它的强项，perl语言这方面的功能比R不知要强多少倍。幸运的是R语言的可扩展能力很强，DNA/RNA/AA等生物序列现在已经可以使用R来处理。
发现自己的R语言的基础还是相对弱很多的，通过对前面的肺癌单细胞文章代码的学习，也在巩固自己的R基础。今天是需要对昨天test的icitools的R包进行自己的数据分析。
豆花寄语：学生信，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
在使用R语言过程中，每一步中都需要关注R语言的数据结构。数据结构是R语言中最重要的内容，也是最难的一部分，学会了这部分之后，R语言就不难了。很多时候，函数无法运行，都是因为数据结构的问题。在学习R语言数据结构之前需要首先了解下数据的类型。
首先，以向量的形式输入数据➊。然后，将diabetes和status分别指定为一个普通因子和一个有序型因子。最后，将数据合并为一个数据框。函数str(object)可提供R中某个对象（本例中为数据框）的信息➋。它清楚地显示diabetes是一个因子，而status是一个有序型因子，以及此数据框在内部是如何进行编码的。注意，函数summary()会区别对待各个变量➌。它显示了连续型变量age的最小值、最大值、均值和各四分位数，并显示了类别型变量diabetes和status（各水平）的频数值。
新建——New directory——New project——选择路径——下次打开直接从文件夹里打开Rstudio
学习数据分析，掌握一些灵巧的分析工具可以使得数据清洗效率事半功倍，比如在处理非结构化的文本数据时，如果能够了解一下简单的正则表达式，那么你可以免去大量的冗余代码，效率那叫一个高。 正则表达式是一套微型的袖珍语言，非常强大，依靠一些特定的字母和符号作为匹配模式，灵活组合，可以匹配出任何我们需要的的文本信息。 而且它不依赖任何软件平台，没有属于自己的GUI,就像是流动的水一样，可以支持绝大多数主流编程语言。 今天这一篇只给大家简单介绍正则表达式基础，涉及到一些常用的字符及符合含义，以及其在R语言和Python
数据根据结构可以分为结构化数据、非结构化数据和半结构化数据，前面介绍的数据处理函数针对于结构化数据，而字符串通常包含非结构化或者半结构化数据，这一部分介绍一下R和Python中的字符串函数。
常规需求是文本文件交互，比如 文件打开、文件写入、文件内容刷新等等，如果默认的文件没有规则仅仅是里面有内容，就需要使用比较底层的函数：
set.seed(n)主要是为了重复生成相同的随机数，特别用于重复性验证。只要在使用函数生成随机数之前设定set.seed(n)，即可生成相同的随机数。
下图总结了主要程序包，希望读者在日常练习和工作中遇到不同格式的文件时，能够瞬间反应出读取该格式所需的包及对应的函数。（限于篇幅，本文未包含图中“平面文档格式”这部分的内容，如果你有兴趣，可以继续关注大数据后续文章。）
数据结构是指在计算机中存储和组织数据的方式，不同的数据结构有不同的特点和适用场景。R语言中的常用数据结构，包括向量、矩阵、数组、列表和数据框。关于数据结构的使用，我们将分四篇文章分别介绍每种数据结构的操作方法和代码示例。
http://www.viemu.com/a_vi_vim_graphical_cheat_sheet_tutorial.html
计算机语言的学习并不困难，关键是一定要由浅入深的实际操作练习。也许最开始的比较简单，学习者一带而过没有实际操作，之后的进一步学习很可能会陷入不知所云的困境，实际操作所带来的感觉是无法替代的，其价值也是非常重要的。
例如 y=c("nihaoa 11","niyehaoa 22","zhangsongwen 33")
重启session(重新打开RStudio、重启R，打开新的session)时需要重新加载R包
在上一期中，还记得我们留下的那个彩蛋吗？我们在对多列标准进行筛选时，在之前我们还进行了一步非常重要的提取，也就是将每一列观察值提取出某一特定的字段，而后生成一系列变量，这些变量的观测值只可能存在三种情况：醛固酮、继发性醛固酮或者NA。
从这期开始，大猫课堂将会推出一个新的系列：R练习50题，目的是使用50道练习题让大家掌握常用的数据操作，例如寻找每组最大的N个观测等。本练习题来源于Renkun (github.com/renkun-ken/r-data-practice) 在Github上的共享，我们认为它包括了绝大多数实践中会遇到的问题，特别具有代表性。只可惜Renkun并没有提供答案，所以我们在这里提供我们的版本。
addcslashes — 以 C 语言风格使用反斜线转义字符串中的字符 addslashes — 使用反斜线引用字符串 bin2hex — 函数把ASCII字符的字符串转换为十六进制值 chop — rtrim 的别名 chr — 返回指定的字符 chunk_split — 将字符串分割成小块 convert_cyr_string — 将字符由一种 Cyrillic 字符转换成另一种 convert_uudecode — 解码一个 uuencode 编码的字符串 convert_uuencode — 使用 uuencode 编码一个字符串 count_chars — 返回字符串所用字符的信息 crc32 — 计算一个字符串的 crc32 多项式 crypt — 单向字符串散列 echo — 输出一个或多个字符串 explode — 使用一个字符串分割另一个字符串 fprintf — 将格式化后的字符串写入到流 get_html_translation_table — 返回使用 htmlspecialchars 和 htmlentities 后的转换表 hebrev — 将逻辑顺序希伯来文（logical-Hebrew）转换为视觉顺序希伯来文（visual-Hebrew） hebrevc — 将逻辑顺序希伯来文（logical-Hebrew）转换为视觉顺序希伯来文（visual-Hebrew），并且转换换行符 hex2bin — 转换十六进制字符串为二进制字符串 html_entity_decode — Convert all HTML entities to their applicable characters htmlentities — Convert all applicable characters to HTML entities htmlspecialchars_decode — 将特殊的 HTML 实体转换回普通字符 htmlspecialchars — Convert special characters to HTML entities implode — 将一个一维数组的值转化为字符串 join — 别名 implode lcfirst — 使一个字符串的第一个字符小写 levenshtein — 计算两个字符串之间的编辑距离 localeconv — Get numeric formatting information ltrim — 删除字符串开头的空白字符（或其他字符） md5_file — 计算指定文件的 MD5 散列值 md5 — 计算字符串的 MD5 散列值 metaphone — Calculate the metaphone key of a string money_format — Formats a number as a currency string nl_langinfo — Query language and locale information nl2br — 在字符串所有新行之前插入 HTML 换行标记 number_format — 以千位分隔符方式格式化一个数字 ord — 返回字符的 ASCII 码值 parse_str — 将字符串解析成多个变量 print — 输出字符串 printf — 输出格式化字符串 quoted_printable_decode — 将 quoted-printable 字符串转换为 8-bit 字符串 quoted_printable_encode — 将 8-bit 字符串转换成 quoted-printable 字符串 quotemeta — 转义元字符集 rtrim — 删除字符串末端的空白字符（或者其他字符） setlocale — 设置地区信息 sha1_file — 计算文件的 sha1 散列值 sha1 — 计算字符串的 sha1 散列值 similar_text — 计算两个字符串的相似度 soundex — Calculate the soundex key of a string sprintf — Return a formatted string sscanf — 根据指定格式解析输入的字符 str_getcsv — 解析 CSV 字符串为一个数组 str_ireplace — str_replace 的忽略大小写版本 str_pad — 使用另一个字符串填充字符串为指定长度 str_repeat — 重复一个字符串 str_replace — 子字符串替换 str_rot13 — 对字符串执行 ROT13 转换 str_shuffle — 随机打乱一个字符串 str_split —
h 或 向左箭头键(←) 光标向左移动一个字符 j 或 向下箭头键(↓) 光标向下移动一个字符 k 或 向上箭头键(↑) 光标向上移动一个字符 l 或 向右箭头键(→) 光标向右移动一个字符 如果你将右手放在键盘上的话，你会发现 hjkl 是排列在一起的，因此可以使用这四个按钮来移动光标。 如果想要进行多次移动的话，例如向下移动 30 行，可以使用 “30j” 或 “30↓” 的组合按键， 亦即加上想要进行的次数(数字)后，按下动作即可！ [Ctrl] + [f] 屏幕『向下』移动一页，相当于 [Page Down]按键 (常用) [Ctrl] + [b] 屏幕『向上』移动一页，相当于 [Page Up] 按键 (常用) [Ctrl] + [d] 屏幕『向下』移动半页 [Ctrl] + [u] 屏幕『向上』移动半页
将数据输入或加载到R工作空间中，是使用R进行数据分析的第一步。R语言支持读取众多格式的数据文件，excel文件，csv文件，txt文件和数据库（MYSQL数据库）等；其中，excel和csv是我们最常遇到的数据文件格式。
是https://cloud.tencent.com/developer/article/2353511 数据整理的上一步
前面跟大家聊了一下☞R如何reverse一个字符串，其实这个只能实现反向，那怎么样才能实现互补呢？其实获取DNA的反向互补序列这个事情本身并不是很难。有很多网页工具都能够实现，我随便在网上搜了一下就找到3个。我这里只是想结合R语言来解决我们生物信息里面的一些小问题，帮助大家理解R。我们还是用上次的DNA序列来举例
给你两个单词 word1 和 word2，请你计算出将 word1 转换成 word2 所使用的最少操作数 。
把“以字符格式存储”（chr）的时间日期数据解析成R中的时间日期（Date，POSIXct, POSIXlt...）格式是一项非常常见的工作。虽然有时候我们会发现有些任务不一定需要转换成日期格式就能完成，但是很多时候转化成日期格式是更安全的做法，而且会大大提高工作效率。
win+R打开命令行，cmd进DOS窗口 DOS命令开启关闭Apache和Mysql Apache启动关闭命令
编译|丁雪 校对丁一 对于那些对R语言还不熟悉的朋友，我先来做一个简单的介绍。首先，R是非常吸引人的一门语言。如今它已成为求职简历上让人眼前一亮的一门技能，部分原因是R语言的使用人数大大提升。如今它正
复制时不要行号 如果用鼠标复制,会连行号一块选上. 在一般模式下按v进入visiual模式,选择要复制的行,然后输入 +y 就可以了.
哈喽，我是学习生物信息学的阿榜！非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记，将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误，欢迎指正。让我们一起加油，一起学习进步鸭? 这份思维导图可以
在 Linux 下最常使用的文本编辑器就是 vi 或者 vim 了，如果能很好掌握这个编辑器，非常有利于我们更好的在 Linux 下面进行编程开发。
plot函数是R语言最基础的函数之一，参数较多，难以记住所有的参数详细用法，这里总结一下，以便查阅。
文本的选择，对于编辑器来说，是很基本的东西，也经常被用到，总结如下： v 从光标当前位置开始，光标所经过的地方会被选中，再按一下v结束。 V 从光标当前行开始，光标经过的行都会被选中，再按一下Ｖ结束。 Ctrl + v 从光标当前位置开始，选中光标起点和终点所构成的矩形区域，再按一下Ｃtrl + v结束。 ggVG 选中全部的文本， 其中gg为跳到行首，V选中整行，G末尾
5.1 为什么要学习vi与vim 所有的 Unix Like 系统都会内建 vi 文书编辑器，其他的文书编辑器则不一定会存在; 很多个别软件的编辑接口都会主动呼叫 vi (例如未来会谈到的 crontab, visudo, edquota 等指令); vim 具有程序编辑的能力，可以主动的以字体颜色辨别语法的正确性，方便程序设计; 因为程序简单，编辑速度相当快速。 第二点，因为有太多 Linux 上面的指令都默认使用 vi 作为数据编辑的接口，所以必须、一定要学会vi否则很多指令你根本就无法操作. 5.2
less -N SRR10502964.sam | cut -f 1,3 # 输出文件中的第一列和第三列
按“i”键，然后就进入到插入模式了，屏幕下面有个“–INSERT–”标识，很明显的
ctrl+shift+m，把上一个运算的结果输入为下一个函数的第一个参数，可以省略很多中间变量
题解：转换公式为c = 5/9*(f-32)，其中f表示华氏温度，c表示摄氏温度。
万众瞩目的二十大正在如火如荼的召开，哪些方面是国家建设的重点是每个人都非常关心的话题。
1. 三种模式 vim中有“一般模式”，“编辑模式”，“命令模式“三种模式，其作用分别为： 一般模式中能够移动光标查看文件，可以删除字符或整行，复制，粘贴处理文档内容用 vi或者vim打开一个文件进入的就是一般模式。 另外两种模式需要回到一般模式才能进入彼此。 编辑模式可以编辑文件内容 在一般模式中按下【i，I，o，O，a，A，r，R，】任何一个字母后进入编辑模式 按下相关按键进入编辑模式后，下方会出现【INSERT】或者【REPLACE】字样 按【Esc】键退出编辑模式，回到一般模式 命令模
MySQL 数据库的varchar类型在4.1以下的版本中的最大长度限制为255，其数据范围可以是0~255或1~255（根据不同版本数据库来定）。在 MySQL5.0以上的版本中，varchar数据类型的长度支持到了65535，也就是说可以存放65532个字节的数据，起始位和结束位占去了3个字 节，也就是说，在4.1或以下版本中需要使用固定的TEXT或BLOB格式存放的数据可以使用可变长的varchar来存放，这样就能有效的减少数据库文 件的大小。
本文涉及：Vim编辑器的三种模式下的相关操作 ◆ 一般模式 ◆ 常用命令： ctrl+b 屏幕往后移动一页 ctrl+f 屏幕往前移动一页 n+空格 光标向右移动n个字符 H 光标移动到
Burrows–Wheeler 算法是一个革命性的压缩算法，可以对 gzip 和 PKZIP 进行压缩，并且构成了 Unix 系统压缩工具 bzip2 的基础，该算法分为 3 个主要的部分：
本文的内容来自 vimtutor(v1.7)，在 Unix 系统下输入 “vimtutor” 即可进入教学模型。这里记录下来学习点滴，方便以后查看。
这一节话不多说，这一期直接进入主题，开始介绍R中的数据结构。这是学习R语言强大的统计分析功能的基础。R中自带了大量的数据集供大家在学习中联系。在开始介绍数据结构之前，先简单介绍以下如何查看及使用这些数据集，之后在介绍数据结构时，也会大量使用到这些数据集。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
对象存储
即时通信 IM
实时音视频
