我有一个Perl脚本，它向SGE提交了一堆数组作业。我希望所有作业并行运行以节省时间，并让脚本等待它们全部完成，然后继续下一个处理步骤，该步骤集成来自所有SGE输出文件的信息并生成最终输出。为了将所有作业发送到后台然后等待，我使用了Parallel::ForkManager和一个循环：# @<qsub_options> .但
浏览 2提问于2012-05-23得票数 0
我正在尝试查找以错误结束的作业的id。当我使用do tail -n 1 $i | grep errordonegrep error out1.log 或者，有没有一种更简单的方法来获取以错误结束的作业列表？我使用<
浏览 0提问于2010-11-04得票数 0
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PBS编程
、、、、
关于PBS的一些简短而愚蠢的问题：qsub job_fileqsub job_a对于启动job_b，如果在job_a的结果完成之前就有了，那就太好了。
浏览 2提问于2010-03-03得票数 1
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qsub vasp.sh###
E=`tail -n1 OSZICAR/cleanup.sh
嗨，我正在尝试编写一个Bash脚本，它循环在另一个名为vasp.sh的脚本上，该脚本接受POSCAR作为输入，并生成OUTCAR和OSZICAR作为输出。但是我希望每个迭代中的vasp.sh在下
浏览 3提问于2021-03-05得票数 0
我正在尝试编写一个bash脚本，它向集群发送多个作业(SGE调度程序)，并且每个作业都等待前面的任务结束，例如：HOLD_ID=$(qsub -hold_jid $HOLD_ID JOB2.sh | cut -c 10-16)
HOLD_ID=$(qsub -hold_jid $HOLD_ID JOB3.sh | cut
浏览 3提问于2015-12-14得票数 1
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我一直在用在Sun GridEngine集群上提交任务，但现在发现自己使用的是命名不那么方便的数据集(也是超大型的)。做这件事最好的方法是什么？我可以尝试将它们全部重命名，但名称包含需要保留的信息，这显然会带来一系列问题。我可以把所有的东西都预处理成json，但是如果有办法只处理qsub -all_contents_of_directory，那将是最理想的。
我是索尔吗？我是不
浏览 0提问于2011-09-02得票数 1
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我一直在寻找一种简单的方法来捕获由qsub提交的作业ID。我看到有人建议给这份工作起一个名字，并使用这个名字。但这是个间接的方法。我试过这样做，但出错了35546.cell0 (This is the output I want to capture)
有谁
浏览 4提问于2013-12-25得票数 3
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是否可以获取已提交的数组作业的任务数？像$SGE_TASK_ID这样的任务编号。qsub -t 1-4 my_script.sh
我想要4。
浏览 4提问于2014-05-29得票数 2
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我有一个向PBS排队系统提交多个串行作业的BASH脚本。提交作业后，脚本结束。然后，这些作业在集群上运行，当它们都完成后，我可以继续下一步。典型的工作流程可能涉及其中的几个步骤。我的问题是：
有没有办法让我的脚本在提交完成后不退出，而是在该脚本提交的所有作业在集群上完成后才退出？
浏览 1提问于2014-09-05得票数 3
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我在精简一系列SGE网格作业时遇到了一个难题，这些作业之间有一些依赖关系，但还没有找到指定-hold_jid的正确方法。job1: qsub -N job1 ...但是，假设在复杂的job2中有一个嵌入的SGE作业，比如job2a：qsub -N job3 -hold_jid job2 ...
浏览 1提问于2016-10-06得票数 2
对于我的模拟，我编写了一个小循环来同时运行"my_script.R“的多个(n=20)实例：echo "" >> my.qsub.${i} sleep 2done
在"my_script.R“中，我有一个for循环(n=1，...，B)，它在每次迭代的末尾将结果写入"fna
浏览 2提问于2015-03-05得票数 1
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使用一个非常简单的zsh脚本：num=$nums[$SGE_TASK_ID]#script name: job_script.sh
浏览 6提问于2013-05-10得票数 2
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我需要提交大量的作业，为此我编写了一个简单的bash脚本。我的bash脚本如下所示：docp script.sh precip.in Zope* ./"Pris_$i"qsub script.shdone
我现在想知道一种控制作业提交的方法:等待
浏览 5提问于2014-10-16得票数 1
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我们正在讨论的是几千个首先并行运行的作业，还有一个相同大小的作业，在最后一个任务完成后，可以同时运行。这意味着我不得不排队等待很多工作，这取决于很多工作。我可以通过在中间使用一个虚拟作业来降低这一点，除了依赖于第一组作业之外，什么也不做，第二组可以依赖于第一组作业。或者从这个脚本提交的所有作业(类似于qwait [-p <
浏览 6提问于2013-08-26得票数 5
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我在一个超级计算集群上有一个帐户，在那里我使用"pip install --user keras“安装了一些软件包。当使用qsub向队列提交作业时，我尝试通过设置“在脚本中导出PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$HOME/.local/lib/python2.7/site-packages/keras”“来确保系统可以看到我的本地包。但是，生成的日志文件仍然报告没有名为keras的
浏览 34提问于2017-01-17得票数 3
我曾经使用SLURM调度程序处理集群，但现在我或多或少被迫切换到基于SGE的集群，并且我正试图掌握它。我在SLURM系统上的工作涉及到使用N个输入文件运行可执行文件，并以这种方式设置SLURM配置文件， 0 /pathpath/to/input8 9 /path/to&#x
浏览 5提问于2015-01-29得票数 1
我试图让SGE基于qsub的作业共享参数并发运行作业数组任务，但它似乎不像预期的那样工作。是否有一种基于共享的并发任务执行的方法？我有一个脚本来模拟长期运行的任务，并将它作为不同的作业数组提交给一个小型SGE集群(26个插槽)，如下所示：qsub
浏览 0提问于2019-04-29得票数 0
2回答
我正在尝试使用python脚本在我们学院的集群中提交一份工作。\ subprocess.Popen(compile_cmd, shell=True)
Popen('qsub上面的脚本中有明显的错误吗？代码中提到的所有文件都在该目录中可用(我已经交叉检查过了)。qsub是一个用于向集群提交作业的
浏览 13提问于2013-10-17得票数 1
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我有一个shell脚本，它有一个qsub命令，后面跟着其他依赖于qsub命令输出的命令。我有一个shell脚本，它看起来像cat <some_files>我希望在脚本转到cat命令之前，qsub完成运行。我把"wait“放在qsub后面，但没有起作用。
浏览 1提问于2015-10-31得票数 1
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