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    家族性与散发性精神分裂症脑功能网络的差异

    具有阳性家族史的精神分裂症被称为家族性精神分裂症(familial-schizophrenia, PFS),家族性精神分裂症被认为是更多由遗传因素引起的,而具有阴性家族史的精神分裂被称为散发性精神分裂症(sporadic -schizophrenia, PSS),散发性精神分裂症被认为是更多由环境因素引起的。前人的研究表明,家族性精神分裂症和散发性精神分裂症临床症状存在一定差异[1, 2];此外,结构磁共振研究表明,与健康对照组和散发性精神分裂症患者相比,家族性精神分裂症患者具有更低的丘脑灰质密度[3]。但是,两种精神分裂症脑功能网络是否存在差异呢?本文主要根据参考文献[4]整理而成,文献[4]采用静息态磁共振技术,主要对家族性精神分裂症和散发性精神分裂症患者的脑功能网络及其拓扑结构进行了研究,以揭示两者之间的脑功能差异。笔者在这里对这篇文章的分析方法和结果进行剖析,希望各位朋友从中有所启发,对大家的研究有所帮助。

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    值得一读的linux内存学习总结

    a). 进程使用的物理内存: find /proc/ -maxdepth 1 -iname "[0-9]*" | xargs -I{} cat {}/smaps | grep Pss: | awk '{s+=$2}END{print s}' b). slab分配占用的内存,采用slab机制主要是解决申请时候浪费page的问题,这一部分的内存并不是application 所占用的,所以要单独列出来, 可以在meminfo 中查看到其占用空间以及可回收空间大小. c). pagetable在虚拟地址到物理地址的转换中发挥着关键的作用,所以也不属于application占用的内存,属于系统所用,所以也单独列出来. 其大小随着内存的变大而变大,可以在meminfo 中找到占用的大小. d). free的内存,这一部分内存是从system的角度看,依然是free的,也就是说这一部分内存还没有被system 进行接管. e). cache/buffer内存的大小,这一部分可以在meminfo 中找到,这里主要是 application 的所使用的cache/buffer. f). 其他原因导致的内存gap, 在下面的示例中,上述所述的6种内存的总和大于实际的总内存,这是因为 shmem 是被application使用的,所以在计算进程使用的物理内存的时候,已经包含了shmem,而cache又计算了一次,因此最后的结果应该是减去SHMEM, 这样 和总内存相比,还有5497KB的gap .那么这个gap 到底应该是available的,还是算作used的,不得而知,那么因为这个gap 不大,所以对于内存的使用状况统计,我们可以暂且忽略该gap, 所以我们可以有如下的公式作为一个参考: total = free + cache + buffer + process_used_via_pss + slab + pagetables - shmem

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    [Linux][mm]TLB shootdown和读取smaps对性能的影响 ​

    作者遇到了业务的一个性能抖动问题,在这里介绍一下它的原因和解决办法。 分析 1,page fault 在Linux上,进程分配到的内存是虚拟内存,经过内核的页表管理,会把虚拟内存映射成物理内存。 a,在第一次访问内存的时候,会触发page fault,内核会给进程分配好内存,进程继续执行。 b,内核进行内存回收,可能会把进程的部分内存进行回收,swap到磁盘上,下次访问到再换回来。当然,这个在实际业务上未必会启用swap以防止性能下降。 c,进程自己判断,认为部分内存段时间内不会使用,会尝试把它归还给内核。它的好处是不需要修改进程的虚拟地址空间,只是把内存页面(page)归还给内核,下一次访问到的时候,会因为page fault而重新分配物理内存。 另外需要注意的时候,处理page fault的过程中,需要持有进程的内存的锁(current->mm->mmap_sem)。 2,TLB shootdown 例如某服务器有40CPU,那么就意味着可以同时运行40个task。 例如某业务有30个线程,且这30个线程都很忙,并行执行在30个CPU上。 因为30个线程共享地址空间,它们使用的是相同的页表(page table)。所以在运行这30个线程的CPU上,会加载相同的页表。 当代CPU为了加速TLB查找的速度,会使用cache,也就是说会把对应的页表项(page table entry)加载到TLB cache中。 在运行的某一个时刻,某1个线程执行了上述的page fault的case 3,也就是执行了系统调用int madvise(void *addr, size_t length, MADV_DONTNEED),想要释放1个page(4K大小),除了需要修改页表释放该page外,还需要确保CPU的TLB cache中也是没有该page的PTE的。因为如果TLB cache还有该PTE,那么CPU访问这个page就不会出错,而这个page已经被释放并分配给其他进程使用的话,就会造成安全问题。 在多核场景下,这个问题就变得更加复杂了。除了运行madvise的线程之后,还需要确保另外的29个线程运行的CPU的TLB cache也是没有该PTE的。为了实现这种效果,需要当前的CPU通知另外的29个CPU,执行clflush或者重新加载cr3。这个通知的过程需要发送IPI(inter processor interrup)。 发送IPI的这个过程,在x86上的体现就是需要CPU执行wrmsr指令,对应的操作是触发ICR。了解虚拟化的朋友应该知道,wrmsr这条指令在虚拟机上需要经过Hypervisor处理,性能更低一些。 除此之外,在执行madvise的过程中,还需要持有当前进程的内存的锁(current->mm->mmap_sem),而且这个锁的粒度比较大。 而jemalloc库,默认情况下,则会释放过期的内存,调用madvise(void *addr, size_t length, MADV_DONTNEED)。 3,smaps/smaps_rollup cat /proc/PID/smaps,可以查看进程的每一段VMA信息。

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