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(frame, direction) orf_beg = 0 if length > self.length:
self.length = lengthself.result = (direction, frame, orf_beg
浏览 2提问于2015-11-12得票数 1
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我有多行的以下数据：TRINITY_GG_428_c0_g1_i1_orf1 PF00036.27 efhandTRINITY_GG_428_c0_g1_i1_orf1 PF13405.1 EF_hand_4TRINITY_GG_428_c0_g1_i1_orf1 PF13202.1 EF_hand_3
TR
浏览 3提问于2016-03-09得票数 0
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我正在将一个人类开放源码密码子代码文件转换成两个列表，一个是ORF_ID片段，另一个是实际序列数据。for i in fasta_file: sequences = [] ORF_start = i.find('>') ORF_ID = i[ORF</em
浏览 0提问于2015-06-06得票数 0
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lcl|NC_045512.2_gene_6 gene=ORF6 db_xref=GeneID:43740572 gbkey=Gene
我用过这个
浏览 6提问于2020-04-09得票数 0
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gene_finder()被假定为包含min_len序列的文件的名称，从文件中读取该序列，识别该序列中的ORF，该序列中的ORF长度大于minGC (一个数字)，%GC含量超过DNA (分数)，并且对于超过最低要求的每个ORF，返回其长度、%GC含量和DNA序列本身的列表。如果有多个ORF，这应该是一个列表列表。= get_orf(DNA[x:]) ORFlist.append(ORF)
浏览 0提问于2018-10-19得票数 2
/usr/bin/pythonwb = xlwt.Workbook()orf = {1: ('793',Frame")ws.write(0, 4, "End")ws.write(0, 6, "O
浏览 6提问于2018-01-11得票数 0
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get_orf(dna)，以一个名为dna的字符串作为输入。如果字符串以起始密码子‘ATG’开头，那么get_orf将以3的倍数搜索任何停止密码子。如果它找到其中一个，那么它返回ORF (‘ATG’和序列直到停止密码子)。当它碰到一个起始密码子“ATG”时，它会在字符串的片段上调用get_orf (直到结束)以获得一个ORF。该ORF被添加到ORF列表中，然后函数跳到我们刚刚找到的ORF之后的点，并开始寻找下一个ORF。这种情况会重复
浏览 1提问于2018-10-04得票数 2
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我有一个含有核苷酸序列的FASTA文件。我需要将它们翻译成蛋白质，但考虑到3个阅读框架(即+1 'ATG'，+2 'TG'，+3 'G')。如果阅读框架是+1，这段使用BioPython的简单代码是一个完美的工作。但是对于剩下的两个，它给出了不同的翻译。有没有办法在BioPython中指定读框？>contig20CTTCCCATCAAATTCTTTTTACCATGCAATATAGT
浏览 1提问于2014-03-05得票数 1
下面是对Store过程的查询FROM App.orderF orfOn orf.LastUpdatedBy = orU.UserIDWhere Case @isAdmnORDER BY LastUpdatedDate DESC
编辑:实际查询
浏览 11提问于2022-05-26得票数 0
/usr/bin/perl
use strict;
my @chomp;my %hash; $orf = $2 - $1; $
浏览 9提问于2014-08-05得票数 2
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下面是我的数据中的一些例子： "orf|NCBIACEN_c_10_906|,orf|NCBIACEO_c_5_1142|",
"orf|NCBIAAYI_c_258|,orf|aot172_c_6_302|,orf|aot180_c
浏览 0提问于2017-07-07得票数 0
我需要创建一个程序，获取包含DNA的文件，并将开放阅读框架转换为蛋白质数据。我需要在"ATG“出现后运行该函数，直到出现”stop codons "TAG“"TAA”“或"TGA”。 我是编程新手，这就是我所拥有的， map = { 'ACA':'T', 'ACC':&
浏览 33提问于2021-11-08得票数 1
>contig-7orf00003 3381 1747 >Wcontig-11112orf00002 2710 4581 orf00004 6990 6133orf00006 9180 7108
浏览 0提问于2014-07-28得票数 0
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Start Stop Locus AltAlleleOrf1a 3267 3267 T1001ITOrf1a 3827 3827 S1188L Cc 3828
浏览 1提问于2021-06-17得票数 1
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C10orf32C19orf33\x3bYIF1BC19orf73,PPFIA3\x3bLIN7Bawk 'BEGIN {FS=",|\x3b";} {for (i=1;i<=NF;i++) {print $i}}' file.txt C10orf</em
浏览 0提问于2016-07-25得票数 0
""), K = c("", "", "", "", "", "", "", "", ""), L = c("",
"", "", "", "", "", "", "", ""), ORF=
浏览 2提问于2021-06-14得票数 0
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我有一个@ORF数组，由不同长度的字符串组成。我想去掉少于50个字符的字符串，所以我编写了以下foreach循环： if (length ($_) <= 50) {}
我想知道剪接的第二个论点应该是什么，我已经搜索了一下，但我找不到一个方法来调用一个元素作为一个数值。
浏览 3提问于2015-11-11得票数 1
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3回答
我有一个包含如下元素的数组：我希望拆分每个数组，以便每个数组以'M'开头，以'*'结尾所以我上面的例子应该给我我想先把每个元素分割成这样： my $true= split /\*/, $_;
push @ORF</
浏览 5提问于2015-11-17得票数 2
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所以说我有两个文件：chr1:100-1000(+) ORF1_ORF2_chr3:50-4500(+)file2.fastaTTTTGAGAGGACTTCTCTGAGAGCTATGCTAGTCATCGAGGGGAAAoutput.fasta
>ORF1_ORF<
浏览 4提问于2016-05-30得票数 1
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