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我在python中有一个这样的命令：
Python my_prog in1.fa ins.fa out1.fa
Python my_prog in2.fa ins.fa out2.fa
Python my_prog in3.fa ins.fa out3.fa
我使用了GNU parallel的并行命令，并将1.fa、in2.fa和in3.fa中的文件组装到一个文件IN.fa中。我的问题是我不知道如何在并行命令中添加另一个或更多的参数。下面是我的命令：
cat IN.fa | parallel -j 20 --cat --pipe --block 3M --recstart '>&
浏览 1提问于2016-12-28得票数 0
我想转换pytorch模型到torchscript，这个model是一个pytorch LSTM模块。
步骤1：score_pos和预期一样正常
步骤2:转换为torchscript模块
步骤3:脚本化模块运行的评分score_pos_scripted与score_pos相同，但顺序不同
步骤4:保存torchscript模块错误！
# result is right
score_pos = model(src, src_len, trg_pos, trg_len_pos)
scripted_model = torch.jit.script(model)
score_pos_scripted
浏览 6提问于2020-10-15得票数 1
fa = Fa.objects.filter(fa_name = tag)[0]
它在python 2.7和django 1.8中工作，但现在我迁移到django 2.2和python 3.6，它无法工作。
浏览 0提问于2020-02-27得票数 0
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我从源代码编译并安装了Python3.6.1，并运行sudo pip3 install readline来安装readline模块。但是，当我启动Python时，无论输入什么内容，它都会崩溃：
Python 3.6.1 (default, Mar 25 2017, 13:40:56)
[GCC 5.4.0 20160609] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> print("
浏览 3提问于2017-03-25得票数 36
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3回答
我有以下bash脚本：
#!/bin/bash
while read line
do
ORD=`echo $line | cut -c 7-21`
if [[ -r ../FASTA_SEC/${ORD}.fa ]]
then
WCR=`fgrep -o N ../FASTA_SEC/$ORD.fa | wc -l`
WCT=`wc -m < ../FASTA_SEC/$ORD.fa`
PER1=`echo print $WCR/$WCT.*100 | python`
浏览 9提问于2017-01-03得票数 0
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我必须在我的Docker Ubuntu18.04上安装Python3.7的Python3.7和pip3。我可以安装3.7，但不能删除用于Python3.6的pip3
FROM ubuntu:18.04
# ...
RUN apt-get update && apt-get install -y \
software-properties-common
RUN add-apt-repository ppa:deadsnakes/ppa
RUN apt-get update && apt-get install -y \
浏览 0提问于2019-07-05得票数 15
我按照官方教程构建并安装了我的自定义Django应用程序
安装似乎是成功的。
$ pip install --user ../horizon2fa-0.1.tar.gz
Processing /opt/stack/horizon2fa-0.1.tar.gz
Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): horizon2fa==0.1 from file:///opt/stack/horizon2fa-0.1.tar.gz in /opt/stack/.local/lib/python2.7/site-packages
浏览 1提问于2016-02-25得票数 6
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尝试将Python应用程序部署到OpenShift中，BTW是我的第一个OpenShift部署。一切正常，除了安装托管在GitHub上的模块。我已经尝试过很多方法了。有谁能帮帮我吗？在此之前，非常感谢您。似乎OpenShift Git版本(1.7.1)与我正在尝试实现的目标不兼容。以下是错误输出：
Obtaining django-filter from git+https://github.com/jpardobl/django-filter.git@8a3d092a99feaacea6b85c5ae5a987dc9ea970ab#egg=django_filter-dev (fro
浏览 0提问于2013-04-06得票数 1
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我有一个包含29个项目的数据集，可以运行探索性因子分析。我已经在Python和Stata中使用相同的因子实现了这个数据集，但我得到了两个不同的结果。实际上，它们是不同的，因为我确定了特征值:在Python中是4，但在Stata中只有2。 为什么会有这样的差异，我应该取哪个结果？以下是我的代码Python df = df[df.g1 == 3]
fa = FactorAnalyzer()
fa.set_params(n_factors=6) # so factor
fa.fit(df)
fa.loadings_
fa_loading_df = pd.DataFrame(fa.loadings_
浏览 25提问于2021-08-17得票数 1
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在使用Boost.Python和C++时，有时我们使用类本身和boost::shared_ptr<>版本创建绑定类。这是非常方便的，因为许多原因，可以在许多地方使用。但是，当boost::python将boost::shared_ptr<>返回到一个用C++生成并记录在C++静态变量上的值时，该机制似乎不能可靠地工作。
通常，我希望返回的boost::shared_ptr<>保存一个特殊的删除器来处理这个问题，但情况似乎并非如此。似乎发生的情况是，返回的boost::shared_ptr只是包装了一个指针，指向在Python /o中生成的值--任何删除时的特
浏览 3提问于2013-08-12得票数 6
1回答
我编写了一个bash脚本，它由多个Unix命令和Python脚本组成。目的是制作一条管道，从特定的输入中检测长时间的非编码RNA。最终，我想把它变成一个“应用程序”，并把它放在一些生物信息学网站上。我面临的一个问题是在bash中使用getopt工具。我找不到一个我明白的好教程。此外，任何与代码相关的其他评论也将不胜感激。
#!/bin/bash
if [ "$1" == "-h" ]
then
echo "Usage: sh $0 cuffcompare_output reference_genome blast_file"
ex
浏览 1提问于2015-02-27得票数 0
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尝试在Openshift中git push到Django repo，得到以下错误。
remote: Traceback (most recent call last):
remote: File "/var/lib/openshift/55d9fa9f7628e164d400008b/app-root/runtime/repo/wsgi/myproject/manage.py", line 11, in <module>
remote: execute_from_command_line(sys.argv)
remote: File "/va
浏览 2提问于2015-08-27得票数 0
我想让python计算负数和正数在二进制中出现的次数，1是正数，0是负数。此外，我希望Python计算总计数中存在的正数的百分比。在使用Python Excel时，我很难弄清楚这一点。
这是我现在拥有的代码：
import csv
with open('Weather30states.csv', 'r') as file1:
val = list(csv.reader(file1))[2]
val1 = val[0:4]
with open('FL%.csv', 'r') as file2:
rea
浏览 51提问于2015-03-22得票数 1
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我是Python的新手，正在转换Perl脚本。Python相当于什么.
$value =~ s/%([a-fA-F0-9][a-fA-F0-9])/pack("C", hex($1))/eg;
任何帮助都是非常感谢的。
浏览 1提问于2010-06-07得票数 0
1回答
我对python非常陌生，我正在尝试将它嵌入到bash脚本中。我有以下bash脚本：
#!/bin/bash
while read line
do
ORD=`echo $line | cut -c 1-7`
if [[ -r ../FASTA_SEC/COMBI_RAW/${ORD}_COMBI_RAW.fa ]]
then
touch ../Results/Log_Files/Log_${ORD}.txt
for (( win = 2; win < 20; win += 2 )); do
printf &
浏览 2提问于2017-01-15得票数 0
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请注意:我不知道html/css/js。这是一个预先制作好的模板，我只是在修改它..
你好，所以我构建了一个投资组合网站，我想用语言展示我的项目，对于R项目，我想要一个R图标，对于python，我想要一个python图标。例如，我使用fa-python，我看到的只是一个白色的圆圈..代码+照片如下：
<span class="icon solid major fa-code" ></span>
第一个代码的pic：
我想做的是：
<span class="icon solid major fa-python" ><
浏览 7提问于2022-08-17得票数 0
docker-py 0.7.0在Docker 1.3.2和docker-py 0.7.0的本地Docker安装中显示以下错误。主机运行的是CentOS 6.6。如何解决这个问题？
xxxx@dev1 myproject]$ bin/python d.py
Traceback (most recent call last):
File "d.py", line 3, in <module>
c.create_container(image='zopyx/xmldirector-plone')
File "/home/xxxx/s
浏览 2提问于2015-01-01得票数 6
def parseCommand():
args = None
if len (sys.argv) < 2:
print('no command entered')
return
command = sys.argv[1]
print ('command executed: %s' %command)
if len(sys.argv) == 3:
args = sys.argv[2]
if len(sys.argv) > 3:
args
浏览 2提问于2013-04-10得票数 0
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下面有一个python脚本，当我在第二行中有一个json字符串时，我知道它可以工作。问题是如何将json文件(output.json)中的数据作为字符串导入第二行？
# JSON string
product = ' {contents of a json file go here} '
# Sanitize data
product = product.replace('\n', '').replace('\r', '')
# Convert string to Python dict
product_
浏览 2提问于2022-04-27得票数 0
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我试图在Windows 10上执行一个shell脚本，我还打开了“”功能，因为脚本需要运行一个包，要求我在安装过程中这样做。
我的程序路径为：export PATH=$PATH:/Users/Myname/Desktop/Myfolder
然后，我试图通过以下方式运行存储在特定文件夹(并直接称为工作目录)中的shell脚本：
python /Users/Myname/Desktop/Myfolder/Mysubfolder/create_fa.py
但这给了我一个错误：
C:\Users\Myname\AppData\Local\Programs\Python\Python38-32\pyth
浏览 4提问于2019-10-24得票数 1
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我得把这个项目审查一下。它正在计算给定目录中所有文件中的代码行数。
我对python很陌生，几乎所有事情都需要一些建议。
#!/usr/bin/python
import os
import sys
def CountFile(f):
counter = 0
f = open(f, "r")
for line in f.read().split('\n'):
counter = counter + 1
f.close()
return counter
def CountDir(dirname):
浏览 0提问于2011-08-21得票数 4
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我正在尝试使用python3类型的注释特性。
下面是一些没有注释的玩具函数：
def fa(func, *args):
return func(*args)
def fb(x:str):
return x + " returned."
fa(fb, "Newton")
这些都没问题。但是，一旦我为fa添加了一些注释，就会出错：
def fa(func:function, *args):
return func(*args)
def fb(x:str):
return x + " returned."
fa(fb,
浏览 5提问于2014-12-13得票数 3
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我想不出为什么用Python2.7解析这个文件比用Python3.6要快得多。我在macOS和Arch上都发现了这种模式。其他人能复制吗？有什么解释吗？
警告:代码片段写入~2GB文件
计时：
$ python2 test.py
5.01580309868
$ python3 test.py
10.664075019994925
test.py代码
import os
SEQ_LINE = 'ATCGN'* 80 + '\n'
if not os.path.isfile('many_medium.fa'):
with open(&
浏览 1提问于2018-09-27得票数 7
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1回答
我有以下内容，我需要将第三部分与Python中的Pandas分开：
我的弦：
FA0003 -BL- FA0005-BL
FA0004-BL-FA0008-BL
我的期望：
FA0005
FA0008
假设在一个名为A的列中有这样一个字符串，用于检索FA0003的下面字符串的正则表达式如下所示，但我不知道如何检索FA0005？
FA0003 -BL- FA0005-BL
df[A].str.extract(r'(\w+\s*)', expand=False)
FA0003
浏览 1提问于2020-11-23得票数 2
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我正在尝试运行Python / Selenium脚本，该脚本在静态HTML网站上单击一个字体很棒的按钮。
我尝试了几个ID名称，但总是遇到异常。
当我右击并‘检查元素’时，ID标签就是我当前选择的标签。
我不想使用xpath。
任何帮助都将非常感谢，谢谢。
Python脚本：
from selenium import webdriver
from selenium.webdriver.common.keys import Keys
import time
import unittest
driver = webdriver.Chrome()
driver.get("http://ww
浏览 0提问于2018-07-16得票数 0
from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline
blastp_cline = NcbiblastpCommandline(cmd="~ncbi-blast.2.10.1+bin/blastp", query="human.fa", db="mouse.fa", evalue=.0001, out="output.xml", outputfmt=5)
blastp_cline
from Bio.Blast import NCBIXML
result_handl
浏览 18提问于2020-10-23得票数 0
2回答
我正在尝试将一些C++函数封装到Python包装器中。对于这一点，它似乎是一个不错的和容易的方式。
包装工作，但当通过引用或指针传递整数时，我遇到了一个问题。因为Python不能使用引用，所以SWIG在内部将这些引用转换为指针。
一些简单的示例代码：
Blaat.hpp：
#ifndef __BLAAT_HPP__
#define __BLAAT_HPP
class Blaat
{
public:
int mA;
float mB;
public:
Blaat() {}
void getA(int & fA);
void setA(const int fA);
~Blaa
浏览 7提问于2011-07-15得票数 10
这是我的file.txt：
1, AC233FA28A31, -64, 1.0741886104850389
1, AC233FA28A32, -67, 4.990341223352587e+16
2, AC233FA28A31, -66, 1.240560004316543
2, AC233FA28A32, -61, 4190057960.7655835
浏览 5提问于2022-02-04得票数 -1
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我试图为两个输入文件运行一系列命令，但是如果已经完成了，我希望避免执行相同的操作。为了更清楚地说明，以下是我的命令：
from subprocess import call
import os.path
pathway = raw_input("Please give the pathway of your Genome Folder ( .fa files): ")
genome= raw_input("Please type your genome name (e.g. chick_build2.1):" )
#Building a genome (.st
浏览 1提问于2011-11-02得票数 1
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2回答
我将一些Perl代码转换为python，我有一个regex，它在Perl中工作得很好，但是当我将它复制到re.match中时却不能工作。Perl行是：
if !(/(\s\{\s0x[0-9A-Fa-f]*, 0x[0-9A-Fa-f]*, .*\}.*)|(.* reservations for core .*)|(.* reservedMemoryAreas.*)/)
我对python的翻译是：
if re.match('(\s\{\s0x[0-9A-Fa-f]*, 0x[0-9A-Fa-f]*, .*\}.*)|(.* reservations for core .*)|(.*
浏览 0提问于2014-01-09得票数 2
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我有一个在Django 1.8.4下运行的Django项目，我正试图升级到Django的最新版本。因为我仍然在Debian 8服务器上使用Python 2.7，所以我首先将我的服务器升级到Debian 9，然后将我的Django项目的虚拟环境升级到Python 3.5.3 ( Debian 9上Python 3的默认版本)。 在使用Python3重新构建了虚拟环境之后，我在项目的根文件夹中运行了命令2to3 -w .。2to3发现并修复了62个问题，没有任何困难。我还有216个单元测试，其中只有两个在Python3.5下失败了。 然后我访问了我的Django网站，除了包含下拉元素的表单显示&
浏览 12提问于2019-05-24得票数 2
下面是关于使用Serverless的python包的教程。在我使用serverless-deploy部署之前，一切都很正常。然后我得到了下面的错误。有人知道怎么补救吗？
其他信息：
操作系统: Windows 10
WLS区: Ubuntu v2
Serverless: Generated requirements from C:\Users\path-to-project\numpy-test\requirements.txt in C:\Users\path-to-project\numpy-test\.serverless\requirements.txt...
Serv
浏览 4提问于2021-09-15得票数 2
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代码非常简单：
centrality = graph_tool.centrality.katz(Graph)
但这里有一些警告：
/usr/lib/python3/dist-packages/numpy/linalg/linalg.py:2056: RuntimeWarning: overflow encountered in multiply
return sqrt(add.reduce((x.conj() * x).real, axis=None))
/usr/lib/python3/dist-packages/graph_tool/centrality/__init__.py:765:
浏览 11提问于2017-07-12得票数 1
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在python 3.6代码中，我将使用以下警告：
import os
os.environ['PYTHONASYNCIODEBUG'] = '1'
Executing <Handle <TaskWakeupMethWrapper object at 0x7fa8653dca08>(<Future finis...events.py:295>) created at /opt/rh/rh-python36/root/usr/lib64/python3.6/asyncio/tasks.py:390> took 5.012 seco
浏览 11提问于2020-01-27得票数 4
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我有一个html，它在表格中显示了在此应用程序中创建的用户列表
<div class="row mt">
<div class="col-md-12">
<div class="content-panel align-content-center">
<table class="table table-striped table-advance table-hover">
<
浏览 1提问于2020-01-07得票数 1
1回答
我发现了很多这样的问题，但没有人解决这个问题。
当我访问网址时
http://localhost:8000/catalog/book/88a26558-d636-44c8-8831-242d98fa6d80/renew/
由此urls.py路径处理的：
path('book/<uuid:pk>/renew/', views.renew_book_librarian, name='renew-book-librarian'),
最后，我的视图将返回以下内容：
I have a view that returns this:
return rende
浏览 1提问于2018-03-14得票数 0
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我对刮伤和Python很陌生。我正在尝试使用Selenium和scrapy从URL列表中抓取。我试过这个代码：
class TechstarSpider(scrapy.Spider):
name = "techstar"
allowed_domains = ["techstar.com"]
start_urls = [l.strip() for l in open('pages.txt').readlines()]
def __init__(self, **kwargs):
super(Tech
浏览 1提问于2017-11-12得票数 0
我在网上找不到解决办法。当图标被推到下一行时，我真的很难将它们对齐，使它们处于中间位置：
<div class="nav-icons">
<i class="fa-brands fa-java fa-2x text-center"></i>
<i class="fa-brands fa-js fa-2x text-center"></i>
<i class="fa-brands fa-python fa-2x text-center"
浏览 1提问于2022-02-22得票数 0
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我已经编写了一个Python脚本，它以Json格式输出一个很长的数据结构(字典，我称之为"celldict")。下面是其中的一小部分：
{
"1224": {
"OUT3FA_5": 12,
"IN1": 37,
"Total_IN1": 37
},
"1225": {
"OUT3FA_5": 24,
"IN1": 59,
"Total_IN
浏览 0提问于2012-11-28得票数 3
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我很难理解酒瓶的要求。一旦点击了HTML按钮，我就用它来更改HTML按钮的状态，本质上是将颜色从黑色更改为黄色。但是我很难找到如何链接Python和HTML。
到目前为止，这里是我的Python：
from flask import Flask, render_template, url_for, request
app = Flask(__name__)
@app.route('/', methods = ['GET', 'POST'])
def homePage():
pageType = 'Controller'
浏览 2提问于2014-12-23得票数 0
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我有这个python来检测所有的urls：
r'(http[s]?://(?:[a-zA-Z]|[0-9]|[$-_@.&+]|[!*\(\),]|(?:%[0-9a-fA-F][0-9a-fA-F]))+)'
但我得把youtube和vimeo url排除在外。我能做什么?
浏览 2提问于2015-07-10得票数 2
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当我开始使用Django时，我使用的是1.11，从那时起我就升级到了2.0。我的URL运行正常，没有任何问题，我想有些东西已经更新了，但是我一直在看文档，我看不到问题在哪里。根据我所看到的，我在模板中的URL是正确的，即使我也尝试了'‘，但仍然得到相同的问题。
NoReverseMatch at /admin/dashboard
Reverse for '' not found. '' is not a valid view function or pattern name.
Request Method: GET
Request URL: htt
浏览 23提问于2019-10-26得票数 1
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这是我想要工作的html代码：
<section id='price'>
<div class="row">
<h4 class='col-sm-4'>Market Cap: <b><i class="fa fa-inr"></i> 10.64 Crores</b></h4>
<h4 class='col-sm-4'>Current Price: <b><i class=&
浏览 3提问于2015-01-13得票数 1
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1回答
)作为csv (700,000行)输入
Child Parent
fA00 f0
fA9 fA0
fA31 fA0
fA30 fA0
fA1 fA00
dccfA1 fA00
fA2 fA00
fA3 fA00
fA01 fA00
fA4 fA00
fA5 fA00
fA6 fA00
fA7 fA00
fA0 fA00
fA142149 fA00
fA02 fA00
fA8 fA00
qA1 fA10
fA22 fA10
fA23 fA10
fA11 fA10
qA2 fA10
fA15 fA11
fA13 fA1
浏览 5提问于2017-12-20得票数 1
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返回过时的值
、、
我有一个奇怪的问题大约有两个星期。我的python脚本(每5分钟一次)为gsuite用户反复询问google目录api。很遗憾，当用户打开2FA时，我的脚本在几个小时后返回isEnrolledIn2Sv=True。
当我用gam ( )问它时，立即得到正确的回答.
怎么回事？某种缓存？为什么google会在几个小时内返回给我，而不是真实的数据？我的python库版本有可能有bug吗？
我的python代码：
from google.oauth2 import service_account
import googleapiclient.discovery
...
...
...
#insi
浏览 2提问于2020-04-02得票数 1
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我在创建我在C模块中编写的类(类型)的实例时遇到了问题。我已经写了一个最小的，自包含的例子来说明这一点。只需将三个文件spam.c、spamtest.py和setup.py复制粘贴到一个目录中，然后运行 $ python setup.py develop && python spamtest.py 我不明白为什么在实例化垃圾邮件实例时不调用基本函数new()和init()。不用说，这会在实际应用程序中造成较大的时间段错误，因为这些函数会为新创建的对象分配动态内存。 下面是在Python的调试版本下运行spamtest.py时发生的情况。请注意，当从Python解释器中实例化垃
浏览 44提问于2020-04-04得票数 0
1回答
嗨，我正在为Python2.7使用漂亮汤，在读取html文件的过程中采用了以下方式：
soup=BeautifulSoup(html,"html5lib")
year= soup.find("i",{"class":"fa fa-calendar-o"})
我希望从下面的html中获得2011年的信息，而我所得到的值并不是只有<i class="fa fa-calendar-o"></i>。有人能帮我解释一下我做错了什么吗？谢谢。
</div>
<
浏览 1提问于2016-03-03得票数 0
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我像这样使用我的Matlab代码
Fas=[1.4, 1.4, 1.3]
Fvs=[1.5, 1.4, 1.3]
if S<=0.1
Fa=Fas(1);
Fv=Fvs(1);
elseif S<=0.2
Fa=interp1([0.1 0.2],[Fas(1) Fas(2)],S);
Fv=interp1([0.1 0.2],[Fvs(1) Fvs(2)],S);
end
然后我想用interp1d把它转换成Python
所以我是这样写的
if S<=0.1:
Fa=Fas[0]
Fv=Fvs[0]
elif S<=0.2:
Fa=inte
浏览 0提问于2020-12-08得票数 0
3回答
from math import *
print("force a to b")
Fa = input("Force a : ")
Fb = input("Force b : ")
distance = input("distance : ")
k = 9*10**9
Fa = float(Fa)
Fb = float(Fb)
distance = float(distance)
def force(Fa, Fb, distance):
force = k * (Fa * Fb) / (distance)**2
浏览 7提问于2022-01-29得票数 0
我正在搜索如何使用字体-令人敬畏的图标到一个Tkinter python应用程序。
以下是我尝试过的：
pip3 install fontawesome
Python 3.6.9 (default, May 23 2020, 00:01:58)
[GCC 9.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import fontawesome as fa
>>>
浏览 3提问于2020-05-24得票数 0
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云服务器
ICP备案
对象存储
腾讯会议
实时音视频
腾讯云开发者
