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2
回答
如何在地图上添加行和文本?
我使用以下代码使用
pheatmap
()函数创建热图:
pheatmap
((data_matrix[,1:11]), cluster_rows = F, cluster_cols
浏览 3
提问于2014-08-11
得票数 3
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1
回答
R:如何在
pheatmap
中为minkowski距离设置p?
、
、
在R中,有一个用树状图生成热图的函数,称为
pheatmap
::
pheatmap
。minkowski是
pheatmap
绘制树状图的距离测量选项之一。但是,如何在函数
pheatmap
中设置p (明可夫斯基距离的幂)? 谢谢。
浏览 17
提问于2017-06-16
得票数 0
1
回答
R:有没有一种方法可以只生成相异矩阵的热图并按聚类排序?
、
、
我正在使用hclust在266个观察值中寻找集群。所有的变量都是绝对的。我正在尝试创建从daisy函数创建的相异矩阵的热图,以可视化集群内的相似性。我正在使用heatmap函数: distfun = dist, hclustfun = hclust, add.expr, symm = FALSE, revC = identical(C
浏览 2
提问于2019-09-09
得票数 0
1
回答
在
pheatmap
和heatmaply R包中的聚类
、
、
、
我喜欢这个软件,但我想从它中得到与我使用的
pheatmap
包相同的集群(行和列的排序)。因此,我希望这两个命令产生相同的输出:
pheatmap
(scale (mtcars)) 有办法这样做吗?提前谢谢。
浏览 6
提问于2020-05-21
得票数 0
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1
回答
如何在
pheatmap
中翻转分层聚类节点
、
、
、
我有以下代码:产生了下面的情节。phtmap <-
pheatmap
::
pheatmap
(mtcars)col_dend <- dendextend:col_dend, order = c("hp", "disp", "vs
浏览 2
提问于2020-08-11
得票数 1
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1
回答
R:向
pheatmap
中的绘图区域添加一些文本
、
、
、
我只想在
pheatmap
的绘图区域内添加一段文本。 由于
pheatmap
函数已经包装了其中的所有内容,因此我很难弄清楚这一点。colnames(mymat) <- paste("sample_", 1:15)
pheatmap
::
pheatmap
(mat = mymat,
浏览 122
提问于2020-04-27
得票数 0
1
回答
更改
pheatmap
绘图背景颜色
、
、
有没有办法将R中
pheatmap
图的背景由白色改为黑色 library(
pheatmap
)test = matrix(rnorm(200), 20, 10)Test", 1:10, sep = "")# Draw heatmapspheatmap(test)
pheatmap
pheatmap
(test , bg=&q
浏览 118
提问于2019-10-14
得票数 1
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1
回答
R notebook除了生成实际绘图外,还会生成一个空白绘图
、
、
、
、
这是我的部分:test =矩阵(rnorm(200),20,10) 我猜这是由于
pheatmap
生成绘图的方式,但实际上它首先生成一个空白绘图
浏览 10
提问于2017-07-11
得票数 8
1
回答
在arrangeGrob中使用
pheatmap
、
、
我刚刚开始学习网格和grob,我想我知道问题是什么:
pheatmap
是一个网格对象,包含grob对象,不允许我将其放在arrangeGrob中。这是真的吗?我是否需要以某种方式将qplot放在一个网格中,将
pheatmap
放在一个网格中,然后将这些网格放入一个新的网格?library(grid)library(
pheatmap
)hmdat=rbind(c(1,2,3),c(3,4,5),hm=
pheatmap<
浏览 21
提问于2016-09-20
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1
回答
更改R中
pheatmap
中树状图的线宽
我使用存储在单细胞实验分析中的单细胞RNA-seq数据,使用R中的
pheatmap
对~ 11.3000个表达基因(而不是聚类样本)进行层次聚类,以显示数据的异质性。sessionInfo() R版本3.4.1 (2017-06-30)平台: i386-w64-mingw32/i386 (32位)运行环境: Windows >= 8 x64 (build 9200)
pheatmap
_1.0.8gpar(lwd = 0.5)
pheatmap
(assay(sce.tpm), cellwidth = 10, cel
浏览 5
提问于2018-05-22
得票数 2
1
回答
在R中组合
pheatmap
、
、
、
我一直在努力解决如何将2个或更多的
pheatmap
(热图)组合到最终图中,但没有成功。c("TD6 vs SH", ))hm_data1 <-
pheatmap
(as.matrix(data1)) hm_dat
浏览 17
提问于2018-08-01
得票数 3
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1
回答
如何在R中将图例添加到我的热图?
、
、
、
我有一个基因表达的大型数据集。这些行就是基因。柱子是特定的组织--因此它是该组织中的基因表达。heatmap(expression_all_tissues_matrix, scale= "column",col=brewer.pal(9,"Blues"))谢谢!
浏览 3
提问于2021-05-05
得票数 0
1
回答
在
Pheatmap
中编辑行名和列名
、
我想在我的
pheatmap
中编辑行名和列名,或者最终删除并添加新的要编辑的行名和列名。在本例中,我将show_colnames和show_rownames设置为FALSE。library("
pheatmap
")
pheatmap
(scale(dat), show_colnames = T, show_rownames = T,legend = TRUE,
浏览 10
提问于2015-08-17
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1
回答
我怎样才能用一个简单的矩阵做一个热图呢?
、
、
假设我有一个简单的矩阵A现在,我的目标是用A绘制一个热图,这样每个数字都被一个颜色字段所代替。怎么做?我试过了但它产生了三条彩色条纹,而不是9个不同的领域。
浏览 6
提问于2016-01-07
得票数 3
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2
回答
如何在特定的R图上获得可读的刻度?
、
、
我已经在生物星论坛()上发了一个关于这个问题的帖子,但是没有得到很多回复。我用R和包装EMA绘制了转录数据。然而,“基因名称”(纵坐标)写得太大了,我看不出所有的基因名称。我想每个隔间有一个基因名。这是我的代码: dendro=TRUE, dendro.sup=TRUE, names=TRUE, names.sup=TRUE, names.dist=TRUE, trim.heatmap=0.
浏览 4
提问于2020-08-03
得票数 1
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2
回答
R-使用
Pheatmap
时的图例标题或单位
、
、
我正在使用
pheatmap
创建值的热图,并希望使用矩阵中z值的单位来标记图例。在本例中,我希望图例的顶部显示温度°C。我已经阅读了
pheatmap
的,图例的唯一操作似乎是添加要显示的默认数字列表来代替刻度。我看不到任何添加图例标题本身的选项。rownames(test) = paste("Building", 1:10, sep =
浏览 0
提问于2016-04-26
得票数 4
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1
回答
热图输出
、
、
、
我喜欢这个软件,但是我想从它中得到我使用
pheatmap
软件包得到的相同的颜色输出。因此,我希望这两个命令产生相同的输出:
pheatmap
(scale (mtcars)) 有办法这样做吗?提前谢谢。阿图罗
浏览 4
提问于2020-05-21
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1
回答
在
pheatmap
中使用heatmaply树状图排序
、
、
、
有没有一种方法可以使用heatmaply包中使用的树状图聚类方法,并将其应用于
pheatmap
包生成的热图?基本上与这里提出的问题相反:Clustering in
pheatmap
and heatmaply R packages 当我在
pheatmap
上使用heatmaply时,我通常会看到我的数据集群效果更好所以我改用
pheatmap
。 也许有人能帮我回答我的问题。谢谢!
浏览 52
提问于2020-07-15
得票数 1
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1
回答
有没有办法指定在heatmaply中返回的kmeans集群的数量?
、
、
、
我想从heatmaply为我的交互式热图返回特定数量的集群,就像我可以使用
pheatmap
和kmeans_k =参数一样。有没有办法用heatmaply做到这一点?library(
pheatmap
)mat <- as.matrix(mtcars) mtcars, border_color = "grey20
浏览 32
提问于2021-01-24
得票数 1
1
回答
多个面板地图的绘制
、
、
、
我一直在用
pheatmap
绘制热图,这提供了一个非常方便的配色方案。当我尝试以这种方式使用
pheatmap
时,它总是在一个新页面上绘制。我能用
pheatmap
做这件事吗?heatmap是在下面的新页面上绘制的:layout.show(xlay)
pheatmap
浏览 4
提问于2015-11-28
得票数 4
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