我有以下数据与生物型组分基因和一些代码，以计数每个生物类型的基因数目。ENSG02","ENSG03","ENSG04","ENSG05")data <- da
浏览 6提问于2022-07-27得票数 1
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我有一个包含基因及其相关颜色的字符载体：我正在尝试查看另一个基因列表，如果这个基因还没有包含在载体中，我会添加一个随机颜色的基因：library(randomcoloR)
for(gene in other_gene
浏览 14提问于2022-06-13得票数 1
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我一直在使用两个不同的目标预测程序来预测基因上的结合位点，并使用R来处理我得到的结果假设我有两个程序X和Y；
X预测两个站点，x1是两个站点的开始位置，x2是停止位置。<-c(1521,1259
浏览 5提问于2015-02-09得票数 0
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miRNA目标富集
、、、
有没有人知道一个软件包或函数，它接受一个miRNA和一个mRNA的转录ID (ENSTXXXXXXXXXX)，并输出该基因是否是该miRNA的目标？我已经查看了Bioconductor软件包("mirbase.db“等)，但我找不到一个可以做到这一点的。
浏览 3提问于2013-12-11得票数 3
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我有一个26000个基因的Chip-seq结果数据矩阵6 AK123756 800 35469
我想绘制两个样本的计数密度图我正在使用R，我非常困惑，主要是因为我不能将它们绘制为直方图，我得到的一个图形只有
浏览 0提问于2012-03-29得票数 1
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我正在分析一个大的R基因表达数据集，有100个样本和50.000个基因。如果目标是产生样本的投影，使已知标签之间的差异最大化，那么lda()的一些好
浏览 1提问于2015-03-18得票数 1
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我有一个基因数据集，其中一行的索引是基因的名称。我还希望找到任何给定基因的行号，这样我就可以在经过机器学习模型预测后单独查看基因-以解释基因的预测形状。我如何为shap图编码目前需要一个行号来提取特定的基因。 我的数据如下所示： Index Feature1 Feature2 ...10
Gene2 1 0.
浏览 49提问于2020-10-09得票数 2
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我对使用Cytoscape分析基因之间的分子关系很感兴趣，我一直在阅读Cytoscape网站上的教程，但我不确定如何使用Cytoscape进行“一对多”比较。例如，每个基因通常被指定为“节点”，其“边”对应于与其他基因的交互作用。Cytoscape使用“属性”将节点或边名称映射到特定的数据值。在一个简单的“一对一”比较中，您可能有一个包含10个基因及其表达值的列表，这样每个基因的属
浏览 1提问于2020-06-02得票数 1
我目前正在做一些关于‘从头算基因预测’程序的项目。我发现了一些有趣的网络基因预测服务器，比如'FGENESH‘和'GenScan’。网址如下：谢谢。
浏览 4提问于2011-09-14得票数 0
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我在一个基因型的二进制数据集上使用cv.glmnet来预测一个连续变量的表型。数据看起来像这样，但有>200个基因：1 18.063630 0 0 0 0batch1218.kegg是一组新的基因型数据，我想用它来预测表型。我的预测最终是这样的：
浏览 21提问于2020-02-27得票数 3
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如何在形状上绘制错误分类的样本？
、、、、
我有一个基因数据集，得分在引起疾病的可能性的0到1之间(基因得分为1是已知的致病基因，而如果基因得分为0.74，则很可能导致疾病)。我试图建立一个机器学习模型来预测新基因在回归分类中的疾病评分。我想看一看那些已知的疾病基因，但得分很低的基因的形状决定图(例如，得分为1的基因，但我的</
浏览 3提问于2020-10-09得票数 1
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这个问题看起来可能与遗传学有关，但实际上它是基于编程的。20|||||,|FAIL|0.00|0.00|0.01|0.00|13|40|-3|13|||MODIFIER|AL139423.1|ENSG00000272078|ENST00000606802|lncRNA17/20|||||,|FAIL|0.00|0.00|0.00|0.00|22|3|1|2|||MODIFIER|AL139423.1|ENSG00000272078|ENST00000606802|lncRNA||1/1||||| GT:GQ:DP:
浏览 8提问于2021-05-20得票数 0
我需要帮助才能理解R中的coxph()函数是如何工作的，从而了解如何正确解释输出。 我尝试在一个包含两个因素的“生存分析”数据集上运行cox比例风险模型:性别和基因型。基因型因子有三个分类变量："Ctrl"，"nKO"，"CRE_Ctrl“。但不是基因型(nKO vs CRE_Ctrl)，基因型(nKO vs Ctrl)，我不明白。所以，我不明白这是怎么回事。为什么我对没有交互作用的基因</em
浏览 826提问于2020-04-29得票数 0
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我有一个简短的问题，关于在shiny中实现的包shiny。我想在一个闪亮的应用程序中使用可再现的顶部过滤器来过滤包含特定单词的行。，但也不起作用这是我呈现表的完整代码。list(c(25, 50, 100, -1), list('25', '50', '100', 'All'))#,我已经在列表中包含了search选项这是我的daframe
浏览 0提问于2019-09-06得票数 2
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我正试图解决我面临的一个问题.假设我有这两个数据集，一种是药物的基因靶点，另一种是癌症基因的病人数据：AR ACVR1C6 NOTCH/MAST8 ESR1-CCDC17010 MYB-NFIB
我想在r中运行一个函数，它将创建一个新的数据集(第三个数据集)，该数据集将从患者数据集<em
浏览 1提问于2022-06-18得票数 0
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我想找到一些好的预测因子(基因)。，如下所示 1-我在这段代码中分别测试了23个基因中的每一个，每个基因都给出了p值< 0.05，仍然是一个很好的预测因子；例如，对于CDK6，我已经这样做了 glm=glm(TRG ~ CDK6, data= df, family = binomial(link = 'logit')) 最后，我获得了五个基因，并将它们放入这个模型中： final <- glm(TRG
浏览 45提问于2019-07-04得票数 1
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我已经在微阵列基因表达集中确定了疾病病例和对照中感兴趣的基因，并应用了PCA。我想使用弹性网络回归来建立一个模型，该模型可以确定哪些主成分是源的预测(病例与对照)，但我不确定如何做到这一点，即输入什么作为x和y变量。任何帮助都将不胜感激！
浏览 0提问于2016-11-30得票数 0
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我有数据描述的基因，每个得到4个标签，我用这个来训练模型预测/标签其他未标签的基因。我有一个巨大的阶级不平衡，10k基因在一个标签和50-100基因在其他3个标签。由于这种不平衡，我试图将我的标签转换为一个模型的数值，以预测一个分数，而不是一个标签，减少偏见。我有生物学背景，所以我要学习)：我不确定是否有一种更正式的方式，我应该接近这一点，或者这种回归转换是有问题<
浏览 0提问于2020-03-27得票数 1
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