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如何计算文本字符串的多序列比对
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我正在写一个程序，它必须计算一组字符串集的。我正在考虑用Python来做这件事，但如果更实用的话，我可以使用外部软件或其他语言。数据不是特别大，我没有很强的性能要求，我可以容忍近似(即。我只需要找到一个足够好的对齐方式)。唯一的问题是字符串是常规字符串(即，UTF-8字符串(可能包含应被视为常规字符的换行符)；它们不是DNA序列或蛋白质序列。
我可以找到大量的工具和信息，用于生物信息学中的常见情况，具有特定的复杂文件格式和许多我不需要的功能，但出人意料地很难找到用于简单字符串情况的软件、库或示例代码。我可能会重新实现解决这个问题的众多算法中的任何一个，或者将我的字符串编码为DNA，但肯定有更好
浏览 1提问于2011-04-28得票数 22
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我有一个很大的单词集(大约10,000个)，我需要找出这些单词中是否有任何一个出现在给定的文本块中。
有没有比对文本块中的每个单词进行简单的文本搜索更快的算法？
浏览 1提问于2009-07-08得票数 16
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有什么最简单的方法来修剪或填充一组biopython fastfa文件，直到它们都达到一定的长度，以便我可以将它们添加到多个序列比对中？类似于这里的答案，除了多个序列，没有文本文件，最后它都应该被合并到一个多序列比对中。最终目标是所有序列都是570个字符。我打算将所有这一切合并成一个门类树。
浏览 15提问于2019-12-01得票数 0
我正在尝试检索两个序列的比对分数，使用biopython中的emboss进行比较。据我所知，唯一的方法是从emboss生成的输出文本文件中检索它。问题是将有数百个这样的文件需要迭代。有没有一种更简单、更干净的方法来检索比对得分，而不是求助于此？这是我使用的代码的主要部分。
浏览 3提问于2013-08-19得票数 0
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在Python语言中，我使用在平行文本之间创建单词对齐。对齐bitexts可能是一个耗时的过程，尤其是在大量语料库上完成时。如果有一天批量进行比对，并在以后使用这些比对，那就太好了。
浏览 0提问于2015-05-12得票数 14
c++ 在通用文本识别的时候，总是显示签名错误，签名跟在线调试比对过，没有错误。不知道怎么查原因。热心的朋友 请留下你的联系方式。上传代码 也不是一点点 不太现实
浏览 126提问于2019-06-05
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我正在寻找一个在视窗和Linux上使用C#的NoSQL数据库。我更喜欢这样的解决方案，我可以在我的应用程序中拥有DB服务器(作为程序集".dll")，并且不需要专用服务器。原生Mono支持将比对现有数据库解决方案(如 )打补丁更好
谢谢你的帮助。
浏览 3提问于2012-05-30得票数 0
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我在Linux机器上，试图用Tomcat 6实例替换Apache2实例。我通过在适当的pid上运行杀死来关闭Apache实例，但是当我试图访问任何页面时，我会得到一个错误504，而不是404。对端口80的请求返回速度比对端口8080的请求快得多。你知道我能做些什么让Tomcat 6启动并运行吗？
浏览 0提问于2011-10-12得票数 0
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我有一个页面，它有一个image，其中包含文本。图像之外的文本需要与图像中的文本正确地对齐。我试过用百分比来处理这个问题，这个百分比对某些尺寸有效，但并不适用于所有的人。
浏览 2提问于2015-08-18得票数 0
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题，譬如现在有一串字符串s1=“agtcgtaatgc”,想将另一个字符串s2="cgaa"比对到s1上，可以看到s2并非完全比对到s1上面，其中是有一个错配的。现在我要实现的就是寻找s2比对到s1上面的错配最少的位点。
浏览 783提问于2017-11-27
长话短说，我有一个重要的Python应用程序，它在Linux上比对"losetup“、"mount”等的调用更好。本质上是消耗系统资源，这些资源必须在完成时释放。
浏览 1提问于2008-09-18得票数 12
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我想提取两个字符串(DNA序列)并生成比对分数。我找到了解密包，但它只允许我生成比对，而不是比对分数。我也试过使用“生物字符串”，但我无法生成分数。 谢谢你的帮忙!
浏览 9提问于2019-08-30得票数 0
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是否有任何gem或库可用于根据给定的类似百分比对文本进行分组。以上所有的宝石都有助于发现两个字符串之间的相似之处，但是分组大量的数据需要花费大量的时间。
浏览 5提问于2017-01-28得票数 0
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如何在R中执行基本的多序列比对？
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(我试过在上问这个问题，但文本挖掘的人可能会认为有更好的解决方案，所以我也在这里转发这篇文章)我没有一个基本的模式可以匹配。
浏览 2提问于2010-12-21得票数 9
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. &我对Windows比对Linux更熟悉。是否有与start命令等效的Linux？
浏览 1提问于2012-11-16得票数 1
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我想知道是否有人知道有什么工具可以让我在多序列比对中的任何特定位置计算氨基酸的频率。我对R和Linux很熟悉，但如果有其他软件可以做到这一点，我相信我可以学到。
浏览 11提问于2022-09-09得票数 0
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