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    干货 | 肿瘤患者数据管理及化疗药物不良反应分析

    首先,第一部分是项目背景及需求分析。我们的项目背景是数字医疗场景。数字医疗是一个信息技术与医疗知识相结合,作为现代医药发展趋势的领域,对于实现精准医疗和高效医疗具有重大的意义。我们所合作的苏州医朵云健康股份有限公司,它是一家向患者、医生和医疗机构提供智慧医疗和互联网服务以及数字医疗产品的企业。他与恒瑞医药合作开展了肿瘤产品线的患者随访项目,沉淀了百万级的真实患者数据,涵盖了他们所研发的四种药物。那么对于这样一个数字医疗的问题,它的常规需求主要包括患者数据的日常管理及实现对于患肿瘤患者相关数据的一些跟踪和记录,以及对于这些记录下来的随访数据相关的分析需求。针对这样两个需求,我们小组基于医朵云所提供的随访数据,力求建立一个针对患者数据的管理和分析体系,关注患者用药之后出现不良反应的程度以及与他们的停药和用药状态之间的关系服务,希望得到的结果能够服务于药物副作用的研究,并进一步提供对于临床用药的指导。

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    使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

    在日常的计算化学研究中,我们经常需要将计算得到的分子或者固体/晶体体系简谐振动通过动画的方式直观地呈现在屏幕上,从而可以清楚地知道在某个特定的振动模式下是哪些原子在运动。一方面,这种振动的可视化可以在实验测量得到了振动光谱(红外、拉曼)的情况下帮助我们借助理论计算对振动谱图进行指认;另一方面,在反应机理研究的过渡态计算中,通过对虚频振动的观察,我们可以很快知道计算得到的过渡态结构是否能把反应物、产物的结构串起来。 以最常用的量化计算程序高斯为例,与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。类似地,Q-Chem也有一个配套的IQmol程序(免费、开源)可以呈现Q-Chem的振动分析结果。此外,一些第三方的程序如Avogadro、MOLDEN等也可以对高斯程序的振动分析结果进行可视化。计算化学公社的社长sob老师曾经写过一个可以将ORCA的振动分析结果转换为高斯输出格式的工具(http://sobereva.com/498)以及一个可以在VMD程序中显示振动模式静态矢量的工具(http://sobereva.com/567)。

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