我试图添加超过70000个新的功能到一个genbank文件使用biopython。
我有这样的代码:
from Bio import SeqIO
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation
fi = "myoriginal.gbk"
fo = "mynewfile.gbk"
for result in results:
start = 0
end = 0
result = result.split("\t")
start = int(r
为什么崇高文本2 Ctrl+P不能在某些项目上工作,而在其他项目上工作呢?
感谢skuroda的提示,点击ctrl+p后的登录控制台如下所示:
command: show_overlay {"overlay": "goto", "show_files": true}
Unable to auto detect encoding, using fallback encoding Western (Windows 1252)
Unable to auto detect encoding, using fallback encoding Western
如果可能的话,请在以下问题上提供一些帮助。我需要做个保证金分析。我可以用一张表来做这件事,在表中提到两个成本都是营业额。通过订单编号,我想连接一个订单号码的成本和周转率。
通过这个查询我得到了周转率(Omzet)
select GBK.bkstnr_sub as Ordernummer,
SUM(GBK.bdr_hfl*-1) as Omzet
from [040].dbo.gbkmut as GBK with (nolock)
where (GBK.dagbknr = 50 or GBK.dagbknr = 40)and (GBK.reknr BETWEEN '
你好,我正在使用包含在以下代码中的python脚本:
from Bio import SeqIO
# set input file, output file to write to
gbk_file = "bin.10.gbk"
tsv_file = "results.bin_10.tsv"
cluster_out = open(tsv_file, "w")
# Extract CLuster info. write to file
for seq_record in SeqIO.parse(gbk_file, "genb
我已经使用genbank Entrez模块下载了一个与类似的BioPython文件列表。在随后解析这些文件时,我遇到了一个错误,因为我从Entrez下载的genbank文件是给予基因组不完整的有机体的临时RefSeq的一部分()。当我尝试读取这个文件时,我得到一个记录错误,并且我的脚本停止。我正在尝试编写一个函数来避免这些记录。最简单的方法是按大小过滤记录,但我想知道如何更“生物地”地做这件事--测试一个文件是否包含记录,如果不包含,则排除它。当前的ValueError消息被引发,但将停止脚本。
#the error message is something like this
fro
我希望能够处理rails中的excel spreadhseets。
所以我使用的是spreadsheet库。
但是,当我使用rubygems安装电子表格时,我得到了一个异常:
Successfully installed spreadsheet-0.7.1
1 gem installed
Installing ri documentation for spreadsheet-0.7.1...
unable to convert "\xE2" to UTF-8 in conversion from ASCII-8BIT to UTF-8 to GBK
for lib/spread
我用node.js从互联网上得到了文本,想把它从gbk编码转换成utf-8。
我尝试使用node-iconv模块,它不起作用。
var Iconv = require('iconv').Iconv;
var gbk_to_utf8 = new Iconv('gbk', 'utf-8');
var b = gbk_to_utf8.convert(new Buffer(body.toString()));
console.log(b.toString());
我有两个环境错误。我知道"ENOENT“的意思是"Error NO ENTrance",但是这两个ENOENT中到底缺少什么呢?这些错误消息意味着什么?我想破译它们,以便能够调试问题。
npm ERR! Error: ENOENT, lstat '/home/ubuntu/.npm/iconv-lite/0.2.11/package/encodings/table/gbk.js'
npm ERR! If you need help, you may report this *entire* log,
npm ERR! including the npm
我需要在一个字段的特定编码上实现一个排序的SELECT,没有 CONVERT。
也就是说,通常我会按
SELECT * FROM table ORDER BY CONVERT(field USING gbk) COLLATE gbk_chinese_ci
然而,出于某种原因,CONVERT是不允许的。因此,我试图通过
ALTER TABLE table MODIFY field VARCHAR(xx) CHARACTER SET gbk COLLATE gbk_chinese_ci;
SELECT * FROM table ORDER BY field
它起作用了。那很好。然而,我担心编码问
系统为Win7
我的vimrc:
set encoding=utf-8
set ffs=unix,dos,mac
set fencs=utf-8,ucs-bom,euc-jp,gb18030,gbk,gb2312,cp936
set fenc=utf-8
在用gvim保存文件后,我在editplus中打开该文件:
PS: editplus的默认字符设置是ANSI。
为什么?
为了解析序列,我尝试将一堆.gbff基因库文件转换为.gbk。我有以下代码来工作和转换单个文件,
import Bio
from Bio import SeqIO
count = SeqIO.convert("filename.gbff", "genbank", "filename.gbk", "genbank")
但是,我不能让任何代码与"*.gbff“工作。例如。
from Bio import SeqIO
count = SeqIO.convert("*.gbff", "genbank"