1回答
在进行成对序列比对时，序列文件的典型大小是多少？我们能把生物体的整个基因组统一起来吗？
浏览 4提问于2014-04-06得票数 0
回答已采纳
我正在尝试检索两个序列的比对分数，使用biopython中的emboss进行比较。据我所知，唯一的方法是从emboss生成的输出文本文件中检索它。问题是将有数百个这样的文件需要迭代。有没有一种更简单、更干净的方法来检索比对得分，而不是求助于此？这是我使用的代码的主要部分。
浏览 3提问于2013-08-19得票数 0
2回答
如果序列在ensembl和UCSC浏览器中没有很好的注释，那么使用生物信息学工具最简单的方法是什么？拼接EST和RNA测序数据是一种选择吗？我刚接触生物信息学，你的建议对我很有用。
提前感谢
浏览 5提问于2012-09-04得票数 0
2回答
序列比对
、、
我想用uniprot和pdb序列进行成对比对。我有一个包含uniprot和pdb I的输入文件，如下所示。pdb id uniprot id
1e43 P00692首先，我需要读取输入文件中的每一行2)从pdb.fasta和uniprot.fasta文件中检索pdb和uniprot序列3)进行比对并计算序列同一性。通常，我使用以下程序进行成对比对和seq.identity计算。pd
浏览 6提问于2013-02-08得票数 0
假设我有两个文件..file1和file2，名称不同，但内容相同 我试着比对他们 [[ file1 = file2 ]] 使用 diff file1 file2
[[ echo $?]] 但是，这两个函数都返回false。
浏览 9提问于2021-02-07得票数 0
回答已采纳
我通过调用nwalign()发现了生物信息学工具箱中的。唯一的问题是它只对氨基酸序列起作用。因此，当我尝试将字符串与数字和其他符号进行比较时，我得到一个错误消息：“两个序列都必须是氨基酸。”
浏览 1提问于2011-10-01得票数 1
1回答
我想用全局比对的方法对两个核苷酸序列进行比对。每个序列是{A，C，T，G}个字母的组合。
问题是我不知道如何选择最好的评分方案(变电站和空档惩罚)。我的问题是如何根据我的数据集估计(匹配，不匹配和差距)的惩罚。有没有什么统计模型可以帮上忙？
浏览 0提问于2015-11-23得票数 0
我正在尝试使用'Needleman -Wunsch‘的“全局比对”算法实现蛋白质成对序列比对。
我不清楚如何在我的源代码中包含'Blosum62矩阵‘来做评分或填充二维矩阵？我在谷歌上搜索了一下，发现大多数人都建议使用包含标准“Blosum62矩阵”的平面文件。这是否意味着我需要从这个平面文件中读取并填充我编码的"Blosum62矩阵“？此外，另一种方法可能是使用一些数学公式，并将其包含在您的编程逻辑中，以构建“Blosu
浏览 1提问于2010-03-04得票数 3
回答已采纳
2回答
调用原始基因组A，然后通过在A的中间插入1kb的序列来创建基因组A‘，并使用A’作为参考来对A的读数进行比对，以模拟序列中的缺失。我现在想写一个程序来检测我的“删除”的位置。我发现sam文档中的信息相当不完整，并希望对以下内容进行解释。
假设我有一个序列....GTTGCA -1kb删除- GAACGT...并与该序列对齐的读数。情况2.从左侧开始的与删除部分重叠的读取应与(1)中的读取相同，但应以rS结束，常量r的大小由读取与删除重叠的程度决定。情况3.完全与删除重叠的读取(记住，我有很长的读取，所以存在这样的读取)应该
浏览 19提问于2017-04-14得票数 1
1回答
肌肉多序列比对
、、
我想用肌肉算法进行多序列比对。= alignment_function(sequences[i], sequences[j])其中序列是包含在文件和n序列中的序列，是序列的个数。所以，我想通过肌肉对齐两个序列，就像我在上面的代码中提到的那样，每两个序列打印一次。alignment_function(sequencesi，序列()是一个函数，它通过对两个序列进行比对。
浏览 0提问于2015-01-09得票数 2
3回答
我有数以千计的DNA序列，范围在100到5000 bp之间，我需要对指定对进行比对并计算身份得分。the scriptjob 4945543.1 died through signal XCPU (24)
我知道还有其他用于比对的工具，但它们主要只能将比分写入输出文件中，需要再次读取和解析，以便检索和使用比对分数。有没有什么工具可以像pairwise2那样在python环境中对序列进行比对并返回<
浏览 1提问于2015-11-10得票数 4
我想访问从BioAlignments.jl中的Julia pairalign函数返回的比对数据的索引，以了解在原始序列的上下文中比对发生在哪里。但是，我希望知道在我提供作为输入的原始序列中，比对发生在哪里，并知道如何调用存储此索引的变量。在文档中似乎找不到这一点。
浏览 12提问于2020-09-21得票数 2
回答已采纳
1回答
我对“氨基酸使用”和“氨基酸同一性”这两个术语有一点混淆。如何计算氨基酸的使用量？我听说过"CodonW“。我们还有其他选择吗？
浏览 1提问于2018-08-10得票数 0
2回答
我有一个多序列比对(Clustal)文件，我想读取这个文件，并以这样一种方式排列序列，使其在顺序上看起来更清晰和精确。我想要做的是在每行中只打印50个序列，并一直打印到比对文件的末尾。
我希望从输出。
浏览 5提问于2010-05-22得票数 0
回答已采纳
我多年来一直在使用所有版本的windows操作系统，现在我正在使用Windows7，我怎么能离开windows转到linux，而不是像一个非常初级的用户一样工作。我不太清楚这条路。我不喜欢在新的操作系统中握手言和。我应该使用哪个版本?为什么？我应该从命令开始还是从图形开始？
浏览 4提问于2010-10-07得票数 0
回答已采纳
有什么最简单的方法来修剪或填充一组biopython fastfa文件，直到它们都达到一定的长度，以便我可以将它们添加到多个序列比对中？类似于这里的答案，除了多个序列，没有文本文件，最后它都应该被合并到一个多序列比对中。最终目标是所有序列都是570个字符。我打算将所有这一切合并成一个门类树。
浏览 15提问于2019-12-01得票数 0
4回答
我目前有一个字典，它将标准化的互信息分数映射到多序列比对中的比对位置，并将其存储在列表中。然而，我意识到两个列表可能恰好有相同的分数。因此，只有一个列表将存储在字典中，因为分数是关键字。
浏览 42提问于2020-01-14得票数 0
回答已采纳
1回答
我在CentOS客户操作系统上，在VirtualBox上。我需要使用它的公共IP通过SSH连接到这个服务器。更重要的是，我需要从客户主机内连接到这个服务器。SSH输出只是ssh: connect to host xx.xxx.xxx.xxx port 22: Connection refused
我能够通过主机连接到服务器。
浏览 0提问于2016-12-20得票数 0
1回答
我正在寻找一个在视窗和Linux上使用C#的NoSQL数据库。我更喜欢这样的解决方案，我可以在我的应用程序中拥有DB服务器(作为程序集".dll")，并且不需要专用服务器。原生Mono支持将比对现有数据库解决方案(如 )打补丁更好
谢谢你的帮助。
浏览 3提问于2012-05-30得票数 0
回答已采纳
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
对象存储
腾讯会议
实时音视频活动推荐
腾讯云开发者
