R语言是比较常用的统计分析和绘图语言，拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor库，是学习生物信息分析的必备语言之一。 Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一，支持纯R
Rstudio Desktop for Windows/Mac 切换不同R版本非常简单，Tools→Global Options→General→Basic→R Sessions→R version→Change：
Anaconda：https://www.anaconda.com/（此处请留意安装路径）
自从上一次服务器重装系统之后，总感觉缺少了一些东西，安装R包很多依赖库报错，也可以解决，但总是存在，烦。
现在因为疫情，就不去实验室了，小命要紧，居家办公，笔记本就不够看了。一遍操练下来，发现光看不练完全没用。。。学了不操练，等于没学。买服务器这一步我就不写了，直接进入正题。
本文介绍对 R 的安装与配置，以 Windows 系统为对象进行操作，其他操作系统过程类似。本文算是一个老司机的经验之谈，初学者按照操作配置可以减少以后不必要的麻烦，对于其他读者，希望也有所启发。
运行最后library代码，报错提示缺啥就安装啥，安装方法有 BiocManager::install('xx') 或 install.packages('xx')，逐一尝试，没有明显的 ERROR 关键词就不要管。
忽略提示。先从第一行开始，一行行run，每run一行观察左下角窗口的输出信息，没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行
shiny是R中专门用于开发轻量级web应用的框架，在本地写一个shiny应用并调用非常方便，但如果你希望你的shiny应用能够以远程的方式提供给更多人来使用，就需要将写好的shiny应用部署到服务器上，主要有两种方式，第一种是将shiny应用发布在shinyapps上，第二种是将你的shiny应用部署到自己租用的服务器上，前者比较方便但遇到一些R包环境或中文显示等问题时几乎是无解的，而后者虽然麻烦，但更为自由，且从0开始自己动手的过程又何尝不是一种极大的乐趣呢，本文就将针对在ubuntu 16.04服务器上部署shiny server的流程进行详细的说明；
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Rstudio Server 是Rstudio开发的基于R语言的网页版（只能在Linux），你在手机上都可以运行R，还是挺方便的。就是配置起来有点麻烦。 官方下载链接：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
File-New project—New Directory-- New project—设置name（learnR）—create project.
RStudio Server 使你能够在 Linux 服务器上运行你所熟悉和喜爱的 RStudio IDE，并通过 Web 浏览器进行访问，从而将 RStudio IDE 的强大功能和工作效率带到基于服务器的集中式环境中。
相信大家都用过本地版的 Rstudio，也时常被电脑卡死所困扰，也有用自己笔记本处理单细胞数据内存不够的 error，怎么解决？
不可以语音连线，可以打字提问。文字能梳理提问的思路，必要时还需要辅助图文并茂参考文献这样的话我们才能更好的回答学术问题
使用root权限（系统管理员）安装最新版的R，我们的ubuntu是20，所以选择focal这个代号，然后是cran40，全部的代码如下：
勾选Stat signed in when browser closes，再次打开RStudio还是要重新登录！
Git Bash Here和RStudio软件的问题解决 0、 写在前面 1、Git软件在任务栏图标空白 2、RStudio软件 2.1 警告信息InormalizePath(path.expand(path),winslash,mustWork) 2.2 incomplete final line found by readTableHeader on报错 3、总结 4、参考 ---- ---- 0、 写在前面 Windows版本：Windows10 Git版本：2.36.0.windows.1 R
RStudio Server是网页版的RStudio，部署在服务器上后，能够在从Web浏览器访问的Linux服务器上运行RStudio,可随时随地完成R语言的工作,并且能很方便的完成R项目的部署调试。使将RStudio IDE的强大功能和工作效率带到基于服务器的集中式环境中。
如果想看所有快捷键，可按alt + shift + k；或者在界面中点击Tools + Keyboard Shortcuts Help。以后记得不是很清楚的可以看快捷键大全！
在用R/Rstudio本地处理数据时，数据量很大时往往难以处理，其实在服务器上也可以装Rstudio，服务器版本的Rstudio-server是可以通过服务器的ip地址远程连接的,但是需要管理员权限。
R 语言官网：https://cran.r-project.org/，进入 R 语言官网，Downloade R for Windows。
R提供了语言环境，它提供了R的语法规则，编译，扩展包等信息。如果只用它自带的软件包来编写和调试R脚本的话，既耗时又费力，甚至不具有开发完整项目的条件。 所以，Rstudio提供了一个人性化的可视界面来操作R语言。在软件里可以创建完整的项目，编写脚本，查看变量值，获取绘图的结果等等。 打个比方，如果R是马，那么Rstudio就是马鞍。直接骑马的话也可以，但是人们不怎么舒服，如果加上马鞍，不仅美观漂亮而且还能提高效率。
最近需要在服务器上用Rstuido，奈何课题组的服务器尚未开通Rstudio server，经过曾老师和永和的指点，最终实现在Windows和MacOS双系统下打开基于服务器的Rstudio。
今天尝试复现词云图的时候，需要用到R包tm（Text Mining），死活装不上，无奈打算使出杀手锏——安装R包的二进制版本。
安装 R 现在最新版的 R 语言是 3.6.2 版本 (2019 年 12 月 12 日发布)，该发行版的名字是 Dark and Stormy Night (漆黑暴风夜 ??)，事实上只要用 3.0
前面提到过Rstudio是一个很好的R集成开发环境，但实际上Rstudio本身是没有太多功能的，它只提供一个可视化的环境，实际上背后还是要调用你本地装的R和R包。那么Rstudio是如何跟本地的R关联起来的呢？
CentOS 7系统不知道如何配置，下面介绍一下CentOS 7系统如何安装Rstudio-server：
https://rstudio.com/products/rstudio/download/#download
学习R语言最快的方式就是找代码、打代码。那么我们代码往哪里打呢，安装R软件中其实有很多需要我们注意的地方，比如路径不能有中文名什么的（这里我强烈建议大家的电脑用户名最好也是英文，自己的英文名什么的）等。
这是专门为具有 R 和 RStudio 知识的朋友设计的 Docker 教程。该介绍旨在帮助需要 Docker 进行项目的人们。我们首先解释 Docker 是什么以及为什么有用。然后，我们将详细介绍如何将其用于可复制的分析项目。
如上图所示：在Rgui和Rstudio中都遇到了一个问题，使用install.packages()出现错误，阅读error发现是无法连接到镜像的包集合中。其大概原因是因为镜像连接问题，无法下载R语言所需要的包。
在命令行运行下面的命令，如果是root帐号，请去除sudo，其他系统参考 > Install R[1]
R与Rstudio——数据类型——数据结构——函数和R包——文件读写——绘图——应用专题
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！
RStudio是一款功能强大的自由和开源编程语言和环境，提供了大量的图形和统计方法统计计算和图形。RStudio支持多系统MOX OS X，Linux和Windows系统，软件可以对代码进行整理，方便您的观看。
众所周知我们一直有一个共享服务器的产品，详见：生物信息学江湖的开创性产品-共享服务器 。目前已经给大多数共享服务器的公共R包库中的seurat4升级到了seurat5。而且我们也写了一些seurat5相关的使用教程，见：
NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。
在命令行运行下面的命令，如果是root帐号，请去除sudo，其他系统参考 > Install R
Warning: unable to access index for repository https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib: cannot open URL 'https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'
R是包含了数据可视化功能的用于统计分析的编程语言。该语言通过Comprehensive R Archive Network（CRAN）拥有高度的可扩展性，该网络托管了10,000多个R包，用于生成出版数据，专用计算工具等。
很多小伙伴手头有生信数据分析，但苦于没有服务器，没法完成自己需要的数据分析，特别是处于学习阶段的同学。这里，向大家推荐一下使用腾讯云CVM服务器，按量计费进行数据分析。一般认为，除了公司，普通人难以负担高性能的服务器价格。但是现在无处不在的云服务，让我们可以享受随开随用的便利，在使用时间短的情况下，可以节约成本和时间，特别是如果有些数据库的文件在国外的情况下，由于出境带宽有限，使用一台物理位置在香港的腾讯云服务器可以节约大量的数据下载和软件安装步署时间，更加专注于数据分析。下面我以自己的qiime2分析微生物16S数据分析经历，介绍一下相关使用经验。
有些时候会存在需要安装特定版本 R 软件的需求，比如为了满足特定软件包的安装使用要求或减少不同平台迁移成本。但是，不同于 Windows 平台拥有便捷的 R 版本切换功能，MacOS 和 Linux 平台都存在着不同程度的安装和切换困难。因此，本文以 Ubuntu 为例分享一下 R 在 Linux 等操作系统上的特定版本安装和 rstudio-server 中 R 版本的切换。
本文旨在介绍如何使用PyCharm创建高效的R语言开发环境。目前，大多数人仍然使用RStudio进行R语言开发。与RStudio相比，PyCharm具有更多的优势，可以提高开发效率。
学习生信时，最常用的可视化软件就是R，可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio，究竟什么是R和Rstudio？
你现在能构建一个实用的shiny app，但是如何分享给别人呢？此篇将展示几个分享app的方法
在RStudio中使用支持R Mardown格式的R Notebook，.rmd代码文件所在目录不能有中文名，否则Preview功能无法正常使用，预览文件中不会包含任何的图文输出。
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