我正在尝试从相似度矩阵中找到两个序列的最佳比对。值越高,表示对齐效果越好。
import numpy as np
a = np.array([
[0,5,5,5,5,5,5,5],
[3,10,0,0,0,9,0,0],
[3,0,10,0,0,0,1,0],
[3,0,0,9,0,0,0,0],
[3,0,0,0,0,0,0,10],
])
每行/列必须仅与一列/行对齐,行0和列0除外,它们可以在0或更多对齐中使用。
也就是说,这些序列的最佳比对是:
(0,0)
(1,1)
(2,2)
(3,3)
(0,4)
(0,5)
(0,6)
(4,7)
(1,5)不是对齐对,因为(1,1)是更好的对