图很简单，就是研究者自己感兴趣的基因是TIMP1，在39个前列腺癌病人里面的表达量差异情况。因为这些病人都取样不只是一个测序结果，可以看到如果是同一个病人的2个样品，通常呢这个TIMP1基因的上下调是一致的。而且绝大部分前列腺癌病人的肿瘤组织里面该基因的表达量都是下降的。
首先转录组数据在：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB40610 ，是RNA seq of prostate gland from WT, PTEN pc -/- and PTEN pc-/-;P53 -/- mice ， 3*3=9 的样品，超级简单的一个实验设计啦。
之前的推文已经给大家详细介绍了clusterprofiler的使用方法以及enrichplot的用法：
在现代软件开发中，日志记录系统是不可或缺的一部分。它不仅可以帮助开发人员在应用程序中定位和解决问题，还可以用于监控、性能分析、安全审计等方面。本文将介绍日志记录系统的基本概念、重要性以及如何构建一个高效的日志记录系统。
这个研究做了 10X单细胞转录组，但是正文里面基本上没有描述这个单细胞转录组数据集的质控降维聚类分群和细胞亚群注释的方法和结果，可以说是非常的诡异了。如果大家感兴趣这个文章的数据集，可以去 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB40397 ，就能看到作者上传的单细胞转录组数据集，是10X技术的，4只小鼠，两个不同的 genetically engineered mouse models (GEMMs) 。
来自P1-P22 病人的140,556 cells 的单细胞转录组分群聚类：基于marker分成16 major cell types ，包括：
如图中箭头所指，内皮细胞被分成了两个群。我们想知道他们为何被分成两群。首先拿到两群各自的高表达基因。
也仅仅是，如果不经过事先挑选，这样不同的实验条件不同的癌症病人不同的癌症进展情况拿到的这3群细胞比例肯定是不一样的。
今天要介绍的老俊俊的R包：GseaVis，专门用于GSEA富集分析可视化，相比于enrichplot，增加了很多好用的功能，很多功能让我直呼 泰裤辣！！
simplifyEnrichment主要针对富集分析的结果进行简化，并提供了一些强大的可视化函数。
Seurat里的FindClusters函数设置的resolution数值越大，分群的数量就越多，但是当单细胞数量太多的时候，会遇到resolution再变大，分群的数量也不再增加的情况。一次分群分不开时就会需要二次分群。
今天给大家介绍GSEA，基因集富集分析，的可视化！主要是带你详细了解如何自定义GSEA的经典图形。
大家好，今天和大家分享的是2020年7月发表在Neuro-Oncology（IF=10.247）上的一篇文章：“A Molecular Signature associated with prolonged survival in Glioblastoma patients treated with Regorafenib”。作者通过简单的生存分析筛选了REGOMA试验中与不同药物疗效差异相关的mRNA与miRNA并探讨了二者在转录后调控的关联，又进一步分析了与接受Regorafenib治疗的患者预后相关的分子通路。
上一次推文已经给大家介绍了常见的富集分析类型以及如何使用全能的R包clusterprofiler实现，详情请见：富集分析常见类型
本文链接：https://blog.csdn.net/sakurakider/article/details/72823662
如下图所示，首先对LAD造模的心衰小鼠模型与对照组取心室的非心肌细胞进行单细胞测序。对于测序结果，先进行分群与细胞类型注释；然后重点关注细胞比例与基因表达在HF与SHAM间变化比较大的Endothelial cells与Fibrobiasts两类细胞。然后对这两类细胞分别进行亚群分析，发现变化最显著的亚群；并以这两个亚群的差异基因作为特征在Cmap中搜索潜在的药物以及其对应的作用机制。
今天小编为大家带来一篇NC的单细胞经典范例文章，作者使用单细胞测序揭示了肺腺癌进展的四个阶段中细胞和分子水平的变化。文章题目为Deciphering cell lineage specification of human lung adenocarcinoma with single-cell RNA sequencing，上周刚刚发表。
在生物学和基础医学领域，研究细胞类型的分化和细胞状态的转化是非常重要的一环，它可能与疾病的发生发展有着重要且密切的联系。单细胞转录组测序可以保留单个细胞的转录组信息，且由于细胞分化是一个连续的过程，所以单细胞转录组测序可以捕获处于不同分化状态的单细胞进行细胞分化的研究。在单细胞转录组数据中，细胞分化状态体现在不同细胞之间基因表达的连续变化，基于基因表达的连续变化，可以使用拟时序分化轨迹的方法进行细胞分化的分析。通过拟时序分化轨迹分析可以推断出生物过程中细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，用拟时间来表征，拟时间越早代表该细胞位于分化转化过程的早期，反之则位于分化转化过程的晚期。
NGS 测序项目，不管是基因组测序，还是转录组测序，通常会得到一个基因列表，记录了基因突变，或者高/低表达量。
糖尿病足溃疡 (DFU) 是糖尿病的一种严重并发症，其发病机制还不清楚。本文使用单细胞转录组对患者足部、前臂和外周血单核细胞的 174,962 个单细胞进行分析，发现在一个特殊的成纤维细胞群中存在一些基因的过表达：MMP1、MMP3、MMP11、HIF1A、CHI3L1和TNFAIP6。并且伤口愈合的 DFU 患者的 M1 巨噬细胞增加。空间转录组学分析表明，与未损伤或伤口边缘的皮肤相比，这些愈合相关的成纤维细胞更倾向于分布在伤口床（wound bed）。M1巨噬细胞和M2巨噬细胞分别在治疗者和非治疗者中有较高的细胞丰度。本文确定了可能对DFU愈合有效的重要细胞类型，为其治疗提供新方法。
神经胶质瘤是中枢神经系统中最常见的原发性肿瘤类型之一。先前的研究发现，巨噬细胞积极参与肿瘤的生长。
另外，前两天在《生信技能树》和《单细胞天地》等公众号都推出来了一个10X单细胞转录组钜惠套餐，详见：2个分组的单细胞项目标准分析，原价15~20万的6个10x单细胞转录组套餐，现价10万。其实本文介绍的就是：敲除Dnmt1基因前后分组的两个单细胞转录组数据分析。
今天一起来看一篇文献，听听故事～也学学如何讲故事（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8551404/）
心力衰竭(HF)是一种慢性进行性综合症，死亡率很高。HF是一种严重的心功能障碍，其特征是射血功能或心室充盈功能受损，或两者兼而有之。心衰给卫生保健系统带来了相当大的负担，而且发病率的上升与多种因素有关：年龄、肥胖、高血压、糖尿病、缺血性心脏病、合并症、遗传、环境等，使其难以预测。
清华大学信息学院刘云浩教授和李振华副教授团队带领信息学院2021级博士生李洋和信息学院2020级博士生林灏，研究影响蜂窝网络可靠性的软硬件及人类行为因素。
NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。
癌基因是基因的一类，指人类或其他动物细胞（以及致癌病毒）固有的基因，又称转化基因，激活后可促进正常的细胞癌变、侵袭和转移。癌基因激活的方式包括点突变、基因扩增、染色体重排、病毒感染等。癌基因激活的结果是其数目增多或功能增强，使细胞过度增值及获得其他恶性特征，从而形成恶性肿瘤。
为了提高网站的访问速度，现在一般会将静态资源放在 CDN 下，而不是放在网站的域名之下。以腾讯课堂为例，其域名为 ke.qq.com，打开控制台，访问 ke.qq.com，我们可以看到 js 文件放在了 CDN 7.url.cn 下，css 文件放在了 CDN 8.url.cn 下。尽管 CDN 的服务可用性一般宣称 99.9% 甚至 99.999%，然而实际上监测结果比该数值要小一些。为了应对这种情况，需要做到当发现 css 或 js 文件从 CDN 加载失败时，能再次从网站的域名加载。
本文介绍了在 Web 页面中实现跨域的常见方法，包括使用 CORS、使用 JSONP、使用代理服务器等，并给出了具体的代码示例和案例分析。同时，本文还探讨了在跨域请求中可能遇到的难题和解决方案，包括同源策略、CORS 的配置、缓存问题等，并给出了相应的解决方案。
前面介绍前端JS是用Backbone的扩展框架Marionette开发，同时使用了Underscore和JQuery。JS代码组织如下：
Node.js 既支持 CommonJS 标准，也完全支持 ECMAScript 标准。Node.js 环境下用 js语言编写的文件，有三种格式：.js、.mjs、.cjs。
我们可以将任何声明(无论是变量、函数还是类)置于export之前，从而将其标记为导出。
针对html，我们可以对script\link\style\video\audio\embed等标签的src或href属性进行分析。
在今年的敏捷团队建设中，我通过Suite执行器实现了一键自动化单元测试。Juint除了Suite执行器还有哪些执行器呢？由此我的Runner探索之旅开始了！
最近在做项目的时候发现在一个模块导出的时候是返回一个NEW以后实例化的对象，在其他地方使用的是同一个对象(一直以为是不用的对象，每次导入都是一个新的。。。还是太菜)。
无论是前端开始后端，总会有很多概念。就拿这个前端模块加载机制来说，随着语言的发展，各种概念。
一直以来，处理时间和日期的JavaScript库，选用的都是Momment.js。它的API清晰简单，使用方便灵巧，功能还特别齐全。
Vue.js 源码是基于 Rollup 构建的，它的构建相关配置都在 scripts 目录下。
如果我们想在Web端实现在线代码编译的效果，那么需要使用组件vue-codemirror，他是将CodeMirror进行了再次封装
在一般场合，Ionic4运行在手机端，没必要去兼容IE，但还是可以了解一下，以免有这样的需求。 Ionic4，它更趋向于一个UI框架，然后可配套Angular、React、Vue等框架使用。以Angular版本为例，兼容IE浏览器，主要是JS+CSS的语法和用法的调整处理。
作者曾所在我司广告事业部，广告承载方式是以刮刮卡、大转盘等活动页进行展示，然后用户参与出广告券弹层。
JavaScript在浏览器中的应用几乎是尽人皆知的。实际上，JavaScript技术也可以使用在非浏览器应用程序当中，从而让应用程序具有自动的脚本功能。本文介绍了一种功能非常强大的JavaScript引擎SpiderMonkey。这个引擎是Mozilla 浏览器的 JavaScript引擎。该引擎接口定义清晰，模块化好。本文简要介绍了 SpiderMonkey的基本结构，并讲解了如何在自己的应用程序中使用该引擎，最后给出了一个样例程序。该程序能够解释执行JavaScript脚本完成简单的脚本功能。 Ja
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服务器端 JavaScript 运行时的领域充满了创新，如 Bun 在兼容 Node.js API 方面的进展，以及 Node.js 运行时提供的丰富标准库和运行时功能。
在讨论require和import的区别之前，我们首先要了解的是，es6module的代码最终都会被打包工具转化为require才能实行，关于这俩的区别网上有大把的文章，但是都不是很系统，小编这里整合了一下，总结了一下这两者区别，require遵循的是commonjs规范，import遵循的是es6module规则。
最近测试了几个 ES module 和 Commonjs 的例子，理解了之前不太理解的概念，记录一下。要是想多了解的可以去看看阮老师的 Module 那部分。会贴一小部分的代码，不会贴所有验证的代码。
然后，在<body>标签结尾引入lightgallery.min.js，如果你想引入其他 lightgallery 的功能插件，你可以将这些插件引入到lightgallery.min.js之后，如下：
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