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在R里面玩转vcf文件

看到一个成熟的R包，所以推荐一下 https://knausb.github.io/vcfR_documentation/ https://cran.r-project.org/web/packages...212,875 variants Object size: 356.6 Mb 0 percent missing data ***** ***** ***** > 懂R的朋友就应该是知道如何去查看帮助文档来学习它啦...最基本的操作函数如下： show(object) colnames(vcf@fix) vcf@fix[1:4,1:4] colnames(vcf@gt) vcf@gt[1:4,1:4] head(x, n

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R语言里面如何高效开发R包

出版社送了一本书（R语言）给我，就是这个《R语言实战》第三版，它已经是R语言领域的“老兵”了，几乎是人手一本。新鲜出炉的第三版，更新也很大，全面拥抱了ggplot体系。...高效开发R包什么情况下我们需要开发R包呢开发R包（也称为R库）是一种有效的方法，可以用来组织、共享和重用你的R代码。...总的来说，任何时候你觉得将你的代码、数据或文档组织成一个易于安装、使用和共享的单元时，都可以考虑创建R包。 R包的基础结构呢创建一个R包并不像看起来那么复杂。...R目录：这个目录包含了包的R代码。每个函数通常都会有自己的R文件。 man目录：这个目录包含了包的帮助文件，这些文件是用Rd格式写的，每个函数或数据集都应该有一个对应的帮助文件。...创建一个R包的过程可以通过R的devtools包来简化。devtools包提供了一系列函数，可以帮助你创建和测试R包。

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R语言里面如何高效编程

出版社送了一本书（R语言）给我，就是这个《R语言实战》第三版，它已经是R语言领域的“老兵”了，几乎是人手一本。新鲜出炉的第三版，更新也很大，全面拥抱了ggplot体系。...高效编程在R里面为什么尽量使用向量化编程在R语言中，向量化编程是一种高效的编程方式，它可以提高代码的执行速度和可读性。这是因为R是一种基于向量的语言，其内部函数和操作都是为向量运算设计的。...以下是一些使用向量化编程的优点：效率：向量化操作通常比循环更快，因为R的内部函数是用C和Fortran编写的，这些语言在处理向量运算时比R更快。...R语言里面为什么要避免反复调整对象大小在R语言中，每次你增加或减少一个对象的大小时，R实际上是创建一个新的对象，然后复制旧对象的内容到新对象中。...而在第二种方法中，向量的大小在循环开始前就已经确定，所以R可以更有效地管理内存，从而提高计算速度。 R语言里面如何并行处理独立的任务在R中，你可以使用多种方式进行并行处理。

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java 里面 todo 作用

目录 1 作用 1 作用类似于标记的作用，可以很快的定位到这个位置，方便查找，如图：

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在R里面对坐标进行映射

关于 grange对象三年前我在生信菜鸟团博客就多次强调过这个重点了，在R里面处理生物信息学数据是躲不过这个定义的，有点类似于各式各样的生物信息学文件格式，是一个标准。...,psetdiff 关于 `findOverlaps`函数本来应该是ChIPpeakAnno包带有的一个非常实用的peaks分析小工具，在我的GitHub很早以前关于ChIP-seq分析流程代码分析里面有提到

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R语言里面如何高效调试代码

出版社送了一本书（R语言）给我，就是这个《R语言实战》第三版，它已经是R语言领域的“老兵”了，几乎是人手一本。新鲜出炉的第三版，更新也很大，全面拥抱了ggplot体系。...R语言里面的某个对象不存在可能的原因有哪些呢在R语言中，如果你试图访问一个不存在的对象，你会收到一个错误消息，比如 "object 'x' not found"。...工作空间被清空或者R会话被重启：如果你清空了你的工作空间，或者重启了你的R会话，那么你之前创建的所有对象都会被删除。...避免使用R的保留字：R有一些保留字，如if，else，function等，这些都不能用作变量名。...更多的其实是R对象格式不匹配的报错在R语言中，如果你尝试对不兼容的对象类型执行某些操作，你可能会遇到格式不匹配的错误。

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把fasta序列读入到R里面去

原贴来自于生信技能树论坛： http://www.biotrainee.com/thread-806-1-1.html把fasta序列读入到R里面去~ fasta是什么，我就不多说了！ ?...你一定会遇到这个需求，把fasta序列读入到R里面，至于读进去变成一个字符串还是一个list还是一个对象，是后话！...linked_transripts) all_recs <- entrez_fetch(db="nuccore", id=linked_transripts, rettype="fasta") 读入到R里面是一个什么东西...class(all_recs) ## 只是一个纯粹的 character 而已 cat(strwrap(substr(all_recs, 1, 500)), sep="\n") write(all_recs...其它推荐：http://www.biotrainee.com/thread-805-1-1.html ，R语言的protr包计算多条蛋白序列相似度里面说到了用这个包的readFASTA函数也可以直接读取

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「R」showtext：在R图里面更简单地使用字体

在如何修改画图使用的字体[1]这篇文章中，我介绍了一种解决R图里字体的方案——extrafont包。今天意外看到另一个解决字体问题的包，再次推荐和介绍一番。...该包主要尝试做以下两件事情：让R知道这些字体让这些字体绘制文本该包的动力在于在R图中使用非标准字体不方便，比如中文字体。...image 在这个例子中我们首先导入了一些在线谷歌字体[2]，然后用showtext_auto()函数告诉R控制图的文本字体输出，接下来的所有部分就和平常我们画图一样。

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Java工具集-从N个元素里面取M个指定长度的组合列表

代码示例 import java.util.ArrayList; import java.util.List; /** * @program: simple_tools * @description...: 从N个元素里面取M个指定长度的组合列表 * @author: Mr.chen * @create: 2020-06-08 17:24 **/ public class CombinationUtil

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理解Java里面ThreadLocal类

关于ThreadLocal ThreadLocal类并不java并发包里面的一个类，而是java.lang包里面的一个使用频次并不是非常高的一个类，尽量它不在并发包里面，但它的设计用途却可以用来规避一些同步问题...，比如计数器，jdbc链接，web开发里面的session，事务id等。...（2）包装一个线程不安全的成员变量，给其提供一个线程安全的环境，比如Java里面的SimpleDateFormat是线程不安全的，所以在多线程下使用可以采用ThreadLocal包装，从而提供安装的访问...需要ThreadLocal并不是替换Java里面同步操作的，它的使用场景非常有限，在一定特定的情况下可以发挥比较棒的作用，比如在Spring和Hibernate框架中就大量采用了ThreadLocal来保存事务会话...总结本文主要介绍了Java里面ThreadLocal类的作用，概念及使用场景和缺点，尽管在日常开发中这个类很少被使用，但其在特定的场景下可以非常巧妙的避免并发问题，比如在上一篇文章中，我们提到了Java

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无法在R里面加载相应版本的python

reticulate可以实现R与python的相互切换,即在R里面调用python的脚本、模块等。...library(reticulate) #查看是否安装python py_available() [1] TRUE 当我加载r-velocity这个conda环境时，出现了一个使用python版本的错误...use_condaenv("r-velocity", required = T,conda = "auto") Error in use_python(python, required = required...: failed to initialize requested version of Python 我查看了一下默认的python路径，是/usr/bin/python下python2.7，但是但是r-velocity...这个文件在主目录下,从过ls -a会看到 ls -a 加入conda下的python路径，重新启动RStudio就可以啦 RETICULATE_PYTHON="/home/miniconda3/envs/r-velocity

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如何删掉R列表里面的空元素

前面我们讲过 ☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇 ☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇 ☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测思路就是将所有...可能有些小伙伴用这个方法去预测的时候，会遇到一个warning，原因就是你的候选miRNA不在我们的列表里面。你去取子集的时候，得到的结果列表里面会有空元素。...所以返回的结果里面会有一个空元素。...参考资料： 1.R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇 2.R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇 3.miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测 4....R中的stack和unstack函数

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r和n有什么区别

\n是换行符，\r是回车符那么到底有什么区别呢？...换行符’\n’　　 ASCII值为10，换行（newline begin）回车符’\r’ 　　ASCII值为13，回车（return oldline begin）所以\r其实是回到本行行首的意思。...我们在windows下的回车键其实是回车换行，也就是\r\n

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Java基础语法n

BK 分段函数（SDUT 2257） import java.util.*; public class Main{ public static void main(String[]...（SDUT 1136） import java.util.*; public class Main{ public static void main(String[] args) {...） import java.util.*; public class Main { public static void main(String[] args) { Scanner sc =...ans += i; System.out.println(ans); } } BN 数列求和(SDUT1134) import java.util.*; public class...x : gcd(y, x % y); } } BQ 成绩评估（SDUT 1222） import java.util.*; public class Main { public

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java中%c%n是什么意思_在编码时如何使用r与n，两者的区别

\r与\n到底有何区别，编码的时候又应该如何使用，我们下面来了解一下。...要是在这0.2秒里面，又有新的字符传过来，那么这个字符将丢失。于是，研制人员想了个办法解决这个问题，就是在每行后面加两个表示结束的字符。...后来这两个动作被缩写为“\r”和“\n”。...编程语言中如何使用：因为Unix中是用“\n”表示一行的结束，所以在C语言(以及其他C语言的继承者，比如C++, Java)中可以直接使用“\n”，在不同的操作系统中会被自动转换成相应的字符(比如在Windows...中会被转成“\r\n”)。

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r和n不同系统的区别

一、\r和\n的来源 1、回车和换行来源在最初的电传打印机时代，每打完一行需要换行的时候，耗费的时间正好是打印两个字符的时间。那么如果这段时间内正好传来两个字符，就会打印不出来。...回车符：回到一行的开头，对应ASCII值13（缩写：CR） \n 换行符：另起一行，对应ASCII值10（缩写：LF）二、\n和\r差异当这两个概念也就被搬到了计算机上。...\r是回车，\n是换行，前者使光标到行首，后者使光标下移一格。通常用的Enter是两个加起来有的编辑器只认\r\n，有的编辑器则两个都认。...所以要想通用的话，最好用\r\n换行 1、不同操作系统中的回车换行 Windows中，每行结尾是“回车+换行”，即\r\n Linux/Unix系统里，每行结尾用换行LF，即\n MacOS 1-9，每行结尾用回车...CR 即\r；之后的版本MacOS X/OS X/macOS，每行结尾用换行LF，即\n 2、影响在Windows里打开Unix/Mac系统中创建的文件，会发现所有文字会变成一行，因为没有“回车+换行

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理解Java里面的读写锁

前言在Java高级的并发包里面还有一个有用的同步工具，就是 ReadWriteLock读写锁，它本身是一个接口，注意这个接口并没有继承Lock接口，因为的它的功能比较特殊，所以单独成为一个接口，我们经常需要使用它下面的子类...关于读写锁的公平性问题 ReadWriteLock lock = new ReentrantReadWriteLock(true); 与ReentrantLock构造一样，这里面在构建锁对象的时候是支持构建公平和非公平锁两种模式的...这里面其实有一个挂起和唤醒的开销。如果按照非公平锁C写锁其实不需要挂起，直接就占有锁然后执行逻辑，之后就是接着处理B读锁即可。这里公平模式会带来一定的损耗这一点需要注意。...总结本文主要介绍了关于Java并发包里面读写锁的的概念和应用场景，并介绍了锁的公平性问题，访问超时问题，重入和升级降级问题，读写锁在特定的场景下是可以提高并发吞吐量的，但是我们要了解这里面可能会出现的一些问题

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聊聊Java里面的引用传递

长久以来，在Java语言里面一直有一个争论，就是Java语言到底是值传递（pass-by-value）还是引用传递（pass-by-reference），有的人说是值传递，有的人说是引用传递，两边各执一词...根据概念的定义再回到Java语言里面，就会发现对Java本身来说，它只有指针传递也就是值传递，并非是引用传递。...到这里，我相信有一部分读者可能已经接受不了，因为在Java里面大多数时候，我们都是讲基本类型，引用类型，从没听过什么指针的概念。...只有认清了Java里面存在指针，承认指针，我们才能更加自信的理解Java语言。...注意这个异常，叫空指针异常，在Java里面任何对象没有初始化的时候，如果我们使用其内部属性，就会抛出上面的信息，这也从侧面反映了dog这个变量的作用，其实就是指针，而并非引用。

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Java阿里面试题

具体请查看Blog Java类装载过程与类装载器（2）HashMap如何实现的？...Java如何支持进程间通信。我们把Java进程理解为JVM进程。很明显，传统的这些大部分技术是无法被我们的应用程序利用了（这些进程间通信都是靠系统调用来实现的）。...redis节点，这些节点互相独立，一般设置为N=5，这N个节点运行在不同的机器上以保持物理层面的独立。...2、客户端尝试获取N个节点的锁，（每个节点获取锁的方式和前面说的缓存锁一样），N个节点以相同的key和value获取锁。...假设A、B和C是关系R的三个属性，如果A-〉B且B-〉C，则从这些函数依赖中，可以得出A-〉C，如上所述，依赖A-〉C是传递依赖。

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java 里面 StopWatch类的使用

StopWatch是Spring核心包中的一个工具类，它是一个简单的秒表工具，可以计时指定代码段的运行时间以及汇总这个运行时间，使用它可以隐藏使用

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