分享是一种态度 注 | 以上操作指南中涉及的消化酶以及实验方法仅供参考，实际应用过程中请根据具体情况进行细节上的调整。 背景介绍 胸腺属于中枢淋巴器官，分左右两叶，表面有薄层结缔组织被膜。...被膜结缔组织呈片状伸入胸腺内部形成小叶间隔，将实质分割成许多不完全分离的胸腺小叶。每个小叶都有皮质和髓质两部分，皮质内胸腺细胞密集，髓质则含较多胸腺上皮细胞。...胸腺瘤起源于胸腺上皮细胞，是最常见的前上纵隔原发性肿瘤。 对于胸腺瘤组织的单细胞悬液一般使用美天旎公司的肿瘤组织试剂盒制备。...胸腺组织示意图 实验仪器及耗材 实验步骤 准备肿瘤解离试剂盒的酶混合液，将100µL的H酶、500 µL的R酶和25 µL的A酶加入到4.4mL RPMI 1640培养基中。...去上清后使用RPMI重悬细胞沉淀，使用置于50 mL离心管上的70 μm滤膜过滤。 用20 mL RPMI 1640培养基冲洗滤膜，收集滤液后300g离心7 min，尽可能去上清液。
在这里，通过将该框架应用于精心策划的多模态单细胞图谱、空间转录组学和高分辨率多重成像数据，我们展示了在胎儿发育的第二孕期开始时，小叶细胞因子网络、典型胸腺细胞轨迹和胸腺上皮细胞分布的建立。...为此，我们计算了在 Visium 数据中检测到的关键胸腺细胞因子和趋化因子在分箱 CMA 上的相对分布，并对胎儿分布谱进行了层次聚类，以确定共表达的细胞因子组（图 3f）。...我们首先对 Visium 基因表达进行了对数归一化处理，然后去除了未检测到任何皮层或髓质 Visium 点的叶小节，以提高两个数据集中 CMA 的置信度。...通过顺序激发兼容的荧光团（每次 3-4 个）并在不同的探测器上收集荧光团发射来最小化光谱溢出。...CD3−和CD3+细胞分别收集在冷却的IMDM + 50% FCS中（补充图19b）。 分选完成后，收集管用DPBS补足，细胞在4°C下以400g离心10分钟。
最近的证据表明，胸腺基质由功能上不同的亚群组成，但人类胸腺中这种细胞异质性的程度尚不清楚。文章使用单细胞转录组测序来全面分析跨生命多个阶段的人类胸腺基质。...鉴定了三种上皮细胞（EPCAM和KRT8作为一般上皮标记物和FOXN1、PSMB11、LY75、CLDN4、AIRE、IVL, NEUROD1 , MYOD1作为特定亚群的标志物), 一种间叶细胞 (...神经嵴、间充质和内皮细胞对于通过产生可溶性因子和细胞间相互作用来支持胸腺生成的胸腺微环境的建立很重要。但是这些可溶性因子在人类胸腺发育中的功能和细胞类型特异性尚不清楚。...人类胸腺上皮细胞在不同阶段的分析 将上图d中的3群上皮细胞继续细分亚群，得到9个亚群，基于已知 TEC 的biomarker和差异基因注释得到： 两个亚群表达了 cTECs 的特征基因（PSMB11、PRSS16...、 SIX1）但缺乏 cTECs 或 mTECs 的功能基因 神经内分泌（BEX1、NEUROD1） 肌肉样肌样（MYOD1、DES） 髓鞘+上皮细胞（SOX10、MPZ） 在成人胸腺中检测到的 cTEC
RATIONALE：作者将处于发育中、儿童期及成人期的胸腺标本解离后，利用单细胞转录组测序构建了跨越人类生命周期的完整胸腺图谱。...另外，作者系统地比较了人和小鼠胸腺单细胞转录组数据的异同。最后，作者还获取了单细胞 TCR 组库数据以探索人类 TCR 重排和选择的时空偏倚。...（如髓质胸腺上皮细胞 mTEC 或调节性 T 细胞等） 估计细胞类型的比例： 作者首先宽泛地定义细胞类型（如淋巴细胞、髓细胞等），并计算每种类型在选定的对比组之间的比例 如果一次比较中的所有细胞类型均来自同一个分选门...人 TCR 组库形成和选择的偏倚 TCRβ 的 VDJ 基因重排偏倚从 DN 到成熟 T 细胞的过程中持续存在，该偏倚可能和基因座的襻环结构有关。...总结 本文构建了人类经典和非经典 T 细胞的分化轨迹以及 TCR 组库信息，发现了 TCR 组库在成熟 T 细胞中的偏倚，可能提示了人体如何应对不同的抗原挑战。
因此，为了系统地描述导致癌症的突变过程，曾使用数学方法从体细胞突变目录中解释突变特征，并用每个特征产生的概率注释每个肿瘤中的每个突变类。...context，第二步(SigProfilerAttribution)关注准确估算体细胞突变的数量与每个样本中的每个提取的突变特征的关联。...NMF作为突变谱输入矩阵的因数分解的一部分，确定了特征的轮廓和每个特征对每个癌症基因组的贡献。...因此，在每个基因组中识别出了聚集突变，并分别进行分析，识别到四个主要的聚类突变特征（图2），与之前有过的报道一致。...ID13的主要特征是胸腺嘧啶-胸腺嘧啶二核苷酸的胸腺嘧啶缺失，并在皮肤的恶性黑色素瘤中表现出大量突变（图2,3）。
，作者利用单细胞RNA测序技术，创建了一个涵盖一生的人类胸腺的全面图谱，并为人类T细胞发育提供了新的见解：包括CD8αα⁺ T细胞、成纤维细胞亚型和激活的树突状细胞，并发现TCR重排和选择存在偏向性，与基因组位置和谱系承诺动力学相关...通过基于CD45、CD3或EpCAM的细胞分选，研究者分析了胸腺细胞和非胸腺细胞的转录组，并结合了T细胞受体αβ（TCRαβ）分析。经过质量控制后，共获得255,901个细胞数据。...(E) 胸腺基质细胞类型中标志基因表达的点图。 (G) 不同年龄组中细胞类型的相对比例。 数据集还涵盖了构成胸腺微环境的多种非免疫细胞类型。...相比之下，调节血管发育的细胞外基质（ECM）基因和sema基因则特异性地在Fb2中被检测到（图S3A）。...smFISH显示，Fb1细胞位于小叶周围（perilobular），而Fb2细胞则位于小叶之间（interlobular），并且常常与由VSMCs衬里的大血管相关联，这与其转录组中调节血管发育的基因特征一致
DNA整合进基因组。...记忆细胞识别相应蛋白抗原，快速分化为效应B细胞，产生具有强大杀伤力的IgG型抗体，从而防御病原体的感染。 T细胞发育 T细胞来源于骨髓中的淋巴样祖细胞，在胸腺中分化、发育、成熟。...在胸腺皮质中，该类细胞与胸腺上皮细胞表达的抗原肽-MHC复合物以适当亲和力进行特异结合，则可继续分化为CD4+或CD8+单阳性（SP）细胞。...e) 走出去——在外周淋巴结的发育 从胸腺髓质迁移至血液、然后进入外周淋巴组织、尚未接触过抗原的T细胞称为初始（naïve）T细胞，主要定居于外周淋巴器官中的胸腺依赖区。...由T细胞的抗原识别受体TCR和一组CD3分子以非共价键结合而成。TCR识别特异性抗原，CD3向细胞内传递信号，共同完成信号传导功能。 每个T细胞表面约有3000~30000个TCR分子。
(10-15周)的20个器官中分离的100,605个细胞的单细胞转录组学数据 将取自同一只小鼠的主动脉、膀胱、骨髓、脑(小脑、皮质、海马体、纹状体)、横隔膜、脂肪(棕色、性腺、肠系膜、皮下)、心脏、肾脏...所有的器官都用流式细胞仪将单个细胞分选到平板中，许多器官也被装载到微流控液滴中。...发现来自不同器官的细胞经常混合在一起，54个簇中有25个包含(至少5个)来自不同器官的细胞。例如，簇3和48每个包含来自5个或更多器官的内皮细胞。...第4簇包含主要增殖的胸腺T细胞，这可能代表VDJ重组后的前T细胞的扩张。簇1-3主要包含单个阳性T细胞(CD4+或CD8a+)。...，可用于后续发现新的假定细胞类型，发现已知细胞类型中的新基因表达，以及比较不同器官的细胞类型的研究。
多年来，尽管在每个脊椎动物类中IgM有其独特而耐人寻味的特征，IgM一直被认为是原始抗体类。在哺乳动物中，IgM是一种与连接(J)链相关的五聚体。...尽管如此，每个B细胞都表现出抗原受体排斥，即每个细胞仅表达1条H链。...Fig 4 14 The thymus 胸腺存在于所有的有颚类，通常有典型的皮质和髓质组织。它可以从一个小叶到一个多叶甚至不连续的结构，取决于所观察的物种或发育阶段。...在无颚类中这一结构被命名为胸腺样体，并被认为是胸腺的等价物。...为什么胸腺会进化？如果无颚类胸腺样体是一种模型，也许有颚类胸腺的出现不是为了胸腺的正向或负向选择，而是为了使发育中的T细胞远离B细胞发育的微环境(就像骨髓)。
虽然人体中几乎每个细胞基本上都有相同的基因组，但每种细胞类型对基因组的使用不同，并表达所有可能基因的子集。因此，基因组本身并不能提供对该生物体各种细胞类型的分子复杂性的理解。...本文从一个捐赠者收集了17个组织，从第二个捐赠者收集了14个组织，从另外两个捐赠者收集了5个组织。本文还从另外11个捐赠者收集了少量组织，为几乎所有组织创建了生物复制。...本文收集了膀胱、血液、骨髓、眼睛、脂肪、心脏、肾脏、大肠、肝脏、肺、淋巴结、乳腺、肌肉、胰腺、前列腺、唾液腺、皮肤、小肠、脾脏、胸腺、舌头、气管、子宫和脉管系统的数据，一共收集、处理和分析59个独立标本...值得注意的是，来自胸腺、脉管系统、前列腺和眼睛的ECs相似地分布在几个簇中，这不仅表明转录谱相似，而且表明它们的异质性来源相似。...肠道中微生物组的位点特异性组成与每个位点不同的T细胞群配对，有助于确定胃肠道中发生的局部宿主-微生物相互作用，并可能反映影响宿主微生物动力学的生理条件梯度。
报告中的一组摘要是共识预测与每种独立方法之间的混淆矩阵，以表明任何特定方法中哪些细胞类型被误认为是另一种细胞类型。...因此，popV 中的大多数算法将这个低共识组标记为具有不同决策边界的 CD4 和 CD8 T 细胞的混合体。...为此，我们使用 Tabula Sapiens 作为参考数据集，研究了胸腺细胞的注释，以及另一项研究，该研究分析了不同年龄组（胎儿、儿童、青少年和成年）的胸腺作为查询（补充图 5）。...b，UMAP 图上的 popV 预测得分覆盖图。对于胸腺细胞，预测得分较低，而对于大多数其他细胞类型，预测得分较高。 c，popV 预测的准确性突出了发育中的胸腺细胞的低准确性。...在这些图的标题中，我们展示了原始 popV 算法中的值，而在每个结果热图的字段中，我们展示了完整 popV 算法与五个预测因子集合之间相应分数的差异。
细胞分割一直都是空间组学的一大难题，横平竖直的bin模式不是细胞真实的分布状态（这个在之前的文章中屡次提到）。...在Visium HD分析中Space Ranger利用StarDist实现进行细胞分割，该深度学习模型非常适合星形凸体的实例分割，如细胞核。...之所以选择StarDist，是因为在针对多种人体和鼠类组织的内部测试中，它展现出优于同类方法的性能。...该方法使用了超过150张HE染色图的1.7万个图块进行训练，包括如下组织类型：人类：胸腺、皮肤（黑色素瘤）、前列腺、结肠、结肠癌、乳腺癌、乳腺癌、扁桃体、胸腺、脑癌、脑癌、肺癌、肺癌和脾脏小鼠：脑、骨、...睾丸、小肠、脾、胚胎、肝、肺、肾和胸腺（10X的研发能力确实可以）。
.内外因素一直驱动着肿瘤基因组发生体细胞突变，在这一过程中形成了具有特征性的突变标签集。...通过估计每个突变特征对癌症基因组突变的影响，该研究发现了突变特征与外源或内源性暴露以及有缺陷的DNA维持过程的关联，为了解人类癌症发展的突变过程提供了系统性的分析观点。...每个点的颜色代表肿瘤显示某个突变特征的中位突变负荷。 ? 图3：PCAWG肿瘤每个突变特征的突变数量 图4：示例两种不同肿瘤中的SBSs、DBSs、indels突变特征。 ?...图4.单个癌症样品突变谱的说明性例子 ? 图S1：SigProfiler和SignatureAnalyzer分析在2780个PCAWG样本中每个样本中归属签名数量的直方图 ?...在（≥5bp）的胸腺嘧啶单核苷酸重复序列中，indels签名1（ID1）主要由胸腺嘧啶的插入组成，而ID2的主要是胸腺嘧啶的缺失（图2）。
DNA胞嘧啶甲基化（5mC）是一种重要的表观遗传修饰，参与了细胞特异的基因表达调控、基因组稳定性维持等重要的过程。...哺乳动物细胞中，DNA胞嘧啶甲基化可以被TET家族蛋白氧化，进而去甲基化，从而动态调控基因组中的胞嘧啶修饰（ 图1a, b）【1】。...胞嘧啶羟甲基化修饰（5hmC）是基因组中丰度最高的去甲基化中间产物（尤其在神经细胞中），可能发挥着重要的功能【2】。...这项技术的核心是通过化学脱氨和APOBEC3A (A3A) 酶促脱氨两个步骤（图2a），将未修饰的胞嘧啶 (C) 和甲基化修饰的胞嘧啶（5mC）分别转化为尿嘧啶（U）或胸腺嘧啶（T），并在最终的测序结果中转化为胸腺嘧啶...）和兴奋性神经元（NeuN+ & Neurod6+），再对收集的细胞核进行Joint-snhmC-seq分析。
在本文中，我将…… 提供RNA序列的简单解释 使用K-Means创建基因组信息集群 使用PCA可视化集群 …并对我们执行的每个程序进行分析来获取经验。 什么是基因组序列？...如果您对RNA序列有基本的了解，请跳过此部分。 与“解码”相比，基因组测序通常是分析从样品中提取的脱氧核糖核酸（DNA）的过程。在每个正常细胞内有23对染色体，这些染色体容纳着DNA。 ?...DNA的卷曲双螺旋结构使其可以展开为梯形。该梯形由成对的化学字母（称为碱基）制成。DNA中只有四种：腺嘌呤，胸腺嘧啶，鸟嘌呤和胞嘧啶。腺嘌呤仅与胸腺嘧啶结合，而鸟嘌呤仅与胞嘧啶结合。...因为这些点是按比例缩放的，所以图中标注的数值在数量上没有任何意义。但是，可以比较每列中的标注值。您可以从视觉上了解每个突变簇的相对属性。如果科学家要开发疫苗，它应针对这些主要的病毒突变簇。...结论 使用K-Means和PCA，能够识别冠状病毒中的五个主要突变簇。研发冠状病毒疫苗的科学家可以利用聚类中心的信息获得有关每个聚类特征的知识。
它们能够同时观察每个细胞中的数千个基因，从而描述过渡性细胞状态和动态细胞过程（例如分化/发育；对干扰的响应）。 从动态过程中推导出‘时间线’（例如基于转录组相似性）的任务被称为‘伪时间轨迹推断’。...为了在体外模型系统中研究人类 T 细胞发育，我们使用人工胸腺类器官 (ATOs) 将诱导多能干细胞 (iPS) 分化为成熟的 T 细胞。...我们之前收集了第 3 周、第 5 周和第 7 周分化的细胞，并报告称 ATOs 中的成熟 T 细胞最类似于体内类型 1 先天 T 细胞。.... - 图片说明- a，人类胸腺中T细胞发育的示意图。...我们进一步验证了这一点，显示这些基因在胸腺髓质（成熟T细胞所在位置）中的表达高于皮质（T细胞前体所在位置），以确保这不是由于组织消化处理过程中的伪影（补充说明）。
在这里，我们报道了从受精后6.5到8.5天的9个连续时间点收集的小鼠胚胎中116,312个单细胞的转录谱。...我们为每个亚群鉴定了特征基因，并且发现在肝细胞癌（HCC）中，特定的亚群（如枯竭的CD8 + T细胞和Tregs）优先富集并可能克隆扩增。...摘要：胸腺发育对于适应性免疫系统至关重要，目前需要一个以单细胞分辨率捕获的胸腺器官形成的完整转录组图谱。...我们表征了胸腺上皮细胞在体内动态的成熟过程，在胸腺器官培养物中对细胞的成熟状态进行了分类，并揭示了胸腺上皮细胞尽管暴露于外源视黄酸但仍能保持转录规律性的潜力。...恶性细胞共享炎症程序的表达，这些表达在额外收集的样本中的约35,000个细胞的单细胞RNA测序中得到了很大程度的概括，其中包括3个腹水，2个原发性HGSOC肿瘤和3个患者腹水来源的异种移植模型。
Treg细胞可以限制抗感染效应细胞的过度应答，即常说的抑炎细胞。 Britton等收集了健康人与两组IBD患病人群的粪便标本/菌群。...因此，微生物定植所诱导的总的Foxp3+ Treg细胞数目并不能预测该微生物菌群是“健康的”还是“失调的”。 ? ? Foxp3+ Treg可来源于胸腺或自组织中的naïve T细胞原位分化。...这些发现表明，微生物组诱导的RORγt+ Treg细胞在结肠炎中起保护作用，还可以在菌群失调时提高胸腺来源的Treg细胞的比例（Foxp3+ Treg），这就解释了为什么不同菌群移植组总Foxp3+ Treg...此研究进一步强化了RORγt+ Treg在微生物耐受中的重要性，同时为筛选粪便移植手术的潜在人类微生物组供者提供了可能。对理想微生物组供者的鉴定是当前实现IBD患者粪便移植手术的主要瓶颈之一。...从健康和IBD供体收集的微生物群用一种相似的方式导致体外无菌小鼠肠道中Foxp3+Treg细胞总数增加。
Algorithm Theoretical Basis Document (ATBD) General Documentation MYD11A2 V6产品提供了一个1200 x 1200公里网格内的8...MYD11A2中的每个像素值是该8天内收集的所有相应的MOD11A1 LST像素的简单平均值。选择8天的合成期是因为这段时间的两倍正是Aqua和Aqua平台的地面轨道重复期。...在这个产品中，除了白天和夜间的地表温度带及其质量指标（QC）层之外，还有MODIS的31和32带以及8个观测层。
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