我在生信菜鸟团博客也手把手讲解了详细操作过程，这里就不再赘述咯： 用GSEA来做基因集富集分析 http://www.bio-info-trainee.com/1282.html 批量运行GSEA，命令行版本...默认的，GSEA会根据signal-to-noise metric 来对基因进行排序。但是也可以选择其它metric。...如果是自己已经排序好了的基因，也可以直接拿来做GSEA分析了，见： GSEAPreranked Page in the GSEA User Guide....来过滤掉一些表达探针，GSEA需要各种情况的表达数据。 如果是gct and pcl 的表达矩阵，缺失值空着就好了。...所谓的GSEA分析，就是一个个遍历探索已知的基因集合，在我们的表达矩阵里面是否出现了某种统计学显著的扰动，如上图所示，要深入理解，请看我在生信菜鸟团写的另外3个教程： java版本GSEA软件的ES score
安装完成之后，你将会看到一个朴实无华的图标，没错，这就是 R 语言本尊了。 ?...R 语言简单实例 主要工作已经完成，让我们动动小手，优雅的单击（或双击）R Studio 图标，来感受一下R 语言的魅力。...小结 到此为止，R 语言就已经顺利的收入囊中了，恭喜你，又掌握了一门语言（的 Hello world）了。...【此处应有掌声】 接下来，会继续介绍 R 语言的基本用法和其中比较重要的函数使用方法，目标是能使用 R 语言对数据进行初步分析，以便能在生活和工作之中有所应用。...加之在大学时就对数据分析感兴趣，也曾经学过 R 语言，现在算是重温和复习吧。
在上次的GSEA教程（“便携式”GSEA分析 - Do GSEA without "GSEA software" ）中，我们给大家演示了如何跳过官方的GSEA软件，直接用R语言进行GSEA分析，非常方便快捷...本章内容，我们就来跟大家讲解，如何利用特定基因集进行GSEA分析。...这么跟大家说吧，在GSEA中富集出来的基因功能类或者基因集合都是提前定义好的，谁定义的呢？当然是GSEA官方或者一些权威数据库（比如KEGG通路数据库，Gene Ontology数据库等）。...打开如下链接： https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp ? 上面就是GSEA的官方网站的主页，如何找到我们感兴趣的基因集呢？...好了，关于定制化的万能GSEA分析到这里告一段落，对于我们上次教程提出的问题，如果你想做免疫相关通路的GSEA，现在可以动手尝试起来喽。
过去一个月实验比较忙，很久没有写点东西了，今天要给amina画图，因此学习了一下R语言的基础画图。
1 Enrichment score（ES） ES是GSEA最初的结果，反应全部杂交data排序后，在此序列top或bottom富集的程度。...GSEA结果中，高亮显示FDR<25%的富集set。因为从这些功能gene中最可能产生有意义的假设，促进进一步研究。...备注 GSEA富集结果太少说明： 无gene set被富集。...当然也可以尝试考虑分析其他gene sets，或增加samples GSEA富集结果太多说明： 太多的功能子集被富集了。
GSEA GSWA 网站：http://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp JavaGSEA： http://www.gsea-msigdb.org/gsea/login.jsp.../gsea/datasets.jsp 注释文件下载：http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp 二、GSEA 原理 给定一个排序的基因表...，详细参考： 富集分析：GSEA分析准备 五、利用 R 实现 GSEA 虽然 GSEA 客户端可以非常方便的完成 GSEA 的分析，但 JAVA 版的 GSEA 软件图形输出格式是 png...格式，图片分辨率较低，不方便编辑，所以，也可以使用 R 包进行 GSEA 分析。...能做GSEA 分析的 R 包有很多，例如 clusterProfiler，GSEAbase，fgsea 等。
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com.../s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101...经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ?...+命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！ 应该没问题了！！！！吧？
1.导入测试数据,fgesa的examplePathways，exampleRanks测试数据分别是通路的list和经过fold change排序的基因。
一、R语言安装 首先进入官网：https://cran.r-project.org 下载相应版本的安装包 点击base 点击Download R4.1.2 for Windows，即可开始下载
学习生信时，最常用的可视化软件就是R，可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio，究竟什么是R和Rstudio？ R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。...RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。...01 安装R 进入R的官网https://www.r-project.org/ 第一步 点击红框中的download R 第二步 在镜像这里中选择第一个 第三步 接下来按照红框点点点就能完成R的安装...第四步 第五步 R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio。...1.显示文件列表 dir() #查看工作路径下文件，类似于Linux系统下的ls list.files() #同上 示例 2.加减乘除 和其他编程语言相同，直接输入即可 示例 3.赋值 赋值符号
___________________________________________________________________________________ 二、R语言中的线性混合模型 来自博客...R中的线性混合模型介绍（翻译博客）（来自科学网邓飞博客）原来来自：http://www.r-bloggers.com/linear-mixed-models-in-r/ 1、nlme lme4 Asreml...几个包的介绍： 包 优点 缺点 nlme 这是一个比较成熟的R包，是R语言安装时默认的包，它除了可以分析分层的线性混合模型，也可以处理非线性模型。...2、R语言案例 数据来源：一个传统的裂区数据来说明不同软件包的用法，这个数据oats是在MASS包中，是研究大麦品种和N肥处理的裂区试验，其中品种为主区，肥料为裂区。...在R语言中我们使用mgcv包中的lmer函数来完成这项工作。首先载入faraway包以便读取psid数据集，然后加载mgcv包，再将年份数据中心化以方便解释模型，最后用lmer函数进行建模。
R基础概念及数据类型重要提示1.Tab键可以补全函数、变量名、指定数据框的行名列名等，能够有效避免错误输入与提高效率2.只有赋值才会使变量发生变化，没有赋值R只是单纯展示出数据3.在R中，Error是唯一代表错误的...，大部分Warning可以忽略，但并不是出现了Error才是错误，一定要反复检查代码是否完成了目的，小心暗流4.R中“=”与“ a class(a)[1] "numeric"> a is.numeric(a)[1] FALSE向量向量将R中不同元素组合生成
R的使用 在Rstudioy中新建项目（R project） File-New Project-New Directory-New Project-Directory name-Creat...文件中不要有中文和字符） 新建脚本 (Ctr+shift+N) 更改字号 (Tools-Global options-Apearance-Editor font size) 重启 session-restart R...shift+F10) 工作目录（working directory）默认在 .Rproject文件夹下 打开文件时，双击打开 .Rproject 即可打开RStudio,打开后工作目录自动设置好了 R界面文字放大...“control” + “shift” + “+” R界面文字缩小 “control” + “-” 二.报错 报错: Error 。
student12" "student14"#paste0就是默认没有间隔的paste,paste0与paste(,sep = ""),paste(,sep="")可以自定义需要组合的字符间的间隔符号#在使用R语言处理了向量是
() #列出当前工作空间中的对象 rm(list=ls()) dir() #列出当前目录 dir.create(“c:/myproject”) options() #查看R软件默认选项的设置..."mylife") #保存工作空间到mylife文件中 load("mylife") #载入工作空间 #输入与输出 #重定向至文本文件和图像文件 source("inputFile.R"...class mode names c(obj1,obj2) cbind(obj1,obj2) rbind(obj1,obj2) head tail ls() rm(obj1,obj2) #批处理 R...CMD BATCH options infile outfile #linux "c:\program\r\r.exe" CMD BATCH --vanilla --slave "c:\myscript.R...#R函数调用 sum.of.squares <- function(x,y) { x^2 + y^2 } sum.of.squares(3, 4)
point加点；axis右边坐标轴，mtext右边坐标轴的名称，text给出本文。
3.在“管理本地用户和组”中找到当前用户的用户名，就可以看到用户名是英文还是中文了下载R和Rstudiob站有教程，暂时不需要装R包什么是RR是一种编程语言，也可以统计计算、绘图，它汇集了很多函数RStudio...是免费提供的开源集成开发环境（IDE），RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，方便用户在终端中使用R页面如下各窗口的功能如下：1.控制台（左下窗口）脚本运行和结果展示2.脚本编辑器...（左上窗口）在处理数据时，通常会编写一份脚本文件，即一组命令的集合来表示整个操作过程的逻辑流，该脚本文件可以直接读取并由R引擎执行。...boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))iris是一个R语言自带的数据框...面板显示调节设置字体大小tools->global options->apperanceR语言基本操作用Rproject管理工作目录设置工作目录：setwd()查看工作目录：getwd()这样的话，只设置了一个工作目录
dev.off() #画完了，关闭画板方法3：eofficelibrary(eoffice)topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx") #把一张图保存为PPT拼图R包
R语言简介 四十多年前， R 语言的始祖诞生了 ， John Chambers 在贝尔实验室中开发出S语言 ，用于快速地进行数据探索， 统计分析和可视化 。...R语言及其生态作为连接现实世界中的数据和数学模型的桥梁，正在社群的努力下一步一步地把这些想法具体化。 让我们进入 R 语言的世界！...R语言基本数据结构 下面用 R 的解释器来熟悉一下 R 语言的基本数据结构。 首先让我们先进入 R 环境下 我是在mac操作环境下的，ubuntu的是一样的。...统计之都 : 国内质量最高的统计网站，有一些关于统计和R语言的优秀博客以及与R有关的会议通知。 肖凯博客(需访问外国网站): 很有质感的博客，有大量 R 语言应用的案例。...R 语言实战 ： 一本从统计角度介绍 R 语言的书籍 ，较为简单 ， 适合快速翻阅。
因为一个R包让我不得不对电脑的R进行升级，正好整理下整个升级的过程。我们是在Rstudio中进行的升级操作。用到了包installr。...install.MikTeX, install.git,install.git, install.GraphicsMagick,install.ImageMagick, check.for.updates.R,...我们不在此一一介绍，今天主要介绍updateR这个函数： updateR()主要要来升级R软件，升级过程中会遇到下面的一些选项： 会提示当前版本已经后面最新的升级版本： ?...我们设置好后关闭Rstudio，再次打开Rstudio新版本的R就可以用了。 ? 当然，我们如果需要安装github的包的时候，Rtools软件老版本也不再适用，需要下载新版本的Rtools。...下载链接：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/。 ? 当然这个包有一个缺陷，暂时还不能完成Linux系统下的R升级。
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