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我有一个名为genbank.pm的Perl模块文件，它有一个子例程new；这个Perl模块没有使用Exporter，也没有定义@EXPORT或@EXPORT_OK。在同一个目录中，我有一个名为test.pl的Perl文件，test.pl的代码是：use strict;当我用Komodo运行它时，它报告：
Undefined subroutine &genbank::new called a
浏览 1提问于2013-08-30得票数 0
我正在处理NCBI核苷酸数据库中的细菌序列。如果我有一个词条，比如NC_002663，并且我需要GFF中的注释，我该如何使用Entrez (最好是Biopython)轻松地做到这一点？
浏览 8提问于2019-04-01得票数 0
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输入(制表符分隔)： Gene3 mRNA ID=rna74355;Parent=gene38534;Dbxref=GeneID:109200614;Genbank:XM_019356193.2,Genbank:XM_025904163.4 Gene1 mRN
浏览 3提问于2019-06-05得票数 1
File "scripts/list_ncbi_download_genome_vs_02.py", line 97, in <module>出现的警告：
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Bio/SeqIO&
浏览 4提问于2017-12-13得票数 0
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我正在尝试从genbank中提取CDS和/或rRNA序列。重要的是，我只是得到开放的阅读框架，这就是为什么我不只是拉动整个序列。当我在下面运行代码时，它会返回一个错误，它说：
rec
浏览 2提问于2014-03-25得票数 0
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我有以下代码来工作和转换单个文件，from Bio import SeqIO但是，我不能让任何代码与"*.gbff“工作。from Bio import SeqIO
count = SeqIO.convert("*.gbff", "genbank&
浏览 10提问于2021-10-27得票数 0
clusterAdmin", "userAdmin", "readWriteAnyDatabase", "dbAdmin", "read" ] }mongos> use genbankmongos> db.addUs
浏览 10提问于2014-01-20得票数 0
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我有一个带有标识的文件，然后有10个文件，其中一些标识带有数据库名称(每个Id相同，但文件之间不同)。我尝试做的是将这10个文件的所有I与只有标识的文件进行匹配，除非之前已经匹配了标识。GenBankId20 ... ... ...GenBank
Id Data Data Data Database_nameif ( -e "result_GenBank" ){
print "Yes, i
浏览 0提问于2013-07-18得票数 0
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我知道如何打开和解析精确的原始序列我只需要知道如何用我自己的核苷酸校正来代替它。
浏览 7提问于2016-04-07得票数 1
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我正在尝试使用BioPython遍历genbank文件的基因列表。它看起来是这样的： class genBank: gbStart = int() gbStrand = int()
for seq_featurein seq_record.features:
浏览 14提问于2019-03-13得票数 1
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但是，如您所见，在使用Genbank或FASTA等文件的过程中，下一个模块中会出现这样的错误。我可以问如何解决这个问题吗?我应该经过什么程序呢？Genbank文件也保存在计算机中，但无法识别该文件。
浏览 4提问于2022-02-11得票数 0
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我一直试图用BioPerl编写一个代码，它将查询Genbank中的特定蛋白质，然后将结果打印到fasta文件中。到目前为止，我所拥有的代码是有效的，我可以将结果打印到屏幕上，但不能打印到文件中。我理解如何从文件中读取某些内容，然后将输出打印到一个新文件(使用SeqIO)，但我遇到的问题似乎是，我希望程序读取的内容不是存储在文本或FASTA文件中，而是数据库查询的结果。帮助?usr/bin/perluse Bio::DB::Query::GenBank;
us
浏览 0提问于2013-10-13得票数 0
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所以我有一个字符串，如下所示MFVFLVLLPLVSSQCVNLRTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSLGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSE>UDW38242.1 |surface glycoprotein|MS|GenBankLGKYE
浏览 3提问于2022-10-31得票数 -1
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我有一个充满登录号的数组，我想知道是否有一种方法可以使用BioPerl自动保存genbank文件。我知道你可以抓取序列信息但我想要整个GenBank记录。use strict;use Bio::DB::GenBank;
open (REFINED, ".(@accession, $2);}foreach my $number(@accession){
浏览 0提问于2013-05-06得票数 1
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data.table，它有许多行，在R中如下所示： NCBINCC GenBankgene_id=UL1 protein_id=ABV71500.1 NCBINCC GenBank gene 1135 1200 . -
浏览 3提问于2021-04-20得票数 2
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$tax, "Phylum" = pr2 %>% dplyr::filter(phylum == input$clade) %>% dplyr::select(genbank_accessionsequence),
浏览 4提问于2022-05-25得票数 0
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我正在使用BioPython遍历GenBank文件中的开放阅读框。更具体地说，我考虑了在GenBank中标注为“CDS”的特性。所以我的代码是这样的：gbk_dat = SeqIO.read(genbank_filepath, 'genbank')
for feature in gbk_dat.features
浏览 0提问于2016-03-04得票数 0
/usr/bin/python
# regionsUsage:
python slice_genbank.py -h|--help -i|--input <genbank> -o|--output <genbank> -s|--start <int>-i|--i
浏览 0提问于2016-08-05得票数 0
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我正在处理一些genbank文件，并有以下代码：虽然它可以通过seq文件中的大多数文件"C:\python38\lib\site-packages\Bio\GenBank\Scanner.py"，第516行，在parse_records record =self.parse(句柄，do_features)文件"C:\python38\lib\site-pac
浏览 1提问于2020-05-15得票数 0
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熊猫数据表操作
、、、
blablach GenBank mRNA 517 1878 .blablach GenBank gene 3670 3915 .对于CDS命名的条目，最终结果应该如下所示，
ch GenBank CDS 313 3331
浏览 2提问于2014-09-17得票数 0
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