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GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析

GEO数据库中的数据是公开的,很多的科研工作者会下载其中的数据自己去分析,其中差异表达分析是最常见的分析策略之一,为了方便大家更好的挖掘GEO中的数据,官网提供了一个工具GEO2R, 可以方便的进行差异分析...从名字也可以看出,该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质上是通过以下两个bioconductor上的R包实现的 GEOquery limma GEOquery...用于自动下载GEO数据,并读取到R环境中;limma是一个经典的差异分析软件,用于执行差异分析。...Value distribution 该选项用箱线图展示所有样本中表达量的分布,结果示意如下 ? 2. Profile graph 该选项用于展示某个探针/基因在所有样本中的分布,结果示意如下 ?...第一个参数用于选择多重假设检验的P值校正算法,第二个参数表示是否对原始的表达量进行log转换,第三个参数调整最终结果中展示的对应的platfrom的注释信息,是基于客户提供的supplement file

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C#如何遍历某个文件夹中的所有子文件和子文件夹(循环递归遍历多层),得到所有的文件名,存储在数组列表中

D:\\test"; List nameList = new List(); Director(path,nameList); 响应(调用)代码如上面,比如写在某个事件中。...首先是有一个已知的路径,现在要遍历该路径下的所有文件及文件夹,因此定义了一个列表,用于存放遍历到的文件名。...d.GetDirectories();//文件夹 foreach (FileInfo f in files) { list.Add(f.Name);//添加文件名到列表中...} //获取子文件夹内的文件列表,递归遍历 foreach (DirectoryInfo dd in directs) {...Director(dd.FullName, list); } } 这样就得到了一个列表,其中存储了所有的文件名,如果要对某一个文件进行操作,可以循环查找: foreach (string

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    Appium系列(三十八)记录测试用例执行过程中的性能数据

    前言 之前的文章呢,我们做了一列的 分析,我们对于用例执行中增加等待做了追加,在之前的Appium系列(三十六)在用例中增加获取性能数据文章中呢,给大家解决了 在测试报告中带入性能数据,那么...,本次呢,我们分享如何在获取的测试用例中,将测试用例的数据进行存储。...正文 我们来看下,如何存储这些数据呢,存储的目的是为了后续的展示,现在我们先存储起来,我们先做简单的 ,存储到 文件中去,为了方便我们后续的读取结合我们有测试用例的名称,我的方案的是把这些数据存储到..."] = {'cpu': cpuend, 'mem': memoryend} save(file=self.datafile, data=dataper) 这样我们去执行用例就会记录我们的数据...这样我们就完成了测试过程中性能数据的收集,后续文章回分析如何在测试报告中展示。

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    R语言使用马尔可夫链对营销中的渠道归因建模|附代码数据

    在这篇文章中,我们看看什么是渠道归因,以及它如何与马尔可夫链的概念联系起来 我们还将通过一个电子商务公司的案例研究来理解这个概念如何在理论上和实践上运作(使用R)。 什么是渠道归因?...我们将从模型中删除通道C1,并查看图片中没有C1的情况下发生了多少次转换,即所有渠道完好无损时的总转换次数。...一家电子商务公司进行了一项调查并收集了客户的数据。这可以被认为是具有代表性的人群。在调查中,公司收集了有关客户访问各种触点的数据,最终在其网站上购买该产品。...我们将在下一节中使用R来解决这个问题。 使用R的实现 我们读取数据,尝试在R中实现并检查结果。 > head(channel) 输出: 1....这种情况使我们对客户分析领域马尔可夫链模型的应用有了很好的了解。电子商务公司现在可以更准确地创建他们的营销策略,并使用数据驱动的见解分配他们的营销预算

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    2021-08-16:回文对。给定一组 互不相同 的单词, 找出所有 不同 的索引对 (i, j),使得列表中的两个单词, wo

    2021-08-16:回文对。给定一组 互不相同 的单词, 找出所有 不同 的索引对 (i, j),使得列表中的两个单词, words[i] + words[j] ,可拼接成回文串。...1.依次遍历,嵌套循环。 时间复杂度:O((N^2)*k) 2.b逆序+a+b,a+b+a逆序。注意去重。 时间复杂度:O(N*(k^2))。 代码用golang编写。...for i := 0; i < len(words); i++ { // i words[i] // findAll(字符串,在i位置,wordset) 返回所有生成的结果返回...:= len(chs) - 1 for l r { tmp := chs[l] chs[l] = chs[r] l++ chs...[r] = tmp r-- } return string(chs) } 执行结果如下: *** [左神java代码](https://github.com/algorithmzuo

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    结构方程模型 SEM 多元回归和模型诊断分析学生测试成绩数据与可视化

    NA 是默认值 # 使用 dplyr 对特定测试进行子集化 select(sub, c(T1, T2, T4)) # 使用 psych 包获取描述 请注意,R 将原始数据中的空白单元格视为缺失,...请注意,创建的第一个相关矩阵使用选项“pairwise”,该选项对缺失数据执行成对删除。这通常是不可取的,因为它删除了变量,而不是整个案例,因此可能会使参数估计产生偏差。...第二个选项,“complete”,对缺失数据实施列表删除,这比成对删除更可取,因为参数估计偏差较小(删除整个案例,而不仅仅是特定变量)。...其中一些代码可帮助您将残差、预测值和其他案例诊断保存到数据帧中以供以后检查。请注意,lm 命令默认为按列表删除。...如果我们能找出一个异常的案例,我们在有和没有这个案例的情况下进行分析,以确定其影响。输出的变化将是对杠杆的测试。 现在我们制作测试之间关系的 3d 散点图。

    3.1K20

    MySQL中批量初始化数据的对比测试(r12笔记第71天)

    有时候想做一些对比测试,存储过程初始化几万条数据都得好一会儿,这功夫Oracle类似的测试早都做完了,今天就赶个晚班车,把这个没做完的任务完成了。...4.使用shell脚本生成数据,使用load data的方式导入内存表,内存表数据导入目标表(近18秒) 方案1:存储过程导入 我们测试使用的表为users,InnoDB存储引擎,计划初始化数据为100...,所以就抓取了十分之一的数据10万条数据,测试的结果是执行了47秒钟左右,按照这个数据量大概需要8分钟左右。...这一点上以自己的测试环境为准,然后能够得到一个梯度的数据就可以了。 我们来看看第二个方案。...,其实逻辑和第一个存储过程几乎一样,就表名不一样而已,这个里面数据是入到内存表中。

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    MySQL中GTID和自增列的数据测试(r12笔记第38天)

    昨天的一篇文章MySQL自增列主从不一致的测试(r12笔记第37天),今天有不少网友向我确认一些细节,我想最近正好在看GTID的东西,可以揉在一起来说说。...而我们把这个问题继续细化,那就是和自增列值的问题结合起来。看看在这种场景下,MySQL的实现方式是否会出现数据不一致,无法复制的情况。两者结合起来算是一个相对完整的测试场景了。...一主两从的架构模式下GTID的实践 一主两从我们标识为主(Master节点),从库1(Slave 1),从库2 (Slave 2),大体的测试步骤如下: 初始化一主两从 Master节点初始化数据...,都是4 然后我们做下面的变更,删除表中id=3的值。...(r12笔记第32天),对MHA的配置有一个基本的介绍,可以使用如下的两个脚本来做基本的检验,app1.cnf就是基础的配置文件。

    1.2K110

    渗透测试中利用基于时间差反馈的远程代码执行漏洞(Timed Based RCE)进行数据获取

    在最近的渗透测试项目中,为了进一步验证漏洞的可用性和危害性,我们遇到了这样一种情形:构造基于时间差反馈的系统注入命令(OS command injection time based ),从某逻辑隔离的服务器中实现数据获取...以下是测试过程中的相关思路整理,仅供借鉴参考(渗透测试最终利用工具请移步GitHub-TBDEx)。...之后在对参数的fuzzing中,其对单引号的处理方式和特征貌似像是SQL注入漏洞,但在漏洞利用过程中却不能成功实现注入攻击,然而,当我们执行了‘sleep 10′命令后,HTTP response在10...sleep 5; fi 如果系统用户为root,通过whoami | cut -c 1 == r 方式取root的第一个字符“r”成功,则相应的时间延迟为5秒,与判断命令中的sleep 5结果一致,以此方式猜解出系统用户为...这主要有两方面原因: Commix形成的payload非常长而且在我们的渗透场景中执行不成功 Commix对我们特定命令的执行非常耗时,读取一个whoami命令都很慢 TBDEx如何使用?

    1.4K90

    用 Pipeline 将训练集参数重复应用到测试集

    当我们对训练集应用各种预处理操作时(特征标准化、主成分分析等等), 我们都需要对测试集重复利用这些参数。...pipeline 实现了对全部步骤的流式化封装和管理,可以很方便地使参数集在新数据集上被重复使用。...(是 Estimator) 调用 Pipeline 时,输入由元组构成的列表,每个元组第一个值为变量名,元组第二个元素是 sklearn 中的 transformer 或 Estimator。...然后用 Pipeline.fit对训练集进行训练,pipe_lr.fit(X_train, y_train) 再直接用 Pipeline.score 对测试集进行预测并评分 pipe_lr.score...: 当管道 Pipeline 执行 fit 方法时, 首先 StandardScaler 执行 fit 和 transform 方法, 然后将转换后的数据输入给 PCA, PCA 同样执行 fit

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    数据科学篇| statsmodels库的使用(六)

    statsmodels 官网:http://www.statsmodels.org statsmodels是一个Python模块,它提供对许多不同统计模型估计的类和函数,并且可以进行统计测试和统计数据的探索...说实话,statsmodels这个词我总是记不住,但是国宝“熊猫”这个单词pandas我还是记得住的,它提供用于估计许多不同统计模型的类和函数,以及用于进行统计测试和统计数据探索。...当自变量的因子等于或超过三个类别时,检验各类别平均值是否相等,采用方差分析。 anova_lm的方差模型,用于使用线性OLSModel进行ANOVA分析。...随时间变化的数据序列。...生活中各领域各行业太多时间序列的数据了,销售额,顾客数,访问量,股价,油价,GDP,气温。

    15.8K34

    方差分析简介(结合COVID-19案例)

    以下公式表示单向Anova测试统计数据。 ANOVA公式的结果,即F统计量(也称为F比率),允许对多组数据进行分析,以确定样本之间和样本内部的可变性。 单向ANOVA的公式可以这样写: ? ?...-19的患者 **双向ANOVA(无复制):**只有一个组并且对同一组进行双重测试时使用 例如,假设已为COVID-19开发了一种疫苗,研究人员正在对一组志愿者进行疫苗接种之前和之后的测试,以查看其是否有效...Python中的单向方差分析测试 我从一个正在进行的Kaggle竞赛中下载了这些数据:https://www.kaggle.com/sudalairajkumar/covid19-in-india ❝在此测试中...让我们对可以用于方差分析测试的数据集进行重新排列: df=pd.DataFrame({'Dense1':data[data['density_Group']=='Dense1']['Positive']...方法1:使用statsmodels模块进行单向方差分析 Python中有两种方法可以执行ANOVA测试。

    2K20

    数据分享|用加性多元线性回归、随机森林、弹性网络模型预测鲍鱼年龄和可视化|附代码数据

    在拟合交互模型并使用最佳可加模型执行 F 检验后,我们看到该检验表明交互模型是一个显着模型,具有改进的调整 r 平方值。...所有候选模型之间的异常观察 我们现在已经编制了候选模型中常见的观察结果列表。让我们来看看这些,看看是否有任何相似之处。...删除异常观察后的RMSE 分数 接下来,我们将通过从训练数据集中删除异常观察并计算测试数据集的 RMSE 分数来执行快速实验。...我们看到我们的模型正确预测了鲍鱼的年龄,或者非常接近鲍鱼的实际年龄。这些是模型以前从未见过的测试数据中的 5 个样本观察值。我们可以多取一些并执行相同的过程,看看我们的模型对鲍鱼年龄的预测效果如何。...(LASSO,岭回归)高维变量选择的分类模型案例 Python中的Lasso回归之最小角算法LARS r语言中对LASSO回归,Ridge岭回归和弹性网络Elastic Net模型实现 r语言中对LASSO

    1.3K30

    「 毫秒级 」的应用启动速度评测

    ,即可得到多个视频素材,以期在后续的视频处理、结果输出时,通过多个数据的均值来消弭误差: def run(self): # 启动带有输入框的测试app command_start = "adb shell...下面给出完整方法,对其中判断环节的说明可见注释及后续内容: # 视频解析——传入视频文件与当前循环次数 def parse(self, video_file, runNum): # 以60帧加载处理视频...——模拟按下输入框时,屏幕顶部色块的颜色变红(如下图),即可通过图像处理模块cv2,对画面相应坐标处的颜色变化进行监控,由此定位到视频中哪一帧画面发生了“点击输入框,尝试调起键盘”: ?...,在键盘调起、标识逐渐上升的过程中(如下图),对每帧画面中相应坐标处的颜色变化进行识别,以期得到此刻帧数: ?...(16.67ms)后写入结果列表,并在预设的循环次数完成后,取得列表中的数据均值,便是当前输入法键盘调起速度的评测结果了。

    1.1K10

    单因素方差分析及其相关检验

    ANOVA 单因子方差分析 (1)问题与数据 设某因子有r个水平,记为,在每一水平下各做m次独立重复试 验,若记第i个水平下第j次重复的试验结果为,所有试验的结果可列表如下: ?...对这个试验要研究的问题是 个水平 间有无显著差异. (2) 基本假定 A1 : 第 个水平下的数据 是来自正态总体 的一个样 本 个方差相同 即 ; A3 : 诸数据 都相互独立...., 且 为试验误差,所有 可 作为来自 的一个样本,在上述数据结构式下 要检 验的假设检验可改写为 不全为 (2) 点估计 总均值 的估计 ; 水平均值 的估计 主效应 的估计...多重比较 在单因子方差分析中,当因子 显著时,就要继续研究如下问题 : 在多个水平均值中同时比较任意两个水平间有无明显差异的问题,这个问题的 检验法则称多重比较....Tukey检验的结果显示了平均差异、置信区间以及在给定显著性水平下是否应该拒绝原假设。在这种情况下,测试结果显示拒绝了3对原假设,每一对均包括“白色”类别。这表明白人群体可能与其他人不同。

    1.6K10

    TensorFlow 分布式之论文篇 Implementation of Control Flow in TensorFlow

    对于每个 while 循环,TensorFlow 运行时会设置一个执行帧,并在执行帧内运行 while 循环的所有操作。执行帧可以嵌套。嵌套的 while 循环在嵌套的执行帧中运行。...只要执行帧之间没有数据依赖关系,则来自不同执行帧的操作可以并行运行。 Switch:Switch 运算符会根据输入控制张量 p 的布尔值,将输入张量 d 转发到两个输入中的一个。...对于同一个子执行帧可以有多个 Enter 操作,每个操作都会使子执行帧中的张量可用(异步)。当输入可用时,Enter 操作将执行。一个新的执行帧在执行该帧第一个 Enter 操作时候被实例化。...因为每个分支返回一个张量列表(ref_t或res_f),所以我们需要添加一个 Merge 操作来对该结果列表每个输出的真值/假值进行合并。...x 和 y 的值将被保存在内存中,直到 G(Op) 被执行。 图 10 反向传播 一旦构建了整个数据流图,TensorFlow 运行时就会自动对图进行分割,并将执行分布在多个设备上。

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    硬货 | 手把手带你构建视频分类模型(附Python演练))

    创建测试数据 你应该根据UCF101数据集的官方文档下载训练/测试集文件。在下载的文件夹中,有一个名为" testlist01.txt " 的文件,其中包含测试视频列表。...我们现在拥有存储在数据框中的所有视频的列表。...测试视频的预测 让我总结一下在查看代码之前我们将在此步骤中执行的操作。...我们将在每次迭代时从此文件夹中删除所有其他文件 接下来,我们将读取temp文件夹中的所有帧,使用预先训练的模型提取这些帧的特征,进行预测得到标签后将其附加到第一个列表中 我们将在第二个列表中为每个视频添加实际标签...让我们编写这些步骤并生成预测: # 创建两个列表来存储预测的和实际的标签 predict = [] actual = [] # for循环从每个测试视频中提取帧 for i in tqdm(range

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    方差分析的统计模型_统计学标准差怎么算

    这种用数理统计分析试验结果、鉴别各因素对结果影响程度的方法称为方差分析(Analysis Of ariance),记作 ANOVA。...若各组数据个数不等,称非均衡数据 均衡数据 用p=anoval(x)处理均衡数据 返回值 p 是一个概率,当 p > α 时接受 H0 ,x 为m× r 的数据矩阵,x 的每一列是一个水平的数据(这里各个水平上的样本容量...x) MS是均方误差,即每个变异源的SS/df f 统计量是均方误差的比值 p值是测试统计量取的值大于计算的测试统计量的值的概率 求得p=0.1109>a=0.05,故接受H0,即5名工人的生产率没有显著差异...非均衡数据 处理非均衡数据的用法为: p=anova1(x,group) x为向量,从第 1 组到第 r 组数据依次排列;group 为与 x 同长度的向量,标志 x 中数据的组别(在与 x 第i...组数据相对应的位置处输入整数i(i=1,2…,r))。

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