我有一份分组清单,例如从第1组到第3组,以及它们的成员组成。我想以径向格式显示星系团。我正在考虑使用ape包中的as.phylo函数来显示它,但这需要创建一个hclust object.If --任何人都知道如何做到这一点--这是非常感谢创建hclust对象或其他方面的。
非常感谢!
cl var numberOfCluster
1 a 1
1 b 1
1 c 1
1 d 1
1 a 2
1 b 2
2 c 2
2 d 2
3 a 3
1 b 3
2 c 3
2 d 3
非常
我试图安装软件包“圆圈”,我有困难解决似乎是一个简单的错误。
当我跑步时:
install.packages("circlize")
上面写着:
Installing package into ‘*file location*/3.2’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
dependency ‘GlobalOptions’ is not available
There is a binary version available but the source version is later:
在使用来自chordDiagram()包的circlize函数时,我需要一些帮助来返回错误消息。
我正在从事渔业着陆的工作。渔船在一个港口(国内港口PORT_DE)开始他们的旅行,在另一个港口(登陆港口PORT_LA )降落他们的渔获物(扇贝)。我试图用circlize软件包绘制一个chord图,以可视化港口之间的着陆流。我有161个唯一的端口,端口名作为character字符串存储。
在调用chordDiagram()函数绘制chord图之前,我将相关列存储在一个虚拟对象(m)中。
# Store relevant column
m <- data.frame(PORT_DE = VM
我想用circlize初始化一个新的chord图,但我得到了一个错误,考虑到我输入的数据,这个错误似乎没有任何意义: Error: Since `xlim` is a matrix, it should have same number of rows as the length of the level of `sectors` and number of columns of 2. 我理解这个要求,但是当我尝试生成不同的图时,它对一些人来说是失败的,但对另一些人来说却不是。下面是相关的代码片段,以及一些用于调试的输出 dev.new()
我有一个有两列的数据框架。第一列表示某人从哪里来,第二列包括某人的去向。如本例所示:某人来自"a",然后转到"a“、"b”或"c“。在R中是否有一种方法可以使用以下数据框架来绘制该数据的网络?或者数据框架是否被进一步转换,以便能够绘制它?
from = c("a")
to = rep(c("a","b","c"),times=c(2,3,5))
data=cbind(from,to)
提前谢谢。
我想做一个类似circos的情节,只可视化SNP( SNPs属性有多个音轨)。它可以用python、R或者我很乐意考虑其他语言来完成。
到目前为止,我已经看了一个圆圈R包。然而,在初始化circos图时,我得到了错误"Range of the sector ('C') cannot be 0"。我认为这个错误是因为我有离散数据(SNP)而不是所有职位的数据。或者这可能是因为我有一些重复的数据点。
我在下面简化了我的数据,并展示了我迄今尝试过的代码:
Sample Gene Pos read_depth Freq
1 A 20394 43
我有一个矩阵,像这样
bar <- matrix(rnorm(25), 5, 5)
rownames(bar)<- letters[1:5]
colnames(bar)<- LETTERS[1:5]
bar
A B C D E
a 0.2584448 0.7749999 2.87730628 -0.6975622 -0.1932791
b 0.1103942 -1.6934814 1.93550788 -0.3174811 0.8109865
c 3.1351451 -0.3
我试图在chordDiagram包中用R.circlize函数绘制chord,这是类似于"“的参考代码
set.seed(999)
chordDiagram(mat)
circos.clear()
错误报告如下:
circos.initialize(factors = factors, xlim = xlim) :
Maybe your `gap.degree` is too large so that there is no space to allocate sectors.
我的“垫子”看起来是:
> str(mat)
num [1:421, 1:7] 2 0 2 0
我正在尝试使用R中的'networkD3‘库为我的数据创建chord图。我遵循了这篇stackoverflow文章中提出的逻辑:
我对使用'igraph‘和'networkd3’创建chord图特别感兴趣,因为我在我的计算机上没有安装其他库(如"circlize")的管理权限。
我在R中创建了一些假数据:
library(igraph)
library(dplyr)
library(networkD3)
#create file from which to sample from
x5 <- sample(1:100, 1100, replace
我如何对类别进行分组,使它们在使用R中的circlize包生成的和弦图中出现较大的间隙?
例如,给定以下邻接矩阵:
A B C D E F G H
A 0 0 0 0 0 0 1168 0
B 0 0 2545 278 0 0 0 337
C 0 0 0 817 0 0 0 0
D 0 0 0 0 10 0 0 0
E 0 0 0 0 0 0 0 0
F 0 0 0 0 0 0 0 0
G 0 0 561 326 0 0 0 281
H 0 0 46
我正在按照教程来制作circular plots in R。假设我有这样的数据集: set.seed(123)
mat1 = rbind(cbind(matrix(rnorm(50*5, mean = 1), nr = 50),
matrix(rnorm(50*5, mean = -1), nr = 50)),
cbind(matrix(rnorm(50*5, mean = -1), nr = 50),
matrix(rnorm(50*5, mean = 1), nr =
我正在尝试创建一个使用复合热图包的热图。除了我在整个情节中只能看到黑色外,一切都很正常。我认为适当的分色应该能起作用,但我不知道如何解决这个问题。
#load required libraries
library(extrafont)
#font_import() # only one time required when first time use the library extrafont
#y
fonts()
loadfonts()
library(ComplexHeatmap)
library(circlize)
#upload expre