TCN全称Temporal Convolutional Network，时序卷积网络，是在2018年提出的一个卷积模型，但是可以用来处理时间序列。
条件结构： if(...){ ...; }elsif(...){ ...; }else{ ...; }
$mean = “brontosaurus steak”; $barney = “fred ate a $meal”; #$barney 现在是“fred ate a brontosaurus steak”
chomp SMS绝对是您的明智之选。chomp SMS为您提供多项额外功能，包括：快速回复，快速撰写短信，定时发送短信，密码锁定，隐私， emoji表情符号，预设短信，签名，以及一系列定制选项（通知，铃声，颜色，字体，壁纸），黑名单以及其余更多功能。
4.1 文件介绍 Appfile内部是个人开发者账号的配置 Fastfile 定义的是一个个的lane，执行不同的打包操作操作实例 单个打包 ElbT fastlane ElbT
于想拥有个人站点品牌的人来讲，现如今是一个很好的时期。至少 Hexo、Jekyll、Leanote、WordPress 、FarBox Octopress、ghost、marboo、Medium、Logdown、prose.io 等诸多层出不穷的好工具，让建站写文已经变得异常简洁方便。分分钟可搭建起美观大方的个人博客，这样的教程已经充盈网络，在此不提。这里要谈及的是，以Rake一键生成Jekyll文章模版，一键预览效果，一键发布等等；Rake让Jekyll写博更优雅。 个人博客，目前主用这Hexo和jeky
####比较两个文件 #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; #use PerlIO::gzip; open IN1, "$ARGV[0]" or die $!; ##打开文件1 open (IN2,"$ARGV[1]") or die $!; ##打开文件2 open (OUT,">$ARGV[2]") or die $!; ##打开结果文件（此时为空） my %hash=(); my $ass; while(<IN1>){ ##按行
用仿写软件的方法来学习编程 我首先仿写了fastqc软件，学会了很多基础知识： 仿写fastqc软件的一些功能-R代码 仿写fastqc软件的部分功能-perl代码 仿写fastqc软件的部分功能
IT领域往往被认为是男性的天下，不过现在女程序员越来越多，她们也有着不可小觑的贡献。在移动互联网领域，一些知名应用的开发团队中都能看到程序媛的身影，比如Smule、Camera 等。我们将为大家细数出8位在苹果开发者中最知名的程序员。
简短的perl程序能够实现大功能。 perl是如何做到的呢？ 1. 默认变量 如果没有向函数提供参数值，则默认参数为$_； 如果没有变量用于接收一个表达式的值，则默认接收变量为$_。 perl语言每条语句可像管道那样运行，通过默认变量$_串接起来。 2. 特殊语法 利用一些正常情况下没有含义的语法，如while(<>){}. 如果按照正常的语法，这个定法的意义是：读取一行文本，然后丢弃。 由于正常情况下没有人会这么用，perl语言将这一语法利用起来了。在实际中写起来非常方便。 3. 变量值不用给定初值，不用提前声明 perl会自动为变量选择合适的初值，如果没有给定的话。 对于数值，初值为0；对于字符串，初值为““，也就是空字符串。 4. 对于一些常用语法的简洁写法 如通过qw定义一个字符串list,可避免写引号。 简短的好处？ 简短，再加上perl与shell结合非常好，可以在命令行上直接写出简短又功能强大的代码。 一个常用用法：
大概是这样，会讲过长的文档名称压缩，在首行使用 md 一级标签标记文件名，再将文档截断为图示的样子。
Why Homework? These problems are excellent for ruby learning and is homework for some course, like C
1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing
IT领域往往被认为是男性的天下，不过现在女程序员越来越多，她们也有着不可小觑的贡献。在移动互联网领域，一些知名应用的开发团队中都能看到程序媛的身影，比如Smule、Camera 等。我们将为大家细数出
allNotNull(Object... values) 检查所有元素是否为空,返回一个boolean
my @arr = split/:/,$str; # @arr = qw(A B C)
我们使用 git 作为 版本控制工具，极大的提高了效率，但是随着业务的增多和自身对于提交内容原子性的要求，往往会产生很多的分支，这就难免有时候，在发版的时候，某些分支被遗忘提交，造成功能丢失等问题。
为什么会有这个需求呢？很简单，因为国内的一些基因检测公司支持导入23andme的芯片数据做解读，而我正想看看一下他们的技术功底到底如何？ 23andme和wegene都是用的一款特制的芯片，可以捕获基
#!/usr/bin/perl -w open IN,"ARGV[0]" or die $!; open OUT,">ARGV[1]" or die $!; while(<IN>){ chomp; my @arr=split /\t/; if(($_=~/^#/)||($arr[]=~/^INDEL.*/)||($arr[] =~ /,/)||($arr[] < 20)){ ###提取信息 next; } else{
前面我们讲过☞miRNA靶基因预测☜，我们知道miRNA靶基因预测一般是通过seed（种子序列）与靶基因序列互补配对来实现的。有很多本地版本的软件都是基于这个原理来预测miRNA靶基因的，例如☞targetscan☜，miRanda，RNAhybrid等等。这些软件都有本地版本，可以下载到自己的电脑上运行。一般输入都是两个文件，一个是miRNA的成熟体序列，因为miRNA的种子序列一般位于miRNA成熟体5‘的2-7位（参考☞miRNA靶基因预测☜），另外一个输入文件就是你要预测的靶基因序列了，这里的靶基因序列可以是mRNA 3’UTR序列，也可以是lncRNA或者circRNA序列。
##提取文件中的某几列，并取负对数值（P） #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use Math::Complex; ##math function open IN, " open OUT, ">$ARGV[1]"; # output file my @line; my $P_value=0; while () { chomp; next if (/^NSNP/); ##匹配到就跳出循环 next i
零基础，perl语言，10分钟入门 1.Hello,World #!/usr/bin/perl -w print ("hello,world!\n"); #print "hello,world!\n"; 说明： （1）第一行指定解释器，-w参数表示提示警告（或者使用use strict命令，执行更严格的检查）； （2）第二行输出hello, world!； （3）如果习惯c的函数方式，print的参数可以打括号； （4）第三行是注释，注释以#打头； （5）如果习惯shell的方式，print的参数可以没有括
Analog是一款用来快速处理日志的开源工具，具有很高的效率，但是生成的结果并不美观，本文就analog使用过程中的一些问题进行总结，讨论如何对analog进行深度的定制使用。
<>操作符俗称钻石操作符，它是行标准输入<STDIN>的特例，不是从键盘获得数据而是从用户指定的位置读取数据，这里的用户指定位置指运行程序时命令行程序后面紧跟的参数，也即命令行参数。
#!/bin/bash this script used montor mysql network traffic.echo sql tcpdump -i eth0 -s 0 -l -w - dst port 3306 | strings | perl -e ' while(<>) { chomp; next if /^[^ ]+[ ]*$/; if(/^(SELECT|UPDATE|DELETE|INSERT|SET|COMMIT|ROLLBACK|CREATE|DROP|ALTER|CALL)/
发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/126104.html原文链接：https://javaforall.cn
然后仿写了bowtie，对我的编程技术提高非常有帮助。目录如下： 自己动手写bowtie第一讲：BWT算法详解并建立索引 自己动手写bowtie第二讲：优化索引 自己动手写bowtie第三讲：序列查询。 自己动手写bowtie第4讲：笨方法字符串搜索 Bowtie算法第五讲-index2tally Bowtie算法第六讲-tally法对bwt索引进行搜索 首先，什么是BWT，可以参考博客 http://www.cnblogs.com/xudong-bupt/p/3763814.html 他讲的非常好。 一个
这个需求比较少见，主要是因为有很多朋友都做了基因检测芯片数据，而芯片检测的结果只有4列，分别是dbSNP数据库ID号，染色体，坐标，还有基因型。如下： head -100 wegene.txt |tail rs9442387 1 1110586 CCrs191284590 1 1115954 CCrs1320565 1 1119858 TCrs116321663 1 1120377 TTrs11260549 1 1121794 AGrs9729550
生物信息领域常用语言 个人认为：是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python/Java..(胶水语言，数据格式转换，软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。 生物信息常用语言非常广泛，我常用的有Perl, R, Shell，此外参与网页制作还用过PhP+mySQL，写博客用Markdown。这些其实都是非常小众的语言，如果和计算机专业的人交流，对方可能没听过这些语言。本系列“生信人写程序”主要以Perl为主，并伴随一些零星的R和Shell编程的经验和
机器之心原创 作者：蒋思源 本文讨论并实现了用于序列模型的基本深度方法，其中循环网络主要介绍了传统的 LSTM 与 GRU，而卷积网络主要介绍了最近 CMU 研究者提出的时间卷积网络与实证研究。相比于我们熟知的经典循环网络方法，用 CNN 实现序列建模可能会更有意思，因此本文的实现部分重点介绍了时间卷积网络的实现。 这是机器之心 GitHub 实现项目的第四期，前面几期分别介绍了卷积神经网络、生成对抗网络与带动态路由的 CapsNet。 机器之心项目地址：https://github.com/jiqizhi
用 perl 脚本读入一个文件，将文件中所有内容变成一行输出到文件 out.txt 中。
DNA、RNA 和蛋白质是三种重要的生物大分子，传统的观念认为 DNA 携带着遗传信息，蛋白质是体现生物功能的分子，而 RNA 在这二者间起传递遗传信息的桥梁作用。随着新一代测序技术的发展，越来越多的生物基因组被测序出来，而且，随着 RNAseq 技术的发展，我们对非编码 RNA 的认识也逐渐深入，甚至改变了一些我们传统的认识。人体每个细胞都具有相同的染色体，为什么最终会分化成不同的形态执行不同的功能呢？这些都是由于转录翻译的 RNA 的不同。
# Andrey Niakhaichyk <andrey@niakhaichyk.org>
MVC(Model-View-Controller) 是一种架构，或者说是设计理念，不同语言有不同的实现，遵循此架构会有很多好处，但详细探讨已经超出了主题，有机会再聊
在宏基因组分析流程的开始阶段，首要任务是检查原始测序数据的质量。这一步包括对数据的完整性、文件格式、序列长度、测序质量（如Q值、GC含量等）以及潜在的测序错误或污染进行初步评估。通过这一步，研究人员可以确保后续分析的准确性和可靠性。
https://www.jdoodle.com/execute-perl-online/www.jdoodle.com
查看CPU使用率高的线程 #!/bin/bash LANG=C PATH=/sbin:/usr/sbin:/bin:/usr/bin interval=1 length=86400 for i in $(seq 1 $(expr ${length} / ${interval}));do date LANG=C ps -eT -o%cpu,pid,tid,ppid,comm | grep -v CPU | sort -n -r | head -20 date LANG=C cat /proc/loada
#Oracle客户端配置 ORACLE_HOME=/export/home/tmn/oracle/product/11.2.0/dbhome NLS_LANG="SIMPLIFIED CHINESE_CHINA.ZHS16GBK" export ORACLE_HOME NLS_LANG PATH=$PATH:$ORACLE_HOME/bin export PATH LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64:/export/home/tmn/oracle/product/11.2.0/dbhom
首先，我们需要使用Perl的LWP::UserAgent模块来发送HTTP请求。然后，我们可以使用HTML::TreeBuilder模块来解析HTML文档。在这个例子中，我们将使用BeautifulSoup模块来解析HTML文档。
my $line=<IN>; # <> 钻石符
#!/usr/bin/perl #!/bin/bash ## 最近查看队列使用情况 发现如下问题，用户使用SGE 集群的时候内存溢出 ## 此程序用于查看SGE (Sun Grid Engine) 整体集群监控 ##仅以此程序，帮助大家查看 自己任务状态，以免被杀！此工具归BGI所有，祝大家工作愉快！ =head1 Name sge_cluster_queue.pl -- choose the queue observation =head1 Description This program can choose the bmk queue observation 1) look for the queue jobs operation and who is working state 2) find the jobs number total test number,and the user over mem jobs,Jobs-ID,detailed mem \ 3) statistics total use mem =head1 Version Author: Li linji, lilinji@genomics.cn Version: 1.0, Date: 2012-7-30 =head1 Usage --queue set you want look up queue (defined general.q) --mem set Use full details queue Jobs and mem (check over_mem,and jods-ID) --s set Task sort by (name,job,vf,mem && must set --mem)##defined name --t set Task state information (defined run) --help output help information to screen =head1 Exmple ./sge_cluster_queue.pl perl sge_cluster_queue.pl perl sge_cluster_queue.pl -queue general.q perl sge_cluster_queue.pl -queue general.q -mem perl sge_cluster_queue.pl -queue general.q -mem -s vf =cut use Getopt::Long; use FindBin qw($Bin $Script); use File::Basename qw(basename dirname); use Data::Dumper; my $Sort||="name"; my $St||="r"; my ($help,$mem); $queue_search ||= "general.q"; GetOptions( "help"=>\$help, "queue=s"=>\$queue_search, "mem"=>\$mem, "s=s"=>\$Sort, "t=s"=>\$St, ); die `pod2text $0` if ($Help); if ($Sort eq "1") { $Sort="name"; }elsif($Sort eq "2"){ $Sort="job"; }elsif($Sort eq "3"){ $Sort="vf"; }elsif($Sort eq "4"){ $Sort="mem"; } if ($Sort ne "vf" && $Sort ne "mem" && $Sort ne "name" && $Sort ne "job" ) { print STDERR <<SORt; -s : 1 or name : sort by name (default) 2 or job : sort by jobs number 3 or vf : sort by vf (need -m ) 4 or mem : sort by mem (need -m ) SORt exit 0; if (!defined $mem && ($Sort eq "mem" || $Sort eq "vf" )) { print STDERR <<SORt; -mem : get mem info -s
问题场景：机器有些问题，业务访问正常，但cpu使用率这么低，负载这么高，我的乖乖几个亿的负载，跑到银河系了
Motion Planning是在遵循道路交通规则的前提下，将自动驾驶车辆从当前位置导航到目的地的一种方法。
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在本中，我们在 Node.js 中把 shell 命令作为子进程运行。然后异步读取这些进程的 stdout 并写入其 stdin。
hapmap计划的人群分布结果和千人基因组计划的分布结果来分析是一样的！【直播】我的基因组55：简单的PCA分析千人基因组的人群分布 这两个计划里面收集的样本的种群信息都比较完善，而且每个样本的基因型
ROS 2 Foxy Fitzroy的MoveIt 2的第一个非beta版本。 MoveIt 2 Foxy 是MoveIt项目的一个重要里程碑，因为我们现在已经具备MoveIt 1的功能。我们相信，这项成就将使下一代复杂的灵巧操纵应用程序成为可能，其作用已经超过了过去十年。
基于Picrust2进行宏基因预测后，我们往往需要对数据进行可视化话，其中LEFse就是非常不错的选择,这里通过perl实现对表的格式化。 LEFse –Galaxy平台：http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy
咱们在上一个课程中进行了GO圈图绘画，但是我富集分析并不只是有GO，kegg通路的富集分析可以看到基因发挥的作用，在生物体中的重要性。
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